「特定の敵をすべて倒す」「コインを特定枚数取る」などのゴールのために必要な条件を設定できる。達成していないとゴールが消えた状態になりゴールできない。詰みが起こりやすい要素のため扱いには注意が必要。「1度も○○せずにゴール」は、ゴール条件を満たしている状態で始まり、満たさなくなると最初からやり直さなければならない。難易度が格段に上がってしまうこともあるので、高評価を得たい人はあまり設定しないほうが良い。
なお、これを設定すると中間ポイントは置けなくなる。

パラシュート

空中にある特定のアイテムや敵などに付けると、着地がゆっくりになる。ドッスンの移動も途中からゆっくりになる。

たつまき

付近にあるものを空中に巻き上げる。クッパなどの大きな敵も巻き上げられる。左右に移動していて崖や壁にさしかかると引き返す。

つらら

落ちないものとマリオが近づくと落ちるものがある。足場にもなる。

赤ヨッシーの追加

赤ヨッシーは舌を伸ばして敵を食べることができない代わりに無限に炎を吐くことができる。ファイアクラウン同様、ファイアマリオで乗ると炎が3方向に分かれる。
赤い巨大卵を置くと出てくる。

砂漠、雪原、森、空のフィールドスキンの追加

それに伴いBGMも大幅追加された。雪原は滑りやすく、森は下部が水になり、水面の高さを変更できる。砂漠・空に関しては（夜を除き）特別な機能はない。

夜の要素追加

上記の太陽を月に変えて設置するとフィールドを夜にすることが可能。1回月を置けば以降は昼夜変更ボタンが現れるので、以後は月を消しても構わない。
月は太陽と同じ挙動で降りてくるが、触れると画面上の敵を一掃できる。
また、BGMがオルゴール風になる等の変化もある。
この他、フィールドスキンによってフィールドに以下のような変化が起こる。

- 地上：クリボーハナチャンが水中仕様で移動するようになり、ワンワンがより長く伸びる。テレサはいつもとは逆の向きに反応し、ドッスンやネッチーが通常のテレサ同様こちらの向きに反応し、テレサ・テンが集団のまま移動するようになる。スーパーキノコがスターのように跳ね、1UPキノコが見るからに毒々しいくさったキノコになる等様々な変化が現れる。
- 地下：上下が逆転する。操作の上下も逆転する。
- 水中・お化け屋敷：自分の周囲以外が暗くなり見通しが悪くなる。設置する敵やギミック、オトアソビを活用してより広範囲を照らすことができる。
- 空：ジャンプの挙動が遅くなり、宇宙空間を飛んでいるようになる。敵も水中のような挙動になる。
- 雪原：地面が氷の床の上同様に滑りやすくなる。
- 砂漠：一定間隔で風が吹くようになる。
- 森：下の水が毒沼に変わり、溶岩同様落ちると即ミスになる。
- 飛行船：敵が水中のような挙動になる。マリオは通常通り。
- 城：マリオが水中のように泳ぐことができる。敵は通常通り。飛行船と真逆。

敵キャラの追加

カキボー追加

『New スーパーマリオブラザーズ U』に登場したクリボーの変種。カキボーは赤ノコノコ同様足場を往復する。音楽ブロックの音色はホンキートンクピアノ。マリオワールドのスキンではクリボン同様の変化を遂げた「カキボン」に置き換わる。

横移動するドッスン

本作のドッスンは、マリオ3のように下だけでなく横へも移動させることができる。
なお、3Dワールドのドッスンは潰されなければ乗ったりしてもダメージを受けないので、横移動するドッスンに乗って進んだりして足場に使うこともできる。

マグナムキラー追加

発射方向を4方向で指定でき、こちらを追尾する赤いマグナムキラーもいる。
後述の3Dワールドスキンではブロックを破壊するほか、画面奥から発射するタイプもある。

ブンブン追加

ブンブンは基本的にマリオ3のものを基準とした行動をする。羽根をつけると通常時とは行動が全く違うものになる。3Dワールドスキンではコウラにトゲがなく、3Dワールドの1戦目に近い行動を取る。

