これがのちのブラックリベリオン（第一次東京決戦）であり、イレヴンの大多数が参加していたこともあり、戦況は騎士団優勢であったが、扇副指令の負傷、司令官ゼロの謎の戦線離脱によって指揮系統が崩壊、藤堂の敗北もかさなり扇・藤堂をはじめとした幹部の多くが捕縛され、逃れた面々も亡命を余儀なくされ組織は事実上瓦解した。

ブラック・リベリオン失敗後、エリア11内に残った残党は統率者を失ったことで後述の弱点が浮き彫りになり、結果として相手がブリタニア皇族であったとは言え、『何ら具体的な計画もないまま思いつきの誘拐』、挙げ句に『ブリタニア人であろうとも武器を持たない人間に危害を加えない』というゼロが掲げた理念さえも無視してこれもまた勢いに任せたアッシュフォード学園の占拠及び生徒への殺害未遂という暴挙に走ってしまい、これらは居合わせたグリンダ騎士団とピースマークのテロリストに鎮圧された上にそのピースマークからも『凋落した』と完全に切り捨てられた。そして、これはカラレスの弾圧の呼び水になってしまう。

皇暦2018年（反逆のルルーシュR2）

壊滅したと思われていた黒の騎士団だが、ゼロの復活と同時に、中華連邦総領事館の一室において再度建国宣言を行った。

その後いくつかの作戦をへて、中華連邦に百万人のイレヴンをつれ中華連邦の蓬莱島に亡命。

天子強奪事件の後中華連邦と合衆国日本、他のブリタニアに侵略されているアジア諸国、E.U.の一部の国家も加盟した連合国家超合集国と資金、物資、人員提供と引き換えに安全保障を担う傭兵組織となる。

それに伴い、ゼロはCEO（最高経営責任者）に就任、黎星刻を総司令、扇を事務総長、藤堂を統合幕僚長とする新体制となった超合集国決議第壱號に基づき日本解放のためエリア11に進軍する。

しかし第二次東京決戦においてゼロが重傷を負い、治療の甲斐なく死亡と発表。

それを機にブリタニア軍との講和が行われたが、ダモクレス戦役において敗北。皇帝ルルーシュに空席だったCEOの座を奪われ幹部たちも処刑されそうになるが、死んだはずのゼロが突如として現れ、ルルーシュを討ったことで幹部たちは解放、超合衆国と共に再建されることになり、再びゼロがCEOに就任した。

組織としての弱点

後述通り元々がレジスタンス、つまりは素人集団であるために団員達のほぼ全てはブリタニアから日本を取り戻す程度しか考えていない。

しかも、考え方もバラバラの寄り合い所帯である上に前時代的な考え方も多く、それらをゼロの卓越したカリスマ性でまとめ上げていたため、組織の運営や作戦のほぼ全てがゼロに依存しきっている。

言ってしまえば、藤堂やカレンといった優れた人材は擁していても、その本質はゼロのワンマンチーム・烏合の衆なのである。

しかもブラック・リベリオンでは外部から合流した兵士がゼロの指示を無視して勝手な行動を取るという統制の低さが原因で攻め遅れた結果、ゼロの戦線離脱と併せた敗因となる。

ゼロもそのことを熟知していた（事実、その内面が描かれた小説版ではゼロもこうした組織の弱点について思わず愚痴を零すほどの悩みの種となっている）がために、藤堂のような本職の軍人及びディートハルトのような人種も問わずに能力や才能を重視する方針をとっていた。

LOST STORIESではこの弱点が描写され、ブラック・リベリオンではまさに最終決戦のさなかにブリタニア憎しに任せて指揮官の卜部の指示を無視した一部の部隊が制圧目標ではないDGEコーポを襲撃し、組織の掟を破り残っていたクラリス・ガーフィールドに暴行を働こうとした結果、ブリタニア軍に潜入したスパイの逆鱗に触れて味方に始末されるという末路を辿った。

また、ゼロ自身も団員を一部の例外を除いて駒と見なしていたり、本人の秘密主義や問題行動が組織の運営に関わる幹部陣との信頼関係の隔たりにもなっており、幹部達が抱いていたゼロに対する大なり小なりの疑念を育てる結果となってしまった。

