SD佐藤・幾原と文芸統括富田はこの「魔界樹編」と「ブラックムーン編の絶交期パート(衛の悪夢編)」に関して、無印で完結するはずだった、月野うさぎと地場衛の関係を前世の恋から始まる宙ぶらりんなものから「恋に恋するを卒業しかけた能天気な中学生とそれをうっとおしがりながら悪くないと思い始める大学生、という現実に落とし込むための編」である、としている。ただし「魔界樹編」では幾原と富田は劇場版の作業のために動けず、柳川茂がメイン脚本を務めた。

そして、1993年11月13日放送の第28話(通算第74話)の「ルベウスを倒せ! 宇宙空間の決戦」では

歴代最高視聴率の16.3%！を記録し、並み居る裏番組を全て蹴散らし、人気を不動のものとした。

また、本作の放送期間中にテレビ朝日の系列局が3 局も増えた。

ストーリー

魔界樹（エイルとアン）編

ダーク・キングダムとの死闘で再び転生し、セーラー戦士の記憶を失ったうさぎ達。

しかし、平和を取り戻した地球に危機が訪れようとしていた。魔界樹に乗って魔物カーディアンを操る異星人・エイルとアンが、地球人のエナジーを新たな糧にしようとしていたのだ。

地球を守るためにセーラー戦士に戻ったうさぎ達と、謎の助っ人・月影の騎士の戦いが始まる。

ブラックムーン編

後半30話からは原作第二部に相当する「ブラックムーン」が始まる。

平和な日常に戻ったうさぎ達。しかし、うさぎと地場衛のデート中に空から降ってきた謎の少女は自分も「月野うさぎ」だと名乗り、うさぎに「『幻の銀水晶』を渡せ」と言い出す。

そしてうさぎの家族に暗示をかけ、うさぎのいとこに成りすましてしまった。「ちびうさ」と名付られたこの少女は、邪黒水晶とドロイドを操る暗黒の星ネメシスの住人・ブラックムーン一族に命を狙われていた。

さらに前触れもなく、うさぎは衛に別れを告げられてしまう。ちびうさはどこから来て、どうして銀水晶のことを知ったのか。そして、敵はどうして東京を襲って来るのか。

地球の現在と未来を掛けた戦いが今、始まる―――。

「R」って何？

本作以降はアルファベットのタイトルが続いていくが、これはバイクの名前に由来するらしい。

タイトルの「R」の由来については公式サイドの解説が存在せず、永遠の謎である。

ファンの間では諸説が囁かれてきた。以下は状況証拠はあれど証明できない説であることをご理解いただきたい。

「帰還」を意味するリターン（Return）と、それを略した接頭辞「Re」の頭文字。原作漫画版ブラックムーン一族の歴史改変作戦の名前に「Re:Turn」「Re:move」などのReがつく言葉が使用された。
「復讐」を意味するリベンジ（Revenge）の頭文字。『劇場版セーラームーンR』の主題歌「Moon Revenge」は作詞家の冬杜花代子が「R＝リベンジ」と解釈して制作した。ただし、リベンジの言葉が広まって流行語となるのは1999年に松坂大輔が使ってからである。
ロマンス（Romance）の頭文字。幾原演出のカセットコレクション第3巻のタイトルは『PRELUDE OF ROMANCE』（意訳：ロマンスの前奏曲）で、「R」が赤い太文字で強調されている。
ブラックムーンがちびうさにつけたコードネームのラビット（Rabbit）の頭文字。ストーリーが前世の因縁から未来との繋がりに切り替わった。

