ネットナビによるバスティングが主な対抗手段なのだが、動物園の電脳にいるモノマネをしているウイルスに天敵や仲間を模したプログラムくんをぶつけてデリートするなど条件次第ではプログラムくんでも対処可能なようだ。またヒールナビやロールなど一部のナビはウイルスを使役して自身の戦力にしたりするなど使い方次第では人間とも共存できるらしい。

実際に『エグゼ3』では浄化現象を起こしたウイルスを飼育して、指定のタイミングで召喚する事ができたり、『エグゼ6』ではウイルスデータを使ってオートバトルを行う『ウイルスバトラー』というシステムが存在していた(どちらもバトルチップのコンプリートには避けて通れない要素である)。

基本的には電子データの存在だが、アニメ版ではディメンショナルエリアやゼロウイルスの影響下など現実世界に電脳空間に近いフィールドが形成されると実体化する事がある。

ある程度の能力があれば、人間の武器やバトルチップゲートによるバトルチップの実体化などで充分に対処可能である。

中には言葉を話せる個体も存在する(『エグゼ3』のウラインターネットに住むガルーやアニメ版に登場したヌーラなど)。

強さ

本作の雑魚キャラに相当する存在であり、アニメではあっさり倒される事が多いが、中には並大抵のボスの強さを凌ぐウイルスも存在する。

HPが凄まじい速度で回復し、渦潮で逃げ道を断ち、近距離戦では押し出しで攻撃してくる"ヌール系"
通常時はブレイク系を除いて1ダメージしか与えられず、口が開いた瞬間にしかダメージが入らない"カーズ系"
ソード系しか受け付けない"ダークシャドー系"や"ナビシャドー系"
特定の属性の攻撃でしかオーラを剥がせない"メガリア系"
HPが一定以下で倍速状態になってしまう"チュートン系"
ジグザグに突進し、上位種になるほどに回避が難しくなる"ユラ系"
バトルチップを奪ってくる"UFOサニー系"
除去が困難なドリームオーラを持ち、蔓での絡め取りなどの厄介な技を放ってくる"ドリームビット"系
地面に潜って攻撃を躱し、反撃しにくい背後から不意打ちをしてくる"モモグラン"系
倒す順番を間違うと即死攻撃を放ってくる"ナンバーズ系"
体力以下の攻撃力のチップを無効化し、エスケープも不可能な"プロテクト系"
攻撃を1度無効化する毛皮を持ち、自陣にまで突っ込んでくる"マルモコ系"
ガードブレイク・対インビジ・麻痺効果持ちのビームを放つ"キラーズアイ系"
フィールドを動き回り、判定詐欺に近い攻撃範囲を持つ"サーキラー系"
振動による遅延とブレイク系以外を無効化する防御形態に加え、ヒビパネルを増やして退路を塞ぐ"ガイアント系"
ロックマンをロックオンし、執拗に追いかけ回してくる"クーモス系"
ブレイク系すら無効化する殻を持ち、攻撃する時だけダメージが通るが、倒されると周囲のウィルスを全回復させてしまう"アップルサム系"
攻撃するときにのみ攻撃が通るが、麻痺効果のある電波を放ち、カウンターを妨害してくる"パルフォロン系"

ライブラリを埋めないと隠しストーリーを進行できない都合上、こうした強敵を相手に高いバスティングレベルを修めてバトルチップを入手しなくてはならなかったり、『5』のリベレートミッションでは不可抗力的に戦わされる事も珍しくなく、多くのプレイヤーのトラウマとなっている。

『アドコレ』ではバスターマックスモードが追加されたのでそうそう苦戦する事はなくなった…ハズ。

ウイルスの種類(初期系のみ)