このためある意味では古参の幹部たちの信頼や忠誠は、あくまで元々のリーダーである扇の方に向いており、辛口の見方をすればその扇が担ぎ上げるからゼロに従っていただけという、危うい綱渡りのような関係でもあった。

同時にゼロの惹かれたからこそ付いてきたディートハルトを始めとする新団員と皇神楽耶を中心とするキョウト六家らスポンサーやその他の日本人たちもゼロの存在あってこそ古参である扇達の顔を立てていたにすぎないことから既に古参団員と新参団員との間で派閥対立への発展の危険性が生じ始めていた。

そして幹部側も幹部側で、私利私欲や公私混同の行いに走ってゼロに不信感を抱かせるという大概な所があり、それがゼロをより秘密主義と問題行動に走らせる一因となるという悪循環を招き、遂にはお互いの溜まりに溜めたツケが最悪の形となって組織に跳ね返ることとなる。

そして黒の騎士団の崩壊最大の原因は、ゼロと部下たちが信頼関係というものを築けなかった事にあり、どちらも互いに補い合って成長するには、個々人のエゴや隠すべき情報があり過ぎたと言えよう。

幹部側の非

元々が素人上がりに過ぎず、いくらゼロに不信感があったとはいえ、怨敵たるシュナイゼル・エル・ブリタニアが用意した音声だけの証拠を（本物だったとはいえ）何の疑いも無しに鵜呑みにし、何の保証もない口約束で、そもそもシュナイゼルやコーネリアにそんな権限がないにもかかわらず「日本を返せ」という無茶な要求を叩き付け、ゼロを売り渡そうとする愚行を行った。

これはゼロよりもはるかに信頼している扇要の口添えがあったからだが、扇の怒りの原因も内通している女の為であり、完全な私情であることはメンバーは知らなかった。

そもそも、扇のスパイとの内通行為はそれ以前からゼロにバレており、幾度も起きてしまっていた藤堂とディートハルトの組織の行動方針を巡る諍いに代表されるように内部対立が起きがちな騎士団内における緩衝材及び潤滑油としての有用性も理解していたことから、本来であれば軍事組織における内通行為は当人と内通相手の即刻銃殺刑に処すのみならず、情報漏洩の観点等から最悪の場合それに連なる形で疑いのかかった身内を始め近しい関係者まで連座的に粛清しなければならなくなるというブラックリベリオンにおけるゼロの敵前逃亡以上の重罪行為にもかかわらず、感情任せに処断することなく目を瞑るなど信頼こそ失えど信用までは失ってはいなかったのだが、私情に囚われた彼に届く事はなく、遂には信用まで裏切ってしまった。

何より問題だったのはゼロを追放したことで自らが積極的に騎士団を引っ張らなければならない立場になったという行動の責任を取らず、その方針の決定等を始めとする責任と後始末を外部から招いた司令官である星刻に押し付けてしまったことであり、しかも星刻は扇達が独断で行ったこのシュナイゼルとの裏取引については完全に寝耳に水であったため、事後承諾という形をとる。

流石に無責任と言わざるを得ない扇のこの振る舞いは超合集国内における日本と中華連邦の同盟関係に致命的な傷を入れてしまい、目の前の事態の収拾等に忙殺されていたことから表面化させなかったがこの件以降星刻と神楽耶は自分達にとって都合の良い主張をしつつ、明らかにヴィレッタとの内通による利敵行為や敵国との裏取引の詳細内容を始めとする不都合な事実は誤魔化して隠蔽している扇達の態度から以後不信感を抱くようになり、追放したゼロと同じことをしてしまっていることにまるで気づいておらず、既に自分とヴィレッタの保身にしか頭になかった扇は奇しくもゼロと同じ穴の狢に落ちてしまった。

仮に扇の要求通り「日本の返還」が果たされたとしても、再度侵攻に備えた防衛体制、独立後の政権樹立、在住ブリタニア人の帰国や永住、エリア11内のブリタニア企業の存続或いは撤退及びそれらの企業に勤めていた日本人の再就職、ゲットーのインフラ整備や子供の教育など独立がなったとしてもその後の課題が山積みであり、『ナナリーの受け入れ』及び『生徒会メンバーとその家族の安全の保障』という根本からそこを考慮していたゼロ以外は考えていた様子が全くない。

