PSO2
EPISODE1
「終わりなき冒険を、今ふたたび」
通称オラクル編。
序盤は世界設定の紹介がメインとなる。プレイヤーはルーキーアークスとしてアフィンと共に修了任務に参加。突如としてダーカーの大群に襲われるが、先輩であるゼノとエコーに助けられ事なきを得た。こうして生き残ったプレイヤーとアフィンは、晴れて正規のアークスとなった。
アークスシップに帰還後、プレイヤーは謎の女性シオンから授かったマターボードを用いて事象（武具）の回収を依頼される。プレイヤーは知らない内に過去を遡り、歴史を改変することとなる。終了任務の日に戻ったプレイヤーは、ダーカーの襲来から逃げ遅れた女の子マトイを保護。そして別のルートでは【仮面】なる謎の人物と出会い、いきなり命を狙われる。しかし居合わせた先輩アークスのゲッテムハルトによって事なきを得る。
やがて情熱をなくした鍛冶師ジグのために特殊な武器の破片を探すこととなり、【仮面】と破片の争奪戦を繰り広げる。すべての破片を集め、ジグに預けて修理を行ったが、アークスシップにダーカーの群れが強襲した際に何者かに盗まれてしまう。一方で地質学者ロジオと知り合い、アークスが惑星ナベリウスに何かを隠していることが判明する。調べていくうちにプレイヤーは、ダーカーの親玉ダークファルス（以下DF）との決戦場所が惑星ナベリウスだったことを突き止める。実は40年前、ダークファルス【巨躯】とアークスの闘いが起こったが、どうやっても倒せなかったためナベリウスに封印したのだ。ダークファルスは倒せないという事実を粉飾するためにこの事実を隠し、ナベリウスはダーカーが出現しない平和な惑星で探索する価値がないと広めていた。クラリッサとはこの封印を解くための鍵であった。
しかしその事実に気づいてしまった者がもう一人いた。それはプレイヤーの先輩アークスに当たる狂戦士ゲッテムハルトであった。彼は10年前、ダークファルス【若人】が起こした大規模な戦いで恋人のシーナを殺されており、その復讐心からダークファルス【巨躯】の封印を解き殺そうとするが、強い闘争心に引き寄せられた【巨躯】はゲッテムハルトに憑依し、依代としてしまう。プレイヤーと仲間たちの力を合わせても【巨躯】の足止めが精一杯で、ゼノと六芒均衡の三カスラが囮となって、プレイヤーたちは撤退。難を逃れる。後にカスラは帰還したが、ゼノは行方不明となってしまう。
その後、【巨躯】のことを秘匿していた上層部にアークスたちの不信感が募ることとなり、これを誤魔化すため上層部はクーナなる少女をアイドルとしてデビューさせ、人々の興味を移させた。実はクーナの正体はダーカー専門の始末屋であり、研究施設で実験体として育った過去があった。同じく研究施設で育った造龍（クローム・ドラゴン）ハドレッドとは姉弟のような間柄だったが、ハドレッドは突如研究室を破壊して逃走。クーナはこれを殲滅するべくアイドル活動をしつつ、始末屋としてハドレッドを追っていた。その過程でプレイヤーと知り合うこととなり、なんの疑問もなく裏切り者ハドレッドを殺そうとしていたクーナは、プレイヤーから裏切った理由について問われたことで疑問を覚えるようになる。
実はハドレッドはクーナが受けるはずだった死亡確定の人体実験の身代わりとなり、その結果大量のダーカー因子を投与されたことで暴走したのだった（これはゲーム内では語られない。設定資料などに記載されている）。ハドレッドはプレイヤーとクーナによって討たれ、クーナは死に行くハドレッドのために彼が好きだった歌を別れの言葉として告げたのだった。以降はクーナもプレイヤーに心を開き、仲間として接してくるようになる。
Code:EPISODE2
「RPGの未来を、君の手に」
謎の少年シャオと出会ったプレイヤーは彼に導かれるまま歴史改変を行う。それは【巨躯】が復活し、ゼノが行方不明になったあの日の時間軸であった。シャオの頼みによって現れた六芒均衡の二マリアとその弟子サラと協力し、ゼノを救出。プレイヤーはダーカー因子を吸収する能力を発動させ、そこへマリアの全身全霊の一撃によって【巨躯】を追い詰める。しかし突如現れた【仮面】の妨害により取り逃してしまう。
以降は研究室の総長ルーサーとの闘いに身を投じることとなる。ルーサーの正体はアークスやオラクルを生み出した支配階級フォトナーの一人であり、「最後のフォトナー」と呼ばれていた。
歴史の影でオラクルの裏トップとして君臨し、自身の傀儡として三英雄を従えていたのだ。ルーサーの目的はシオンを吸収し、その膨大な知識を得て全知を掴むこと。シオンが渡したマターボードとは、それを阻止するためにプレイヤーを導くものだった。ついにルーサーはマザーシップに眠るシオン本体と接触が可能となり、全知を得るべく行動を起こす。プレイヤーはシオンの導きによりマトイと共にマザーシップへと向かう。だがそれを見越していたルーサーは三英雄レギアス（六芒均衡の一）に命じ、アークスのほぼ全員を絶対令（アビス）によって洗脳し、プレイヤーへの刺客として差し向けさせる。襲い掛かる仲間たちを退け、プレイヤーは三英雄（レギアス、カスラ、クラリスクレイス）と対峙。プレイヤー側には同じく六芒均衡の偶数番（イーブンナンバー）のマリア、ヒューイが味方に付いていた。そこへ六芒均衡の四として復活したゼノが駆けつけ、プレイヤーと協力してカスラと死闘を繰り広げる。しかし、カスラの実力は高く二人でも足止めが精一杯だった（しかも相手は本気を出していない）。実は、カスラの狙いは時間稼ぎ出会った。放送をジャックしたクーナがアークス全員に向けてルーサーや研究室の悪事を暴露。その上で絶対令を発動し、アークスたちの洗脳を解いた。目論見が崩れたルーサーはクラリスクレイスの劣化クローンを送り込み、六芒均衡ごとプレイヤーたちを始末しようとする。レギアスはルーサーにオラクルを滅ぼすと脅されて従っていたに過ぎず、こうなってはルーサーに仕える意味がないと反旗を翻し、プレイヤーとマトイのために道を切り開いた。
中核にてついにルーサーと対峙するが、彼はオラクルの管制を司っていたため、重力波を操ってプレイヤーとマトイを無力化。更には各アークスシップの生命維持装置を停止させ、オラクルを滅ぼそうとする。レギアスはこれを危惧していたため今まで逆らえなかったのだ。
何もできないままシオンはルーサーに取り込まれてしまうが、その瞬間シオンが反旗を翻し管制を封印。ルーサーの動きを止めている間にシオンはプレイヤーの手によって消滅させられた。これこそがシオンが望んだ結末であった。オラクルの管制はシオンの分身シャオが引き継がれることとなり、逆上したルーサーはプレイヤーを殺そうとする。そこへ駆けつけたゼノとクーナを加え、ダークファルス【敗者】としての本性を現したルーサーと対決する。戦いの中【敗者】は宇宙のすべてを自身に取り込めば(自身の認識していない事は存在しなくなるから)自分が全知になるというトンデモ理論を展開し、手始めにマザーシップを侵食して取り込み、プレイヤーたちを皆殺しにしようとする。しかしシオンの残留思念と滅びたフォトナーたちの精神により【敗者】は動きを封じられ、その間にプレイヤーたちはマザーシップを脱出したのだった。
その後、【敗者】の侵食によってダーカー要塞へと変貌した旧マザーシップがオラクルへと接近。今度こそ決着をつけるべくプレイヤーたちは【敗者】との決戦に臨む。
プレイヤーに追い詰められ倒されたかに思えた【敗者】だったが、密かに生き延び逃走しようとする。そこへ現れたのは彼の傀儡として動いていたレギアスだった。【敗者】はレギアスを懐柔しようとするが失敗し、胴体をぶった斬られてあえなく死亡。だが突如として現れた新たなダークファルス【双子】が【敗者】の死体を喰らって取り込み、複数の複製体（クローン）として出現させレギアスたちにけしかける。駆けつけたプレイヤーによって【敗者】複製体は素手で殴り倒され、残りの複製体を倒したレギアスたちもマザーシップから撤退した。
こうしてアークスは【敗者】の手を離れ、シャオを新トップとして改革を進めていく形になった。そんな中、プレイヤーは唯一正体が不明なマトイについての調査をシャオから命じられる。10年前の時間で当時のマトイと出会い、彼女が六芒均衡の三、二代目クラリスクレイスを名乗っていたことを知る。彼女はその強過ぎる力からアークスたちに恐れられていた。そんな二代目クラリスクレイスに怯えることなくプレイヤーは接し、仲を深めていった。
しかし、二代目クラリスクレイスに力の大半を封印されたダークファルス【若人】が当時のルーサー（【敗者】）と手を組んで報復に出る。大規模なダーカーによるアークスシップ襲撃が行われ、二代目クラリスクレイスと【若人】の闘いが始まった。これが10年前の戦いである。アークスを洗脳してけしかける【若人】の力の前に追い詰められる二代目クラリスクレイスだが、間一髪のところでプレイヤーが駆けつけ、アークスたちを抹殺。その間隙を突いた二代目クラリスクレイスの攻撃により【若人】は消え去った。
安堵を見せる二代目クラリスクレイス。その時、プレイヤーは彼女の胸を貫いた。直後、その場に駆けつけるもう一人のプレイヤー。実は二代目クラリスクレイスを助けたのはプレイヤーの姿をした【仮面】であった。【仮面】は「彼女はここで死ぬべきだ」と口にし、トドメを刺そうとするがプレイヤーに阻まれ、殆ど互角の戦いを演じる。
