恐竜時代、南半球に存在したゴンドワナ大陸。後に、南米、アフリカ、南極などに分裂した巨大大陸だ。近年、南半球での調査が進む中、恐竜学の常識を揺るがす発見が相次いでいる。全長40ｍにもなる超巨大種や鬼のような角を生やした大型肉食恐竜など、巨大な恐竜たちが続々と見つかっているのだ。なぜ、恐竜たちは巨大化の道を歩んだのか？恐竜大好き少女「ハルカ」が体験する不思議なドラマを交え、ゴンドワナの恐竜の謎に迫る。

後編：「恐竜絶滅の“新たなシナリオ”」

恐竜は、6600万年前の隕石衝突による地球規模の森林火災、その後の寒冷化などにさらされ、一気に絶滅したというのが現在の定説。ところが今、かつて多様な巨大恐竜が生きていたゴンドワナ大陸の一部、現在の南半球の各地で、隕石衝突後も恐竜が生き残っていた可能性を示す証拠が見つかり始めている。長ければ数十万年もの間、世代交代を繰り返し命をつないでいたという。研究者たちが思い描く恐竜絶滅の新たなシナリオに迫る。

登場する恐竜及び古生物

前・後編ともに、主な舞台は白亜紀後期（6600万年前）の南米（白亜紀中期の約1億年前の恐竜達も紹介）。

南半球の恐竜

プエルタサウルス

今回の主役恐竜。全長約35mにもなる巨大な体をしたティタノサウルス類に属する竜脚類の一種。

劇中ではキリンのような長い舌で植物を食べていたが、竜脚類の舌がこのような構造をしていた可能性は低いと思われる（キリンと違い何度も生え変わる小さな歯をもっていたため、もっぱらこの歯で枝葉を千切って咀嚼せずにひたすら大量に呑み込んでいく食事方法だったとされる）。

- ビッグ

前編における主人公。群れのリーダー格で、顔の右半面に肉食恐竜につけられた傷跡が残っている。孵化した幼体たちを守ろうとスカイの群れと死闘を繰り広げた末に、スカイ共々崖から転落死した。アフリカゾウなどの現生動物を見ても明らかなように、大型個体はその体躯そのものが圧倒的武器であり、容易に捕食動物達を退散させられたと思われるが、つっこんではいけない。

- レッド、ハナ

後編における主人公たち。レッドは赤みを帯びた体色の雄で、ハナは同い年の雌。

隕石衝突時の大火災の際は、まだ亜成体だったことから洞窟に逃げ込めたことで難を逃れた。その後は南極へと渡り、番となって子孫を残すとともに、衝突の冬を生き延びて無事成長を果たした。

マイプ

前編におけるもう一つの主役恐竜。化石から推測されるメガラプトル科の狩りの様式（獲物となる小型動物を腕で捕らえて抱えるように持ち上げ、自身の前肢の力だけでなく獲物の自重も利用して獲物を引き裂く）と明らかに異なった動きをしているが、やはりつっこんではいけない。その爪の動きにとある恐竜に既視感を覚えるファンもいたという。

- スカイ

5頭からなる群れのリーダー格で、一際大きな体をしている。プエルタサウルスの繁殖地を襲うが、異変に気が付いたビッグとの死闘の末、崖から落ちてビッグの下敷きになるという最期を遂げた。前述のように例え頂点捕食者の肉食恐竜といえども大型の獲物、それも自分の何倍もある体躯を相手に正面から戦うのは、あまり現実的ではなく、普通は逃走する（現在のライオンやブチハイエナがアフリカゾウを恐れ、正面衝突を選ばないのと同じ）。

北半球の恐竜

オープニングのみの登場

骨格・化石のみの登場

本編以外の恐竜

ダーウィンが来た!コラボ「隕石衝突!どうする恐竜?」

(過去作からの流用ではあるが、念のため記載。)

その他

オープニングの看板・ビジョン映像をよく見ると、ダーウィンが来た!に登場するヒゲじい及び番組内アニメ『マヌ～ルのゆうべ』に登場するマヌ子ママらの看板や同番組の映像が使用されていたりする。

実は製作当初はプエルタサウルスとマイプの話ではなくギガノトサウルスとアルゼンチノサウルスが主人公となる予定だったが、『恐竜博2023』とのタイアップを兼ねたためこの案は没になった…という推察がある。ただ公式から真相についての言及はないのでそれを待つばかりとなる点には注意されたい。またパタゴティタンを除きパタゴニアの極限竜脚類はどれも化石が断片的である以上プエルタサウルスこそアルゼンチノサウルスの代役は務まるかも知れないが、史実においてマイプの時代ではカルカロドントサウルスのなかまは衰退気味だったそうなので生息時代が異なるマイプがギガノトサウルスの代役になるかも微妙なところ。

なお現時点で公式から続編もとい完全新作映像の発表はないが、続編はジュラ紀のモリソン層を舞台としたものになるという噂話がある。というのも放送後記のnoteには筆者が好きな恐竜として挙げられたアロサウルスを紹介する時に製作中(着彩以外は粗方完成した状態)のアロサウルスのモデルが掲載されていた。さらに2024年4月に再構成版がダーウィンが来た!で放送された時にオープニングで有名なティラノサウルスなどが発見されたのは北半球だと説明されたが、よく見るとステゴサウルスの姿があり、しかも明らかに『恐竜VSほ乳類』の時から刷新されたモデルだったからだ。(同作のステゴサウルスは灰色ベースだったが、同番組内で地味な先行お披露目となったのは体は緑で首がピンクの配色のものだ。なおこの回は南半球の恐竜がテーマだったためステゴサウルスはここしか登場していないながら続編はやはりモリソン層の再現を行うという噂話は広まったためこれらも登場する可能性は高くなったが、これはあくまで噂話であり同年8月のプエルタサウルスを中心に展開された同番組内の再構成版においても発表されていないため鵜呑みにしないことを推奨する。)
- 1つの可能性として、NHKは近年、日本の恐竜研究とその関連した逸話を定期的に取り上げる傾向にあるため日本で初めての恐竜全身骨格の逸話を取り上げ、そこからモリソン層の世界を再現するという考察はあるのだがまずは公式の発表を待たれる必要がある。