しかし、財閥令嬢の出身にして超合集国最高評議会議長を務めるに至った神楽耶はともかく、所詮は一軍人に過ぎない藤堂や素人の扇らにとってはこうした内政は畑違いかつキャパシティオーバーな所もあるためそこまで要求するのも酷かもしれない。（それでも就いている立場の責任上、流石に全く無関心でいるのは駄目だが）何よりそれらのリカバリーにおいて絶大な影響力を持ったキョウトが神楽耶の皇家を残して壊滅してしまったのも大きい。

さらに、ゼロが裏切られたという事実をシュナイゼルにとって都合の良い形で公表或いは流布されれば、事情を知らない超合集国から実権掌握を図った幹部達がゼロを殺したと解釈され、内部分裂を起こして少なくとも日本が完全に孤立していた展開も起こりえた(特に日本は元々ゼロ個人への支持が熱烈であったために一般市民からの支持低下は免れない)。そうなれば日本の孤立を避ける意味でも、今度は扇達が神楽耶達から切り捨てられる形で騎士団はもちろん故郷である日本そのものから追放されることは間違いなく避けられなかっただろう。

ただし、追放に踏み切っていなければシュナイゼルによって別の手段が執られ、仮に崩壊までには至らなかったとしても最低でも組織の分裂は避けられない状態に追いやられていた可能性も高いため、どのみちゼロの正体とギアスを知られた時点で既にチェックメイトをかけられていた＝どう転んでもシュナイゼルの勝ちであったとしか言いようがない。

極端かつ酷な言い方をしてしまえば、ゼロ本人が不在で且つそれらの政治的取引に強い星刻と神楽耶もいない極めて自分に有利な状況を後述のゼロの非を巧みに利用したシュナイゼルによって、扇たちは墓穴を掘らされたことになり、劇場版ではこれらを踏まえて自分たちがのせられたという疑惑をぬぐえずにいた。

シュナイゼル自身、最初からそれらを全て見越した上で下述の共闘を持ちかけており、付け加えれば、後々邪魔になるであろう星刻や藤堂を体よく始末する目的も含まれていたのは疑いようもない。

いくらゼロに祖国の実権を奪われてしまっていたとはいえ、帝都ペンドラゴンをギアスで洗脳された皇族や貴族はおろか洗脳を受けていない守るべき民衆ごと有無言わさず切り捨てるというゼロの所業と何ら変わらない凶行を平然と働いたシュナイゼルを星刻や扇達も最初から信用してはいなかったが、戦力と情勢の観点からそれぞれ単独で挑んでは勝ち目のない状況だったがために他に選択肢は残されていなかった。

更に、その戦いの意義も大きな齟齬があり、『黒の騎士団にとっては超合集国への加盟条件を蹴って各国代表を拉致したブリタニアとの戦争』、『ブリタニア側にとっては新皇帝の即位を巡る皇位継承の内戦』で、超合集国と黒の騎士団は内戦に巻き込まれた形にもなっているが、同時にルルーシュ＝ゼロという裏事情を知るシュナイゼル達からすればこの戦いの本質は先に扇達の引き起こした黒の騎士団の内輪もめであり、それにブリタニアはおろか世界中の国々が巻き込まれた形である。

元を辿れば確かにシュナイゼルはゼロの身柄を引き渡しを要求したが、その裏取引を飲んでゼロを処断するのに失敗した挙句、取り逃がした結果こうした現状を招くきっかけを先に作ってしまった責任は扇達の方にあることから、このシュナイゼルの行いに対して既に文句を言えた立場ではない。

さらに言えば、その内輪もめに巻き込まれた各国代表者を始めとする世界中の犠牲者達からすればゼロの引き起こしてしまった行政特区における虐殺劇の件に劣らぬ大失点であり、生じた犠牲と被害の規模の大きさという点においてはその件をも上回っていることからこんなことになるとは思っていなかった、想定外だったなどという扇達の言い訳はもはや通用しないであろう。

