しかし、兵種分岐の特徴を象徴する『外伝』の最下級兵種である村人が5つの選択肢（ナイト、ソルジャー、アーチャー、傭兵、魔道士）を持つのに対し、村人に相当する最下級兵種に位置するかけだし戦士（ロス）、新人兵士（アメリア）、魔道士見習い（ユアン）については選択肢が2つに留められており、その代わりとして規定条件を満たすことで第3の選択肢「兵種の継続」が出現する仕組みとなっている。

そもそも、この3つの固有最下級兵種は他の兵種とは扱いの異なる特殊クラスであり、高い成長率を誇る上にレベル上限10に到達するだけでクラスチェンジ可能、さらに他の者よりも1回多い3段階の兵種経験によって能力値の底上げが図られている反面、早急に下級兵種へクラスチェンジをしなければ序盤ですら戦力となり得ない極端に非力な立ち位置にある。

ところが、第3の選択肢で示される最下級兵種からは一般下級兵種同様の扱い（レベル上限20、要クラスチェンジアイテム、兵種ボーナス追加）となり、最大2回のクラスチェンジを全て最下級兵種で統一した場合に限り、ロスとアメリアには必殺率15%が加算される能力値ボーナス、ユアンには光魔法と闇魔法の併用が可能となる使用武器ボーナスが付与される。

最終的な能力値や破格の付加ボーナスだけで考えれば有力なユニット候補ではあるものの、比類の無い成長要素を相殺する最大の弱点として「ほぼ変わらない体格」が挙げられるため、「武器重量の影響をまともに受けて攻撃速度が格段に落ちる=攻撃回避率と追撃発生率が非常に悪い」という体格の問題とどのように向き合い、主力戦線で運用する工夫を凝らすかが初心者と熟練者を分ける腕の見せ所となる。

エクストラマップ

指定されたステージをクリアする方式はそのままに、連戦を除くステージ毎の幕間に大陸全土を自由に往来する任意のマップ移動システムが登場する。

武器と道具の売買はエクストラマップ上でも可能（ステージマップに各店舗が存在する地点のみ）だが、闘技場の利用はステージ進行中に限られており、物語の中盤からは各地にランダムで出現するシンボルエンカウント、さらに特殊ステージ『ヴェルニの塔』『ラグドゥ遺跡』による自由戦闘が可能となる。

シンボルエンカウントや特殊ステージの登場によって能力値や武器レベルの吟味、レアアイテムの拾得、資金調達を含めた戦力増強が極めて容易となり、ステージ構成もこれらを利用する前提で大量、且つ強固な兵力を揃えた布陣、圧倒的な増援部隊の派遣を当然としている。

ただし、作品そのものの難易度は『トラキア776』以前の旧5作品に比べれば遥かに穏やかであり、使用するユニットの選抜に注意を払った育成と指揮を心掛ければこれらを利用せずに完全攻略に漕ぎ着ける算段が充分に整うため、寧ろ考え得る限りの戦略を駆使しても難航する異様な難易度をこそ是とする旧来のユーザーからは「シリーズ最悪クラスのFE」として黒歴史に等しい冷遇を受ける一方、旧作を知らない、あるいは知っていても攻略に至らなかったユーザーからは「初めて攻略できたFE」と厚遇され、賛成派と反対派がはっきりと袂を分かつ形で作品を象徴する結果となる。

ユニットの少なさ

GBA三作品の中では一番味方ユニットの数が少ない。

そのため、失ったユニットの替えが効きにくく、そう言った点ではシビアといえるかもしれない。もっとも、難易度自体は前述のとおり、前2作よりは簡単だが。また、この理由よりカップリングの自由が利きにくい（良く言えば定石カップリングが多く悩みにくい）のも特徴。