二代目クラリスクレイスが致命傷を負ったことで今まで蓄積してきたダーカー因子が暴走を始め、ダークファルスを超えるほどの力を感じさせ始める。このままでは力の奔流により元の時代に戻れない可能性があるため、シャオはプレイヤーを強制送還。元の時代に戻る中、当時のシオンはプレイヤーに語り掛ける。自分が二代目クラリスクレイスを創り、ダーカー殲滅を任せたことで不幸な目に遭わせてしまったこと。そんな彼女を救えるのはプレイヤーしかいないこと。シオンの願いを聞いたプレイヤーにシャオは、マトイが終了任務の日にきたのは自分たちの行いのせいだったと語った（シャオの強制送還に巻き込まれてた）。今回の一件はマトイに伏せたまま、アークスは再建の道を歩むこととなった。
アークスが倒すべき真の敵は、【深遠なる闇】という存在であることがシャオより語られる。彼の存在はダーカーやダークファルスを生み出した親というべきものであり、かつてフォトナーたちによりいずこかへ封印されたという。やがてアークスは再建を終え、【深遠なる闇】との宇宙の命運を賭けた闘いが始まろうとしていた。
Mission:EPISODE3
「RPGに、冒険以上の楽しさを」
ダークファルス【双子】が惑星ハルコタンに向かったと聞き、プレイヤーは現地へと向かう。その隣には、研修を終えてアークスとなったマトイの姿があった。ハルコタンは妖怪のような容姿をした巨人たちが暮らしており、白の民と黒の民の二派が争いを繰り広げていた。【双子】は黒の民を使役して白の領域を襲撃。プレイヤーとマトイはこれを見過ごせず、白の民の戦士コトシロと協力して応戦する。その時、灰の神子スクナヒメが現れ、【双子】と黒の民たちを一瞬で吹き飛ばしてしまった。
スクナヒメはその昔、白の民の王妃と黒の民の王子の間に生まれた少女だった。しかし容姿がどちらの種族ともかけ離れていたため、二種族は責任を押しつけ合い戦争を始める。両親まで殺し合いを始め、止めに入ったスクナヒメは巻き添えとなって死んでしまう。悔やんだ両親は自らの命と引き換えにスクナヒメを生き返らせ、こうして彼女は神子（神と呼んでも差し支えない存在）となった。
ハルコタンの一件を通してスクナヒメと友情を結んだプレイヤーとマトイは、彼女から悪神マガツの再封印の手伝いを頼まれる。マガツとはスクナヒメと対極に位置する存在であり、スクナヒメが生を司るならマガツは死を司る神。復活すればハルコタンは確実に滅ぼされることになる。【双子】はこの封印を解こうと画策し、再封印の邪魔をしたことでマガツの一部が顕現してしまう。マガツはプレイヤーによって肉体（器）を破壊され、弱ったところをスクナヒメの術により再封印された。しかし、術の影響でスクナヒメは本来の力をまったく出せないほど弱ってしまっていた。
ハルコタンの調査が進む一方、【若人】の出現予兆が惑星リリーパに発生しているとの報告を受ける。アフィンの姉ユクリータは10年前、【若人】によって肉体を乗っ取られ行方不明となっていた。プレイヤーは相棒であるアフィンの手助けをするべく惑星リリーパへと赴く。同じくそこへ着ていたメルフォンシーナと合流し、ダーカーとの決戦に臨む。
ダーカー都の軍勢の中、ついに【若人】の姿を見つける。実はユクリータは【若人】の力の残滓を宿していただけで憑依はされていなかった。【若人】は憑依する寸前に【双子】によって喰らわれ取り込まれてしまっていたのだ。ユクリータは【双子】に連れ去られ、洗脳されていたのが真相だった。そのことを突きつけられたユクリータは記憶の混乱を起こし、現れた【双子】によって遊び飽きた玩具として処分されそうになる。意外にも窮地に陥った彼女を救ったのは突如現れた【巨躯】だった。
彼は【双子】が【若人】（の複製体）を使役していることで不信感を見せる。更に【巨躯】の依代となったゲッテムハルトは、10年前に【双子】に恋人シーナを殺されていた。その復讐心に【巨躯】は動かされてやって来たのだった。更にそこへゼノが合流。4者は手を取り合い、【双子】が生み出した【敗者】と【若人】の複製体と戦う。だがメルフォンシーナが【双子】に喰われそうになり、【巨躯】が庇いに入ってしまう。直後、ゲッテムハルトとしての人格が現れ「オレのようになるな」とメルフォンシーナに言葉を残し、【双子】諸共空間移動を行い姿を消した。後に【巨躯】は敗北したことが【双子】の口から語られた。これによって【双子】は【若人】と【敗者】だけではなく【巨躯】の力まで得てしまった。
その後、自分の正体に疑問を抱いた【若人】は驚くべき行動に出る。アフィンを人質に取り、自分を討つようにプレイヤーに命じたのだ。自分がダークファルスならプレイヤーのフォトンで死ぬが、そうでないなら生き延びる。そう考えてのことだった。アフィンの「撃て」という言葉に引き金を引くプレイヤー。【若人】は命を失うことなくダーカー因子を浄化された。これにより【若人】はユクリータへと戻ったが、ダークファルスという存在を否定された彼女は自分を受け入れられず、いずこかへ立ち去ってしまった。
【双子】はスクナヒメを喰らい、その力を得てハルコタンを混乱に陥れるのが目的だった。しかしスクナヒメの力は思ったより強く、そのためマガツの封印を解き、再封印させることでパワーダウンを狙っていたのだった。スクナヒメはプレイヤーとマトイを伴い、黒の王のもとへ向かい、【双子】と手を切るように説得しようとしたが、既に黒の王は黒の王ではなかった。実は黒の民は【双子】によって喰らわれ、すべてが模倣体と化していた。スクナヒメは難を逃れるが、代わりに庇ったプレイヤーとマトイが【双子】に喰らわれ、内的宇宙（体内）へと取り込まれてしまう。
そこでは死んだはずのルーサー（【敗者】）がいた。なんの気まぐれか、彼の口から【深遠なる闇】の正体が語られる。【深遠なる闇】はその昔、フォトナーたちがシオンをコピーしようとして創ったフォトンの集合体。またの名を人造全知存在であった。宇宙を支配し、絶対的存在として君臨していたフォトナーは肥大し過ぎた組織の管理を人造全知存在に行わせようとしたが、当時のフォトナーの負の感情（怠惰）の影響を受け、人造全知存在は【深遠なる闇】へと変異してしまった。【深遠なる闇】は「与えられた役割」に従い、フォトンとそれを扱うフォトナーこそが危険な存在と判じ、双方を抹消するべくダーカーを生み出し全宇宙規模の戦争を引き起こした。
こうしてルーサーの協力によりプレイヤーとマトイは【双子】の体内から脱出。スクナヒメは絶滅した黒の民の仇討ちのため、単身【双子】のもとへと乗り込む。しかし、弱ったスクナヒメでは黒の民に太刀打ちできず窮地に陥る。そこへ駆けつけたプレイヤーとマトイに救われ、更にはコトシロの号令により奮起した白の民が応援として駆けつけた。黒の民の相手はコトシロたちに任せ、プレイヤーとマトイは【双子】と対峙。二人の力は最凶のダークファルスをも制した。
だが【双子】の目的は【深遠なる闇】の復活。プレイヤーとマトイは過酷な戦いの中でダーカーの力である「ダーカー因子」を体内に溜め込んでおり、プレイヤーに至っては【巨躯】と【敗者】の力まで（無意識に）削って取り込んでいた。このことに気づいていた【双子】は目の前で自害し、自らの力をマトイに吸収させようとする。しかし庇ったプレイヤーが大量の闇を取り込んでしまい、これによってプレイヤーは【深遠なる闇】になりかけてしまう。マトイはシオンが遺した武器クラリッサを用いてプレイヤーの闇を自らの体内へと移し助け出す。プレイヤーは気絶し、【深遠なる闇】となったマトイは、自我が残っている内にその場から立ち去って行った。
※以下の内容は決断の日Aルート
マトイの行方が捜索される中、プレイヤーは【仮面】から秘匿通信を受け、ナベリウスに呼び出された。そこで【仮面】は自らの正体を明かす。彼/彼女の正体は、並行世界の未来からやってきたプレイヤーであり、マトイを【深遠なる闇】から助け出せなかった絶望から変異した存在だった。マトイが【深遠なる闇】になる歴史はどうやっても変えられない。プレイヤーは【仮面】から協力を申し出られ、共にマトイの抹殺に向かう。共闘の末、【仮面】はマトイを羽交い絞めにし、プレイヤーに自らを貫かせた。こうして【仮面】は消滅。マトイは自分と共に【深遠なる闇】も消えることを告げ、死んでいった。しかし、プレイヤーもまた絶望と悲しみにより【仮面】へと変異。マトイの命を奪ったコートエッジを手にいずこかへ立ち去って行った。
（EP3設定資料集によれば、上記の内容は【仮面】の過去とのこと）
以下の内容は決断の日Bルート
マトイの行方が捜索される中、プレイヤーは【仮面】から秘匿通信を受け、ナベリウスに呼び出された。そこで【仮面】は自らの正体を明かす。彼/彼女の正体は、並行世界の未来からやってきたプレイヤーであり、マトイを【深遠なる闇】から助け出せなかった絶望から変異した存在だった。マトイが【深遠なる闇】になる歴史はどうやっても変えられない。そう告げてプレイヤーに協力を促すが、プレイヤーは拒否。互角の戦いを演じた末、【仮面】は逆にプレイヤーから「二人で力を合わせること」を提案される。そんな甘いことを口にするのが昔の自分だったと思い出し、【仮面】は協力を約束した。
マトイの居場所を掴んだプレイヤーはなんの手立てもないことを承知で救出へ向かう。そんなプレイヤーにアークスの仲間たちと六芒均衡までが力を貸し、マトイへの道を切り開いていく。
【深遠なる闇】と化したマトイはアンガ・ファンダージを取り込み、新たなる戦闘形態へと変異。死闘の末、プレイヤーはこれを打ち破りマトイの変身を解かせた。しかしマトイの攻撃は止まらない。プレイヤーは武器を手に立ち向かうが、マトイを殺すことはできず自らが殺される道を選ぶ（逆にマトイを殺すことを選択した場合、バッドエンドとなる）。
