本作は、オリジナル版のバイオハザード4のゲーム中難易度の変動システム(ゲームランク)などを踏襲している部分が多く、そこからさらに改良がなされているが、オリジナル版にあったムービー中にあったコントローラーによるQTEは廃止された…が、セパレート・ウェイズ終盤のレーザートラップに限り簡単なQTEがある。

弾は基本的にガンパウダーと素材のクラフトで作っていく事となり、バイオハザード3のクラフトシステムを本作に持ってきており、オリジナル版とはかなり違う戦い方が求められる。

また、一部の武器アイテムやエイダ編のタイトル名称が海外版準拠に変更された。

ナイフ

本作で1番変わった点、無限に使えるのではなく『RE:2』の様に耐久度があり、使って敵やオブジェクトなどへと攻撃が当たっていくとその時点でゼロになったら壊れてしまう。減った耐久度は武器商人の所で金を払って修理可能。

そして敵の攻撃をナイフを使ってパリィを行ったり、敵に組みつかれた時の緊急回避ができる様になった。これにより耐久度が大きく減るがあのチェーンソー男のチェーンソーすら防御可能に、また敵に気づかれていなかったり、閃光手榴弾で目が眩んでいる敵に首にナイフを刺し闇討ちすることで一撃で倒すことが出来る（強敵は一撃では死なない）。

またボディアーマーも耐久制になり、こちらも武器商人の所で修理可能に。

オリジナル版と同じく、武器やアイテムをアタッシュケースで管理する。アタッシュケースに入れるのは武器・弾薬・回復アイテム・素材アイテムで、キーアイテムとトレジャーはケースとは別枠で管理する。ストーリーを進めると武器商人の店で「ケースのサイズアップ」が販売され、それを買うことでサイズを拡張できる。また、通貨やガンパウダーのドロップ率が上がるなどの特殊効果があるケースもあり、タイプライターの画面でケースを切り替えることができる。

本作では弾がドロップしにくく、代わりにバイオハザード3にもあったガンパウダーと弾丸となる特定の素材がドロップしクラフトで弾を作って行くことになり、ケースの慎重な管理を求められる。

新要素としてケースにチャームを付けることが出来、これによって様々な効果が発揮される。特にセミオートショットガンのチャームは移動速度上昇と原作にあったバグの効果を踏襲している。

トレジャー

オリジナル版と同じく多数存在し、組み合わせのある物は組み合わせて価値が上がるのも同じ、オリジナル版には無かった宝も新規で追加されている。また単なる宝だったスピネルは武器商人への交換アイテムとなった。

武器商人

オリジナル版と同じく、武器商人に話しかけることで武器の売買や改造を行うことができる。その他、今作ではナイフとボディアーマーの修理をしてもらえるほか、スピネルを貴重なアイテムとトレードすることができる。

今作では「青の依頼書」という書面のサブミッションがあり、レオンに様々な依頼を出してくる。依頼の内容は、原作にもあった青いメダリオンの破壊、クリーチャーの強個体の撃破、フィールド内の害獣（ネズミ等）駆除、指定されたアイテムの納品（売却）など。達成することでスピネルが手に入る。

また1部の武器商人のいる場所には扉があり、そこで原作にあった射的のミニゲームが出来る。高いランクのクリアでチャームが入手出来る。

原作とは違い、どの武器商人も攻撃する事が出来なくなり、殺すことは不可能になった。(理由は別途記事にて解説)

更なる詳細は武器商人へ。

アシュリー

オリジナル版と同じく、アシュリー・グラハムが同行している状態で彼女が敵に攫われるとゲームオーバー。また、敵の攻撃を受けると行動不能状態になり、その状態で再度攻撃を受けるとアシュリーが死亡してゲームオーバーとなる。行動不能状態は、アシュリーに近づいて話しかけることで解除できる。

クリーチャー

おおむね原作にいたクリーチャーが登場しているが、一部の敵は変更、または存在を微かにほのめかす程度にまで削除されている。ここでは変わった個体等を紹介する。気になる人はプラーガとガナードの記事も参照してみよう。

大男

本作で新たに登場した個体。動物のマスクをかぶった巨漢のガナードで、チェーンソー男(ザ・マーセナリーズの巨大チェーンソー男のほぼ同身長)と同じく耐久力が高く怯みにくい。近距離ではパンチやキック、ラリアットを仕掛けてくる。

大男：ハンマー

リストラされた原作の戦闘員ハンマーの代わりに登場。大きな木槌を手にした大男。牛のマスクをかぶっている。味方を巻き添えにしながら木槌を振り回す。本作では村から登場するのでかなりの脅威。

