ここでは食中毒の原因となる細菌・ウイルス・植物・動物を紹介していく。
細菌による食中毒
食品内で増殖した細菌を取り込むことによって発症する。O157や赤痢のように、人から人に伝染する感染症としての側面を持つものもある。
病原性大腸菌
大腸菌は通常、ヒトや哺乳動物に生息する無害な細菌だが、なかには下痢を起こすものもあり、「病原性大腸菌（びょうげんせいだいちょうきん）」と呼ぶ。生水や井戸水を飲むことで感染することが多い。
腸管出血性大腸菌
病原性大腸菌のなかで特に危険な種類の細菌。O157、O111、O104などの菌種があり、特にO157は漫画『もやしもん』で擬人化されるほど有名。
赤痢菌と同じくらいの毒性・感染力を持ち、ベロ毒素という猛毒を産生する（これはフグ毒やサリン、青酸カリよりも毒性が強かったりする）。
この菌は牛が保有していることが多く、そのため牛の糞に汚染された水や食品（特に牛肉）を食べることで感染する。
主な症状は腹痛と下痢で、虫垂炎に匹敵する激しい腹痛や血便を伴う激しい下痢となることがある。ときに溶血性尿毒症症候群（HUS）という重い合併症を起こし、腎臓や血液に深刻なダメージを与え、最悪の場合は死亡することもある。重症化しやすく、入院して治療を受けることも少なくない。
予防方法としては、食品を十分に加熱すること、十分に手を洗うことが大切である。
サルモネラ菌
主に爬虫類や鳥が保有していることが多い菌。主な原因食品は生卵や生肉。また、犬やネコなどのペットから感染した事例もある。
主な症状は発熱（40℃近い高熱になることが多い）、頭痛、腹痛、激しい下痢、嘔吐。通常、1週間程度で回復する。
予防のためには卵や肉は十分に加熱し、また、動物に触った後はきちんと手を洗うこと。
腸炎ビブリオ
主に海に生息する魚や魚介類が保有している菌。そのため海産物を生で食べることで感染する。
主な症状は激しい腹痛、下痢、嘔吐。通常、3日程度で回復する。
予防方法は海産物の生食を避け、加熱調理すること。
カンピロバクター
最近急速に患者が増えている食中毒菌。主に鶏や牛が保有しており、生の鶏肉や牛肉が原因となることが多い。また、まな板や包丁を介して野菜に付着することがある。
主な症状は発熱、腹痛、下痢。鶏肉を生で食べた後に下痢になった場合、ほとんどこの菌が原因。比較的軽症で、3日程度で回復することが多い。
予防方法は肉類の加熱調理。また、肉を調理した後のまな板や包丁はよく洗ってから再利用すること。
ウェルシュ菌
ヒトや動物の腸内、土壌、水中など、自然界に幅広く分布する細菌。嫌気性菌であり、空気や酸素を嫌う。
この菌は熱に強く、100℃程度で加熱しても死なない。そのため、食品を大釜などで大量に加熱調理すると、他の細菌やウイルスは死滅してもウェルシュ菌だけは生き残ったりする。また、食品の中心部は酸素の少ない状態となるため、ウェルシュ菌の増殖に最適な環境となってしまう。
学校給食での発生が多く、カレー・シチュー・スープなど、食べる日の前日に大量に調理され、大きな器のまま室温で放冷された食品が原因となることが多い。そのためこの菌による食中毒は「給食病」の異名を持つ。
主な症状は腹痛と下痢だが、軽症であることが多く、通常は1～2日で回復する。
予防のためには「前日調理を避け、加熱調理したものはなるべく早く食べること」「やむを得ず保管する場合は、小分けしてから急速に冷却すること」を心がけよう。
エルシニア菌
肉類（特に豚肉）や牛乳（乳製品を含む）が原因となることが多い。この菌は低温に強く、冷蔵庫でも増殖することができる。
発熱・頭痛・激しい腹痛・下痢・関節の痛みなどの症状があらわれる。
赤痢菌
細菌性赤痢の病原体。発展途上国へ海外旅行した人に多く、日本国内での発生はまれ。
主な症状は発熱・腹痛・下痢で、重症の場合は40℃近い高熱・激しい腹痛・真っ赤な血便がみられる。赤痢という名前は、この血便に由来する。
重症化しやすく、また、人から人へ伝染することもあるため、場合によっては隔離入院が必要。
コレラ菌
コレラの病原体。生物学的には腸炎ビブリオの親戚。赤痢菌同様、海外での発生が多い。
主な症状は下痢と嘔吐。重症の場合は米のとぎ汁のような真っ白い下痢便が出て、急速に脱水症状に陥る。
赤痢菌同様、重症の場合は隔離入院が必要。
チフス菌
腸チフスの病原体。生物学的にはサルモネラ菌の親戚。赤痢菌やコレラ菌と同様、海外で多発している。