実は闘いの中でマトイは【深遠なる闇】から自分を取り戻しており、プレイヤーに殺されるつもりで戦っていたことを口にする。プレイヤーに自分を殺す意思がないと知ると、自害を企てるがまたもやプレイヤーに阻止される。「自分にはできなかったこと」を目にした【仮面】はクラリッサを手に現れ、プレイヤーとマトイのダーカー因子を自らの肉体に移すことでマトイを救った。【深遠なる闇】となった【仮面】はその場から立ち去った。プレイヤーはクラリッサに残っていたシオンの残留思念から未来を託された。
【深遠なる闇】は【仮面】の意識を抑え込み、完全体となって出現。そして、本来の力を取り戻すべく惑星ナベリウスを侵食しようとしていた。これが実行されれば【深遠なる闇】は宇宙全土に広がって侵蝕を始め、すべての生命は死滅することになる。すべてが始まった場所である惑星ナベリウス。その上空を舞台にプレイヤーたちアークスと【深遠なる闇】の闘いが始まろうとしていた。
【深遠なる闇】はナベリウスまでのワープトンネルを形成。模倣体の【双子】を大量に生み出してバリアを張らせ、侵攻を妨害する。【双子】を倒したプレイヤーたちはワープトンネル内部で【深遠なる闇】と交戦を開始。戦いの末、プレイヤーによって【深遠なる闇】は破壊された。
しかし、【深遠なる闇】はフォトンの集合体。破壊したとしてもまた復活してしまう。そこで意識を取り戻した【仮面】は時間遡航の力を用いて【深遠なる闇】の状態を完全体の前へと戻すことで対処した。
その後、惑星リリーパに封印されていた【若人】の力が活動を開始しそうになる。プレイヤーはアフィンとその姉ユクリータ、そしてフォトナーの女性アウロラと協力して復活を阻止しようとするが、【若人】の力はアンガ・ファンダージを取り込み、惑星リリーパに寄生する形で復活。ダークファルス・アプレンティス・ジアとなった。プレイヤーはアークスの新兵器を駆使してこれを打ち破り、再封印に成功する。このDFジアはアニメ版で完全復活を果たし、地球へ進攻しようとしたがイツキとアイカたちによって阻止され、その残滓はディーオ・ヒューナルに取り込まれることとなった。
Reborn:EPISODE4
「ぶっ飛ぼうぜ、 超現実へ」
通称地球編。
（このエピソードは外伝として位置づけられており、主人公はヒツギでプレイヤーはサポーターとなっている）
プレイヤーはダーカー因子の浄化のため、二年間のコールドスリープを受けていた。目覚めたプレイヤーはシャオが生み出したハイ・キャストの少女シエラ（2歳）を専属オペレーターとし、新たに守護輝士（ガーディアン）の称号を得た。守護輝士とはどの部署にも属さないが、命令も受けることなく自由に活動できる存在。プレイヤーとマトイがこれに任命されている。
怪しいアークスがいるとの報告を受け、リハビリがてらプレイヤーは調査へ向かう。件のアークスとはヒツギといい、プレイヤーは協力してダーカーを殲滅していくが、その反応はどこか不審。その時、突如として現れたダークファルスがプレイヤーへ襲い掛かる。応戦したヒツギが身代わりに憑依されそうになるが、プレイヤーのフォトンの浄化により難を逃れる。だがヒツギは「PSO2からログアウト」して消えてしまう。
実はオラクルとは別次元にある「太陽系第三惑星・地球」では、PSO2はゲームとして存在しており、ヒツギはPSO2内へダイブする能力を持っていた。アバターの「ヒツギ」としてゲームの中を調査していたが、なぜかアバターの「ヒツギ」まで地球へと来てしまっていた。幼い少年の姿をしたそれはヒツギによって「アル」と名づけられた。しかし、そのアルを狙って地球を影から支配する秘密組織マザー・クラスタが動き出す。ヒツギも組織に属していたが、なにも知らない末端の人間でしかなかった。
最初の刺客として金の使徒ハギトが登場。アルの引き渡しをヒツギに命じるが、彼女はこれを拒否。このことからヒツギは裏切り者と見なされ、殺されそうになるが間一髪で具現武装（エーテルで武器を具現化する力）に目覚め、更に駆けつけたプレイヤーと協力してハギトを撃退した。
プレイヤーに敗れたハギトは激情に駆られ、復讐のためエメラルド・タブレットに大量のエーテルを吸収させる。これによりエメラルド・タブレットは自身の理想形であるハギト・フェムトに変化。更にハギト・フェムトは自身の具現武装的存在である幻創戦艦・大和を具現化させた。このままでは東京一帯に被害が出るとして、プレイヤーたちアークスが出撃。A.I.Sを用いた海上戦の結果、幻創戦艦は轟沈。完全敗北を喫したハギト・フェムトは消滅した。
これは緊急クエストのためストーリーには直接的に絡まない。
続いてマザー・クラスタの幹部「木の使徒ベトール」が現れる。彼は手始めにヒツギの兄エンガに目をつけ、自室を爆破。これによりエンガは生死不明となり、兄を殺されたと思ったヒツギは激怒。復讐のためベトールの姿を追うことに。ベトールもまたプレイヤーたちを誘き出すために東京にて破壊活動を行っていた。罠とわかっていて出撃するプレイヤーとヒツギ。しかし敵の数は圧倒的で破壊活動を止めることはできない。そこへ身を潜めていたエンガと友軍アースガイドが援護に駆けつける。エンガと合流したプレイヤー・ヒツギは協力してベトールを戦闘不能に追いやった。
その時、他の使徒たちが現れ、ベトールは独断専行と行き過ぎた破壊活動により粛清が決まり、水の使徒オフィエルにより処刑された。ベトールはプレイヤーの存在（向こうからしたら宇宙の人のため）に興味を示し、アルを拉致する任務よりも自らの欲望のため暴走していたのだった。それだけではなく柩の強さにも興味があったという。
使徒たちは「アルを差し出せば身の安全は保障する」と宣戦布告した後、姿を消した。
実はエンガは、地球を歴史の影から守る組織アースガイドの一員だった。彼は組織のトップアーデムとプレイヤーの橋渡しとなり、両者の協力を約束させようとするが、そこへ火の使徒ファレグが現れ交戦。エーテル能力を用いらず、超人的な身体能力だけでプレイヤーたちと互角の戦いを繰り広げる。その場では決着はつかず、ファレグはプレイヤーにいたく興味を抱き、「いずれサシで勝負したい」と告げて立ち去って行った。こうしてアーデムと密会を終えたプレイヤーは互いに協定を結ぶ。
その後、ヒツギは親友コオリと再会するが、彼女はマザー・クラスタの中枢メンバーとなっていた。ヤンデレ全開の狂気と力の前にヒツギは完全に臆し、具現武装諸共身体を切られてしまう。具現武装は想いの具現化。それが折れるということは「心が折れた」ことを示す。ヒツギは力を取り戻したアルのフォトンにより肉体を再構築して一命を取り留めるも、オフィエルによって連れ去られてしまった。
救出に向かったプレイヤーとエンガは、月に築かれたマザー・クラスタの本拠地へと乗り込む。だがそこで待ち伏せていた日の使徒オークゥと月の使徒フルの罠に掛かり、「繰り返す物語」の中へと閉じ込められてしまう。だが時間遡行を幾度となく経験したプレイヤーはその罠を看破。姿を現したオークゥとフルを倒し、ヒツギを救出する。が、しかし、これはプレイヤーを地球へ隔離するための罠だった。
この間隙を突いてアークスシップに乗り込んだマザーと残りの使徒たちは、シップ内のプログラム（管制）を掌握。アークスシップは元の次元へと戻り、プレイヤーたちは地球に取り残され、アルはマザーによって吸収されてしまった。
一方、敗北したヒツギは自らの心の中に引きこもり、意識不明となっていた。流されるままその場限りの正義感で戦いに加わったものの、コオリに負けたことで文字通り「心が折れ」てしまったのだ。そこへアルが現れ、傷心のヒツギを優しく諭す。目覚めたヒツギはアルの前まで転移し、そこでマザーに取り込まれるアルの姿を目にする。自らの為すべきことを見出したヒツギは新たな具現武装神剣・天叢雲を手に完全復活。コオリを押し返すほどの力を発揮し、マザーたちを撤退させた。一方、プレイヤーも幻創種を撃退し、シップ内に入り込んだ敵を一掃していた。
その後、コオリはオフィエルの洗脳によって正気を失っていたことが判明する。ヒツギは三度コオリと対峙。肉体の限界を超えてまで闘おうとする親友を救うためには殺すしかないと考えるが、プレイヤーによって止められる。その時、プレイヤーのフォトンがヒツギの刃に宿り、ヒツギはエーテルを切り裂いて浄化する能力に覚醒。コオリの洗脳を解き救い出した。
正気を取り戻したコオリを加え、一行はマザー・クラスタの本拠地がある月を目指す。この月そのものがマザーの肉体であり、内部は建造物が具現化していた。最初に立ちふさがった土の使徒アラトロンを打ち破るが、マザーの肉体から分離したエスカダーカーたちが一行に立ちふさがる。アラトロンはエスカダーカーとの戦いを引き受け、一行を先へと行かせる。
中枢区域にてプレイヤーたちはマザーを追い詰めるが、その時、マザーに宿っていたアルの力が逆にマザーを取り込んでしまう。あの時、ヒツギに憑依しようとしたダークファルスこそがアルだったのだ。アルはプレイヤーのフォトンで力と記憶を封印されていたが、その邪悪な力は弱ったマザーを依代としてしまい、エスカファルス・マザーへと変貌した。駆けつけたマトイとプレイヤーの力によりマザーは動きを封じられ、プレイヤーの声に応えたヒツギによってダークファルスの力は消滅。マザーとアルは分離した。
マザーの目的はアルの力を手にすることで地球と月と星を取り込み、シオンを超える存在となることだった。彼女は太古の昔、フォトナーが生み出した人造全知存在（シオンのコピー）の一つであり、最初に生まれた存在だった。しかし、制御できないという理由で遺棄され、その末に異世界である地球へと流れついたのだった。マザーはシオンを超える存在になることでフォトナーに復讐するつもりだったが、本当は捨てられた寂しさを埋めたかったことをヒツギに見抜かれる。
