今作のキャラクターデザインはペルソナアートワークチームの嶋田あずさが主に担当し、パッケージイラストはオリジナル版キャラクターデザイナーの副島成記とも相談のうえ作成された。
3Dグラフィックの頭身、アニメーション。会話時にキャラクターイラストの口元もアニメーションする。また、居る場所によってハイライトの色も変化するなど細かいこだわりがあるとのこと。
P5R基準のUI。ステータス画面のイラストやデザインも描き下ろしとなっている。システムとしてはバックログや日常でのミニマップも利用可能。
総攻撃フィニッシュ時のイラスト演出も描き下ろされている。
ボイスは全て新規収録で、コミュのランクアップ時もフルボイス化したため過去最大のボリュームになっている。
- ※Y子(隠者アルカナ)関連コミュランクアップイベントはボイス化されていないが、ラスボス戦時とラスボス後のイベントのみフルボイス化となる。
BGMのボーカルは新しい風を吹き込みたいとのことで、「川村ゆみ」から「高橋あず美」に変更されている。オリジナル版の曲はP3Rver.としてアレンジされ、新曲もいくつか追加される。戦闘曲は先制攻撃時に新曲「It’s Going Down Now」、通常・不利時は「Mass Destruction」P3Rver.となる。　また『エピソードアイギス』では先制攻撃時に新曲「Don't」、通常・不利時は「Mass Destruction-P3Fes Reload-」が流れる。

ストーリーなど

シナリオはオリジナル版からほぼ変更されていないが、一部の台詞がマイルドな表現になったり、イベントに居合わせる登場人物が増えたりしている。また、P3P時点で追加された台詞（※男性主人公で表示される物のみ）、新サイドストーリー「リンクエピソード」が追加されている。
オリジナル版での主人公は特別課外活動部の男性メンバーとのコミュが存在しないが、P3Rでは新たに「リンクエピソード」を通じて交流できるようになった。日付固定でメインシナリオに合わせて進行するが、初回の誘いを見逃した場合は進行不可となるため注意が必要。
巌戸台分寮内での日常イベントが追加された。料理、読書、DVD鑑賞、家庭菜園、勉強会など様々なイベントを通じて寮の仲間と交流できる。
敵対組織「ストレガ」の追加エピソードが発生し、日付固定でメインシナリオに合わせて進行する。
夜の時間にできることが増えた。ポロニアンモールだけでなく駅前にも行けるようになる、寮1階のパソコンを使って能力上げ、新要素のアンロック、コミュ好感度アップなど。
2024年現在にはそぐわない表現の変更(屋久島イベントの一部シーン)。
「エピソードアイギス」に隠しボスが追加された。本編の隠しボスに近い性質を持つが、仲間と共に挑戦することが出来る。
ペルソナ3においてイゴール役を務めており、2010年に逝去した田の中勇氏に代わり、たなか社長役の島田敏氏がイゴール役を兼任することになった。

戦闘システム

P5R準拠のダイレクトコマンド、アシスト機能。
「シフト」は1MOREで仲間に行動を移す機能。追加効果（SP消費が減るなど）は付かないため、P5Rの「バトンタッチ」と比べるとシンプルでシビアなものになっている。
「テウルギア」はゲージを貯めると各キャラごとの特殊スキルを発動できる機能。それぞれ貯めやすい行動も異なっている。ちなみにオリジナル版でいう「ミックスレイド」や「オルギアモード」はそれぞれ主人公・アイギスの専用テウルギアという扱いになり、発動にゲージ溜めが必要になった代わりに性能が向上した。
祝福・呪怨属性の攻撃に即死系ではない通常攻撃魔法「コウハ系」「エイハ系」が追加されている。　ただしペルソナ5で追加された核熱・念動属性魔法は追加されていない。※『女神異聞録ペルソナ』『ペルソナ2』ぶりにP5で復刻された魔法
体調システムは廃止され、疲労・風邪・絶好調の概念が無くなっている。探索で仲間が疲労して離脱することも無くなった（代わりにエントランスで回復するには下記の薄明の欠片が必要になった）。
タルタロス内にサーチオブジェクトが追加された。これらを壊すと回復アイテムや換金用アイテムを入手できる。また、「薄明の欠片」というアイテムが日常の背景やタルタロス内に落ちており、集めると宝箱の鍵になったり、HP/SP回復に使用できる。また、累計消費数が一定以上になると大時計が出現し、レベルの遅れている仲間を一気にレベルアップさせることが出来る。
タルタロス内に「モナドの扉」「モナド通路」が出現するようになった。中には強力なシャドウが待ち構えており、倒すと貴重なアイテムを入手できる。
探索中に風花のスキルを使用してシャドウに感知されないようにしたり、バフをかけたり（次の戦闘開始時に適用）、エントランスに帰還したり出来るようになった。各スキルはSP消費が発生する。
敵シャドウへのアナライズは、攻撃したことのある属性は弱点・耐性など記録されるが、攻撃したことが無い状態では「？」のままになる（P4以降の仕様）。物語が進んで風花が加入するとナビ用のスキルが解禁され、バトル開始して1ターン経過後に風花のスキル「ハイ・アナライズ」を使用すると全属性を一気に開示することができるが、本作では風花のSPを消費するようになった。※オリジナル版では各敵ごとに1ターン掛かる代わりにSP消費無しで発動出来ていた。
シャッフルタイムを確定発生させる条件が「主人公がトドメを刺す」から「総攻撃でトドメを刺す」に変更され、弱点を突く意義がさらに高まった。

登場ペルソナ

DLCとして『P4G』からイザナギ、マガツイザナギ、カグヤが『P5R』から心の怪盗団の初期ペルソナと第二ペルソナが登場(実は主人公以外のパーティメンバーのペルソナもDLCで使えるのは本筋では初の試み)。
また、オリジナルの「ペルソナ3フェス」からペルソナが多数リストラされ、「ペルソナ5」に登場したものを中心に差し代わっている(リストラされたペルソナの殆どが「P5」に登場しなかったものであるが、オモイカネなど本作に続投しているメンツもいる)。
- この影響を受け、キクリヒメ、ラクシュミ、アタバクなどのアルカナが原作から変更されただけでなく、初期レベルが変更されたペルソナも多数いる。

リストラされたペルソナ

リストラ	アルプ、ホクトセイクン、アレス、オオミツヌ、ナタタイシ、ヨモツシコメ、ターラカ、ティターン、ウベルリ、エンプーサ、グール、ヴェータラ、ナンディ、カルティケーヤ、スパルナ、ナラシンハ
新規追加	???、???、???、???、???、???、???、???、???、???、???、???、???、???