クリア後のフリーシナリオ「大陸の魔物退治」でも下記のユニットが加入するが、支援は組めないため失ったキャラの代替となるかどうかは微妙なラインである。

ストーリー

古の時代より、魔物が存在するマギ・ヴァル大陸。

人は、魔を封じる五つの聖石を以って平和を手に入れた。

時は流れ…大陸は幾つかの国々に分かれ、古より伝承される聖石を守護石として、国家を形成していた。

その聖石を持つ国の中でも最大の国力を誇るグラド帝国が、皇帝の命の下、突如大陸全土に侵攻を開始する。

グラド帝国領と広範囲で隣接していたルネス王国は、あまりにも突然の攻撃に反撃もままならず、次々と要所を落とされていった。

この戦乱の中、折しも王都を離れていたルネス王子エフラムの消息も途絶える。

勢いに乗ったグラド帝国軍の侵攻は、遂に王都にまで達し、ルネス王国は陥落する。

落城の際、国王ファードは、残された王女エイリークに同盟国であるフレリア王国へ逃れるよう命じ、自らは王城に残り最期まで抵抗した。

エイリークは、騎士ゼトを始めとする数名の従者と共に、フレリア王国へと向かうのだった…。

（公式HPより引用）

プレイヤーユニット

ルネス王国

マギ・ヴァル大陸の中央に位置する王国。国主相伝の双聖器は『雷剣ジークリンデ』と『炎槍ジークムント』。

「勇王」の名に恥じぬ武勇を馳せるファード王が治め、フレリア王家、グラド皇家と親密な交流を保つ同盟関係にあったが、突如として襲来したグラド帝国軍の猛攻に遭って滅亡する。

名前	兵種	備考
エイリーク	ロード	ルネス王国の王女でありエフラムの妹
エフラム	ロード	ルネス王国の王子でありエイリークの兄
ゼト	パラディン	「真銀の聖騎士」の異名を取る知勇兼備の若き将軍
フォルデ	ソシアルナイト	ゼトの忠臣であり赤の鎧を纏う軽い雰囲気の騎士
カイル	ソシアルナイト	ゼトの忠臣であり緑の鎧を纏う真面目一徹の騎士
フランツ	ソシアルナイト	手先の器用な王国軍最年少騎士でありフォルデの弟
ロス	かけだし戦士	父であり憧れの戦士でもあるガルシアの下で修行に励む新米戦士
ガルシア	戦士	かつて王国軍の部隊長としてその名を轟かせた歴戦の猛者
コーマ	盗賊	ひねくれた性格と鋭い観察眼を併せ持つネイミーの幼馴染
ネイミー	アーチャー	祖父直伝の卓越した操弓の技を受け継ぐ極度の泣き虫
アスレイ	修道士	敬虔で純朴な人柄であるために誰からも好かれる修行僧
ルーテ	魔道士	「優秀」の自称に違わぬ桁外れの記憶力と探究心を持つ理魔道士

フレリア王国

マギ・ヴァル大陸の北西に位置する王国。国主相伝の双聖器は『蛇弓ニーズヘッグ』と『翼槍ヴィドフニル』。

「賢王」の名で敬われるヘイデン王が治め、大陸随一と謳われる天馬騎士団の機動力を駆使した情報収集を得意とする。ルネス王城を追われた上に反逆者の汚名を着せられたエイリークを保護し、自国も苦境にある中で僅かではあるが軍資金や臣下を快く提供する。

名前	兵種	備考
ヒーニアス	スナイパー	フレリア王国の王子でありターナの兄
ターナ	ペガサスナイト	フレリア王国の王女でありヒーニアスの妹
ギリアム	アーマーナイト	王国東部国境守備隊長を務める強面の重騎士
モルダ	神官	ヘイデンの戴冠式で宝冠を授ける大役を務めた王家の頼れる相談役
ヴァネッサ	ペガサスナイト	堅苦しい生真面目な天馬騎士でありシレーネの妹
シレーネ	ペガサスナイト	王国天馬騎士団第3部隊を率いるヴァネッサの姉

グラド帝国

マギ・ヴァル大陸の南に位置する帝国。国主相伝の双聖器は『魔典グレイプニル』と『黒斧ガルム』。

「穏健帝」の名で愛される皇帝ヴィガルドが治め、特に忠義に厚い3名の将軍から成る『帝国三騎将』を中心に各国の精鋭が集う帝国騎士団によって大陸の平和を守る。しかし、ある日を境に覇を唱えて新たに3名の将軍を加えた『帝国六将軍』を率い、各国に凄惨な侵略戦争を仕掛ける。

名前	兵種	備考
デュッセル	グレートナイト	帝国三騎筆頭でありエフラムに槍術を伝授した生粋の武人
クーガー	ドラゴンナイト	愛竜ゲネルーガと共に戦場を駆け抜ける猛将でありグレンの弟
ナターシャ	シスター	聖石の危機を伝えるために望まぬ戦いに身を投じた修道女
アメリア	新人兵士	粗忽ながら国を愛する気持ちは誰にも負けない新米兵士
ノール	シャーマン	リオンの理想に共鳴して魔道研究に深く携わった宮廷魔道士の生き残り