3Dワールドスキン

スーパーマリオ3Dワールドのスキンが追加されている。ゲームシステム上は2Dだが画面表示は3D。
パーツの構成が他のゲームスキンとは大きく異なるため、他のゲームスキンとの互換性はなく、切り替えるとそれまで設置したものは消えてしまうので注意。
ネコマリオや点滅ブロック、ノコノコカーなどの3Dワールド専用の要素が使用できるほか、
ウーガンフィッシュやプンプンなどの専用の敵も存在する。
パックンフラワーを踏んで倒せる、ドッスンの上に乗れる、敵とスーパーキノコが重ならない、ちくわブロックとマリオが重なれないなど当たり判定が他のスキンと大きく異なるので注意。

プレイヤーキャラ

下記のストーリーモード以外ではルイージ・青キノピオ・キノピコが使用可能。設定から変更することで使用可能で、キャラによっての性能差は無い。キノピオとキノピコは、未登場のそれぞれスキンでグラフィックや変身姿は全て新たに書き下ろしになっている。

ストーリーモード

今作には、アンドゥ犬のいたずらによって消えてしまったピーチ城を再生していく「ストーリーモード」がある。
このモードでは、ピーチ城を再生していく過程で100以上のコースに挑戦していく事で、
コース制作に関わるヒントや知識を得ることができる。

ストーリーモードを進めていくと、マリオブラザーズスキンのみで使えるGB版のスーパーマリオランドで登場した「スーパーボール」や、3Dワールドスキン限定のビルダーマリオが使えるようになる。
また、このモード限定の救済処置として同じコースで2回ミスするとビルダールイージが出てきて彼が用意したコースパーツをコースに設置したり、ゲームオーバーになった際にルイージに代わりにクリアしてもらうことが可能。

通信など

二人でコース作りできる

ネットやローカルによる多人数プレイ

同じコースを同時に4人までプレイすることができる。

みんなでバトル

同じコースを同時に4人でプレイし一番先にゴールした人が勝ちとなる。
勝つとバトルのポイントが増え、負けると少し減る。負けても一部のスキンでは一緒にゴールできれば減少量は少なくなる。タイムアップのときは引き分けとなりポイントは減らない。
対戦相手のキャラとは重なることができず、相手を踏み台にしてジャンプしたり相手を持ち上げて投げたりすることができる。鍵を持っている相手を踏みつけると鍵を奪うことができる。ゴール条件が設定されているコースはゴール条件を満たした人のみがゴールできるが、鍵と同様にゴール権を持っている相手を踏みつけることでゴール権を奪うことができる鬼畜仕様。
一部のアイテムや仕掛けは時間が経つと復活する。溶岩や毒沼が上昇するのみで下降しないコースでミスすると、再開地点が埋もれているときは「しばらくお待ちください」と表示されて何もできなくなってしまう。全員がミスすると再開できる。

同時にプレイするため、いち早くゴールするには単純にゴールを目指すだけでなく、対戦相手に甲羅をぶつけるなど意図的に妨害して蹴落とす事もできるため、心を鬼にして相手を出し抜く戦術も求められる。

コースはランダムで選ばれるが、「みんなでバトル」タグを設定しているコースが選ばれやすいようだ。ただしクリア率が低いと全く選ばれない（コース検索機能で確認可能）。
場合によっては、全自動コースなどそもそもみんなでバトルには全く不向きなコースが選ばれてしまう可能性もある。

ハックンタイムアタック

Ver.2から追加。専用に配信されるコースで世界中のプレイヤーとタイムアタックで競う。世界中のプレイヤーがプレイした軌跡はハックンで表示され、1匹でも多くのハックンより早くゴールするかがカギとなる。

世界のコースに関する追加点、変更点

ダメ!ボタンの追加

今まではいいね!しか押せなかったが、出来が悪いようなコースにはダメ!を付けられるようになった。
ただし、このシステムがどのように反映されているかは画面上に表示されないので不明。

