前作『暗黒竜と光の剣』は第二部に控える本編『英雄戦争編紋章の謎』との繋がりを意識した第一部『暗黒戦争編暗黒竜と光の剣』と銘打たれ、諸々の事情から一部キャラクターやマップの削除、兵種やストーリーの新解釈を伴った改訂版として落ち着く形となり、中でもキャラクター削除の対象となった僧侶リフから生まれた「リフ=きずぐすり」の構図で有名である。この二部構成のゲームスタイルは第四弾『聖戦の系譜』に世代編という形で継承される。

ストーリー

5年の永きに渡り人々を苦しめ、後に「暗黒戦争」と呼ばれたドルーア帝国との戦いは地竜王メディウスの消滅と共に終わりを告げた。炎の紋章の下に集いし戦士たちもそれぞれの国に帰り、荒れ果てた祖国の再建に力を尽くした。そんな中、オレルアンの王弟ハーディンはニーナ王女と結婚しアカネイアの王として迎えられた。ハーディンは、その強引とも思えるやり方でまたたく間に国力を回復し、多くの兵を集めて強大な軍隊を作り上げた。そして、アカネイア神聖帝国の再興を宣言し、自ら皇帝となったのである。

1年の後。戦乱に荒れたアリティア王国の復興に努めていたマルスは、シーダ王女との婚礼を発表した。だがしかし、婚礼を間近に迎えたある日、突然帝都パレスから1通の命令書が届いた。その内容は反乱を起こしたグルニアへ赴き、それを鎮圧せよ。というものであった……。

（公式HPより引用）

プレイヤーユニット

アリティア王国

アカネイア大陸の西に位置する王国。暗黒戦争における武功でアリティア王国の独立権と統治権を回復したマルスの指揮で復興の途にある。

名前	兵種	備考
マルス	ロード	アリティア王国の王子でありエリスの弟
エリス	司祭	アリティア王国の王女でありマルスの姉
アラン	パラディン	病を推して任務をこなすアリティア王国騎士団長
ルーク	ソシアルナイト	遠征部隊に従軍する新米騎士
ロディ	〃	〃
セシル	〃	〃
ライアン	アーチャー	ゴードンの弟であり遠征部隊に従軍する新米弓騎士
カイン	ソシアルナイト	遠征によるマルスの留守を預かる筆頭騎士
アベル	パラディン	退役の後にエストと結ばれて武器屋を開いた元騎士
ゴードン	アーチャー	ライアンの兄であり遠征部隊の新兵を守る弓騎士
ドーガ	アーマーナイト	遠征部隊の新兵を守る部隊最年長の重騎士

タリス王国

アカネイア大陸の東に位置する王国。以前から友好を結ぶアリティア王国に復興支援の手を差し伸べる。

名前	兵種	備考
シーダ	ペガサスナイト	マルスとの婚礼を目前に控えるタリス王女
オグマ	傭兵	窮地のロレンスから託された遺志を受け継ぐ義侠の剣士
カシム	ハンター	依然として大金を欲して奔走する気弱な猟師

オレルアン王国

アカネイア大陸の北に位置する王国。ウルフ率いる狼騎士団がオレルアン王の補佐を引き継ぐが、その誰もがハーディンの変貌に疑念を抱く。

名前	兵種	備考
ウルフ	ホースメン	ハーディンに絶対の忠誠を誓うオレルアン狼騎士団長
ザガロ	〃	ハーディンの変貌に目を背けるオレルアン狼騎士団員
ロシェ	パラディン	一度の退役を経て聖騎士として復員したオレルアン狼騎士団員
ビラク	〃	ハーディンの変貌に苦悩するオレルアン狼騎士団員

マケドニア王国

アカネイア大陸の南西に位置する王国。王家のミシェイル、ミネルバ、マリアがことごとく失踪状態にあり、指導者の喪失から混乱の渦中にある。

名前	兵種	備考
ミシェイル	ドラゴンナイト	前王である父を殺害して現マケドニア王に君臨するミネルバとマリアの兄
ミネルバ	〃	マケドニア白騎士団長を務める王女でありマリアの姉
マリア	司祭	瀕死の重傷に遭ったミシェイルの命を繋いだミネルバの妹
パオラ	ペガサスナイト	マケドニア白騎士団員でありペガサス三姉妹の長姉
カチュア	〃	マケドニア白騎士団員でありペガサス三姉妹の次姉
エスト	〃	ペガサス三姉妹の末妹だが退役してアベルの元に参じる
ジュリアン	盗賊	さらわれたレナの行方を追う名人級の元義賊
レナ	司祭	自らが開いた孤児院から連れ去られたマチスの妹
マチス	ソシアルナイト	騎士でありながらいい加減な毎日を送るレナの兄
ウォレン	ハンター	カチュアと浅からぬ面識を持つ天涯孤独の猟師

