概要
イッシュ地方を拠点に暗躍する組織。
ゲーム内ストーリーにおいても重要な存在で、彼らの野望を阻止することがBW本編の目的となっている。
表向きにはNを「王」として立てているが、実際はその養父であるゲーチスが実権を掌握している。
組織的は、N自身の思想である「ポケモンを人間の支配より解放しなければならない」を大義名分に、トレーナーよりポケモンを巻き上げ、自分達以外がポケモンを持てなくなる環境を作り出すことにある。
そのために、N自身が神話に登場する伝説ポケモンを入手することで「英雄」となり、脅迫ではなく自主的にポケモンを手放させようとしている。
悪の組織というよりは宗教団体といった側面の方が強く、BW2本編でライバルが「5年前にチョロネコをプラズマ団に奪われた」という話から、少なくとも5年前（BW1当時なら3年前）より動いていたようである。ギンガ団とロケット団の末路より学び、水面下で準備を進めていたのであろうか。
| 遠い地のギンガ団もロケット団も 無駄にめだつから いろいろジャマされたんだよな |
「人がポケモンを扱うこと」へ疑問を投げ掛ける彼らの行動は過去作と比べて異色であり、街中で多くの人の見ている前で懇々と演説したり、ジムリーダーやチャンピオンなどのポケモンリーグの中枢とも公然と敵対するなど、今までに登場して来たロケット団やギンガ団等がやらなかったような大胆な行動にも及んでいる。
しかし、基本的にはポケモンを道具として見ている団員が大半であり、目的のためなら平気で暴力を振るう。
さらに、研究班の中には兵器として人工ポケモンを造る冷徹な輩も存在し（個人で造ったのか上層部の指示かは不明であるが、Nはポケモンを兵器扱いすることに納得しておらず、製作者は身勝手なことに自分が造ったポケモンを手放すこととなった）、それが幻ポケモン・ゲノセクトである（このポケモンを手持ちに入れてP2ラボへ行くと真相が分かる）。
歴代組織思想の中でも比べ物にならないくらいに過激な部類で、最終的にはパソコン預かりシステムにも侵入出来るくらいの恐るべき技術力までをも持つに至っている。
その本拠であるNの城も、ラストバトル直前まで完全に伏せられており、Nがチャンピオンアデクに勝利すると、地中よりポケモンリーグを包囲するように出現する。
歴代悪の組織の中でも、四天王やチャンピオン・ジムリーダー達といったポケモンリーグ関係者達と明確な対立姿勢を見せ、主人公に対して組織側より直接的な干渉を行ったのはプラズマ団が初めてである。
しかし、中には自分達がして来たことを疑問視する団員もおり、
| オレは作戦として 人からポケモンを奪うべく N様からポケモンを与えられ 行動を共にしてきた… …そうして思うのは ポケモンを手放すのはいやだなあ オレ…… プラズマ団にむいていないのかなあ？ |
半面、自分達の思想で他人の心を操ろうとする団員もいる。
| 圧倒的な力で ポケモンを奪ったとしても 人々は反発するわ でも心を操れば 自分からポケモンを手放すのよ |
以上のように団員の中には真意を知った上で所属している者だけではなく、建前として掲げられた思想に共感して入団した（=人の手から解放することがポケモンのためであると信じていた）者も少なからずいるようである。
プラズマ団解散後 ホドモエマーケットでおこうを売るプラズマ団が現れ、この他にも古代の城や電気石の洞穴で七賢人を守る団員もいた。
掲げている題目が一定の正当性を有する（後追いではあるが伝説のポケモンによって認められてもいる）ことで評価が難しく思われるが、少なくともその思想を掲げたN自身はともかく、プラズマ団という団体は完全なるテロ組織である。
どれほどの大義があっても、人々は勿論、他でもないポケモン達の意志を問うことなく、一方的に理想を強制する行動は否定されねばならず、故にプラズマ団は悪の組織以外の何物でもないのである。
