2000年10月22日から2001年3月25日まで、フジテレビ系列局（ただし一部系列局除く）で放送された。
実写映画の「学校の怪談」とは原作はともに常光徹の同名小説だが、映画の派生ではない。ただ、東京から地方へ転校してきた少女、主人公のクラスが5年3組、旧校舎に閉じ込められる主人公たちという点で映画第1作とアニメの共通項がある。

主役となる子供たちがお化けや妖怪に立ち向かう。「霊眠」と呼ばれる退治の方法や、意外な結末が見もの。本作は放送期間が半年であるため打ち切りといわれてしまうことがあるが、後番組のONEPIECEが時間移動してくるまでのいわゆるつなぎ、穴埋めの番組であったとする説がある。前番組のGTOと制作会社、スタッフが共通しており、GTOと学校の怪談の原作はともに講談社なのが根拠として挙げられる。

半年しか放送されなかったがゴールデンタイムで放送されたこともあって知名度は高く根強い人気を持つ作品。視聴率は最高14％で、2桁を切ったことはなく、安定していた。

ゴールデンタイムのアニメにもかかわらずパンチラがあったり、『ババサレ』などを始めとした子供にとってはトラウマもののホラー描写が数多くあるのも、視聴者の記憶に長く残った原因といえるだろう。第3話として予定されていたエピソードは事前に放送取り止め、封印作品となったこともあった。

ストーリー

母「佳耶子」を亡くして引っ越してきた小学5年生の宮ノ下さつきと弟の宮ノ下敬一郎は、両親も通ったという天の川小学校に転入してきた。転入1日目、宮ノ下家の飼い猫のカーヤが、今は使われていない旧校舎に入り込んでしまう。カーヤを連れ戻そうとするが、家の隣に住む少年の青山ハジメとその友達の柿ノ木レオに引き止められる。その校舎には怖いオバケの噂があるという。そこに6年生の恋ヶ窪桃子が現れて、結局旧校舎に入ることになってしまう。
オバケとの交流や冒険を通じて、友情を深めて成長していく物語。（TVアニメ公式サイトより抜粋・改変。）

登場人物

宮ノ下さつき（CV：川上とも子）
宮ノ下敬一郎（CV：間宮くるみ）
青山ハジメ（CV：本田貴子）
柿ノ木レオ（CV：津村まこと）
恋ヶ窪桃子（CV：佐久間紅美）
カーヤ / 天の邪鬼（CV：中尾隆聖）

宮ノ下佳耶子（CV：三石琴乃）
宮ノ下礼一郎（CV：室園丈裕）
坂田（CV：青山穣）
松嶋（CV：深水由美）
岡部（CV：斎賀みつき）
校長（CV：楠見尚己）
今井澪（CV：中山さら）
清原美園（CV：半場友恵）
高橋ともみ（CV：折笠富美子）
江藤あや（CV：浅井清己）
松田忍（CV：川村万梨阿）
渡辺みゆき（CV：坂本真綾）
さつき、敬一郎の祖父（CV：塚田正昭）
ハジメの母（CV：滝沢久美子）
レオの父（CV：中嶋聡彦）
レオの母（CV：堀越真己）
桃子の父（CV：森田順平）
桃子の母（CV：渡辺美佐）
ドライバー（CV：関智一）

トイレの花子さん（CV：川澄綾子）
人面犬
 二宮金次郎像（CV：半場友恵）
テケテケ
 人体模型
 赤紙青紙（CV：広瀬正志）
くたべ
 ピアノお化け（CV：小杉十郎太）
だっと（CV：矢島晶子）
ババサレ
 うつしみ
 黄泉路の鬼（CV：西村知道）
シロタビ
 穴まねき
 タクシーの運転手の霊（CV：野沢那智）
メリーさん（CV：小桜エツ子）
呪いの看護婦
 ダビンチ（CV：速水奨）
しづ子（CV：野上ゆかな）
闇目（CV：川村万梨阿）
巣魔
 オバケ団地にいた男性（CV：飯塚昭三）
オバケ団地にいた老人（CV：塚田正昭）
白金ゆき（CV：川田妙子）
放送室の茜さん（CV：緒方恵美）
逢魔（CV：大塚明夫）
首なしライダー（CV：高木渉）…登場回はアニメ版GTOとの特番でGTO本編で鬼塚英吉が首なしライダーを行っていたネタ。台詞は一言だけ（初回放送以後は最終話前に話が放送される）。

主題歌

オープニング・テーマ
「グロウアップ」
作詞・作曲 - たくや / 編曲 - 佐久間正英、Hysteric Blue / 歌 - Hysteric Blue

エンディング・テーマ
「Sexy Sexy,」
作詞 - MASASHI、TAMA / 作曲 - MASASHI / 編曲 - CASCADE、久保こーじ / 歌 - CASCADE

EDは歌詞が子供アニメとは思えないほど過激だったりする。

吹替

海外でソフト発売された英語版吹替は、本筋ストーリーは同じだがオリジナルの台詞が多々入れられたコメディアニメと化し、元の作品とは別物になっている。特徴としてはキツい下ネタや偏見的な台詞が目立つ。各キャラはさつきが能天気な性格、ハジメは日本版よりエロガキ、レオは空想家のユダヤ系、桃子は敬虔なキリスト教右翼、敬一郎は控え目な口パクを利用して障害者など、ビーストウォーズも真っ青な改変が可能だったのはテレビではなくソフトで発売したからできたことだろう。2010年以降だとさすがに海外でもこのような描写は無理なはず。他にはメタネタや中の人ネタもある。これらはアドリブで入れられ、個別収録なためキャストは誰もが一番にやりたがった。後に収録する人は先のを見てするため方向性が決められ、他はそれに乗るかツッコミ役になるためである。その結果、声優が脚本でクレジットされる異例なことになっている。忠実に訳した字幕版も同時に収録されているが、海外では字幕派でも吹替で見るべきといわれている稀な作品で、人気となっている。
吹替制作陣は登場人物やオバケの名前、霊眠方法は変えられないが、それ以外を自由にやったのは日本ではヒットしなかった作品だったからそれを補うためと発言している。ただ、メディアミックスは限られていたかもしれないが先述のように人気を得たので話がねじれて伝わっていそうである。