グルニア王国

アカネイア大陸の南西に位置する王国。前王ルイの遺児ユミナとユベロの後見としてロレンス将軍が統治するも、アカネイア神聖帝国の暴挙に憤慨して反旗を翻す。

名前	兵種	備考
ユミナ	シスター	父に似て気弱な弟を導くべく気丈に振る舞うグルニア王女
ユベロ	魔道士	父に似ず気丈な姉に振り回される気弱なグルニア王子
マリーシア	シスター	レナの下で修行を積んだ経験を持つ修道女

アカネイア神聖帝国

アカネイア大陸の中央に位置する帝国。ハーディンが初代皇帝に即位して急速な復興を遂げたが、圧倒的な軍事力を背景に近隣諸国に対して苛烈で凄惨な侵略を行う。

名前	兵種	備考
ニーナ	司祭	マルスに再び紋章の盾を託したアカネイア王妃
ミディア	パラディン	ハーディンの独裁に反旗を翻したアカネイア騎士団長
ジョルジュ	スナイパー	理想と忠義の狭間で揺れ動くアカネイア弓騎士団長
ボア	司祭	マルスに真実を伝えるべく瀕死の命を繋ぐ宮廷司祭
リンダ	魔道士	ニーナの密命を帯びて紋章の盾を携える魔道士
アストリア	勇者	ニーナに絶対の忠誠を誓うアカネイア傭兵部隊長

カダイン

大陸の北に位置する学園都市。前最高司祭ミロアの代理を務めるウェンデルの指導の下に復興が進んでいたが、その留守中に直弟子エルレーン率いるアカネイア帝国派が一斉蜂起する。

名前	兵種	備考
ウェンデル	司祭	ガトーの命を受けて諸国を放浪するカダインの指導者
マリク	魔道士	蜂起した帝国派の包囲網で身動きが取れない風の魔道士
エルレーン	〃	深い嫉妬から心が歪みマリクを敵視する雷の魔道士

グラ王国

アカネイア大陸の中央に位置する王国。ドルーア帝国と結託してアリティア王国を滅亡に追い込んだ前王ジオルの娘シーマが統治するが、暗黒戦争以後は国力の衰退が著しい。

名前	兵種	備考
シーマ	ジェネラル	滅び行く国とその民衆を見限れず敢えてマルスに弓を引くグラ王女
サムソン	勇者	アリティア王国を離れた旅の中でシーマに雇われた熟達の剣士

所属不明

出身地が明らかでない、または特定の国家に所属していない無国籍者。

名前	兵種	備考
ナバール	傭兵	フィーナを助けるために雇い主の盗賊団を裏切った傭兵
リカード	盗賊	以前に増して仕事に精を出す生まれついての盗賊
バヌトゥ	マムクート	神竜王ナーガの娘チキを孫のように慈しむ火竜族の生き残り
チキ	〃	暴走を恐れたガトーによって再び封印された神竜族の王女
チェイニー	コマンド	ガトーの命を受けてマルスに協力する神竜族の末裔
シリウス	パラディン	自身に関する一切の素性を隠す仮面の聖騎士
サムトー	傭兵	ナバールの名を騙って戦場を適当に渡り歩く傭兵
フィーナ	踊り子	旅回りの芸人一座から逃げ出した名物ダンサー

敵ユニット

ここでは紋章の謎2部での敵キャラクターを紹介する。

名前	兵種	備考	登場MAP
ルーメル	ドラゴンナイト	グルニアとの国境の森を守るマケドニア軍騎士	2章マケドニアの反乱
リュッケ	ジェネラル	ミネルバを監禁していたマケドニア軍将軍	3章連れ去られた王女
ガイル	海賊	マケドニア・バイキングの一員	4章喜びと悲しみと
トラース	シューター	オルベルン城城門を守るアカネイア軍将軍	5章グルニア解放
ラング	ジェネラル	グルニア占領軍司令官に任命されたアドリア侯爵	6章悪の巣
ダール	盗賊	ラーマンシーフのボス	7章紅の剣士
ヨーデル	司祭	エルレーンの部下	9章魔道の聖域
エイベル	ジェネラル	アリティア城を乗っ取りエストを人質に取るアカネイア軍将軍	15章王子の帰還
ウィロー	司祭	アリティア城にいるアカネイアの司祭	16章王都奪回
ネーリング	ジェネラル	アカネイアパレス城門を守るアカネイア軍将軍	19章最後の決戦
ハーディン	皇帝	ニーナの愛情拒否とマルスへの嫉妬で闇に堕ちたアカネイア帝国皇帝	20章暗黒皇帝
ガーネフ	ダークマージ	闇のオーブにより復活した暗黒司祭	終章2 竜の祭壇2
メディウス	暗黒竜	ニーナ、エリス、レナ、マリアの生命力で復活した暗黒竜	終章2 竜の祭壇3