ウイルスの名称	初登場作品	ドロップチップ
メットール	エグゼ	メットガード/ショックウェーブ/リフレクメット
ラッシュ	エグゼ	ユカシタ
アーバルボーイ	エグゼ	トリプルアロー/トレインアロー
アモナキュール	エグゼ	バブルラップ
ガイアント	エグゼ	ガイアハンマー/アイアンボディ/ブレイクハンマー/ビッグハンマー
カブタンク	エグゼ	スモールボム/クラックボム
キオルシン	エグゼ	ダッシュアタック/バーニングボディ
キャノーダム	エグゼ	キャノン
キャンデービル	エグゼ	リモローソク
クモンペ	エグゼ	クラウド
ゴースラー	エグゼ	インビジブル
コルドベア	エグゼ	アイスキューブ
サテラ	エグゼ	ロックオン
ジェリー	エグゼ	ツナミ
ジーラ	エグゼ	ステルスマイン
スウォーディン	エグゼ	ロングソード/属性系ソード
ダイジャン	エグゼ	エッグスネーク
チクリート	エグゼ	モスキート
チュートン	エグゼ	ラットン
ドリームビット	エグゼ2	ドリームオーラ
ハルドボルズ	エグゼ	ホウガン
ハンディース	エグゼ	カウントボム
ビリー	エグゼ	サンダーボール
ファンカー	エグゼ	トルネード
プクール	エグゼ	バブルスプレッド
プログ	エグゼ	エレキサークル
フロシェル	エグゼ	メタルシールド
ポイットン	エグゼ	フロントセンサー
ボルケルギア	エグゼ	アクアタワー/フレイムタワー/フレイムライン
ポワルド	エグゼ	アースクエイク
ミノゴロモン	エグゼ	ウッディタワー/リーフシールド/テンジョウウラ
メガリア	エグゼ	属性オーラ系/オーラヘッド
リモコゴロー	エグゼ	リモコゴロー
ウインドボックス	エグゼ2	トップウ
エビロン	エグゼ2	バブルショット
カーズ	エグゼ2	カースシールド
ガルー	エグゼ2	ヒートショット
キルプラント	エグゼ2	フォレストボム
ゲニン	エグゼ2	リョウテクナイ/エンゲツクナイ
シェルキー	エグゼ2	ダブルニードル
ダークシャドー	エグゼ2	カゲブンシン
タコバル	エグゼ2	(属性)バルーン系
チャマッシュ	エグゼ2	バッドスパイス
ヌール	エグゼ2	ウズシオ
バジリコ	エグゼ2	ポイズンマスク
フデロー	エグゼ2	ホーリーパネル
フレイボー	エグゼ2	ラインアウト
プロテクト	エグゼ2	なし
マグニッカー	エグゼ2	マグネットボム
マグマドラゴン	エグゼ2	マグマドラゴン
メテファイア	エグゼ2	メテオ/メテオアース
UFOサニー	エグゼ2	キャッチマシーン
ユラ	エグゼ2	サテライト/スペースユラ
ヨーヨット	エグゼ2	ヨーヨー
ラビリー	エグゼ2	ラビリング
アゾマータ	エグゼ3	グリーンロープ
キラーズアイ	エグゼ3	キラーセンサー
クエイカー	エグゼ3	ストーンアーム/ウェーブアーム
コリペン	エグゼ3	アイスウェーブ
ジェライム	エグゼ3	スチールゼリー
スパークビー	エグゼ3	ビーアロー
スーンハーク	エグゼ3	エアストーム
ツインズ	エグゼ3	ブラザーフッド
ドゴーン	エグゼ3	マグナム
トトポール	エグゼ3	トーテム
ナンバーズ	エグゼ3	なし
ニドキャスター	エグゼ3	ニードルマシン