この菌は腸に入った後、血液中に侵入する（敗血症）。食中毒ではあるが下痢はあまりみられず、高熱・頭痛・発疹といった症状が中心。腸に穴があくと非常に危険。
パラチフス菌
パラチフスの病原体。腸チフスと似たような症状があらわれるが、腸チフスよりは軽症であることが多い。
細菌の毒素による食中毒
細菌が食品内で産生した毒素を体内に取り込むことで発症する。毒素が主体なので、細菌が死んでいても毒素が残っていれば発症することがある。
黄色ブドウ球菌およびその毒素
この菌はヒトの皮膚や粘膜に広く生息している、通常は無害な菌だが、傷口があるとショックを起こして病原性を有するようになる。
手に傷がある人が調理したおにぎりやサンドイッチなどが原因となることが多い。
主な症状は激しい嘔吐だが、24時間以内に回復することが多い。手に傷がある人（特に化膿している場合）は調理に関わらないことが重要な予防方法である。
ボツリヌス菌およびその毒素
土や泥に広く生息する細菌。この菌が産生する毒素（ボツリヌストキシン）は極めて毒性が高く、細菌が産生する猛毒の中で最も危険なものである（ベロ毒素以上の毒性）。
この菌は空気・酸素を嫌うため、空気のない密閉された空間で増殖する。発生件数こそ少ないが、致死率はかなり高い（10％以上）ので注意。缶詰などの加工食品や蜂蜜が原因となることが多い。
主な症状は嘔吐、ものが見えにくくなる、ものが飲み込めなくなる、ろれつが回らない、めまい、筋肉麻痺などの神経症状。最終的には呼吸ができなくなる。
セレウス菌およびその毒素
土・水・埃等、自然界に広く分布し、農作物を汚染している細菌。
この菌は米や小麦などの農作物を汚染するため、チャーハンやパスタなどが原因となることが多い。
症状は「下痢型」と「嘔吐型」に大別され、前者はウェルシュ菌による食中毒、後者は黄色ブドウ球菌毒素による食中毒と似ている。
予防方法は「一度に大量に調理しないこと」「穀類等が原料の食品は、小分けして速やかに低温保存(10℃以下)すること」。
ウイルスによる食中毒
食品中で増殖したウイルスを取り込むことで発症する。感染症としての側面もあり、人から人に伝染することもある。
ノロウイルス
食中毒を起こすウイルスの代表格。牡蠣などの貝を生で食べることで発症することが多いが、便や吐物を介して人から人へ伝染することもある。
主な症状は嘔吐と下痢。比較的軽症で、3日以内に回復する。
十分な加熱調理と手洗いで予防しよう。
ロタウイルス
主に赤ちゃんに下痢を起こすウイルス。ノロウイルスに比べて重症化しやすく、赤ちゃんがいる家庭にとっては危険なウイルス。
主な症状は下痢・嘔吐・発熱。下痢は激しく、真っ白い便が出ることがある。急速に水分が失われるため脱水症状に陥りやすく、脳や心臓、腎臓などに合併症を起こすこともある。
ワクチンで予防できる。
A型肝炎ウイルス
A型肝炎の病原体。生の魚介類が原因となることが多い。海外での発生が多く、日本では稀。
肝臓に炎症を起こし、発熱・肌が黄色っぽくなる（黄疸）・食欲低下・嘔吐・下痢などの症状があらわれる。ワクチンで予防可能。
E型肝炎ウイルス
E型肝炎の病原体。野生動物の肉を生で食べることで感染する。海外での発生が多い。
A型肝炎と同じような症状があらわれるが、「妊婦がかかると重症化しやすい」「ワクチンで予防できない」といった違いがある。
有毒植物による食中毒
トリカブト
毒草の代表格。アコニチンという毒素を含む。嘔吐、唇や舌のしびれ、呼吸困難などの症状があらわれ、最終的には心臓が停止し死亡する。
毒キノコ
毒を含むきのこを食べて中毒を起こす。症状はきのこの種類や食べた量により異なるが、重症の場合はコレラのような激しい下痢・肝臓や腎臓の深刻な障害から死に至ることもある。
毒キノコによる中毒のほとんどは、自己流で鑑定して食べた結果発生したものである。素人判断はやめて、食用と確実に判断できないキノコは絶対に食べてはいけない。
ジャガイモの表皮や芽
ジャガイモは表皮や芽にソラニンという毒素を含む。頭痛、腹痛、嘔吐、下痢などの症状があらわれる。ジャガイモは表皮や芽を取り除いてから食べよう。
有毒動物による食中毒
フグの内臓（特に肝臓と卵巣）
高級食材として知られるフグは、内臓にテトロドトキシンという毒素を含む。唇や舌のしびれ、嘔吐、歩行困難などの症状があらわれ、最終的には呼吸ができなくなり死に至る。
フグの調理には専用の免許である都道府県が発行するふぐ調理師免許が必要となる。素人の調理は非常に危険なので絶対にしないこと。