とにもかくにも、後先考えずにゼロを同盟関係にして軍事面における上司である星刻と政治面における上司である神楽耶に何の相談も無しに怨敵にあっさりと売り渡したせいで、生き延びていたゼロが皇帝ルルーシュとして再び姿を現し、超合集国に加盟を希望した際に合集国側は条件を提示したが、いくらギアスの備えであったとはいえ、シャッターで閉じ込めるといった外交マナーからの逸脱を自分達からしてしまい、こればかりは各国代表も当時はまだシャルルの方が悪という認識もあったために失礼というただでさえ困惑も強かったのに加え、投票数の調整案はともかく「ブリタニアという国を割るか」という黒の騎士団の権限外である政治干渉を行った結果、外交マナー違反と内政干渉という二重の暴挙に及んだという政治的に付け込まれる隙を晒したことから、超合集国からの皇帝救出及び一連の外交マナー違反の主犯である日本再占領の大義名分を与える形となってゼロに合衆国の要人達を囚われるという致命的な大失態を犯しまう（劇場版では、いきなりルルーシュがスザクを飛び込ませたため、これらはなくなっている）。

救出の為にはシュナイゼル達と手を組む以外に選択の余地がなくなったが、シュナイゼルからすれば『ナナリーを皇帝に擁立できようができまいが、自身が求める平和を実現できればよく、代表達を救出する理由も義理もない』ため、事実上ゼロとシュナイゼルの双方に各合衆国の代表を人質にとられてしまった事から彼の駒として下らざるを得なくなるという屈辱的な扱いを受けることになった。

このようにその場の状況に流されてシュナイゼルの駒となった結果、敵に回したゼロの戦略を見抜けなかったせいで容赦なく壊滅に追いやられ、シュナイゼルからも結局いいように使い捨てにされた末に完敗し、騎士団の実権をまんまと奪い返された挙句、逆賊として公衆の面前で処刑台に送られるという無残な醜態に晒すに陥った。

ここまでに至る有様は正に扇達がゼロに対して行った仕打ちの数々が、そっくりそのまま自分たちに返ってくるという本末転倒にして因果応報な結果であった。

加えて、ゼロ自身は下述のような非について自分自身を犠牲にして平和を築くという贖罪で彼なりにしっかりと責任を取ったのに対し、団員たちは黒の騎士団の内輪もめに世界を巻き込んだことを始めとする上述の非を「勝てば官軍」と言わんばかりに放免され、然程気に病む事なく順風満帆の人生を進み始めた為、見ようによってはゼロの非よりも酷い面があることから、いくらなんでも不公平あるいは無責任だと批判している視聴者も数多い。

ただルルーシュからしてみれば、そういった解りやすい反応をするからこそ、ゼロレクイエムを完了させつつも騎士団メンバーをなるべく多く生かすことが出来た。悪く言ってしまえば、最後の最後までルルーシュの駒でしかなかったのである。

ゼロの非

ゼロ＝ルルーシュも個人的な事情及び能力という観点もあってC.C.やカレンといった一部を除いて団員達を使い捨ての駒程度としか見なさず、まともな信頼関係を築かずに、彼らの悲願である「日本解放」を自分に協力した報酬程度にしか考えていなかった心情に対する配慮不足など、彼の自業自得な側面もある。

しかし、元が反ブリタニア感情の強い日本人たちで構成された組織である以上、たとえ能力や実績を評価したとしてもブリタニアの、それも皇族である彼がトップに立つのは感情的に受け入れられなかった事情もあった。

加えて内通行為を働いた扇や資金横領と下記の私刑行為に加担などを行った玉城のように公私を混同する形で立場と権力を私的利用または乱用する者たちが上層部に紛れ込んでいたことから本心や正体を明かすような信頼などできるわけがなく、さらに末端や取り込んだばかりの組織には、ゼロの不在期間や目の届かない所でブリタニア憎しのあまり罪のない民間人をテロに巻き込んだり、度を越した私刑行為を働いた者たちまでいた始末であった。

このため信頼関係を築けなかったことについては上述されている通り、扇を始めとする団員側にも多大の非があることから、このことについてはゼロ側も幹部側も大差は無いと言え、ゼロばかりを責めるのは流石に不公平であろう。

とはいえ、それら全てを抜きにしても行政特区及びユーフェミアの件とブラックリベリオン時の敵前逃亡の二点は、それぞれが追放されてもなお大量の釣りがくる程の致命的な大失態である。

