彼の本来の相棒であるマフィティフは過去にとある場所で大怪我を負ってしまい、バトルはおろか歩いたり目を開くことさえままならないほどに衰弱しきっていた。しかも、この怪我はポケモンセンターに連れて行ってもどうにもならないものらしく、彼はポケモンを健康にする方法を独学で調べ回った。その末に、スカーレット/バイオレットブックに記されている秘伝スパイスに辿り着き、相棒を元気にするために秘伝スパイスを求める旅に出たのである。ブックを常に持ち歩いているのもこのためである。

主人公と共にヌシポケモンを撃破し、手に入れた秘伝スパイス入りのサンドウィッチを与えたことで、マフィティフがわずかながら元気を取り戻したことからスパイスの効能を確信。その後もマフィティフを元気にするために各地を奔走する。

このような事情もあって、チャンピオンロードやスターダスト★ストリートを後回しにしてでもレジェンドルートを優先でクリアしようとするプレイヤーも少なくない（感情論を抜きにしても、ヌシ戦をクリアする度にコライドン/ミライドンがライド技を覚え、移動力が向上するため優先されやすい）。

レジェンドルートの最後に現れる選択肢および選択後のセリフは他ルートのクリア状況と連動しており、全て回収するには他ルートをクリア直前の状態まで進めておきクリアリセットを繰り返す必要がある。

学校最強大会では1周目の最初、2周目以降の1戦〜3戦のいずれかで戦えるが、目指す目標が定まったからか2周目以降に対戦する際は紹介の肩書きが「秘伝の料理人」に変わっている。勝利後には、ジム戦への挑戦をほのめかす台詞を呟いている。

学校最強大会後は自分探しと称して、親の事を調べ始める。クラベル校長から学生時代の話を聞いたり、研究レポートやブックを読むうち、かつての相棒と自分のように、元気をなくしたポケモンとそのことで悩んでいる人を料理で救う道を見出す。

ちなみに、アカデミーの自室は食材を収めた箱が並び整頓されている。マフィティフの毛がすごいらしく掃除もこまめに行っているようだ。

藍の円盤ではてらす池のイベントを終えた後にアカデミーの部屋にいる彼に話しかけると特殊な台詞が聞ける。

使用ポケモン

ペパーがシナリオ上で使うポケモンは、相棒のマフィティフ以外は全て現地で捕まえてきたポケモンだが、ヌシ戦後もしっかり育成しており、2回目の勝負では全て最終進化させてバトルに出している。相棒を救う旅路で出会った仲間たちのオールスターは、正しく旅パと呼べるだろう。この頃には相棒のマフィティフも5種の秘伝スパイスによって完全復活を遂げており、バトルに出しても問題ないほどの元気っぷりである。むしろ好戦的な性格で、主人公とのバトルを待ち望んでいたとか。

2回目の勝負で繰り出してくるポケモンたちはレベルが統一されていないが、これは今作のボス級トレーナーの中ではペパーのみに見られる特徴である。同じように旅の中で捕まえ育てたネモのパーティはより高いレベルで統一されているため、ペパーのバトルが苦手という性格を表現しているのかもしれない。

ちなみに、マフィティフを除くと大食い、貝、塩、キクラゲ、唐辛子と何かと食にまつわるポケモンが入ったパーティーとなっており、ヌシ戦前には使用ポケモンに準えた料理をイメージさせるようなセリフを言うことが多い。

・1回目

ホシガリスLv5

・岸壁のヌシ戦

シェルダーLv16

・大空のヌシ戦

コジオLv19

・潜鋼のヌシ戦

ノノクラゲLv29

・土震のヌシ戦

スコヴィランLv44

・偽竜のヌシ戦

ヨクバリスLv55

・2回目

レジェンドルートの最後には満を持して彼とバトルを行えるが、「バトルが苦手」設定を真に受け舐めてかかると要注意。『苦手』と言っているが『弱い』とは言っていない（※）。

こちらがひこう・かくとうタイプの技を用意すると弱点を突きやすく有利に戦えるが、キョジオーンとパルシェンがステルスロックやつららばりで後続の手持ちにひこう弱点、スコヴィランとヨクバリスとマフィティフがしねんのずつきやサイコファング（このうちマフィティフはじゃれつくも）でしっかりかくとう弱点を突いてくるためタイプ一致に依存するのは禁物である。

また、前述した通りレジェンドルートを最初にクリアしようとすると、相性や戦術どうこう以前に、そもそもレベル差で押し切られてしまう場合が多い。かといってレベルの高いポケモンを捕獲してもジムバッジを持っていないと言うことを聞かなくなるので、パーティの入れ替えを頻繁に行うプレイスタイルである場合は、彼とバトルする前にジムバッジをある程度は集めた方が良い。

更に恐ろしいことには、ジム巡りをしていないにも拘らずこの強さという事である。

つまり、ジムバッジを持っていないにも拘らず、現地のポケモンを捕獲して言うことを聞くまでに絆を深められる（ヌシバッジはジムバッジのレプリカなので、ジムバッジの効果はない）くらいにはポケモントレーナーとしての才能があるということになる。

レベル20以下で捕獲して育てた可能性もあるが、それでもノノクラゲやスコヴィランを見るに、短時間で高レベルまで育て上げたことになり、やはりトレーナーとして高い才能があることになる。

学校最強大会では、マフィティフがレベル68で残りの5匹はレベル67。1周目の第1回戦で必ず戦うため、記念すべき最初の対戦相手である。ザ・ホームウェイ後に隠れて猛特訓をしていたとのことで、高レベルで統一されている。

※プレイヤーからは、得手不得手の「苦手」ではなくポケモンを戦わせることに抵抗がある意識的な「苦手」ではと指摘あり。一応、主人公にフォローされて精神的に克服し成長したともとれ、マフィティフが病気であった事や飽くまでバトルにあまり興味がない所為で自信がなかった可能性も高い。

番外編

番外編では林間学校やブルーベリー学園で主人公が友達になったスグリの事を聞き、少しジェラシーを感じて、自分が主人公の一番の親友（ダチ）だとマウントを取っている。この頃のスグリは憑き物が落ちて優しい性格に戻っていた事もあってか、ボタンやネモと共にすぐに仲良くなっている。

最初は君付けで呼ばれていたが、最終日には呼び捨てで呼ばれるくらいに親しくなった。別れ際にはスグリに対して態度が悪かったことを謝罪している。

ちなみに事件の元凶に洗脳された際は他の洗脳された面々に比べてキビキビダンスのキレが若干なく、主人公に呼ばれた際には少し照れている等意識が少し残っているような描写がある。

クリアするとリーグ部にて特別講師としてペパーを呼ぶことができる。

その際、ネモ、ボタン、スグリ、ゼイユのほかにブルベリーグ四天王のアカマツや担任の先生であるセイジ先生と特殊会話が発生する。もちろん、料理関係でサワロ先生とも発生するが、授業の内容を覚えているかどうかで印象が変わるので、ペパーとサワロ先生との特殊会話を聞く際は、アカデミーに戻って家庭科の授業を思い出すのもいいかもしれない。