ポケモンシリーズでは主人公の名前をプレイヤーが自由に付けられるため、これといって統一された正式名称はない。

新作が発売されてしばらくすると、デフォルトネームやライバルとして登場したときなどの名前が定着していく。

それまではその女主人公の登場するシリーズ名と、この「ポケモン女主人公（タグ名としては主人公♀）」が併用されているようだ。
通称が定まるのは、新作に合わせて始まるとされるポケモンアニメの新シリーズの告知で決まるケースがほとんど。

男主人公に関してはポケモン男主人公を参照。

漫画作品『ポケットモンスター☆SPECIAL』では、それぞれポケモン女主人公をモデルとした一人のキャラクターとして独立している。
以下記事とリンク先を参照し、混同を避けることをおすすめする。

各バージョンの女主人公

クリスタル	クリス/マリナ
ルビー・サファイア・エメラルド（リメイク含む）	ハルカ
ファイアレッド・リーフグリーン	リーフ※1
ダイヤモンド・パール・プラチナ	ヒカリ
ハートゴールド・ソウルシルバー	コトネ
ブラック・ホワイト	トウコ
ブラック2・ホワイト2	メイ
X・Y	セレナ
サン・ムーン	ミヅキ（SM♀主）※2

※1：内部データにおける名称。
※2：PVから取られたファンからの通称だったが、グッドスマイルカンパニー、コトブキヤから販売予定のフィギュアで正式に採用された。

第一世代

この頃はまだ女主人公の概念がなかったため特にない。
ただし当時の攻略本に、デザイナーの杉森建氏曰く「三つ巴の構図にするため」に作られたキャラクターは存在する。→初代リーフ

彼女は表紙に後姿で登場しており、長らく女主人公の没案と信じられていた。
また、「ポケモンクラフト」の組み立て説明書の挿絵に前面から見た図もある。

ポケスペのブルーとは、前髪がストレートのぱっつんで耳は出ておらず、襟元にはV字の切れ込み、腰には白いベルト、靴が黒のペタンコ靴であるなど細かな相違点がある。

第二世代

この頃から女主人公の概念が登場。

クリス/マリナ（クリスタル）

CV：村井かずさ（ライコウ雷の伝説）

初出は「金銀」ではなく、2000年12月発売のマイナーチェンジ版である「クリスタル」。
これと言った正式名称がなかったために名前が定まっていないが、デフォルトネームのひとつや、ポケスペで彼女に相当するクリスタルがその愛称で呼ばれていた事の他に、ゴールデンボーイズでも彼女に相当するキャラがクリスだった事から、クリスと呼ばれることが多い。
アニメではライコウ雷の伝説にマリナとして登場。こちらでは男主人公と同じだった服装の配色が変更されている。
後にHGSSでリメイクされ、後任と立場が被るせいか、集合イラストではハブられる事もしばしば。

第三世代

ポケモンにおいて女主人公の概念が完全に樹立。

ハルカ（ルビー・サファイア・エメラルド）

CV：KAORI（アニポケ）

初めてゲームとアニメ両方で名称が一致される。
ゲームで男主人公を選んだ場合、主人公をアシストする先輩キャラとして、ゲーム発売同時期に始まったアニメの第2シリーズでもヒロイン（姿はほとんど同じ）として、どちらもハルカという名前で登場。
アニメの影響からか、アチャモとその進化系と描かれる事が多い。
マイナーチェンジ版では服装が緑とオレンジを基調としたものに変更され、アニメの第3シリーズにゲスト出演した際はこちらの服装になっていた。
ポケスペで彼女に相当するキャラはサファイア。
ちなみにゲーム中のポケモン図鑑のたかさ比べから、身長145cmであるとわかる。

リーフ（ファイアレッド・リーフグリーン）

旧作リメイクにより追加された女主人公。
前記した第一世代のキャラクターをベースにしたキャラ。
主人公名を決める際のデフォルトネームが無く、以降の作品にも登場していないことから、ゲーム名である「リーフグリーン」から取ってリーフという通称がついている。
よってこの名前は公式名称では無いが、デモプレイや内部データなどではこの名前が使われていたりもする。
現時点では明確な名前が設定されたことが無い、唯一の女主人公でもある。
かつては「フグリ」というあだ名も存在したが、あそこを示す隠語でもあり、そこがいかにも一般人が名付けたっぽいセクハラ趣向を匂わせる。
ポケスペではブルーがコスチュームチェンジする事で登場。