自らの過ちを受け入れ、一行と和解したマザー。だがしかし、突如現れたアーデムによって殺され、その力を吸収されてしまう。アーデムの目的はアークスとマザー・クラスタを争わせ、マザーの力を奪い取ることにあった。そして水の使徒オフィエルもまた、アーデムに心酔するアースガイドの一人だったのだ。そこへ火の使徒ファレグが現れ、アーデムと互角の攻防を展開。アーデムが撤退したことでその場は幕を引いた。
その後、マザーを失ったことで月面のエーテルが暴走を起こす。結果、エーテルとエスカダーカーたちがマザーを模倣し、エスカファルス・マザーが再現されてしまう。理性を司るマザーがいないため破壊の権化のような存在と化しており、このままでは地球に降臨し破壊の限りを尽くす恐れがあった。出撃した守護輝士たちによって偽りの聖母は討ち滅ぼされ、マザーの影は求めるように地球へと手を伸ばし消えて行った。
これは緊急クエストのためストーリーに直接的には絡まない。
アーデムの正体は人類の祖アダムであった。ファレグはその妻イブ。二人は人類に対する意見の違いから対立していたのだ。アーデムは戦争を繰り返し殺し合う人類に絶望し、マザーの力でエーテルを操り、神を具現化させることで世界再編（パラダイムシフト）を行い、人類ごと地球を丸ごと創り変えようとしていた。
マザーが倒れた以上、アークスがこれ以上地球に介入する理由はないものの、ヒツギたちから協力を申し出られたプレイヤーは快く応じ、アースガイド本部地下へと向かう。最初の関門として立ちふさがったオフィエルと戦闘、追い詰めるが彼の目的は時間稼ぎ。そこへファレグが現れ、オフィエルの相手を引き受ける。まったく勝負にならずオフィエルはボコボコにされ、二度と反乱など考えられないくらい再教育（物理）された。
道中、プレイヤーたちの行く手を天使型幻創種が阻む。これはなにも知らなかったアースガイドのメンバーがエーテルを打ち込まれ、アーデムがイメージする「天使（への進化に失敗したなりそこない」となったモノだった。圧倒的な敵勢に進退窮まったところ、ファレグによって助け出されていたオークゥ、フル、アラトロンが参戦。天使型幻創種の相手を引き受け、プレイヤーたちを先へと行かせる。最深部にてついアーデムと対峙。しかし、アーデムの目的は自らの肉体にエーテルを打ち込み、神を具現化させることだった。このために彼はマザーの力を欲していたのだ（劇中では神降ろしの儀式と述べているが、設定資料によればアースガイドたちと同じように自身が幻創種に変化したものとのこと）。
こうして具現化した神ことデウス・ヒューナスは、アーデムの望みに応え地球を消滅させ、新たなる歴史を刻む地球を生み出すことを告げる。エーテルはもう「地球の一部」であるため地球そのものであるデウスはこれに干渉。具現武装を封じて優位に立つが、プレイヤーがこの次元の人間ではないと知ると無用な争いを避けるべく強制的にオラクルへと送還させる。
もはやヒツギたちに闘う術はなく、その命をとどめられそうになる。しかし、アルの中に残っていたマザーのエーテルの一部がマザーとの繋がりを生み出し、そこへシエラがPSO2の機能を利用したことで地球への道を切り開く。間一髪のところでプレイヤーは戦場へと帰還。更にデウスの内部に潜んでいたマザーによってエーテル干渉を妨害されたことでプレイヤーを送り返す転移能力も封じられた。死闘の末、デウスはエンガとコオリの攻撃を凌ぐがプレイヤーの猛攻の前に隙が生まれ、その間隙を突いたヒツギの一撃によりついに膝を突く。
そしてヒツギの説得を聞き、その言葉を信じたデウスは自ら消え去って行った。解放されたアーデムにも最期が訪れようとしていた。最期の最期にエンガと和解し、アーデムは人類に希望を見出し天へと昇って行った。
戦いの後、アークス、マザー・クラスタ、アースガイドの三者は和解。マザー・クラスタはアラトロンが統括者となり、アースガイドと連携して幻創種から地球を守ることになった。ヒツギたちもまたそれぞれの日常へと帰り、生徒会役員として天星学院へと復帰する。マザー・クラスタの権限でアルは天星学院に入学。正式にヒツギたちの「弟」となった。だがそこへ、なんとオークゥとフルが教師として赴任してきていた。サボり常習犯のエンガはオークゥとフルに捕まって補習を受けさせられることとなり、フル特製の個室へと連行されて行った。一方、アークスは地球への過剰な干渉はやめ、マザー・クラスタとアークスガイドでも対処できないような大物幻創種が出た時にしか姿を見せなくなっていた。ある日、仕事が一段落したヒツギはアルと共にPSO2へとダイブする。いきなり押しかけてプレイヤーを驚かせるためだった。しかし、いざ彼/彼女を前にすると言葉が出てこない。そんな彼女が紡いだのは、たった一つの簡単で真っ直ぐな言葉。
「お待たせ！ 一緒に冒険、行こう！」
緊急クエスト「新世を成す幻創の造神」「創世を謳う幻創の造神」
しかし、戦いはまだ終わっていなかった。アーデムが抱いていた数万年にも及ぶ絶望が膨大なエーテルと結合し、一体の幻創種を具現化させていた。それはプレイヤーたちが戦ったデウス・ヒューナス（幻創造神デウス・エスカ）だった。しかし、これはアーデムの絶望を反映しただけの幻創種に過ぎず、上述のデウスとはまったくの別物。神の威厳も権限も持たず、ただただアーデムの絶望に応え、地球を創り変えようとする存在に過ぎなかった。
最終決戦の地、具現化した世界樹（ムー大陸）へと渡るプレイヤー。大樹を登りながらデウスと戦いを繰り広げ、最上層にて形態を変えたデウス・アンジェスを打ち倒す。しかし、デウス・エスカは真の姿であるデウスエスカ・ゼフィロスへと変貌。月の一部を砕き、地球へと落下させることで地球の破壊を目論む。しかしプレイヤーの手によってデウス・エスカは引導を渡され、神を超えた人の力に驚愕しながら消え去った。
その後、デウス・エスカはより強力な存在デウスエスカ・グラーシアとなって再出現。けれどそれでも、破壊の力ではプレイヤーに勝つことはできず偽りの神は人の力によって二度の敗北を喫した。
すべてが終わった後、プレイヤーは火の使徒ファレグから決闘を申し込まれる。数万年の間、己の肉体を鍛え続けた彼女は、自分の力を受け止められるのはプレイヤーしかいないと見て好敵手として考えていた。
アークスの英雄とマザー・クラスタの魔人の激突。熾烈を極める闘いが終わった時、その場に立っていたのは勝利者一人だった。
※以下は勝利ルート
死闘を制したのはプレイヤーだった。自分が負けたことに驚愕するファレグだったが、自ら人類の極致名乗っていたことを恥じ敗北を受け入れた。そして狂喜しながら、プレイヤーを超えるという目標が出来たことでより強くなることを告げ、再戦を誓い、立ち去って行った。
※以下は敗北ルート
死闘を制したのはファレグだった。倒れ伏したプレイヤーを見下ろし、「貴方はまだまだ強くなれる」と言葉を残し、立ち去って行った。
Heroes:EPISODE5
「集え英雄！ 伝説のPSO2へ！」
通称フォトナー編。
序章「救い伸ばした手の先に」
演算を終え復帰したシャオ。彼の指揮のもと、アークスによる一大作戦が行われようとしていた。それは【深遠なる闇】から【仮面】を助け出す作戦であった。シャオによってヒツギの具現武装、神剣・天叢雲の能力がプレイヤーのコートダブリスに再現される。それを用いて【深遠なる闇】だけを消滅させるというのが作戦の骨子だった。しかし、後一歩のところで攻撃を跳ね除けられ、プレイヤーは【深遠なる闇】の転移に巻き込まれてしまった。
見知らぬ土地へと飛ばされたプレイヤー。そこは国と国が鎬を削る群雄割拠の世界。兵士たちに追われていた少女ハリエットを助ける。名乗ろうとした矢先、謎の女性の声が聞こえ、プレイヤーはアークスシップへと戻された。プレイヤーを連れ戻したのはアルマ(PSO2)という女性だった。彼女こそルーサーの人体実験で死亡した初代クラリスクレイスその人であり、現在はアカシックレコードの精霊となっているという。聞けば地球での一件からオラクルへ流れ込んできたエーテルによりアカシックレコードの夢が具現化。それがプレイヤーのいた世界オメガ(PSO2)だった（アルマが命名）。オメガの顕現に気づいた【深遠なる闇】は融合することでバグとして入り込んだのだった。
またプレイヤーがオメガに転移すると同時に、宇宙の原点（惑星シオンが存在していた場所）に巨大なブラックホールが出現。恐ろしい速度で拡大を続け、やがて宇宙全てを飲み込んでしまうという。言うまでもなく【深遠なる闇】の仕業であった。
宇宙のすべてを賭け、アカシックレコードの見る夢「異世界オメガ」を舞台に守護輝士の新たな戦いが始まろうとしていた。
プレイヤーは【深遠なる闇】の行方を求め、妖精化したシエラと共にオメガを探索することに。そこへ先刻助けた少女ハリエットと遭遇。彼女は魔導国クエントの王女であり、宰相ルツに国を乗っ取られたことで革命軍を指揮していた。オメガには数十年前からエフィメラと呼ばれる花が咲き乱れ、これを媒介とすることで魔術を発展させてきたという。だがリスクのない便利な力など存在するはずがなく、エフィメラには致命的な副作用があった。これを媒介として使えば使うほど精神を蝕まれ、攻撃的な人格へと豹変してしまうのだ。ルツもまた善良な人物であったが、エフィメラにのめり込む余り独裁者へと変貌。国王を暗殺し、その罪をハリエットとその兄に着せ反逆者に仕立て上げたのだった。シエラが調べたところ、エフィメラの正体はダーカー因子の塊とのこと。【深遠なる闇】が絡んでいるとなれば放っておけず、プレイヤーは革命軍の協力者となった。
一章「徒花に惑いし者」