ポケモンBW2におけるプラズマ団
2年前の騒動（前作）をキッカケに内部分裂が起きており、
- ゲーチスの元、悪事や暴力によってイッシュ地方を直接支配しようとする派閥（通称：黒のプラズマ団 新生プラズマ団 ゲーチス派とも呼ばれる）
- 自分達の悪事を深く反省し、罪を償うため各地でボランティアを行う派閥（通称：白のプラズマ団 元プラズマ団 N派（実際にはNは不在であるが）とも呼ばれる）
の2つに分かれ、幹部七賢人も両勢力に分裂して行動している。Nのことも両勢力で考えが異なり、元プラズマ団は心配しているのに対し、現プラズマ団は裏切り者と恨んでいる。
改心した派閥は主にホドモエジム横の高台にある建物を拠点とし、飼い主が見つからないポケモンの世話をしている。
その中にNの城にいたミネズミを持っている団員も道具扱いせず、ポケモンを大切にしている。
イッシュリンクで、団員のその後の様子、そしてNが解き放ったポケモンを捕まえられる。
この建物奥にある部屋には愛の女神（左側にいてピンク色の髪）と平和の女神（右側にいて金色の髪）がいる。平和の女神に話すと、Nや愛の女神、平和の女神はかつて孤児だった事が判明する）「愛の女神、平和の女神」の部分はゲーム中の表現ではなく、ゲーム中では「わたしたち」と表現されている。話している時の状況から考えると、2人のことを指していると思われる）。
また、BW2での一件が一段落ついた後は、エーテル財団の職員に再就職した者も出て来ている。
悪に開き直った派閥は、服装にも変化が見られ、BW1での白と銀を基調としたフードスタイルから、黒とグレーを基調とした「いかにもテロリスト」的なスタイルとなった。
（デザインはBW1のものを踏襲しているが、口元にはマスクを着け、頭にはベレー帽に似た帽子を被っており、胴体の部分は軽装になっている）
プラズマフリゲートが21番水道停泊時に船内にいる団員の1人から
| コスチュームを変えたのは 王が戻ってきても 居場所がないことを はっきり伝えるためだ! あの裏切り者め……! |
と服装が変わった理由を聞くことができ、ジャイアントホール停泊時に船内にいる団員からは
| ギンガ団が解散し…… わざわざイッシュまでやってきて プラズマ団にはいったのに……! |
という話が聞ける。
ただし、崇高な組織としてのメッキが剥がれたのは外側に対してだけではないようであり、エンディング後のある団員の話によると、
| プラズマ団で命令されたこと やっていれば パンを食べられたの…… 自分で考えなかったから こうなっちゃったのよね…… あー!でもこのパン おいしーの! |
さらに、プラズマフリゲートが21番水道停泊時に食堂室にいるベーカリーからは
| あたしゃ 好きなパンをつくれて満足してるけどさ 毎日パンと水だけで みんな大丈夫なのかね |
というように彼ら悪側の団員も、任務を成功させるとご飯を食べられるが、失敗すると食べらないしポケモンを取り上げられてしまう。そもそもパンと水だけで生活していたという、かなり劣悪な待遇に身をやつしていたことが窺える。
しかし、彼らの中にもNのことをいまだ信じている団員もいる。
| あたしたちプラズマ団が イッシュ地方を 支配すれば 王様が戻ってくるかも…… |
ちなみにポケウッドで一定の評価となると観客に元団員と団員がロビーで待っていてアイテムをくれる。
メンバー構成
- N ： ボスにして王（BW1）
- ゲーチス ： 七賢人にして事実上の支配者
- ヴィオ以下七賢人達 ： 幹部
- ダークトリニティ ： ゲーチスの私兵
- アクロマ ： 雇われボス（BW2）
- 愛の女神＆平和の女神 ： Nの世話役
- したっぱ団員達
基地
Nの城（BW）
プラズマフリゲート（BW2）
