新無印編11話で初登場。サクラギ研究所で次々怪奇現象を起こしてはサトシたちを困らせていたが、コハルとワンパチの活躍もあって吹っ飛ばされ、一時撤退する。

その後16話で再登場。今度はサトシの影に憑依し、具合を悪くさせるなど様々な不幸に見舞わせて苦しめるが、発奮した彼がそのまま街に出ていったことで状況は一変。

実はこのゲンガーはある男性のポケモンであったが、彼は自分の不運や不注意をゲンガーに八つ当たりする悪質なトレーナーであった。そして後にサクラギ研究所となる屋敷で待っているよう嘘をつかれる形で捨てられてしまう。
そのまま屋敷に住み着き、やってくる人間を怪奇現象で追い払ってまで待ち続けたが、3年の月日を経てすっかりグレてしまったのだった。

そして現在、街中で遭遇したその男性はトレーナーを辞めていたようで、彼の劣悪な本音を直に聴いたゲンガーは怒り心頭。猛攻を加えても反省の色なく逃げていく男性を見て傷心に暮れ、同情しつつも我が物にせんとするロケット団に捕まりそうになるが、そこにサトシとピカチュウが割って入る。

「前のトレーナーが何と言おうと、オレは今、お前が必要なんだ！」
「今すぐに信じてくれなくてもいい。でもオレはお前を信じる！」

サトシのこの言葉に心を打たれたのか、彼と力を合わせてロケット団を撃退。サトシを新たなトレーナーと認め、自ら渡したモンスターボールでゲットされた。
サトシの手持ちに加わった後もイタズラはやめていないらしく、研究所内で何かトラブルが起きると真っ先に疑われることも。

性格

元からいたずら好きな性格だった様子だが前述の人間不信だった時は目つきが荒々しく鋭かった。しかしサトシにゲットされてからは本来の陽気かつ素直さを取り戻しており、信じた相手には人懐っこさも見せるようになっている。さらに後述のダイスープづくりの最中のオニオンとの会話から、「サトシの側にいたい」という思いから強さを求めていることが判明した。

能力・活躍

現在の使用技は「シャドーボール」「マジカルシャイン」「ヘドロばくだん」「おにび」。ダイマックスわざは「ダイアシッド」「ダイアイス(れいとうパンチを忘れたので、もう発動出来ない)」「ダイフェアリー」「キョダイゲンエイ」。
とくせいは「のろわれボディ」。

攻撃を壁のようにすり抜けるなどトリッキーな戦法が持ち味で、18話ではジムリーダー代理のビスケス戦に繰り出され、独特のオカルトムーヴでライチュウを下す活躍をしている。

一方で自分より素早いポケモンとの相性は苦手らしく、以降の公式戦では碌にダメージを与えられないまま倒される噛ませ役が続いてしまった。

しかし第91〜92話にて、資料映像で見たキョダイマックス姿に感化されたことで、ラテラルタウンのオニオンの元へ出発。
迷い込んだ「ゴースト列車」で起こったトラブルに対し、ゲンガーというポケモン特有の「影の世界に入り込む能力」を活かして大活躍を魅せた。

到着した先で、自身にキョダイマックスの資質が無かったと判明しショックを受けるも、オニオンの勧めでダイキノコを集めたダイスープを作ることに。

個性的なゴーストポケモンたちとのいざこざはありつつも、何とかダイスープは完成。飲んですぐに効き目が現れ、ピカチュウに代わるキョダイマックス枠の地位を獲得した。そしてキョダイマックスと後述の「おにび」獲得後は、これまでの不遇っぷりを取り返すかのように活躍していく。

第99話のマリィ戦で、キョダイマックスバトルを展開。この際「ナイトヘッド」と「サイコキネシス」の代わりに「マジカルシャイン」と「ヘドロばくだん」を習得。
オーロンゲとの接戦の末見事勝利して15位への上昇に貢献。

109話のキバナ戦では2体目で登場。
先鋒のカイリューがフライゴンのすなあらし戦法の前に完敗、自身も同様の戦法に敗北寸前まで追い詰められたので、サトシは予定していたルカリオのメガシンカを諦め、彼をキョダイマックスさせることを選択。
大口や大舌を活かした機転で趨勢を取り返し、「ダイフェアリー」でフライゴンを撃破し、続くヌメルゴンとの相打ちにまで持ち込む等、重要な試合で大きな活躍を魅せた。

114話では、オーキド研究所にいるサトシの炎ポケモン達と特訓。そこで「おにび」を習得し、直後に、バトルしたシンジのメタグロスを弱体化させて勝利。
ダイゴ戦ではこのおにびが大いに役立ち、相手のボスゴドラをほとんどスリップダメージのみで沈めている。
ダンデ戦でも彼のインテレオンが使ったカウンターシールドに対し、おにびをぶつけて相殺する応用性を発揮。そのまま相手の急所攻撃を耐えきり、ダイアシッドでサトシ側に初の白星を与える活躍を果たした。

序盤の不遇っぷりが嘘のように、サトシの勝利に幾度も貢献するようになったので、新無印編でのエースポケモンがルカリオと見なされるのに伴い、
準エースポケモンがゲンガーと評するファンの声が多くある。

128話のPWCS NEWS（ポケモンワールドチャンピオンシップスニュース）独占情報によるとPWCSの大会期間中でも控室で様々なイタズラをしており、シロナのミカルゲを驚かすも返り討ちにあったらしい。

余談

無印編でゴーストが一時的に同行したことはあったが、正式にサトシにゲットされたゴーストタイプのポケモンはこのゲンガーが初。これによりサトシは、(放送期間にして)実に23年弱の歳月をかけて全18タイプのゲットを達成した。
2021年7月2日のスペシャルでサトシの手持ちが紹介された際、「サイコキネシス」の代わりに「マジカルシャイン」を覚えている設定になっていたが、デンジとの戦いから公式のミスである可能性が高いと思われていた。少なくとも「れいとうパンチ」よりは使い勝手の良い技であることは間違いないが。
- しかし上述通り、第99話で正式に「マジカルシャイン」を習得していたことが明らかになった。