ジャハナ王国

マギ・ヴァル大陸の南西に位置する王国。国主相伝の双聖器は『氷剣アウドムラ』と『風刃エクスカリバー』。

「白沙の女王」の名で麗しい美貌を広く知られる女王イシュメアが治め、荒涼とした砂漠が広がる過酷な環境のために芳しくない産業活動の代わりに幾人もの優秀な剣士や傭兵を輩出する剣客の国。先王が早逝し、正当な王位継承権を持つたった一人の王子も10年前に出奔して以降はイシュメアが女王として王位を代行し、王子の帰参を夢見ながら日々の執政に当たっている。

名前	兵種	備考
ヨシュア	剣士	賭け事に目が無く気ままなその日暮らしで各国を放浪する紅髪の剣士
ジスト	傭兵	「砂漠の虎」の名で怖れられるが義理人情に人一倍厚いベテラン傭兵
テティス	踊り子	大人の色気を漂わせる妖艶な踊り子でありユアンの姉
マリカ	剣士	傭兵の生き方しか知らないために一般常識や感情表現に疎い女剣士
ユアン	魔道士見習い	師匠のサレフをして才能を認める魔道士の卵でありテティスの弟

ロストン聖教国

マギ・ヴァル大陸の西に位置する宗教国。国主相伝の双聖器は『光輝イーヴァルディ』と『聖杖ラトナ』。

「正教皇」の名で神の教えを世に広める教皇マンセルが治め、建国の祖である司祭ラトナの頃から魔王を封印した大森林『闇の樹海』の監視と魔物の調伏の任に当たっている。

名前	兵種	備考
ラーチェル	トルバドール	気品とは裏腹に度外視の行動力で諸国の魔物退治に奔走する謎の癒やし手
ドズラ	バーサーカー	突飛な発想で行動するラーチェルの無謀に顔色一つ変えず従う豪快な戦士

カルチノ共和国

マギ・ヴァル大陸の北に位置する商国。

6大国の中で聖石と双聖器を持たない唯一の共和制新興国家ではあるが、大陸の富を一手に担う活発な交易、商業活動によって他国に劣らぬ平和と繁栄を謳歌している。しかし、グラド帝国による他国侵略が活発化してからは変貌を疑って帝国への協力を拒む穏健派、戦争を新たな儲けの契機と見て帝国に擦り寄る過激派が相争う内紛状態に陥る。

名前	兵種	備考
レナック	ローグ	無軌道な行動を繰り返すラーチェルの護衛に嫌気が差して逃げ出した盗賊

ポカラの里

「魔王封印に成功したのは竜王ムルヴァの助勢があればこそ」とする伝承の真実を知る長老ダラが治める秘境の山里。

およそ人が寄り付かない険しい高山のさらに奥地で貧しくも慎ましく暮らし、下界で知る者のいない竜人信仰が未だに生き続けているため、「マムクート（下界の伝承に記されている竜人の呼称）は竜人に対する侮蔑の言葉」として忌み嫌っている。

名前	兵種	備考
サレフ	賢者	最後の竜人であるミルラを守護する若き賢者でありユアンの師匠
ミルラ	マムクート	サレフと共に禍々しい瘴気の正体を追う竜人族最後の少女

その他

前2作品『封印の剣』『烈火の剣』の「トライアルマップ」に相当するフリーシナリオ『大陸の魔物退治』で加入、操作可能となるエクストラキャラクター。

名前	所属	兵種	備考
ファード	ルネス王国	ジェネラル	「勇王」の異名を持つルネス国王で、エイリーク&エフラムの父親
オルソン	〃	パラディン	ルネス王国古参の聖騎士
ヘイデン	フレリア王国	フォレストナイト	「賢王」の異名を持つフレリア国王で、ターナ&ヒーニアスの父親
イシュメア	ジャハナ王国	ソードマスター	「白沙の女王」の異名を持つジャハナ女王
リオン	グラド帝国	ネクロマンサー	魔道の平和利用研究に没頭するグラド皇子
グレン	〃	ドラゴンマスター	平和を愛する帝国三騎でありクーガーの兄
セライナ	〃	マージナイト	ヴィガルドの恩を胸に忠義を尽くす帝国三騎の紅一点
ケセルダ	〃	勇者	一途な夢を糧に死線をくぐり抜けてきた帝国六将の剣豪
ヴァルター	〃	ワイバーンナイト	いたずらに血と争いを好む狂気に満ちた帝国六将の奸雄
アーヴ	〃	司祭	マンセルを憎むあまり魔性に魅入られた帝国六将の怪僧