第四世代

ヒカリ（ダイヤモンド・パール・プラチナ）

CV：豊口めぐみ（アニポケ）

ゲームでは男主人公を選んだ場合、主人公をアシストする先輩キャラとして、ゲーム発売同時期に始まったアニメの第3シリーズでも女主人公（姿は髪の色や持ち物、マフラーの長さなどが若干異なる）としてどちらもヒカリという名前で登場。
アニメの影響からか、ポッチャマと描かれる事が多く、帽子をかぶっていないものも多い。
ハルカと同じく、マイナーチェンジ版では服装が異なる。ただしアニメの第4シリーズ2期の後期で登場した際は、従来の服装のままだった。
ポケスペで彼女に相当するキャラはプラチナ(お嬢様)と呼ばれる。
ちなみにゲーム中のポケモン図鑑のたかさ、おもさ比べから分かる身長・体重は、身長140cm、体重34kg。

コトネ（ハートゴールド・ソウルシルバー）

CV：中島愛（アニポケ）

2人目となる旧作リメイクの女主人公。
男主人公がリメイク元とほとんど変わってないのに対し、こちらはリメイク元からかなりアレンジが加えられている。
男主人公を選ぶと幼馴染として、アニメではゲストとして、どちらもコトネという名前で登場。
ポケスペではクリスタルがコスチュームチェンジする事で登場。そのためかリメイク元と同じく青髪になっている。
ちなみにゲーム中のポケモン図鑑のたかさ、おもさ比べから分かる身長・体重は、身長152cm、体重41kg。
身長・体重が分かる主人公の中では一番大きく、男主人公よりも大きかったりする。
（男主人公は150cm、40kg）

第五世代

トウコ（ブラック・ホワイト）

今作でもまたゲームとアニメ共通の通称が出るかと思われたが、ゲームではチェレンとベルが幼馴染として登場、アニメもアイリスがヒロインポジションに収まったため、彼女を主人公にでもしない限りは双方のシナリオでは一切絡まないキャラに。
ゲームで主人公名を決める際もデフォルトネームが存在しないためFRLGの再来…かと思われたが、男主人公を選んだ場合、バトルサブウェイ内のマルチトレインを選んだ際にトウコという名称でパートナーとして登場する。
ポケスペで彼女に相当するキャラはホワイト。

メイ（ブラック2・ホワイト2）

CV：豊崎愛生（PVアニメ）

男主人公を選んだ場合、バトルサブウェイでメイという名前の相方として登場。
メイだけでは他の作品のキャラクターなどの名前と被る為、タグを付ける際は『メイ(トレーナー)』の形が好ましい。
TVアニメには未登場だが、BW2のスペシャルアニメーションで声付きで登場した。
ポケスペで彼女に相当するキャラはファイツ。
余談だが、誤植という名の伝説を生んでしまった主人公でもある。

第六世代

セレナ（X・Y）

CV：牧口真幸（アニポケ）

男主人公を選んだ場合、帽子を脱いだ女主人公がセレナの名前でライバルとして登場する。
世界同時発売し、本作では初の人種別に3種類の容姿が設定された。
更にシリーズ初となる着せ替えシステムによって自分好みの服を着せる事が出来る。
その為、プレイヤーによって姿が異なっているので投稿作品は、自分の好みの格好をさせている事が多い。

やはりアニメでも同様の名前で登場した。
しかし、ゲームのシステムに合わせてか、途中から見た目が変更され、衣装はゲーム版にないものとなっている。
ポケスペで彼女に相当するキャラはワイ。

ハルカ（オメガルビー・アルファサファイア）

CV：花澤香菜（PVアニメ）

服装などの変化からこちらはORASハルカと呼ばれている。
リメイク元とは異なりTVアニメには未登場だが、ORASのスペシャルアニメーションで声付きで登場した。
やはりこちらもアチャモ系統と描かれる事が多いが、コトブキヤから販売されたフィギュアではミズゴロウとセットになっている。

第七世代

ミヅキ（サン・ムーン）

主人公を男性にした場合は一切登場しないため、正確にはデフォルトネームは存在しない。
そのため、PVで使われたミヅキと呼ばれることが多かった。
…が、その影響かグッドスマイルカンパニーの『figma』とコトブキヤの『ARTFX J』において、どちらも「ミヅキ」として販売することが発表され、公式名称として逆輸入されることになった。
ただし、本来はデフォルトネームではないためこの名前を毛嫌いする人も多く、その場合はSM♀主が使われる（本百科事典では名無しキャラとして、こちらで扱う）。
ちなみに作中にも同じ名前のトレーナーが登場している。
選べる人種が1つ増えて4つになり、ORASで消滅した着せ替えシステムが復活した。（もっとも、ORASは過去作のリメイク作品であるため着せ替えがない理由も納得できるのだが…）
その為、セレナ同様プレイヤーによって姿が異なっているので、自分の好みの格好をさせているイラストも見られる。
ポケスペで彼女に相当するキャラはムーン。