コースの検索

前作ではコースIDは合計16桁入力しないといけなかったが、2では9桁に減った。
又、コースジャンルの検索も可能になった。

その他細かい変更

敵とアイテムを同じマスに配置できなくなった。
スタート地点周辺にパーツを置けなくなった。おそらく複数人プレイの関係。
マリオワールドスキンで、上下するゴールバーに触れなくてもゴールポールに触れればゴールするようになった。ゴールしやすくなったが1UPを狙いにくくなった。
ゴール後、一部のオトアソビが機能しないようになった。
最上段に置いたブロックの上あるいは最下段のブロックの下を通過できなくなった。ただし一方通行は通り抜けられるので注意。
中間ポイントにアイテムを入れられるようになり、何も入れていないときはスーパーマリオにはならない。
壁や硬いブロックを最下段から最上段まで縦に置くとスクロールがそこで止まるようになった。強制スクロールも止まる。煉瓦や氷では止まらない。

廃止された要素

コース全体のサムネイル（「くわしく見る」から全体を確認することは可能　投稿前は不可能?）
キャラマリオ
変なキノコ・変なマリオ（ただし変なマリオは隠し要素で健在）
ハエ叩き
amiibo
イベントコース　追加されるかどうかは不明。

アップデートで追加された要素

※カッコ内は追加されたスキンを示します。

バージョン2

2019年12月5日より開始。

凍ったコイン（3D以外）

氷の床同様の状態になり、ファイアボールやバブル、バーナーなどで溶かすと取ることができる。3Dワールドスキンでは使用不可。

Pブロック（全） Pスイッチを押すことで出たり消えたりするブロックで、壊すことはできない。

マスターソード（初代）

マリオブラザーズスキンのみで追加。取るとリンクの姿になる。キャラマリオのように見た目だけが変わるのではなく、剣で敵を攻撃したり、盾で攻撃をガードしたり、3方向に弓矢を撃ったり爆弾を投げたりとアクションも豊富。

ダッシュブロック（3D）

3Dワールドスキンのみで追加。乗るとより高速でダッシュする。ジャンプの飛距離も大きく伸びる。操作しなくても土管に入る動作をするので全自動にも最適。

ガボン（全）

投げてくるシューリンガンは？ブロックに当てると中身を出せる。巨大化したものはブロックを破壊する。シューリンガンだけを置くこともできる。
また、雪原では投げるものが雪玉に変わり、踏むと投げ返せる。

サンボ（全）

上方向に何段も積んで大きくできる。夜の地上ではうねうねと浮遊して動き回る。
また、雪原では雪仕様になり、踏むと頭が雪玉に変わる。

ハックンタイムアタック

専用に配信されるコースで世界中のプレイヤーとタイムアタックで競う。世界中のプレイヤーがプレイした軌跡はハックンで表示され、1匹でも多くのハックンより早くゴールするかがカギとなる。

バージョン3

2020年4月22日より開始。大型アップデートとしては最後。

マリオUSAのキノコ（初代）

取るとスーパーマリオUSAの見た目になる（ルイージのハイジャンプ等性能は変化しない）。
一部を除いて敵を踏めなくなる代わりに、上に乗った敵を持ち上げて投げることができる。キラーを別の位置に向けて飛ばしたり、ワンワンの杭をつかんで敵を攻撃するなどの使いかたもある。しゃがんでからのハイジャンプも健在。
雪原では雪玉を作って投げられる。また、雲を持ち上げると消せるのでUSAにあるような穴を掘って進むコースも再現できる。
キノコは夜の地上ではマリオのジャンプに応じて飛び上がるので、マリオのジャンプとリンクさせてキノコを疑似操作させたり、ジャンプと共に作動する仕掛けに使うこともできる。

カエルスーツ（3）

取るとカエルマリオになる。
3同様に水中を泳ぎ回ることが可能で、ジャンプ台やPOWなどを持った状態で水面を走れる3には無かった要素もある。

- パワーバルーン（ワールド）

取ると風船のようにふくれ上がり、空中を飛び回れる。
ふわふわ浮かぶだけだったワールドの時とは完全に別物で、制限時間もない。
夜の地上ではしぼんで飛んでいくような挙動になる。