革命軍の拠点でプレイヤーは意外な人物と再会する。それは【双子】の体内でわかれたはずのルーサーであった。しかし彼はオラクルでの記憶を持たず、自らをルーサー＝ラース＝レイ＝クエントと名乗った。これはアカシックレコードによってオラクルのルーサーがエミュレートされ、再現されたものだった。そこへルツの姪であり剣の巫女の異名を取る女性アリサがやってくる。叔父とハリエットたち、どちらが正しいのか見極めるために訪れたのだ。ところがルツは、アリサがいるにもかかわらず革命軍の近くに魔神城を召喚させる。呼び出された生きた城は、無尽蔵に魔物種を生み出し革命軍に攻撃を仕掛けてきたが、プレイヤーの活躍によりこれを撃破。その後、クエント国内の魔神城を次々と破壊し、戦況を一変させる。
ついに革命軍はクエント王都へと迫り、追い詰められたルツはエフィメラを手に戦いを挑む（イベントシーンのみで戦闘はない）。ハリエットによって生まれた隙を突かれ、ルーサーの一撃によりルツは膝を突く。だがそれでも悪足搔きを続け、王城を崩壊させることで道連れにしようとする。ルツは瓦礫の下敷きとなり、一行にも危機が迫っていた。が、間一髪のところでアリサの転移により窮地を脱する。闘いの末、倒壊した王城は狂える王の墓標となった。
二章「決死の反逆」
独裁者が倒れ平和を取り戻したクエント。新たな国王にはハリエットが迎えられた。そんな中、北のヴェルン皇国からメルフォンシーナが使者としてやってきた。彼女は魔神城を倒した守護輝士の噂を聞きつけヴェルンを救ってほしいと助力を請いに来たという。皇帝シュレッガー=ヴェルンはヴェルン国民たちを次々と人体実験にかけ、いたずらにその命を奪っていた。内戦が起こるもヴェルン最強の皇帝を倒すことは誰にもできなかった。
シーナに案内された集落でプレイヤーはまたもや意外な人物と再会を果たす。それは【巨躯】の依代となっていたはずのゲッテムハルトだった。彼もまたオラクルの記憶は持たず、ルーサー同様善良な性格となっていた。事情を知ったプレイヤーは皇帝を討つべく、ゲッテムハルトとシーナを加え皇都を目指す。
道中、シュレッガーの弟エルミル=ヴェルンが立ちはだかるが、彼は魔人兵をけしかけるとすぐに姿を消してしまう。魔人兵とはエルミルの人体実験の末に死亡した者たち。エルミルはその死体を魔物種として召喚して操っていたのだ。そして、ゲッテムハルトとメルフォンシーナもまた魔人化の人体実験を受けた者たちであった。実験の影響で既に余命いくばくもなく、最期の時が訪れるよりも速く皇帝を討つことを考えていた。
皇都にてついにシュレッガーと対峙。彼は魔人化で得た力を用い、オメガ・ヒューナルへと変身。強大な力を振るうがプレイヤーによってエフィメラを奪い取られ、パワーダウンした間隙を突かれゲッテムハルトとシーナのコンビネーションの前に敗北した……かに思われた。シュレッガーは一行の不意を突き、ゲッテムハルトへと攻撃を加える。しかし身代わりになったメルフォンシーナが餌食となってしまった。次の瞬間、シュレッガーの肉体は滅び、入れ替わるようにメルフォンシーナはシュレッガーとなった。皇帝は魔術の応用によって自身の魂を彼女に憑依させたのだ。当初は守護輝士の身体を狙っていたようだ。
ゲッテムハルトは致命傷を受け、プレイヤーもまたシーナを斬ることはできず戦闘不能に追い込まれる。絶体絶命の中、ゲッテムハルトは最後の力を用いてプレイヤーに自身のフォトンを託した。
彼の魂には【巨躯】の力が刻まれていた。こうしてダークブラストを会得したプレイヤーは、エルダーフォームへと覚醒。オメガ・ヒューナルとなったシュレッガーと一騎討ちを演じる。ただ強者との闘いを求める皇帝の拳と、仲間たちの想いを背負った守護輝士の拳。どちらが勝つかなど明白であり、至りし闘争の果てに皇帝シュレッガー=ヴェルンは討ち取られた。
その帰り道、突如現れたエルミルは守護輝士に向けて告げる。「今頃クエントは大変なことになっている」、と。
一方その頃。エルミルの手によって旧クエント城に封印されていた伝説の紅き邪竜エリュトロン・ドラゴンが復活。一度はアリサの手で倒されたが、邪竜はエフィメラの力を宿し再生してしまう。しかもエフィメラに刻まれていたルツの魂まで持ってしまった。アリサでは邪竜の力に対抗できてもエフィメラの力にはどうすることもできず追い詰められる。そこへヴェルンでの闘いを終えたプレイヤーが合流。二人は力を合わせて邪竜の猛攻をしのぎ、ルーサーの術式によって邪竜からエフィメラを奪い取ることに成功。邪竜は姿を消した。体調を崩したルーサーは去り際に、邪竜は一時的に姿を消しただけに過ぎず、エフィメラによる肉体強化の力はまだ生きていることを告げた。
緊急クエスト「壊城に舞う紅き邪竜」「崩城に甦る黒衣の邪竜」
ルーサーの言った通り邪竜は再出現を果たした。プレイヤーはアリサからラコニウムソードの複製を託され、彼女の協力のもと邪竜に挑むことに。エリュトロン・ドラゴンはプレイヤーによって倒され、アリサによって再封印がされた。直後、邪竜から解放されたルツの魂が現れる。彼は元の善良な自分を取り戻しており、これまでのことを詫び、そして感謝の言葉を残して天へと昇って行った。
その後、邪竜はエフィメラの力によってドラゴン・アートルムとなって再々復活。ケタ違いの力を誇っていたが、プレイヤーとアリサの絆の前には及ばず、最期はラコニウムソードを手にしたプレイヤーによって討ち滅ぼされた。
三章「兄妹の記憶、敗者の研究」
邪竜から大量のエフィメラを吸ったルーサーは精神に異常をきたしていた。ヴェルンに対して攻撃的な言動を見せ始めた上に、その夜、突如狂人へと変貌。ハリエットを「最高傑作」呼び拉致してしまった。クエントのことはハリエットの副官ヴァルナに任せ、プレイヤーとシエラは二人の行方を追う。ルーサーは過去、魔神城以上の存在を召喚する魔術遡行召喚の実験を行っていた。目的は全知存在（アカシックレコード）の召喚。しかし実験は失敗に終わり、喚び出されたのはアカシックレコードとは異なるモノだった……。
ルーサーはハリエットを生贄にすることで再び遡行召喚を執り行おうとしていた。間一髪のところで駆けつけたプレイヤーによって阻止されたが、「【敗者】」という単語を聞いた瞬間、ルーサーはオラクルでの記憶を取り戻してしまう。プレイヤーはオメガ・アンゲルへと変貌したルーサーと一戦を演じ、彼の変身を解かせることに成功。それでもルーサーは有翼系ダーカーをけしかけ抗い続ける。その様を見たハリエットは剣を手にルーサーの胸を貫き、逆賊となった兄を自らの手で討ったのであった。ルーサーの魂はプレイヤーの精神世界に宿り、ダークブラスト・ルーサーフォームへと覚醒させた。
緊急クエスト「異界に紡がれし知の化身」、トリガークエスト「異界に甦りし全知への渇望」
クエント峡谷カルデラ湖に突如【敗者】の反応が現れた。ルーサーによれば【敗者】の残滓がアカシックレコードの記録を偏向させたことで出現したという。オメガファルス・ルーサーとなった【敗者】はマザーシップで戦った時よりもパワーアップしていたが、ルーサーは「それでも君なら倒してしまうんだろうね」と言い切った。ルーサーからも「敗者」扱いされる【敗者】が守護輝士に勝てるはずがなく、彼の言葉通りの結果に終わった。
その後、より凶悪な力を得てオメガファルス・ルーサーが復活。それでも守護輝士には及ばず、【敗者】は最期まで敗者のまま散った。
四章「砂漠に喚ばれし【若人】たち」
ハリエットは実の兄を討ったことで「氷の女王」と呼ばれるようになっていた。そんなある日、西方の神国エピックから国王マルガレータ=オブ=エピックがやってくる。彼女によれば、謎の四人組によってエピックが占拠されてしまったという。実はマルガレータは、守護輝士を擁するクエントを羨ましがっており、神官の勧めによって召喚術を行使した結果、現れた四人組に反乱を起こされたのだった。マルガレータは召喚術を伝えたクエントと自分を羨ましがらせた守護輝士に原因があるとして協力を要請する。完全に自業自得の上、無茶苦茶な理屈だが同情したハリエットは協力を約束。今度は西の国を舞台に冒険をすることに。
四人組の正体はオラクルと地球から姿を消したユクリータ、アウロラ、リナ、アイカたちだった。自らを【若人】四天と名乗り、マルガレータの望みを叶えるために活動しているという。
東の砦には誤解のアイカ。
北の砦には孤独のリナ。
南の砦には強情のユクリータ。
西の砦には小心のアウロラ。
それぞれが色々とアレな異名を名乗り、プレイヤーと対決。コメディ満載のしょーもないバトルが繰り広げられたが、プレイヤーの活躍によって四人とも正気に戻り元の次元へと返された。
無事国を取り戻した一行はマルガレータの宮殿へと案内される。そこで待っていたのは彼女を唆した神官だった。彼の正体はバレバレだが姿をくらましたエルミルであった。マルガレータから「誰だっけ？」と言われ、突っ込んだ後、彼はマルガレータの奇跡の力によって消滅した。
……んなわけはなく、肉体は滅びてもエルミルはまだ生きていた。マルガレータの隙を突いて大量のエフィメラを吸わせ、ダークファルス【若人】へと変貌させてしまう。実はマルガレータの正体は、10年前の【若人】の依代となった人物の幼き日の姿がオメガにて再現された存在だった。プレイヤーの言葉にキレた【若人】は激情も露わに襲い掛かるが、闘いの最中、突如エフィメラが暴走したような現象が発生。まるで【若人】がエフィメラに取り込まれるかのような光景を目の当たりにする。ハリエットの力によってエフィメラは奪い取られ、プレイヤーは【若人】の手からマルガレータの魂を救い出した。ところが「未来の自分」を憐れんだマルガレータは、【若人】に取り込まれていたオラクルのマルガレータの魂もプレイヤーの精神世界へ連れてきてしまっていた。オラクルのマルガレータは【若人】から解放されていたが、このまま二人が元の身体に戻っても主導権はオラクルのマルガレータの方へ行ってしまう。そこでプレイヤーの提案によりオラクルのマルガレータはこちらに残り、オメガのマルガレータだけ返されることとなった。別れ際に、マルガレータは「未来の自分」に問う。自分には何が足りなかったのか、と。オラクルのマルガレータが素直に答えるわけがなく、自分で考えなさいと言葉を送り、救われた「過去の自分」を見送った。