※BW2における元プラズマ団はホドモエシティの屋敷に暮らしている
アニメにおけるプラズマ団
2011年2月初頭より「ロケット団VSプラズマ団!（前編・後編）」予告が流れ、本編のストーリーも密かにその回に向けて準備されていた。しかし、放送を目前に迎えた所で東日本大震災が発生。その影響でこの回の放送を自粛。これにより「ロケット団vsプラズマ団!」はお蔵入りとなり、今もなお放送されていない（ちなみに海外でも未放送）。
そしてアニメはシーズン2へ移行、このまま登場しないのでは……と思われていたが、2013年1月からスタートした新章「エピソードN」にて登場することが決定し、同年2月7日の放送で初登場となった。
アニメのプラズマ団のデザインや設定はBW2準拠でありゲーチスがボス（総帥）、アクロマが研究者兼プラズマ団の幹部となっている。また、アンジーというアニメオリジナルの女性幹部（服装はBW2のしたっぱ（女）と同じ）が登場する。
活動内容はこれまでアニメに登場した悪の組織同様「イッシュ地方の征服」を目標に掲げて、悪事の限りを尽くしている。また、Nの行方を捜すことも目的の1つ。その理由はNがポケモンと会話可能な能力を利用するためである。
反面、原作にあった元プラズマ団で慈善活動を行っている人物など登場せず、組織としてはゲーム版や放送中止前に比べ、かなり薄っぺらくなってしまったといえる。
サンギタウンの山頂でポケモンの力を引出し操る研究をしており、国際警察ハンサムに突止められる。その後、別の町ではオノノクスを操り町を破壊し征圧しようとしていた。
部下のブラッド（CV:佐藤健輔・服装はBW2のしたっぱ（男）と同じ）を使い、Nの隠れ家を探し出しNを捕まえようとするがサトシ達に妨害され失敗、アジトへ戻るもののロケット団に後を付けられてしまう。
その後、白の遺跡へ向かい遺跡を制圧。アララギパパよりライトストーンを強奪しNを確保。
復活したレシラムを利用してイッシュ制圧を目論むが、サトシ達の活躍で計画は瓦解し、最後は国際警察によってゲーチス、幹部全員が逮捕されたことでプラズマ団は壊滅した。
余談
第6世代までは伝説ポケモンを戦力として使役している唯一の組織であったりする（アカギはギラティナ、UMAトリオに妨害されており、フラダリの場合は利用してはいたが使役していた訳ではない）。
第7世代に入るとSMでタイプ:ヌル（禁止級ではないが）を使うグラジオが登場し、さらにUSUMで伝説ポケモンを惜しみなく使ってくるレインボーロケット団が登場して唯一ではなくなった。
その活動内容からアメリカの過激派動物愛護団体であるPETA（動物の倫理的扱いを求める人々の会）に酷似しており、同団体が出しているポケモンをモデルにした残酷なフリーゲームにもプラズマ団が善良な集団として登場するなど認知しているようである。
また、ごく一部のファンからはプラズマ団はキリスト教徒もモチーフではないかと噂されている。
組織が2派に分裂したこと、ゼクロム、レシラムの専用技であるクロスフレイム、クロスサンダーの名前に十字架を表す「クロス」が含まれていること、プラズマ団のエンブレムの形がキリスト教のシンボルの1つであるラバルムに似ていることなどが理由である。
ポケモンGOでもゲノセクトの図鑑説明でその存在が触れられているが、当然ながらプラズマ団自体は登場しない（同作の悪の組織はGOロケット団がその役割を担っている）。
ポケモンSVのDLC「ゼロの秘宝」では、後編でイッシュ地方にあるブルーベリー学園が舞台となる。同校にはイッシュ地方の出身者が多く、作中の時系列も『BW2』以降であることが示唆されているが、プラズマ団の引き起こした動乱について言及する人物は残念ながらいない。
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