今作のキャラクターデザインはペルソナアートワークチームの嶋田あずさが主に担当し、パッケージイラストはオリジナル版キャラクターデザイナーの副島成記とも相談のうえ作成された。
3Dグラフィックの頭身、アニメーション。会話時にキャラクターイラストの口元もアニメーションする。また、居る場所によってハイライトの色も変化するなど細かいこだわりがあるとのこと。
P5R基準のUI。ステータス画面のイラストやデザインも描き下ろしとなっている。システムとしてはバックログや日常でのミニマップも利用可能。
総攻撃フィニッシュ時のイラスト演出も描き下ろされている。
ボイスは全て新規収録で、コミュのランクアップ時もフルボイス化したため過去最大のボリュームになっている。
- ※Y子(隠者アルカナ)関連コミュランクアップイベントはボイス化されていないが、ラスボス戦時とラスボス後のイベントのみフルボイス化となる。
BGMのボーカルは新しい風を吹き込みたいとのことで、「川村ゆみ」から「高橋あず美」に変更されている。オリジナル版の曲はP3Rver.としてアレンジされ、新曲もいくつか追加される。戦闘曲は先制攻撃時に新曲「It’s Going Down Now」、通常・不利時は「Mass Destruction」P3Rver.となる。　また『エピソードアイギス』では先制攻撃時に新曲「Don't」、通常・不利時は「Mass Destruction-P3Fes Reload-」が流れる。

ストーリーなど

シナリオはオリジナル版からほぼ変更されていないが、一部の台詞がマイルドな表現になったり、イベントに居合わせる登場人物が増えたりしている。また、P3P時点で追加された台詞（※男性主人公で表示される物のみ）、新サイドストーリー「リンクエピソード」が追加されている。
オリジナル版での主人公は特別課外活動部の男性メンバーとのコミュが存在しないが、P3Rでは新たに「リンクエピソード」を通じて交流できるようになった。日付固定でメインシナリオに合わせて進行するが、初回の誘いを見逃した場合は進行不可となるため注意が必要。
巌戸台分寮内での日常イベントが追加された。料理、読書、DVD鑑賞、家庭菜園、勉強会など様々なイベントを通じて寮の仲間と交流できる。
敵対組織「ストレガ」の追加エピソードが発生し、日付固定でメインシナリオに合わせて進行する。
夜の時間にできることが増えた。ポロニアンモールだけでなく駅前にも行けるようになる、寮1階のパソコンを使って能力上げ、新要素のアンロック、コミュ好感度アップなど。
ペルソナ3においてイゴール役を務めており、2010年に逝去した田の中勇氏に代わり、たなか社長役の島田敏氏がイゴール役を兼任することになった。

戦闘システム

P5R準拠のダイレクトコマンド、アシスト機能。
「シフト」は1MOREで仲間に行動を移す機能。追加効果（SP消費が減るなど）は付かないため、P5Rの「バトンタッチ」と比べるとシンプルでシビアなものになっている。
「テウルギア」はゲージを貯めると各キャラごとの特殊スキルを発動できる機能。それぞれ貯めやすい行動も異なっている。ちなみにオリジナル版でいう「ミックスレイド」の演出は主人公専用テウルギアとして実装された。
祝福・呪怨属性の攻撃に即死系ではない通常攻撃魔法「コウハ系」「エイハ系」が追加されている。　ただしペルソナ5で追加された核熱・念動属性魔法は追加されていない。※『女神異聞録ペルソナ』『ペルソナ2』ぶりにP5で復刻された魔法
体調システムは廃止され、疲労・風邪・絶好調の概念が無くなっている。
タルタロス内にサーチオブジェクトが追加された。これらを壊すと換金用アイテムを入手できる。また、「薄明の欠片」というアイテムが日常の背景やタルタロス内に落ちており、集めると宝箱の鍵になったり、HP/SP回復に使用できる。
探索中に風花のスキルを使用してシャドウに感知されないようにしたり、戦闘開始時にバフ・デバフをかけられるようになった。各スキルはSP消費が発生する。
敵シャドウへのアナライズは、攻撃したことのある属性は弱点・耐性など記録されるが、攻撃したことが無い状態では「？」のままになる（P4以降の仕様）。物語が進むと風花のスキル「ハイ・アナライズ」が追加され、バトル開始して数ターン経過後に風花のスキル「ハイ・アナライズ」を使用すると一気に開示することができるが、本作では風花のSPを消費するようになった。※オリジナル版ではSP消費無しで発動出来ていた。