N.O	エグゼ3	NOビーム
パラボール	エグゼ3	プラズマボール
プロトバグ	エグゼ3	なし
ヘビーアレイ	エグゼ3	ヘビーシェイク
ボルカノ	エグゼ3	マグマキャノン/ボルカノキャノン
ボンビートル	エグゼ3	シングルボム
メテマージ	エグゼ3	ランダムメテオ
モモグラン	エグゼ3	ユカシタモグラ
ラウンダ	エグゼ3	ブーメラン
ララパッパ	エグゼ3	オウエンカ他
ウェザース	エグゼ4	ブリザード(他、別属性亜種)
ウォーラ	エグゼ4	ツインファング
エレンプラ	エグゼ4	エレメントフレア(他、別属性亜種)
キルブー	エグゼ4	サイドバンブー
クーモス	エグゼ4	ホワイトウェブ
ゲイラーク	エグゼ4	ワイドショット
サーキラー	エグゼ4	サークルガン
ダーマ	エグゼ4	エアホッケー
プルメロ	エグゼ4	バウンドノート
ボムボーイ	エグゼ4	ボーイズボム
マグテクト	エグゼ4	マグボルト
マルモコ	エグゼ4	モコラッシュ
アップルサム	エグゼ5	レッドフルーツ
ウズリム	エグゼ5	アクアワール
ウドノート	エグゼ5	ウッディノーズ
エレオーガ	エグゼ5	エレキリール
ガルビースト	エグゼ5	なし
キャタック	エグゼ5	センシャホウ
キャノガード	エグゼ5	マークキャノン
ザエモン	エグゼ5	サムライソード
サボテコロン	エグゼ5	サボテンボール
スカラビア	エグゼ5	スカルチェーン
チャンプル	エグゼ5	ファイアパンチ
ドラグリン	エグゼ5	ヒートボディ
ドリクロール	エグゼ5	ドリルアーム
パルスバット	エグゼ5	パルスビーム
ピカラー	エグゼ5	イナズマキング
ブラッディア	エグゼ5	なし
マリーナ	エグゼ5	サイドバブル
ロイホーク	エグゼ5	なし
アサシンメカ	エグゼ6	マシーンソード
アルマン	エグゼ6	アイアンシェル
カカジー	エグゼ6	ドールサンダー
ガンナー	エグゼ6	マシンガン
グラサン	エグゼ6	フラッシュボム
スナーム	エグゼ6	サンドワーム
ゼロプレーン	エグゼ6	エアレイド
センボン	エグゼ6	アクアニードル
ダルスト	エグゼ6	ヘルズバーナー
ツボリュウ	エグゼ6	(属性)ドラゴン系
ドルダーラ	エグゼ6	バーンスクエア
ナイトメア	エグゼ6	サモンブラック
ハニホー	エグゼ6	リスキーハニー
パルフォロン	エグゼ6	エレキパルス
ヒトデスタ	エグゼ6	バブルスター
ボムコーン	エグゼ6	コーンショット
モリキュー	エグゼ6	ローリングログ
ヤカーン	エグゼ6	リトルボイラー
レムゴン	エグゼ6	ゴーレムパンチ
ガビョール	TM	アイアンボディ
クレイジーレイジー	TM	ダブルジャンプ
シールドアタッカー	TM	シールドガード
スクワーム	TM	リカバリー80
スナイパージョー	TM	ハイガード
チャンキー	TM	なし
ビッグアイ	TM	フットスタンプ
ハンマージョー	TM	ハンマー/ホウガン
ピエロボット	TM	パネルリターン/リカバリー80
ブラスター	TM	3ウェイ
ペペ	TM	ダブルジャンプ
ラダープレス	TM	リカバリー150
ローリングドリル	TM	アイアンボディ