そして、正解はひとつではなく全て正しい（全てを内包する複合的な意味である）とする解釈もある。

登場人物

ゲストキャラクター

魔界樹（エイルとアン）編

クイーン・セレニティ（CV：土井美加）

魔界樹（CV：中西妙子）

エイル / 銀河星十郎（CV:緑川光）

アン / 銀河夏美（CV：冬馬由美）

ブラックムーン編

プリンス・デマンド（CV:塩沢兼人）

紅のルベウス（CV:高木渉）

蒼のサフィール（CV:柏倉つとむ※）※現：カシワクラツトム

翠のエスメロード（CV:小山茉美）

ワイズマン（デス・ファントム）（CV：丸山詠二）

あやかしの四姉妹

嵐（トルネード）のペッツ（CV:緒方恵美）

霊媒（ミディアム）のカラベラス（CV:平松晶子）

振り子（ペンジュラム）のベルチェ（CV：天野由梨）

同感（シンパシア）のコーアン（CV:山崎和佳奈）

主題歌

オープニングテーマ

「ムーンライト伝説」（47-89話）

作詞：小田佳奈子作曲：小諸鉄也編曲：林有三歌：DALI

エンディングテーマ

「乙女のポリシー」（47-91話）

作詞：芹沢類作曲：永井誠編曲：京田誠一歌：石田よう子（現：石田燿子）

本来は『R』のエンディングテーマであるが、『S』第2話にあたる第91話まで使用された。

挿入歌

「愛の戦士」（68話）

作詞：芹沢類作曲・編曲：樫原伸彦歌：石田よう子（現：石田燿子）

各話リスト

カッコ内は『R』としての話数

第47話(第1話)	ムーン復活!謎のエイリアン出現	うさぎ、記憶覚醒
第48話(第2話)	愛と正義ゆえ!セーラー戦士再び	4戦士、記憶覚醒
第49話(第3話)	白いバラは誰に?月影の騎士登場	月影の騎士初登場
第50話(第4話)	うさぎの危機! ティアラ作動せず	セーラームーン、パワーダウン
第51話(第5話)	新しき変身!うさぎパワーアップ	新しい変身ブローチ『クリスタルスター』登場/ムーン新必殺技発動
第52話(第6話)	狙われた園児!ヴィーナス大活躍	美奈子回/ヴィーナス強化技発動
第53話(第7話)	衛とうさぎのベビーシッター騒動	マーキュリー強化技発動。
第54話(第8話)	文化祭は私のため!?レイ女王熱唱	レイ回/マーズ強化技発動
第55話(第9話)	月影は星十郎?燃えるまこちゃん	まこと回/ジュピター強化技発動
第56話(第10話)	衛のキス奪え!アンの白雪姫作戦
第57話(第11話)	放課後にご用心!狙われたうさぎ
第58話(第12話)	すれちがう愛の心!怒りの魔界樹
第59話(第13話)	めざめる真実の愛!魔界樹の秘密	魔界樹編完結/月影の騎士の正体判明
第60話(第14話)	天使?悪魔?空から来た謎の少女	ちびうさ初登場登場。ブラックムーン編開始
第61話(第15話)	うさぎ大ショック!衛の絶交宣言	うさぎが衛に振られる
第62話(第16話)	戦士の友情!さよなら亜美ちゃん	亜美回。新必殺技初発動
第63話(第17話)	女は強く美しく!レイの新必殺技	レイ回。新必殺技初発動
第64話(第18話)	銀水晶を求めて!ちびうさの秘密
第65話(第19話)	恋の論争!美奈子とまことが対立	まこと&美奈子回。新必殺技初発動
第66話(第20話)	うさぎの親心?カレーな三角関係
第67話(第21話)	海よ島よバカンスよ!戦士の休息
第68話(第22話)	ちびうさを守れ!10戦士の大激戦	4戦士VSあやかしの四姉妹。紅のルベウス登場
第69話(第23話)	目覚めよ眠れる美少女!衛の苦悩
第70話(第24話)	愛の炎の対決!マーズVSコーアン	マーズVSコーアン
第71話(第25話)	友情のため!亜美とベルチェ激突	マーキュリーVSベルチェ
第72話(第26話)	非情のルベウス!哀しみの四姉妹	セーラー戦士VSペッツ&カラベラス
第73話(第27話)	UFO出現!さらわれたS戦士達	74話へと続くセーラー戦士VSルベウス
第74話(第28話)	ルベウスを倒せ!宇宙空間の決戦	73話から続くルベウスとの決着回
第75話(第29話)	謎の新戦士セーラープルート登場	セーラープルート登場
第76話(第30話)	暗黒の魔力!エスメロードの侵略	翠のエスメロード登場
第77話(第31話)	想いは同じ!うさぎと衛の愛再び	うさぎと衛が再び恋人同士に
第78話(第32話)	ヴィーナス美奈子のナース大騒動
第79話(第33話)	アルテミスの冒険!魔の動物王国
第80話(第34話)	恐怖の幻影!ひとりぼっちの亜美
第81話(第35話)	暗黒ゲート完成?狙われた小学校
第82話(第36話)	未来への旅立ち!時空回廊の戦い	ネオ・クイーン・セレニティを助けるべく未来へ
第83話(第37話)	衝撃の未来!デマンドの黒き野望	ちびうさの正体が判明/うさぎ、デマンドに拉致される/衛、うさぎをデマンドから奪還
第84話(第38話)	ワイズマンの魔の手!ちびうさ消滅	ワイズマンがちびうさの力に目を付ける
第85話(第39話)	暗黒の女王ブラックレディの誕生	ちびうさ、ワイズマンの洗脳によりブラックレディへ変貌
第86話(第40話)	サフィール絶命!ワイズマンの罠	ワイズマンの真の狙いに気付いた蒼のサフィール、口封じに殺される
第87話(第41話)	愛と未来を信じて!うさぎの決心	うさぎを庇いワイズマンの魔手に死するデマンド
第88話(第42話)	光と闇の最終決戦!未来へ誓う愛	うさぎと衛、ちびうさを元に戻す/ワイズマンとの死闘
第89話(第43話)	うさぎ達の決意!新しき戦いの序曲	第1〜2部総集編と第3部の伏線回となっている。OPが1〜2部前半・後半の四分割比較映像