ジャヤで登場する黒ひげ海賊団(マーシャル・D・ティーチ(黒ひげ)、ジーザス・バージェス、ドクQ、ヴァン・オーガー)やベラミー海賊団、処刑人ロシオ、空人のパガヤやマッキンリー隊長などの出番は全てカット。あとアマゾン婆さんも削除されたので実質白海に突入した時点で即密入国扱いという原作以上のハードな扱いに…。
- ただし黒ひげに関してはポートガス・D・エースとのバナロ島の決闘の映像が差し込まれる形でEDに出演する。
マシラやショウジョウ、ゲンボウ・ブラハム・カマキリ等は登場したものの台詞無し。
それに伴いサルベージのシーンがほぼ全部カットされたので、ナミはコニスが持ってるウェイバーしか知らない。
サウスバード捕獲作戦の全カット。
白海でシャンディアがGM号を襲撃するシーンはカット、それに伴いガン・フォールとの出会いの場面が変更（入江でカボチャジュースを飲んでいる所に麦わらの一味が出くわしている）。
入江で空魚の大群に追われるコニスを、ガン・フォールと麦わらの一味が救助するオリジナル場面の追加。
白海で溺れる（＝成層圏から真っ逆様）のはウソップからルフィに変更。
ホワイトベレーが削除されたので、サトリが入り江に直接出向いて「玉の試練」を行っている。
特急エビに攫われるのはチョッパーとスー。ゾロ、ナミ、ロビンはそれを追ってアッパーヤードに向かう。
ある人物が一味の密入国を特急エビにチクった設定が完全削除。
シュラはガン・フォールを捕まえた直後、アッパーヤードに突入したワイパーにより討たれる。なお、恐らくワイパーからはガン・フォールが見えている筈だが、（原作通りの設定だと以前話をはねのけられたため）話を交わす価値もないと思われたのかそのままシカトされた。
アイサの出番が大幅減となり、麦わらの一味との交流がほぼ全部カット。
アッパーヤードでのデスゲームは尺の都合でダイジェスト風味になり、ゾロVSブラハム、ナミVSホトリ＆コトリ、ロビンVS神兵長ヤマ、チョッパーVSゲダツ等の闘いは数秒までカットされた。
海賊王ゴールド・ロジャー関連のイベントの全カット。
ナミはノラ（大蛇）に食べられることなくガン・フォールにお姫様抱っこされ救助された。羨ましいぞ変な騎士。
エネルの心臓マッサージやコニスの説得や祈り等も省略。
ワイパーの出番がかなりカットされているので「大地は!!　負けない!!」「その冒険家の名は…!!」などの名言もカット。
無論カルガラやノーランドのいた400年前の時代の回想はダイジェストに次ぐダイジェストである。（作画はTV版の再編集）
制作時期の関係上、ナミやロビンが非常にエロい。『カラクリ城のメカ巨兵』やスパ・アイランド編に匹敵するかもしれない。