2013年 12月25日からニンテンドー3DS向けに配信開始。
『ポケットモンスター X・Y』以降の作品で捕まえたポケモンをインターネット上に作られた自分専用のボックス(クラウドボックス)に預け、まとめて管理することのできるサービス。管理可能なポケモンの数は3,000匹に及ぶ。
サービスの利用には年間500円(税込)の利用料が必要(ソフトのダウンロード後に利用券を購入することによって利用できる仕組み。この利用券購入に支払った金額がそのまま、サービスの年間利用料となる)。

また、早期ダウンロードキャンペーンとして、配信開始から翌年の1月31日までに同ソフトをダウンロードしたプレイヤーは30日間無料で同サービスを利用できる「30日間無料券」もダウンロードできる。しかし、諸事情により期間が延長する事となった(後述)。
さらに、2014年 9月30日までにボックスにアクセスしたプレイヤーには特別な技「てかげん」を覚えたセレビィが配信された(最初からすでにボックスに入ってる状態のため、厳選は不可能)。

また、2015年 2月27日から11月30日には隠れ特性のジョウト御三家の最終進化形、2016年 3月4日から10月30日には隠れ特性のレジ系3匹が配信された。

2014年 11月19日、Ver1.2にアップデート。『オメガルビー・アルファサファイア』へと対応するようになった。

2017年 1月25日、Ver1.3にアップデート。『サン・ムーン』とバーチャルコンソール版『赤・緑・青・ピカチュウ』へと対応するようになった。さらに同年10月2日までに利用するとミュウ専用のZクリスタル｢ミュウZ｣が貰える。

2017年 11月20日、Ver1.4にアップデート。『ウルトラサン・ウルトラムーン』およびバーチャルコンソール版『金・銀』に対応した。

2020年 2月12日、Ver1.5にアップデート。『Pokémon Home』への引っ越しサービスが追加された。

2023年 3月28日、ニンテンドーeShopのサービス終了に伴い、『ポケモンバンク』および『ポケムーバー』の新規ダウンロード・『ポケモンバンク』利用券の販売を終了。　同日にサービスが無償化。
ただし、利用券の払い戻しは不可
(公式発表)

主なシステム

Ver.1.4では『X・Y』『オメガルビー・アルファサファイア』『サン・ムーン』『ウルトラサン・ウルトラムーン』で手に入れたポケモンを預けることができる。
また、『ブラック・ホワイト』『ブラック2・ホワイト2』とバーチャルコンソール版の『赤・緑・青・ピカチュウ』『金・銀・クリスタルバージョン』のポケモンを後述の「ポケムーバー」によってクラウドボックスに移動できる。
道具を預けることはできず自動的にバッグに戻される。また通信ではないため通信進化が起こることはない。

ニンテンドー3DS本体がクラウドボックスと紐付けされる。万が一ゲームカードを失っても、新しいソフトに連れてくることができる。
ただし、本体が故障した場合は任天堂に要相談。

預けられるポケモン

第7世代作品のローカルなボックスが30匹x32個＝960匹に対して、30匹x100個＝3,000匹のポケモンを預けられる。
対戦や大会に備えてポケモンを厳選するような廃人には重宝するかもしれない。それでも足りないという人も。

便利なシステム

前述の通り、ニンテンドー3DS本体がクラウドボックスと紐付けされる。
紐付けした本体であれば複数のセーブデータでクラウドボックスは共用出来る。
これまで1匹ずつ交換でしか移動出来なかったのに対してまとめて移動出来る。
また、検索機能もしっかり備わっており、預けたポケモンたちの中から目当てのポケモンをすぐに探し出すことができる。

ポケモンの移動は本家ゲームのようなタッチペンは使えず、十字ボタンやボタンを押して行う。

また、ポケモンを預けた数に応じてポイントがもらえ、ポケマイルかBP(バトルポイント)のいずれかで任意で受け取ることが可能となっている。
ただ、ポケモンボックスのように一定の数預ければ特別なポケモンをもらえるようなイベントは現在のところない模様。
尤も今サービスはポケモンボックスと違ってアップデートすれば幾らでもシステムの追加・上書きが可能なサービスため、今後イベントで情報が追加されるかもしれないので期待しよう。

第7世代のアップデートで図鑑機能が追加され、第6世代以降の図鑑説明を見られるようになった。データは共有するためソフトでは捕まえていないポケモンの説明もバンクにデータがあればこちらで図鑑説明を見れるようになっている。
また、ソフトごとの捕まえた総数や孵化させた数などの記録も見れるようになった。

PokéMover(ポケムーバー)