スーパードングリ（U）

取るとムササビマリオになる。
スーパーマリオブラザーズU同様に滑空し、壁に飛びついたりできる。

ブーメランフラワー（3D）

取るとブーメランブロスのような見た目になり、ブーメランを投げて攻撃できる。
ブーメランは前方に飛んだ後自身のいる方向へ戻るように飛び、キャッチせずに一定時間経過するか壁に当たるかキャッチするまで飛び続ける。

ほうだいボックス（3D）

被り物ボックスの1つ。かぶると砲台の弾を発射できる。タメ撃ちで発射距離が伸びる。
砲弾はコインを取ったり、透明土管をくぐらせる事もできる。

プロペラボックス（3D）

被り物ボックスの1つ。かぶるとUスキンのプロペラマリオのようにジャンプ中に飛んで移動できる。1回のジャンプにつき3回まで使用可能。

あかPOWボックス（3D）

被り物ボックスの1つ。かぶった後にジャンプして頭突きするとPOW効果が発動する。3回まで使える。

ハリボテクリボー（3D）

被り物ボックスの1つ。クリボーの頭部のような形で、かぶると敵が自身に反応しなくなり、敵の目を欺いて行動できる。なお、原作の3Dワールドではクリボーやクリボンだけしか欺けないが、こちらはブンブンやドッスンなどのクリボー以外も全て欺ける。

ハリボテキラー（3D）

被り物ボックスの1つ。かぶるとジャンプ後の滞空中にキラーのように飛行して移動できる。
一定時間飛行するか着地するまで何往復でもできるが、壁などにぶつかると取れてしまうので注意。

呪われたカギ（初代）

スーパーマリオUSAに登場した形のカギ。取るとそのカギを使用するまで（複数持っている場合は全て使用するまで）カメーンがずっと追いかけてくる。カメーンはカギを任意で手放せない関係上攻撃は以前よりゆるいが、カギを持っている人以外のキャラにも当たるので、バトルなどでも油断ならない。

スイッチトランポリン（3D）

トランポリンをON/OFFスイッチと連動させ、いずれかの状態でのみトランポリンとして使えるようにする。

クッパ7人衆（3D以外）

クッパ7人衆の7人が総登場。同じ部屋に複数（全員）を同時に置くことも可能。全員が魔法の杖を持ったマリオ3に近い姿だが、マリオ3とも異なる挙動をする。このパーツの追加によりボスキャラのレパートリーの少なさが改善された。
特徴は以下の通り。

- ラリー：前後に軽くジャンプしながら移動してくる。
- モートン：飛び上がって地響きを起こす。着地時に壁をはって進む炎を左右に発射する。
- ウェンディ：ラリー同様ジャンプしながら移動し、杖から壁を反射する輪っかを放つ。輪っかは一定時間経つまで残り続ける。
- イギー：チョロプーのような動き（チョロプーよりは遅め）でゆっくりと走る動作で移動してくる。飛ばす魔法の速度が他よりも速い。
- ロイ：地面に隠れて別の場所から現れる。天井のある場所だと天井から現れる事もあり、その時は地面に落下して地響きを起こす。
- レミー：玉に乗りながら移動（乗せられている場合を除く）し、ボールを発射してくる。ボールは当たってもダメージは受けず、より高くジャンプするのにも活用できる。この中では最もマリオ3に近い挙動。
- ルドウィッグ：大きくジャンプして一定時間滞空する。飛ばす魔法は3つ（2回ダメージを与えていると5つ）に分かれて飛ぶ。

メカクッパ（3D以外）

通常の緑のほかに赤や青のバリエーションが登場。赤いものは一定時間後に爆発するキラーのような誘導ミサイルを発射してくる。青いものは一定時間おきにビームを発射する。また、夜になるとジェット噴射で浮遊して段差や穴などを越えてくる。

ワールドをつくる

新モード。ワールドマップを作れる。
ワールドマップは目的地となる城までの道のりを作り、途中に作ったコースを配置していくのが基本になるが、ボーナスステージや装飾などを置いたり、地上に加えて、地下、砂漠、雪原、空、森、火山、夜などのシーンを変更して雰囲気を変えることもできる。最大8ワールド40コースまで作れる。作ったマップは「みんなのワールド」で公開できる。
この機能の搭載によりあそばれた数を稼ぎやすくなった。