大男：連弩

リストラされたガトリング男に相当する個体。イノシシのマスクを被っており、左腕に装着した連弩で矢をマシンガンのように撃ってくる。

邪教徒：錫杖

オリジナル版の赤い服のリーダーを踏襲した容姿の邪教徒。赤いローブと山羊の頭骨を着用し、赤いカンテラを吊り下げた錫杖を持っている。「¡Gloria a las Plagas!（プラーガに栄光あれ！）」の掛け声と共にプラーガに刺激を与える衝撃波を飛ばし、周囲の邪教徒達を即時にプラガ・マンディーブラへと変貌させたり、レオンやアシュリーの動きを鈍らせたりする。

ガナード・デスヌガド

首が真横に折れ曲がった状態のガナード。レオンが最初に遭遇する村人がこの個体。

レオンの攻撃で首を折られた後、倒れたまま激しい痙攣を起こす個体はこの状態へと変貌しなおも襲い掛かってくる。痙攣している間をナイフでトドメを刺す事で阻止できる他、寄生体が直接外界を視認している為閃光手榴弾の光で即死する。

プラーガ・グアダニャ

頭部を破壊されプラーガが露出したガナードの内の一体。光が弱点のため夜間や屋内でのみ出現する。閃光手榴弾の光で即死する。

原作の寄生体Aに相当する。幼体であり、オリジナル版と同じく鋭利な刃がついた長い触手を持つ。

宿主の脳を失ったため武器は使えず動きは機械的。

プラーガ・マンディーブラ

頭部を破壊されプラーガが露出したガナードの内の一体。夜間、屋内でのみ登場。閃光手榴弾の光で即死する。

原作の寄生体Bに相当する。幼体よりも成長しているがまだ成長途中で、主に邪教徒の首から出現する。グアタニャと同じく動きは機械的。

プラーガ・アラニャ

原作の寄生体Cに相当する。成体のプラーガが邪教徒や戦闘員の背中に貼り付き、尾から伸ばした触手を配線の様に頭や両腕に刺して身体を制御する。通常のガナードより動きが俊敏で凶暴になっている。攻撃を受けてのけぞるとプラーガが離れて通常のガナードになり、反対に独立していたプラーガがガナードに貼り付く事で、アラニャへと変貌する。

コルミロス：強個体

コルミロスの中でも特異な変異を起こした個体。背中から大きな寄生体が露出している。武器商人から「青い依頼書」で退治依頼を受けると1体だけ出現する。

アルマデューラ：強個体

アルマデューラの中でも特異な変異を起こした個体。通常のアルマデューラの鎧が銀色なのに対し、強個体は金色。武器商人から「青い依頼書」で退治依頼を受けると1体だけ出現する。

U-3

レオン編は残念ながら削除、ただしファイルでは彼相当のクリーチャーの存在は確認できる。そしてセパレート・ウェイズは…。

登場武器

これもまた原作と同じく原作のほとんどの武器が登場。ただし限界突破時の威力や装填数は原作と比べて大きくデチューンされている武器が多い。また限界突破前も原作と比べてデチューンされている武器も少なくない。『RE:4』で追加されたのはサブマシンガンのLE5とアサルトライフル、アサルトライフルは『RE:3』のカルロス・オリヴェイラが愛用していた突撃銃、ただしライフルの弾を使うので燃費が悪い。またハンドガンのセンチネルナインとショットガンのスカルシェイカーがデラックスエディション版の購入時の特典としてついてくる。

マインスロアーは『6』のエイダ・ウォンのボウガンのように普通の矢と爆発する矢を撃つボルトスロアーに変更、通常の方は矢を回収出来るエコな兵器だが爆発矢は便利だが矢を回収出来ない。弾はほぼクラフトでしか手に入らないので注意。

手榴弾は破片手榴弾と閃光手榴弾のみで、焼夷手榴弾はリストラされてしまった。

破片手榴弾は旧作よりかなり威力が下方修正されている。一方で強化手榴弾という上位互換が誕生。ただしオリジナルと同じくアタッシュの枠を2マス取るのには注意。

卵も白・茶・金の仕様は一切変わっていない。

なので食べて回復する、敵に当てて怯ませる、サラザール家の面汚しのミッションにて投げつけるなどが可能。ただし金の卵は、サラザールに投げつけると特大ダメージを与えられる隠し仕様がある。

体術の蹴りは範囲が狭くなり複数ヒットが難しくなった。また「ベリィ・トゥ・ベリィ」が正面から出来なくなり背後から敵を膝まづかせた時限定の技となった。