エーアイ開発の任天堂携帯機スパロボ第2弾。
タイトルの『R』は「Rebirth」を表し、時空改変がテーマとなっている。そのため、下記のあらすじで記す通り、序盤は「『クリアできずゲームオーバーになったスパロボ』の末路」のような悲惨極まりない設定であり、これをいかに改変していくかがカギとなる。
今までのスパロボが「旗艦に乗って世界中を移動する」方式だったのとは異なり、「基地からいきなり出撃する」シナリオが多い。

あらすじ

人類がスペースコロニーで生活するようになった時代、スペース・センチュリー（S・C）。
一年戦争を始めとする地球連邦とコロニーの戦争は続いた。その結果、地球とコロニーは疲弊し、地球環境も激変、戦乱に疲れた人々は完全平和主義を理念として樹立された地球圏統一国家を受け入れた。
だが今度は地球圏の疲弊をいい事に反乱軍の発生や侵略者の襲撃が起こる。それらに対しては各研究所のロボットが抵抗するが、この戦乱により軍備を解除した為に抵抗しなかった地球圏統一国家の提唱する完全平和主義は無力なものとして多大なバッシングを浴び、デキム率いるマリーメイア軍のクーデターが発生、大衆からの支持を失った地球圏統一国家は崩壊し、完全平和主義の立役者であったリリーナも処刑されてしまう。そしてデキムを首相とする独裁国家、新地球連邦政府が樹立し、侵略者を一掃した。
ところが悪政ばかり敷く新連邦はネオ・ジオンの反感を買う羽目になり、再び地球とコロニーの戦争が始まった。
そんな中、S・C141年、月面基地で新型の多目的換装機動兵器エクサランスのテストが行われていた。だがそのテスト中に何者かの襲撃を受け、主人公たちは救援に来た新連邦軍のラー・カイラムとナデシコBに救われる。だがそれは時空を超えた戦いの始まりであった。