トミー（現タカラトミー）の玩具「ゾイド」をモチーフとしたテレビアニメ。80年代にアニメ化の動きがあったが(参照)、正規にテレビ放送されたのはこれがシリーズ初であった。

1999年9月4日から2000年12月23日まで、毎日放送(MBS)制作・テレビ山口を除くTBS系列27局(うち8局がローカルニュース、青森テレビが「サザエさん」のスポンサードネットのため遅れネット)で全67話が放送された。本来は4クールの予定だったが、予想を超えた人気作品となりGF編と「ゾイド新世紀/ゼロ」が生まれ、「/0」が米国で人気を博した事によりテレビ東京系で「ゾイドフューザーズ」が制作され、同系で「機獣創世記ゾイドジェネシス」が放送、そして2018年7月からMBS・TBS系列アニメコンプレックス枠「アニメサタデー630」で『ゾイドワイルド』(MBS制作)が放送される等、後のシリーズの原動力となった。

銀河の彼方にあるという惑星Zi（ズィー）を舞台にした、主人公バンの冒険と、金属生命体であるゾイドとの交流を描いた作品。全2部で構成されている。世界観の設定と第1部（34話まで）のストーリーの展開等は、本作の漫画版を執筆した上山道郎が原案を担当した。（大まかな経緯については上山氏本人のサイトに掲載されている）

なお、本作に登場するゾイドの多くがトゥーンレンダリングで描写された3DCGである。また、ウルトラザウルスやデスザウラーなどの大型ゾイドが実際の機体設定以上に大型化されていたり、ゾイドの生命を司るゾイドイヴが存在するなど、キットのパッケージ上や小学館刊「機獣新世紀ゾイド　公式ファンブック」内で展開されるバトルストーリーとは世界観が異なる。

プロローグ

ヘリック共和国の辺境の村・ウィンドコロニーで暮らす少年バンは、盗賊に追われて逃げ込んだ古代遺跡の内部で、カプセルの中で眠りについていた小型の恐竜型ゾイドと少女を発見する。ジークと名づけた小型ゾイド――オーガノイドの力によって、朽ち果てていたシールドライガーを蘇らせたバンは盗賊達を撃退するものの、大いなる力を秘めたジークの存在は、戦争を繰り返す共和国と帝国どちらにとっても興味深い研究対象となりえるもので、村にとっては騒乱の火種となりかねない。このまま村に留まる事は危険と考えたバンは、ジークと謎の少女フィーネを連れて、あてのない冒険の旅に出るのだった。