Xチャレンジ
えっくすちゃれんじ
エックスによって葬られてきた
数々のイレギュラーたちー
彼らの復讐劇が始まるー
覚悟はできたか？
歴代ロックマンXシリーズのソフトを詰め込んだ記念作品『ロックマンX アニバーサリーコレクション』の新要素。ロックマンXからX6のボスたちがタッグを組んで襲ってくるチャレンジモードである。
イージー・ノーマル・ハードの3種類。
最初の方は何とかクリアできるがゼロ・ナイトメアやサイコシグマなどとんでもない奴らがタッグを組んでくるので世界でもクリアできた人の数は二桁しかない。
Vol.1と2では9-3を除いて流れるBGMが変わる（Vol.1では「X1」「X3」「X4」のボス戦、Vol.2では「X2」「X5」「X6」のボス戦BGM）。
X~X3のボスは各作品4体ずつ、X4~X6からは全てのボスが参戦している。3D作品であるX7、X8からのボスは未参加。
-ステージ1
ステージ1-1 アイシー・ペンギーゴ×フロスト・キバトドス
ステージ1-2 ホイール・アリゲイツ×バブリー・クラブロス
ステージ1-3(Vol.1) スラッシュ・ビストレオ×クレッセント・グリズリー
ステージ1-3(Vol.2) ウェブ・スパイダス×ワイヤー・ヘチマール
-ステージ2
ステージ2-1 ストーム・イーグリード×ストーム・フクロウル
ステージ2-2 スパイラル・ペガシオン×シャイニング・タイガード
ステージ2-3(Vol.1) ボルト・クラーケン×シールドナー・シェルダン
ステージ2-3(Vol.2) スパイク・ローズレッド×コマンダー・ヤンマーク
-ステージ3
ステージ3-1 スパーク・マンドリラー×バブリー・クラブロス
ステージ3-2 サイバー・クジャッカー×スクリュー・マサイダー
ステージ3-3(Vol.1) ドップラー博士×ゴッドカルマシーン・O・イナリー
-ステージ4
ステージ4-1 マグマード・ドラグーン×シャイニング・タイガード
ステージ4-2 スパイク・ローズレッド×ワイヤー・ヘチマール
ステージ4-3(Vol.1) ストーム・イーグリード×アシッド・シーフォース
ステージ4-3(Vol.2) シャイニング・ホタルニクス×アーマー・アルマージ
-ステージ5
ステージ5-1 スパイラル・ペガシオン×ダーク・ネクロバット
ステージ5-2 メタモル・モスミーノス×ブリザード・ヴォルファング
ステージ5-3(Vol.1) タイダル・マッコイーン×ジェット・スティングレン
ステージ5-3(Vol.2) アシッド・シーフォース×エクスプローズ・ホーネック
-ステージ7
ステージ7-1 アーマー・アルマージ×レイニー・タートロイド
ステージ7-2 シャイニング・タイガード×アイシー・ペンギーゴ
ステージ7-3(Vol.1) スプリット・マシュラーム×インフィニティー・ミジニオン
ステージ7-3(Vol.2) グランド・スカラビッチ×シールドナー・シェルダン
-ステージ8
ステージ8-1 スパイラル・ペガシオン×ブレイズ・ヒートニックス
ステージ8-2 ダーク・ネクロバット×ブリザード・ヴォルファング
ステージ8-3(Vol.1) メタモル・モスミーノス×コマンダー・ヤンマーク
ステージ8-3(Vol.2) メタルシャーク・プレイヤー×タイダル・マッコイーン
ハードモードで9-3をクリアすると、特別なステージに挑戦できる。
数多のイレギュラー達の猛攻を潜り抜けたエックス、その先に待っていたのは……？
ステージ9-4
その心境は体感した者のみが知り得る…
いかなる時でも最大の敵は己自身であるー