人造ウイルス

ドリームウイルス

WWW（ワールドスリー）が「最強のウイルス」を目指し、ドリームウイルスを開発。

100以下のあらゆる攻撃を無力化する「ドリームオーラ」を纏い、絶対的な防御能力を得た。

ゼロ

ロックマンエグゼトランスミッションでは「心」を持つウイルスであるゼロが登場した。ゼロはウイルスを産み出すことができるウイルスであり、ゼロウイルス事件の発端ともなった。ロックマンXシリーズのゼロと似た剣術で戦い、ただのウイルスを遙かに超える能力を有している。

自身が生まれたゼロアカウントエリアで情報を蓄積していく内に人格が芽生えた。

その後ロックマンと戦い、敗れて改心し自分をデリートするように促すも、祐一郎によりネットナビとして生まれ変わった。

獣化ウイルス

『ロックマンエグゼBEAST』に登場する獣化因子で強化されたウイルスの事。

グレイガ陣営には爪や牙、ファルザー陣営には翼の意匠がある。

ビヨンダード原産であるが、熱斗の世界でも生き残りがおり、教授などの悪人に利用されている。

グレイガ陣営

ウイルスの名称
メットール
メテマージ
スカラビア
ラビリー
ドリームウイルス
ドリームビット
ガイアント
モモグラン
ゲイラーク
マリーナ

ファルザー陣営

ウイルスの名称
ロイホーク
キラーズアイ
ナイトメア
マグマドラゴン
チャンプル
ウズリム

余談

また、過去作の敵がモチーフと思われるウイルスもいくつか存在する。

ウイルスの名称	登場作品	元ネタ
メットール	エグゼ皆勤賞	メットール(ロックマン)
ラッシュ	ロックマンエグゼ	ラッシュ(ロックマンシリーズ)
ビリー	ロックマンエグゼ	ビリー(ロックマン4)+エレキン(ロックマン3)
キャノーダム	ロックマンエグゼ	タダホウ(ロックマン6)などの砲台キャラクター
ハンディース	ロックマンエグゼ	カウントボム(ロックマン6)
チュートン	ロックマンエグゼ	ラットン(ロックマン4)またはマウスベール(ロックマン5)
リモコゴロー	ロックマンエグゼ	ゴブリンまたはカミナリゴロー(ロックマン2)
ガルー	ロックマンエグゼ2	フレンダー(ロックマン2)
シェルキー	ロックマンエグゼ2	シェルン(ロックマン8)
プロトバグ	ロックマンエグゼ3	イエローデビル(ロックマン)
ガビョール	トランスミッション	ガビョール(ロックマン)
スナイパージョー	トランスミッション	スナイパージョー(ロックマン)
ビッグアイ	トランスミッション	ビッグアイ(ロックマン)
ブラスター	トランスミッション	ブラスター(ロックマン)
ペペ	トランスミッション	ペぺ(ロックマン)
ハンマージョー	トランスミッション	ハンマージョー(ロックマン3)
シールドアタッカー	トランスミッション	シールドアタッカー(ロックマン4)
チャンキー	トランスミッション	チャンキー(ロックマン)
クレイジーレイジー	トランスミッション	クレイジーレイジー(ロックマン2)
スクワーム	トランスミッション	スクワーム(ロックマン2)
ピエロボット	トランスミッション	ピエロボット(ロックマン2)
ラダープレス	トランスミッション	ラダープレス(ロックマン4)
ローリングドリル	トランスミッション	ローリングドリル(ロックマン5)

電波ウイルスとの関係

『エグゼ』の次世代に当たる電波ウイルスとの関連は不明だが、メットールはメットリオ、ビリーはビリーエースとして登場している。

この他にも名前や能力、容姿などに共通点が見られるウイルスが何体かおり、列挙していく。

エグゼ	流星	共通項
エビロン	サワニガー	横歩きで移動し、泡型弾を放つ甲殻類型のウイルス
ガイアント	ビグリッパ	上半身だけが稼働し、重量系武器を振り回す騎士甲冑のウイルス
カブタンク	カブホーン	カブトムシと戦車がモチーフのウイルス
キオルシン	クロッカー	ブレイク性能持ちの突進攻撃を得意とする鳥形ウイルス
キラーズアイ	アイズ	捕捉した相手に電撃を浴びせる単眼のウイルス
ガンナー	バルカナ	砲台系ウイルス(後者の2号機の名称がバル"ガンナー")
クーモス	スパイダラ	突進と蜘蛛の巣の二種類の攻撃を使い分けるクモ型ウイルス
ザエモン	エドレード	笠を被った侍がモチーフ
ジェライム	プルミル	飛び跳ねて移動するスライム型ウイルス(後者の能力はゲイラークに近いが)
スウォーディン	モノソード	ソード攻撃を放って来る騎士型ウイルス(後者の2号機の名称が"モノソーディン")
ダークシャドー他	ヘルブラック	ソード系以外無効
タコバル	オクタリン	グレードごとに違う属性の球を放つタコ型ウイルス
チャンプル	ドッカーン	肉薄して炎属性のパンチを放って来る
ハンディースー	デスカウント	カウントボムを設置して来る
ボルカノ	イワガンコ	火山弾を放つ火山岩型のウイルス
ポワルド	ストンゴ	ドッスンの如く、攻撃方法が落下
ララパッパ	シシンガー	混乱、無敵、振動の効果を持つ歌を歌う
パルフォロン	ナイナイ	本体を覆い隠し、攻撃時に電波を放ってくるウイルス