タグの増加

アナウンスされていないが、コースに付けられるタグの種類が増えている。
「シューティング」「シングルプレイ」「テクニック」などのバリエーションが増え、より分かりやすくなるようになっている。
「シングルプレイ」のタグを付けるとみんなでバトルに選出されなくなるためバトルに向いてないコースが出現しにくくなった。

こんなコースも作れる

シューティングコース

ファイアクラウンに乗ることでシューティングゲーム化も可能。

謎解きコース

前作同様パズルゲーム化も可能。どの仕掛けをどのように作動させるかをプレイヤーに考えさせることによって難しいギミックも作れる。今作はゴール条件の設定ができるようになったのでより複雑な謎解きを作れるようになったかもしれない。

全自動マリオ

操作しなくても自動にゴールに到達できるよう設計されているコース。
ダッシュやジャンプを押しっぱなしだと自動的にゴールできる設計だったり、土管やドアといった手動で動かすギミックが使われている半自動マリオといった派生用語もある。

演奏コース

前作同様音符ブロックを利用して曲を演奏することが可能。ただし、アイテムと敵を同じ場所に配置することができなくなったなど、前作よりも名曲を作るハードルは高くなっている。

鬼畜コース

前作同様の通常マリオでは出てこないような鬼畜難易度コース。
スピンの反動や壁ジャンプは当然の如く、甲羅を壁に投げて跳ね返ってきたそれを踏んで二段ジャンプといった、通常マリオでは出てこないような高難易度テクを要求される場合も。

スピードランコース

前作でも存在したマリオが走り続けて色々なテクニックで様々なギミックを突破していくコース。
上手くクリアできた時の爽快度は高い。
作り手によって難易度は初心者から熟練者向けとさまざま。

「みんなでバトル」用コース

バトルコース。通称『バトコ』。
「みんなでバトル」では1人プレイとは求められる要素が異なるので、同じレーンを4つ並べ、同じ障害に同時に挑みながらゴールを目指すというコンセプトで、みんなでバトル用にコースを作るという手もある。
例えば通路が狭かったり上昇する溶岩があったりするとみんなでバトルには向かない。
また、運要素が絡むと評価を落としやすい。
直接対決や対戦ミニゲーム風の配置にしたり、パワーバルーンで全員風船マリオ化させてレースゲーム風のバトルコースも存在する。

計算コース

ごく一部の職人だけが行っている。
マリオメーカーを使って2進数の計算をすることもできる。10進数も1桁同士の足し算と引き算が出来る。

再現コース

ゲームをはじめとする世の中の様々なものを再現したコースも前作ではたくさん投稿された。なかでもSASUKEの再現が多かった。

間違い探しコース

とある人が作り、以後大勢のプレイヤーが真似するようになったジャンル。
窓のようにギミックや敵、アイテムなどが配置された枠が複数あり、1つだけ他のと違う配置があるので、その1つを探すコース。

トロールコース

英語で煽る/煽り屋を意味するTrollを冠するコース。
その名の通り、挑戦者を嘲笑うかの如く、予想外の方向からマリオを即死させるようなトラップが襲いかかったり、ギミックで行く先を塞ぎどん詰まりに追い込もうとする別方向での鬼畜コース。
ただし孔明の罠みたいなただ隠しブロックで道を塞いだ程度の罠ではなく、スクロールや溶岩等々で絶妙に罠を隠し、挑戦者に「これは一本取られた」と感じさせるような、ギミックに対する深い理解が製作者には求められる。

爽快コース

縦長コースの実装やダッシュブロックや赤POWが使える3Dワールドスキンが追加されたことで生まれたジャンル。
ヒップドロップで一気にブロックを壊したり、コインを大量に取ったりし、POWやスターでまとめて敵を倒しながらほぼ半自動レベルでゴールまで進むコース。
「初心者でも簡単に遊べる」「大迫力なコースで子供に人気」ため、当然人気ランキングの上位に入りやすい。しかしそれ以外の音楽やギミックコースといった他ジャンルのコースがランキングから締め出されてしまい、これに反対派も少なくはない。