こうしてエピックは守護輝士と氷の女王によって救われた。その後、マルガレータとハリエットは友情を築いたが、マルガレータから離れた【若人】は姿を消してしまっていた。
外伝「私のヒーロー」
オラクルに戻ったプレイヤーは後輩のストラトスからヒーロークラスの指導について相談を受ける。そこへ現れたクラリスクレイスの提案により、実際に二人が戦うことで人々にヒーローの戦いぶりを見せつけるということになった。だが試合が始まる直前、ダーカーの襲撃が起こる。ストラトスは単身出撃し、ヒーローとして市街地の人々を助けようとする。彼女は過去、ダーカーに襲われた時に名前も知らないアークスに助けられた経験があった。このことから「私のヒーロー」として「あの人」を見習い、自身も誰かのヒーローとなるべくアークスとなったのだった。
多勢に無勢でピンチになるストラトスだが、駆けつけたプレイヤーと共に窮地を乗り越える。その後ろ姿を見た時、ストラトスが気づく。あの時、あの場で自分を救ってくれた「あの人」が誰だったのかを。ダーカーを撃破後、ストラトスもまた「誰かのヒーロー」になるべくプレイヤーからヒーロークラスの教えを受けるのだった
緊急クエスト「地底を染めし女王の悪夢」、トリガークエスト「砂都に迫りし女王の悪夢」
エピックの一件の後、マルガレータから離れた【若人】は地中深くに潜伏し完全体になる刻を待っていた。マルガレータから要請を受けたプレイヤーは出撃し、シエラの援護のもと【若人】の前まで辿り着く。新兵器・自走式フォトン粒子砲の一撃を見舞うが、既に完全体へと覚醒していた【若人】にはまったく通用しなかった。飛翔した【若人】を追い、プレイヤーはダークブラスト・ルーサーフォームを発動。空中戦を繰り広げ【若人】を地表に叩き落とすことに成功する。崖にしがみついてでも勝利への執念を燃やす【若人】。再度飛翔した【若人】は最後の一撃を放とうとするが、それよりも速くプレイヤーたちアークスの力を結集した「スターゲイザー（アニメ版から逆輸入）」によって一刀両断された。
その後、再出現した【若人】はより強力な力を得た完全体として復活。再びプレイヤーと交戦するが、自分しか守るものがない【若人】では守護輝士に遠く及ばず、再びスターゲイザーの一撃の前に爆発四散した。かくして、エピックを揺るがせた女王の悪夢は終わりを迎えた。
五章「象徴との遊戯」
東の国イス＝アルス通商連合国から大量の魔物種が出現。クエントに攻め込む危険性があるとして守護輝士と氷の女王は一隊を率いて出撃した。国境には魔物種だけではなく【双子】眷属のダーカーまで姿を見せていた。倒しても倒しても敵は無尽蔵に出現するため、一行は一度撤退することに。
そこへクラリッサなる女性が現れる。彼女が言うにはイス＝アルスの象徴たるフロー・アルルカン・デ・イス=アルスがエルミルの手に落ち、豹変。「遊び」のために敵を増殖させ続けているという。そこで敵勢はハリエットたちに任せ、プレイヤーとシエラはクラリッサの案内によりフローのもとへ向かう。が、これはフローが守護輝士を呼び寄せるための罠だった。クラリッサは既に喰い殺されており、今の彼女は使役される模倣体（コピー）に過ぎなかった。イス＝アルスの人々で「遊ぶ」ことに飽きていたフローは、新たな遊び相手として守護輝士を求めていたのだ。
フローはダークファルス【双子】の力を振るい、オメガ・ダランブルへと変身。守護輝士の力でもまったくダメージを与えられず、戦況は拮抗を見せていた。「最強」と「不死身」の「遊び」は終わることなく続くかと思われたが、プレイヤーはフローに問う。こんな遊びに意味はあるのかと。途端、フローは錯乱したように取り乱し始め、そこへオラクルのクラリッサが現れる。彼女によればオラクルとオメガの記憶が入り混じり、文字通り混乱してしまっているという。クラリッサの助力を得たプレイヤーは彼女ごとフローを貫き、魂を救済した。
精神世界にてプレイヤーはフローと対面。彼が「争いのない世の中を作ってみんなで楽しく遊ぶ」という原初の願いを抱いていたことを知る。自分はフローであり【双子】であると告げるが、自身の願いを叶えるべくプレイヤーの力となることを約束した。
なお、【双子】・女も登場しているがその正体はフローが友達として生み出した「もう一人の自分」とのこと。孤独だったフローは自分以外の存在を知らず、そのため自身を友達として創ったという。
一方その頃、ハリエットは軍を率いて奮闘していた。どれだけ劣勢を強いられても決して引き下がらず、守護輝士の信頼に応えるために戦い抜き、フローを救ったプレイヤーと無事合流を果たしたのだった。
六章「かくて英雄は此処に集う」
エルミルの正体は、【深遠なる闇】から漏れ出た闇と共にオメガに誕生した存在。端的に言えば新たなるダークファルスである。彼は自らをダークファルス【仮面】を受け継いだ者と名乗った。
エルミルによればハリエットの肉体は【深遠なる闇】を宿せる「器」だという。本来ならエルミルはじっと「器」に宿るチャンスを待つつもりだったが、ルーサーが行った遡行召喚によりオメガに呼び出されてしまったという。ハリエットの肉体に宿ろうとするが、既に彼女には別の魂が宿っていた。そのためエルミルはヴェルン皇帝の弟「エルミル」としてオメガに生れ落ちたのだった。
実はダークファルスでありながら十分な因子（力）を持たないまま生まれてしまい、そのために守護輝士に各ダークファルスと戦わせ、その力を密かに奪っていたのだった。プレイヤーが宿したダークファルスの力とは、エルミルが奪った分の残りカスであった。
魔物種との戦いの中で孤立してしまったハリエットは、その間隙を突いたエルミルの手に落ちてしまった。直後、巨大な黒い花と繭が出現。こうして世界滅亡のカウントダウンが始まった。
ハリエットは繭の中に取り込まれてしまっていた。彼女を助けるべくプレイヤーは様々な仲間たちの声援と協力を受け、ついにエルミルと対峙。優位に立つも、彼は自らをコートダブリスによって貫かせ、「エルミル」の肉体から自身を切り離してしまう。本来なら彼はハリエットという「器」の中に宿るはずだったが、それができなかったからこそ仮初めの肉体に宿っていた。その肉体から彼を切り離すということは、本来の「器」に彼を還してしまうということだった。
実は既にハリエットの魂は消滅しており、「器」の中身は抜け殻だった。悠々と本来の姿を得たエルミルは、ダークファルスでありながら【深遠なる闇】に匹敵する力を持つ存在「エルガ・マスカレーダ」へと変貌。味方の助けが望めない状況の中、主人公は圧倒的な存在感を目の当たりにして臆する。だがまだ残っていたハリエットの魂に鼓舞され、彼女を助ける決意を固める。そして、最後の味方として【仮面】が密かに力を貸したことで一時的にエルミルと渡り合えるようになる。謀略と怨嗟の果てに手にした『力』と、境界を越えて結ばれた『絆』。どちらが勝つかなど目に見えていた。それでも向かってくるエルミルだったが、直後、ゲッテムハルトたちの魂が主人公に合流。すべてのダークブラストの力を解放したプレイヤーはエルミルを圧倒し、最期は【仮面】の力と想いを上乗せしたコートダブリスの一撃によって決着をつけた。
エルミルは【仮面】や【深遠なる闇】を名乗り、それに比肩する存在にこそなったが、仲間も絆も持たない彼では本当の意味でプレイヤーにも【仮面】にも及ぶことはなかった。
こうしてハリエットは救い出され、エルミルは最期まで哄笑と捨て台詞を残して消滅した。しかしハリエットの肉体は既に消滅しており、このままでは存在が消えてしまう。そこでアカシックレコードに宿っていた初代クラリスクレイス（アルマのもう一人の人格）が現れ、自分の肉体を与えるということになった。彼女はエピックでは「神」と信奉されており、ハリエットはその役目を引き継ぐ形となった。
ハリエットの物語は幕を閉じ、一行はそれぞれあるべき場所へと帰って行った。プレイヤーとマトイとシエラは、シャオからねぎらいの言葉と休暇を言い渡される。エルミルの消滅によりブラックホールも消えたという。オラクルにも地球にも平穏が戻ってきたのだった。しかし……。
三人の前に突如として現れたのはあのヴァルナだった。けれど彼の雰囲気はオメガにいた者とは明らかに異なる。ヴァルナは「主」のもとへ案内すると言い、一行を謎の女性の前へと連れて行った。驚くべきことにその女性は「ハリエット」と非常に酷似していた。しかし、ヴァルナと同様にまとう雰囲気は異質であった。聞けば彼女は別の次元にいたというが、ブラックホール消滅の際に発したエネルギーを利用し、この次元へと帰って来たという。
並ならぬ異様さを感じたシエラは警報を発令。駆けつけたレギアスとマリアと共に二人の守護輝士は女に挑むが、まるで歯が立たない。オメガでの一件で死力を尽くした後だったとはいえ、単純な力の差とは言えない「何か」があった。女は挨拶に来ただけだと言うが、プレイヤーに力に興味を失くしたらしく、ここで終わらせようとする。かつてない強敵の前にピンチになるプレイヤーだが、彼/彼女を救ったのはこれまた意外な人物たちであった。