『ポケモンバンク』と連動するアプリケーション『ポケムーバー』。
いくらポケモンXYで登場するポケモンの数が多いとはいえど、ジョウト、シンオウ、イッシュの御三家、幻のポケモンなど90種のポケモンは、『オメガルビー・アルファサファイア』の発売までこれでないと手に入らなかった。
例の如く、『ブラック・ホワイト』『ブラック2・ホワイト2』バーチャルコンソールのタイトルからクラウドボックスへの一方通行に制限されており、逆方向へは移動出来ない。一度『ブラック・ホワイト』か『ブラック2・ホワイト2』に移動する必要はあるが、DS 版のポケモンを移動することも出来る。果てにはGBA版のポケモンを『オメガルビー・アルファサファイア』になんてこともできる。ただし、『X・Y』以降の作品では第5世代より前のポケモンにはカロスマークが付かない関係上公式大会での使用制限がかかる可能性があるので注意。VC版は『サン・ムーン』『ウルトラサン・ウルトラムーン』にのみ送る事ができる仕様であり、『X・Y』や『オメガルビー・アルファサファイア』では引き出しができない。また、裏技で入手したミュウや　なぞのばしょで入手したダークライ、シェイミ、アルセウスといったバグポケやタマゴ、ブラックキュレム、ホワイトキュレム(いずれも要分離)、プロアクションリプレイで入手した改造伝説ポケや改造幻ポケは送れず弾かれるとの報告がある。一方、プロアクションリプレイ産でも多少辻褄の合うデータ改竄をした改造一般ポケモンは通り、しかも『Pokémon HOME』まで輸送できる上にそちらでも正規扱いされるという報告もある。

登場キャラクター

ポケバンク管理者はGCソフト『ポケモンボックス』でも登場したアズサ。実に10年ぶりの再登場となる。

ボックスの時とは違い、表情に差分がないのが寂しいか。主に前述したポケマイルやBPをくれる。

補足

配信開始直後にポケモンバンクによるネット混雑が激しく、eShopを巻き込んだ為、2013年 12月26日ごろから一時的に配信ストップになった
PDWの時からまるで成長していない対応にプレイヤーは怒り、その矛先が何故かアズサに性的な意味で向かう事になった。

2014年 1月22日に再配信が開始された。これに伴い、当初からのキャンペーンだった30日間無料券の配布期間も同年2月21日まで延長された(12月25～26日の時点で受け取ったプレイヤーへの再配信はなし)。同時に通信方式も変更となっている。

また、アップデートにより3DSで登場する全シリーズの「ポケットモンスター」と対応した。
特にVC版のソフトと連動したことにより、初代・第2世代と第6・第7世代とが繋がるようになった。

ただし、例の如く、バンクに預けているポケモンをサン・ムーン等の新世代のソフトに連れて行くと、X・Y等の過去世代のソフトに二度と使えなくなるので注意。
使用するゲームソフトに送れないポケモンの場合は、バンク内のポケモンのドット画像に白い背景がつく。

注意点

ポケモンバンクはセキュリティに関するペナルティが異常に厳しく、少しでも接続不良でエラーが出れば容赦なくサーバーロックがかかりアクセス不可になるペナルティを食らうというかなり理不尽な仕様になっている。もちろんポケモンバンク側のサーバーが動作不良を起こしている場合も。
しかもペナルティは普通にプレイした上でのエラーなら1時間だが、コマンドを選択せずにいきなり電源を切った場合は168時間である。このような鬼畜極まりない仕様から特にバンクをしょっちゅう利用する人達のみんなのトラウマと化している。

ただしこれには早急に解除出来る裏ワザが存在し、ペナルティの適用期間は3DSの時計に準拠するため、ペナルティが解除される日付を跨ぐように時計をいじればポケモンバンクを利用できるようになる。例えば1月11日にペナルティを食らった場合、1月17日の23時59分に時計を合わせれば一週間後にあたる1月18日を迎える0時になった時点でペナルティは解除される。
自分のロムの時計をいじるのは…と躊躇っている人でも、その日だけ自分がやっているゲームの時間限定で出来る要素のペナルティを気にしないのであれば、時計をいじり日付を跨いだ後に元の時間に戻してもバンクは使えるので時間を戻した後にロムをセットすればよい。
第六世代は第五世代と比べれば時計をいじるデメリットははるかに少ないのでポケモンくらいしかしないプレイヤーなら試してみる価値はあるだろう。

その後

2018年 11月に発売された『Let's Go! ピカチュウ・イーブイ』を皮切りにハードがNintendo Switchへと移行し、2019年 11月には『ポケットモンスターソード・シールド』が満を持して登場。
2020年 2月にはポケモンバンクの後継ともいうべき『Pokémon Home』が登場し、ポケモンバンクもこれに合わせて引っ越しサービスを開始した。
eショップ終了に伴いポケモンバンクも終了にはならず、無料で一定期間提供されることが決まった。ただし、一定期間なのでそれが終了したらDS→3DSシリーズ、3DS→Switchに輸送できなくなる可能性もある