前者に関してはあのまま「行政特区日本」が成立していれば組織の大義名分も日本の独立も失われ、そうなると半永久的にブリタニアの衛星国の域を出られなくなる事態に日本は追いやられてしまいかねないことから、この件だけは独立を優先する以上ユーフェミアを悪役に仕立てあげる以外に最善で代替案を用意する時間もなかった事例で、幹部達がそれを理解していたかは別問題になる。

結果として負けを認め、一度特区に参加してその上での方向修正を試みた矢先に最悪のタイミングでのギアスの暴走事故で引き起こしてしまった虐殺劇は故意の有無という釈明など通じない失態であり、無辜の市民の命が大量に失われてしまう事態を自作自演で発生させてしまった。

（「故意が無かった」という事実は、神の視点を持つ視聴者や戦後に真相を知った者達にならともかく当時においてゼロの真意や真実を知る術など得られるはずの無い第三者には通しようがないし、所詮はルルーシュ個人の心情的な問題にすぎず、第三者には大した違いなど無い。この点もシュナイゼルの録音データを幹部たちが信じる理由になってしまった）

尚、ゼロは知る由もなかったがこの黒の騎士団ごと参加してその上でのユーフェミアとの交渉による組織の方向修正及び関係修繕は扇も個人的な事情で同意見という裏事情があった。

その上、これ以上の被害を拡大させない為もあったとはいえ、結果的には当初の計画通りのマッチポンプで軍事行動を起こしてしまっている以上、如何なる弁解も空虚と評する他はなく、この虐殺劇に関しては団員側の非にもこれほどまでに悪辣な事例は無いと言わざるを得ない。（とはいえ、後に扇達が短慮で引き起こしてしまった上項の世界を巻き込んだ内輪もめは方向性は異なれど問題の度合いという点を鑑みると劣らぬ事例であるが）

この点に関してはさすがにルルーシュ自身もその罪を誰より自覚し、己の浅慮を責め続けていた。

後者の敵前逃亡に関しては最高指揮官の逃亡により指揮統制が崩壊、最大の敗北要因になったことのみならず、当時のルルーシュはナナリーの事しか頭になく、信頼が薄かった部下からの疑念をより決定的なものにしてしまった。

しかも背水の陣（これについては当時慢心に陥っていた扇達に喝を入れる必要があったことなど事情の説明とゼロ自身が命を懸ける覚悟を示したことから扇達も反省と納得をしている）、キョウトから正式に逃亡支援の依頼をされていた片瀬の爆殺、ギアス嚮団虐殺など、これ以外にも様々な問題行動をルルーシュは多々繰り返しており、上項の問題を引き起こした幹部たちがそうだったように彼の本質的な行動原理も極めて個人的なものだったので、変わりようがなかった。

そのため他の幹部たちや客観的な視点で不信と疑念の数え役満と言える状況を作り上げた責任は、間違いなくゼロ本人に帰することは明白である。

しかし、最初の頃は上手くいかなければ組織そのものを切り捨てる方針だったはずが、目まぐるしい情勢の移り変わりと共にルルーシュ自身の思想も変化していった為、もう少しうまく立ち回れさえすれば穏やかな解散か組織存続が出来るような流れになっていた可能性も高い。

事実、ルルーシュ自身は国の指導者になる気はかけらもなく、生き残った騎士団メンバーも処刑寸前、というか恨まれればそれでいいので最初から処刑する気はく、ゼロレクイエムを経て無事に解放された。

扇達も自分の置かれた立場や責任の重さをもっと早く自覚して、意識改革を行っていればその場の状況に流されて事態が悪化することなく、ゼロとのすれ違いも起こさず済んでいたであろう。

その後

ゼロレクイエム後は超合集国の軍として存続し、同じく唯一残された騎士団であるグリンダ騎士団と共に秩序維持に努めており、その中にはブリタニアの兵や元ナイトオブラウンズも所属している。またその一方で元々最初期からいた扇や玉城といった一部メンバーは、上項の非の責任を感じたことや立場の向き不向きの自覚もしくは傷心から戦いを離れて平穏の暮らしを選ぶといった様々な事情から黒の騎士団から脱退した。