それは、人語を解する謎の銃を携えたリサだった。守護輝士と六芒均衡でも手傷を与えられなかったが、この銃撃は違っていた。かすり傷を負わせ女の手を止めることには成功していた。女は去り際にオラクルに向けて宣戦布告。自らの名を「終の女神シバ」と名乗り、全知存在によって生み出された世界の「器」と述べた。始まりの「器」がシバであり、そして終わりの「器」がプレイヤーであるという。シバはプレイヤーを壊すことで世界をも壊すと口にする。
木村Dが生放送で述べた通り、プレイヤーの正体の一端が明かされる衝撃のラストとなった。多くの謎を残したままシバたちは去り、エピソード5の物語はこれで終わりを迎えた。そして今度は、全知存在でも予測しえない、新たなる物語が始まろうとしていた。
緊急クエスト「悲劇を願う破滅の虚影」
オラクル船団の進路上に突如として空間に亀裂が走り、その向こうにはダークファルス・ペルソナの姿があった。ペルソナが境界を超えて出現する前にプレイヤーたちは亀裂の向こうに乗り込み、撃退を試みる。
ルーサーとシバによれば、このダークファルスはシバが糧とした【深遠なる闇】の残滓がエルミルの怨念によって形を取ったものだという。プレイヤーの魂に惹かれてオラクルへと姿を現したのだ。とはいえエルミルそのものではなく、魂を持たない亡霊のようなもの。シバからも「捨て駒」と断じられており、そんなものにプレイヤーが負けるはずがなかった。激闘の末、虚ろなる【仮面】はその身を砕かれ、変質空間の亀裂と共に消え去った。
オメガでは【仮面】は力を貸してくれたが、オラクルには【仮面】の存在は「ちょっとしか」感じられないという。どうやらプレイヤーの精神に同居していたわけではないようだ。結局のところ、仮面がどうなったのか、そして今どこにいるのかは不明である。
トリガークエスト「惨劇を招く破滅の虚影」
「光ある限り……闇が潰えることはない！」
再び出現した変質空間の裂け目。その向こうにはより凶悪な気配をまとった崩界ダークファルス・ペルソナが潜んでいた。今度こそ決着をつけるべくプレイヤーは再度、変質空間へと突入する。
エルミルは死を超越した怨念と闇をもってしても最期までセンパイを超えることはできず、変質空間の入り口諸共消え去った。世界を壊そうとした彼が辿った「一つの結末」は、皮肉にも自分自身の崩壊であった。
Stars:EPISODE6
「翔べ、閃光の宇宙へ」
序章 終に抗う術
新たなる敵の出現にオラクルは今、かつてない危機を迎えていた。緊急会議の場にはリサの姿まであり、彼女の口から星銃ハリエットやシバの正体が語られた。
オラクルのハリエットは、【深遠なる闇】とほぼ同時期に創られた人造存在だった。元々はフォトナーたちの肉体（器）として創られたものだったが、造物主と会話を重ねるうちに自我が芽生え、ハリエットという人格を確立したのだった。だがそんな時に【深遠なる闇】が誕生してしまう。フォトナーたちは【深遠なる闇】を封印する為、ハリエットをその器とすることに決めた。器からハリエットの魂を追い出し、空っぽの器に自分たちのフォトンを流し込み、【深遠なる闇】の餌とした。結果、【深遠なる闇】は器へと入り込み、知性が芽生えて器へと縛られた。そして器諸共異次元へと封印されたという。
器がなくなったハリエットの魂は消滅の時を待つばかりだったが、全知存在が自身の海に魂を縫い留め、創世器を新たな肉体として与えてくれた。これが星銃ハリエットである。リサの正体は最初に誕生したキャストであり、フォトナーの実験動物（モルモット）だった。仮初めの肉体しか持たないハリエットと、生まれたばかりで魂の定着が不完全なリサ。二人はリサの身体に同居することで足りない部分を補い合う関係となった。
オラクルのハリエットは、オメガのハリエットと記憶を共有しているので同一人物も同然。そのため守護輝士に助けられたことも覚えていた。
ちなみにシバの正体は、【深遠なる闇】（初代）がハリエットの肉体という「器」に入り込んだ結果生まれた知性（人格）である。シバの絶大な力は、フォトナーたちの全フォトンを統べているからとのこと。
そんな中、シバによるマザーシップの襲撃が起こる。出撃したプレイヤーたちだが、シバの側近である偽の女神ミトラにすらが歯が立たなかった。シバを抑えるべくサラが立ちはだかるが勝負にならず、サラを庇ったシャオは深いダメージを受け『消えて』しまった。
シャオの仇を討とうとする守護輝士たちだが、ウルクの指示によって全アークスは強制退却となり、マザーシップは遺棄された。実はこういった事態を見越し、シャオは各アークスシップの管制をシエラたちに委譲していたのだ。しかもシャオは死んだわけではなく、サラの中で魂が眠りについている状態であることも判明する。
オラクル船団はシャオが遺した言葉に従い、アムドゥスキアへと航路を定める。そこにフォトナー打倒の鍵があると信じて。
だがアークスたちをみすみすと見逃すほどシバは甘くなかった。マザーシップの戦いで最も戦績を挙げた義の男神ヴァルナに追撃を命じていた。
緊急クエスト「終の艦隊迎撃戦」
オラクル船団に対し、フォトナーの大艦隊が奇襲を仕掛けてきた。圧倒的な火力と無数の閃機種の前にアークスは劣勢を強いられる。プレイヤーはアークスの仲間たちと協力し、巡洋艦の救援を行う。反撃のためにA.I.Sヴェガを起動させようとするが、敵艦から発せられる光子妨害波により操縦不可となっていた。プレイヤーは敵艦に乗り込んで妨害装置を破壊し、ついにA.I.Sヴェガを起動させて反撃に出る。
※艦隊迎撃戦：戦艦撃破
次々と戦艦を沈めるプレイヤーたちの前に、指揮官クラスの閃機種ネメスアンジェールが襲来。A.I.Sヴェガを上回る性能を誇っていたが、命令に従うだけの駒が意志を以て戦う者たちに勝てるはずがなく粉砕、撃破された。主戦力を失ったことで敵旗艦は撤退を始めた。
※艦隊迎撃戦：敵旗艦突撃
圧倒的な火力で味方艦を沈める敵旗艦に対し、プレイヤーたちは突撃を敢行。敵旗艦の主砲内部に乗り込むことに成功する。行く手を阻む守護者ディーモルドゥミヌスを激戦の末に戦闘不能へと追い込み、粒子砲の一撃によって守護者諸共旗艦を爆砕したのだった。
トリガークエスト：宇宙を斬り裂く紅き閃機
大型閃機種「アヴァールネメシス」が防衛ラインへと接近を開始。オラクルはこれの撃破を試みるが、その凄まじい性能の前に無力に等しかった。要請を受けた主人公は、整備を終えたA.I.Sに搭乗して迎え撃つことに。
二章 一縷の望み
激化する戦いの中、主人公たちはシャオが遺した言葉に従い惑星アムドゥスキアへと降り立つ。そこではロ・カミツが待っていた。ロ・カミツの正体は、中期に創られた人造全知存在テリオトー。演算能力が劣っていたため、フォトナーたちによって兄弟分である人造全知存在カッシーナと無理やり融合させられたという。だが融合は不完全な形に終わり、カッシーナは永遠の眠りについてしまっていた。こうして生まれたのが惑星アムドゥスキアであり、龍族の伝承に伝わる『テリオトーと磁獄龍カッシーナ』の正体であった。
その話を聞いた一行は、カッシーナの器にシャオの魂を移すべく磁獄龍墓へと足を踏み入れる。コ・レラの案内で深部に辿り着くが、そこへ義の男神ヴァルナが襲来。主人公の攻撃を片手であしらうとヴァルナは、「オメガで獅子奮迅の活躍を見せた守護輝士の実力はこの程度ではないはず」と言い放つ。そして義の男神ヴァルナとヴァルナ＝ラ＝シークが同一人物であることを明かした。すべてはシバをオラクルへと舞い戻らせるため。そのためにオメガに潜伏し、ハリエットに従順な青年騎士を演じて主人公に力を貸していたのだ。
サラは戦線を離れシャオを復活させようとするが、それを見越していたヴァルナは閃機種をけしかける。主人公が駆けつけるも一足遅く、カッシーナの器は破壊されてしまった。だがサラに呼びかけに応えたシャオは、周囲の龍晶を利用することで具現化・復活を果たす。更にはカミツとの連携も可能となり、フォトナーに対抗できるだけの演算能力を獲得した。
猛威を振るっていたヴァルナだが敗色が濃くなったことを感じ、撤退していった。
三章 反撃の一手
オラクルは再びフォトナーの襲撃を受けたが、シャオの演算能力が強化されたことで閃機種の出現地点を先読みし、撃破することができた。主人公に化けたミトラもマリアとレギアスたちに看破され、撤退を余儀なくされた。
そして今度は逆にオラクル側から攻め込み、マザーシップ前にてシバとA.I.Sヴェガが激突。しかし力の差は埋めることができず、フォトンによる攻撃はすべて吸収され、物理的な攻撃もフォトンによる身体能力強化によって弾かれてしまった。シャオは強襲部隊を全滅させたシバのフォトン出力を演算する。その結果は、全アークスを合わせたフォトンの出力に匹敵するというものだった。そこでシャオは、かつてマトイが【深遠なる闇】に変貌した時のことについて語り出す。シャオはスクナヒメから伝授された結界を利用し、【深遠なる闇】をその場に縛り付けた。それを転用すればシバの能力を弱めることができるかもしれない。
終の女神への対抗策を求め、一行は惑星ハルコタンへと舵を切るのであった。
三章 守護輝士を導く神子の力
既にハルコタンにはシバの手が伸び、閃機種によって白の民たちが蹂躙されていた。プレイヤーとマトイはいきなりシバと遭遇し、閃機種の群れに囲まれ窮地に陥る。そこへ現れたスクナヒメによって二人は幽世へと避難させられ、彼女に事情を話すことに。一計を案じたスクナヒメは、二人を囮にしてシバを呼び出し、あえてマガツの封印を解放させた。復活したマガツは「神の怒り」をシバへと向け、スクナヒメもまたマガツと合一。その強大な力をシバに振るう。だがシバにはまったく通じず、剣の一振りで肉体を砕かれてしまった。実はこれこそがスクナヒメの狙いであり、マガツの肉体に撃ち込まれたシバの力を逆利用して結灰陣を展開。パワーダウンを余儀なくさせられたシバにプレイヤーによって討ち取られた。
……かのように思えた。直後、「本物のシバ」が現れスクナヒメとコトシロを打ち倒してしまう。実は「ハルコタンを襲ったシバ」の正体はミトラが化けたものだった。シャオが復活した今、小細工を弄することがわかっていたためミトラが身代わりを買って出たという。消滅したミトラの働きに報いるべくシバは皆殺しを宣言。プレイヤーもマトイも、そしてダークファルスたちの力も及ばず倒れていった。プレイヤーの身体を借りた【仮面】がシバと斬り結ぶも即座に打ち倒される。もう味方は誰もいない。絶望的な状況の中、救援に現れたのは火の使徒ファレグであった。フォトンを使わない猛者の出現にシバが動揺している内に、ファレグは一行を保護して立ち去っていった。
意識を失った主人公は、精神世界にて【仮面】から語り掛けられる。シバはアークスを生み出したフォトナーであり、ダークファルスを生み出した【深遠なる闇】でもある。彼女に対抗するには、彼女から生まれたのとは別の力が必要だという。そのために全知存在（シオン）は自分たちを生み出したのだと告げた。
四章 地球の勇士たち
ミトラを倒したものの戦況は未だに不利であり、撤退戦を強いられていた。そんな中、エンガから救援要請が入る。東京に突如として閃機種の大群が現れたというのだ。ファレグがオラクルにやって来たのは地球に迫る不穏な影を感じたからだったが、それが当たってしまう形となった。
現場に駆け付けた主人公は、イツキ、リナ、アイカの三人と合流して閃機種と交戦を開始。しかし、天星学院にも閃機種が迫っているとエンガから聞き、この場は三人に任せそちらへ転戦する。直後、三人はスターゲイザーによって閃機種の大群ごと戦艦を撃破した。
天星学院ではヒツギとコオリが守りについており、久しぶりの再会を喜ぶ間もなく共闘となる。圧倒的多数の閃機種であったが、主人公が加わったことで戦列が維持され、その間に「第二のエメラルドタブレット」を手にしたハギトが合流。幻創戦艦大和を用いてフォトナーの艦体を撃破していった。更にファレグも加わって空の敵を掃討していった。
ヒツギたちから「この事態を引き起こしている本来の敵を倒してほしい」と頼まれ、地球のことは彼女たちに任せて主人公はオラクルへと帰還するのだった。
その後、宇宙全体に影響を与えるオメガ（アカシックレコード）を用いた罠によってシバの弱体化をさせるという作戦が決定される。
五章 再び降り立つ異邦の地
オメガに結界を展開させるべく主人公、リサ、ハリエット、シエラの四者はオメガへと降り立つ。
平和を取り戻したはずのオメガだったが、現在は黒い繭のあった場所から出現した閃機種との戦いが起こっていた。ハリエットは結界の媒介に霊脈と呼ばれる六つのエネルギーポイントを利用しようとしたが、最後の地点（黒い繭の合った場所）だけアクセスすることが出来ない。そこで一行はマルガレータを加え、直接向かうことに。
その場所では義の男神ヴァルナが待ち受けていた。守護輝士と義の男神は再び対峙し、二人が初めて出会ったオメガの地にて最後の戦いを繰り広げる。
死闘を制したのはリサの助力を得た守護輝士であった。深手を負ったヴァルナだが、彼の狙いは戦闘によって励起したマナを利用し、霊脈を破壊することにあった。捨て身の一撃で霊脈を破壊しようとするヴァルナを、主人公は間一髪のところで押しとどめる。一瞬の拮抗、その間隙を突いたリサの星銃ハリエットによって義の男神は討ち取られたのだった。
散り際にはヴァルナは本心を語る。義の男神として存在理由……「究極存在シバの命令には絶対的に従う」によって仕えていたが、本心では命を賭けてまでシバに尽くすのが正しいのかわからなかったという。それでも見返りを求めることなく尽くすのが忠義であり、紛れもなく自分の意志だとヴァルナは語る。
しかし、ハリエットと過ごした短い時間は、「ヴァルナ=ラ=シーク」として生きた時間は、使命に縛られず自分らしく在ることが出来た。ハリエットに感謝を告げ、後のことを守護輝士に託し、ヴァルナは微笑を湛えながら消えていった。
こうしてオメガに展開された結界によりシバのみならず閃機種の能力を制限することに成功。閃機種の大群に追い詰められたアークスたちは諦める寸前にあったが、この結界によって戦線を維持するまでに押し返した（ロビーにいるティアなどに話しかけると聞ける）。
六章 あなたがもたらす希望
フォトナー艦隊は戦力をマザーシップ・シバに集結させていた。アークスは二人の守護輝士を中枢に向かわせるべくその力を振るい、主人公とマトイはマザーシップ・シバへと突入を果たした。
仲間たちの援護を得て、ついに守護輝士たちは終の女神と対峙する。しかしシバは結界の影響こそ受けていたが、「1000の力が5減じられただけ」として殆どパワーダウンをしていなかった。圧倒的と言うも愚かしい絶対的な差を見せつけられる主人公とマトイ。そこへシバは、ヴァルナとミトラに代わって手足となるように勧誘してきた。仮にこの戦いで勝ったとしても、次に排他されるのは主人公であるとして。そんなことはないと否定しようとしたマトイだが、歴史の生き証人であるシバは「人間は醜い」という答えを二人に突きつける。
主人公と【仮面】は、未来を切り拓いたのは自分一人の力ではないと跳ね除ける。だがしかし、二人の力を以ってしてもシバとの差は埋められなかった。
そこへ最後の援軍が戦いの場に姿を現す。それはシャオの協力を得てハルコタンから飛び立ったスクナヒメであった。シャオの龍晶とスクナヒメの灰の力により、主人公とマトイは全アークスのフォトンを一時的に付与されシバに対抗し得る力を手にする。そして守護輝士二人の同時攻撃によってついにシバを討ち取ったのだった。
滅びゆくシバは「無念だ。歴史はやはり繰り返す」と言い残し、消滅した。（この際、シバの中から【原初の闇】のコアのような光が主人公に移る描写があり、最後にシバが主人公に歩み寄って手を伸ばしたのは、本能的に次の器へ移ろうとする【原初の闇】としての意思であったのかもしれない）
次の瞬間、シバという知性と器を失った【深遠なる闇】は、主人公を新たな依代にしてしまった。
闇き破壊の意志に乗っ取られて行く主人公。彼/彼女は、自分が自分でなくなる前に【仮面】の力によって時間遡航を行う。向かったその先は、宇宙が誕生する前の時間。星も生命も何もない、完全なる無の世界であった。こうして「全てを破壊する」という存在意義を失った【深遠なる闇】は自壊。主人公と共に朽ち果てる運命となった。
やがて闇を宿した守護輝士の亡骸は、一つの光となって宇宙の原点へと到達。その輝きは全知存在と呼ばれるようになった。
つまり全知存在の正体は、【深遠なる闇】と一つになった主人公そのものだったのだ。
そして全知存在の誕生と共に宇宙が、歴史が産声を上げた。以後も終わりと始まりは繰り返される。主人公と【深遠なる闇】が一つになることで……。
結末
主人公と【深遠なる闇】。
光と闇が共存できないように、両者は決して未来に存在し得ないものだった。
しかし時空の狭間を落ちる主人公が未来を望んだ時、奇跡が起こった。これまで主人公が紡いだ歴史がシオンの導きによって新たな可能性を生み、誰にも届くはずがなかった主人公の声が、時空を超えて彼/彼女を想う者たちに届いたのだ。
主人公を助けたいと願うヒツギはアルの力によって、
主人公の支えに成りたいと望むハリエットはヴァルナの助力と自身の神としての力によって、
主人公と共に歩みたいと想うマトイはシオンの導きによって、
それぞれが時空の狭間へと導かれた。
ヒツギの浄化の力を以ってしても【深遠なる闇】を消し去ることはできなかったが、三者が力を合わせたことで主人公と【深遠なる闇】を切り離すことに成功する。しかし、行き場を失った【深遠なる闇】は、純粋たる破壊の力として新たな形を取った。【原初の闇】ゴモルスとして。
自分を取り戻した主人公はマトイ、ヒツギ、ハリエットと協力して最後の戦いへと赴く。更にはこれまでの歴史の中で生まれた生きとし生けるもの全ての願いがシオンの導きによって大いなる光となり、【原初の闇】を祓うための力となった。
激戦の末、【原初の闇】を沈黙させるもその肉体から本体が分離、【原初の闇】ソダムが出現。真の最終決戦を演じる。
主人公と三人の少女たち、そして六人のダークファルスの依代たちの協力により新たな力が誕生。最期は仲間たちの想いを背負った主人公の一撃によって【原初の闇】は跡形もなく消え去った。
全てを終わらせた後、シャオの導きによって主人公たちは元の時間へと遡る。そして繰り返す輪廻から解放されたシオンとダークファルスの依代たちも在るべき場所へと帰るべく主人公とマトイに別れを告げるのであった。
皆で切り拓いた未来。そこに主人公は確かに存在していた。
緊急クエスト「虚無より睨む原初の闇」
ソダムとゴモルスが融合した最終形態との戦いが追加された。ゲーム的に言えば「条件を満たすことで戦える真ラスボス戦」のような扱い。
マトイ、ヒツギ、ハリエットの援護を受けた主人公によって絶対破壊の具現は砕かれ、光となって消滅。こうして【原初の闇】は、過去・現在・未来――どの時間にも属さない歴史の中に葬られた。
EP6設定資料集
世界の器
すべてのフォトンを受け入れられる身体のこと。劇中では主人公とハリエット（の肉体を持つシバ）が該当する。
ハリエットはルーサーによって創られた存在だが、主人公は人の営みによって生まれた自然の産物とのこと。
大いなる光
フォトンを通して主人公に送り込まれた、人の祈りや希望の集合体。負の感情の集合体である【原初の闇】に対抗できる唯一の力である。決戦の際、主人公は大いなる光の器になったが肉体と精神は変化していないとのこと。
【仮面】誕生の経緯
主人公のフォトンが絶望に染まったためと明言された。
