少女漫画誌(ちゃお)連載の、少女漫画らしい人間同士やポケモン同士の恋愛要素も含んだ一話完結中心型日常ギャグ漫画。少女のマロンが知り合いの博士に惚れ薬を作ってもらうために指令を受けてポケモンを集め始めるが、ピカチュウ、ピッピ、プリンというかわいいポケモン達に出会い、目的そっちのけでポケモンたちと仲良くなっていく。

ポケットモンスターチャモチャモ☆ぷりてぃ♪（2003年～2006年・全3巻）

作画・月梨野ゆみ

PiPiPi★アドベンチャーの続編。長らく少女漫画誌最後のポケモン連載作になっていた。少女ハルカのパートナーであるアチャモ♀の恋物語。

その他

ポケットモンスター全書まんが版（1998年・全1巻）

作画・中村里美

『赤・緑』のコミカライズ。主人公サトシ（キャラクター像は完全にゲーム版レッド）がヒトカゲを連れてマサラタウンを出発し、数々のポケモンやトレーナー達と仲良くなりながらチャンピオンロードを目指す。

ポケモンカードになったワケ（1999年～2001年・全6巻）

作画・姫野かげまる

各種ポケモンの日常や事件に焦点を当てた一話完結型の短編オムニバス作品。各話の主人公は人間や主役ポケモンが担当。タイトルの由来は、作者が担当したポケモンカードのイラストが各ストーリーの題材になっている事から。※ちなみに後に同タイトルで公式サイト向けにアレンジして公開されている。(詳しくはこちらの記事内を参照)

ポケットモンスター金銀ゴールデン・ボーイズ（1999年～2001年・全3巻）

作画・斎藤むねお

『GSC』を基にしたコミカライズ。主人公ゴールドがチャンピオンを目指してジョウト地方を旅する。急遽打ち切りになってしまったため4巻目は出ることなく未完結。

めざせ!!カードマスターポケモンカードゲームバトルコミック（2000年・全1巻）

作画・印照

ポケモンカードゲームのコミカライズ。南井健太がポケモンカードバトルを極めていく。金銀までのカードが登場。

ポケットモンスターエメラルド挑戦!!バトルフロンティア（2005年・全1巻）

作画・伊原しげかつ

『エメラルド』を基にしたコミカライズ。主人公エンタがロコンを連れて最強のトレーナー目指しバトルフロンティアにやってきた。出会ったばかりのジュカイン使いの少年ラルドをいきなり師匠にして彼の言葉に従いフロンティア挑戦を始めるが、エンタはまだバトルが不慣れでまともな挑戦も出来ない状態だった。

ポケモン不思議のダンジョンギンジの救助隊（2005年～2006年・全1巻）

作画・溝渕誠

『ポケモン不思議のダンジョン赤・青の救助隊』のコミカライズ。目覚めるとアチャモになっていたせっかちな少年ギンジが、のんびり屋のミズゴロウと共にゲームとほぼ同じ過酷なストーリーを辿る。

ポケットモンスターダイヤモンド・パール物語ポケモンDP（2006年～2009年・全8巻）

作画・伊原しげかつ

『DPt』を基にしたコミカライズ。ポケモンの言葉が解かり怪力持ちの野生児ハレタが、ディアルガと会うためにシンオウ地方を旅する。ジム戦やギンガ団との戦いの際には手持ちのポッチャマ達に混じって生身で挑み、強くそしてバトル好きに成長していく。

快盗!ポケモン7（2007年・全1巻）

作画・あさだみほ

ポケモン漫画唯一の怪盗モノ。昼間パン屋で働く少年ヒオリの正体は、悪い奴らに盗まれた物を依頼を受けて盗み返す義賊の怪盗「ポケモン7」。パートナーのルカリオや手持ちポケモン達と依頼をこなす内に、話はギンガ団との戦いへと移行する。

ポケットモンスタープラチナめざせ!!バトル王（2008年・全1巻）

作画・松島リュウ

『プラチナ』を基にしたコミカライズ。ポケモンコミカライズ作としては珍しい、ポケモン世界の話ではなく現実世界を描いた物語。ゲーム『ポケットモンスタープラチナ』の最強プレイヤーを目指し始めた少年・しろがね遊が他のプレイヤーと対戦するバトル漫画。

ポケモン不思議のダンジョン炎の探検隊（2008年・全1巻）

作画・溝渕誠

『ポケモン不思議のダンジョン時・闇の探検隊』のコミカライズ。ヒコザルになっていた江戸っ子風の少年ホノオが、田舎者口調のワニノコと2匹で「時の歯車」を賭けた戦いに身を投じるゲームの佳境シーンを辿ったストーリー。

ポケットモンスターHG・SS ジョウの大冒険（2009年・全1巻）

作画・松島リュウ

HGSSのコミカライズ。最強のポケモントレーナーを目指すジョウが、ワニノコを相棒…もとい弟にして、共に最強を目指すためにジョウト地方を巡る。

ポケモンバトリオめざせ!バトリオマスター（2009年～2010年・全2巻）

作画・しろぎたかし

ポケモンバトリオのコミカライズ。主人公・天童リュウが野性的な勘と決してあきらめない根性でバトリオマスターに成長していく。

ポケモントライアドベンチャー（2010年～2011年・全3巻）

シナリオ・けいじま潤とコイキング研究所、作画・あさだみほ

バトルの天才カツヤ、ポケモン集めが大好きなソロ、サバイバルの達人トキの少年トリオが冒険する。

ポケモンB・W 炎雷の英雄（2011年・全1巻）

作画・神田達志

『BW』のコミカライズその1。自称「正義のポケモントレーナー」シンがポカブをパートナーに、プラズマ団とその王Nを倒す為に旅をするバトル漫画。ゲーチスがいない世界で、伝説のドラゴンポケモンを探すNと出会ったシンは彼の正体に気付かぬままNの旅に同行する。

究めろ!!ポケモンB・W（2011年・全1巻）

作画・勝見直人

『BW』のコミカライズその2。少年モンタがツタージャを連れ、イッシュ地方の野生ポケモンや伝説のポケモン、トレーナーと戦うバトル漫画。

ポケットモンスターB・W グッドパートナーズ（2011年・全1巻）

シナリオ・七月鏡一、作画・険持ちよ

『BW』のコミカライズその3。少年タクローと少女マシロが図鑑を手にイッシュ地方を巡りながら、野生ポケモンの心と触れ合う話。迷子のエモンガを6番道路に帰す話を中心にして物語が進行する。プラズマ団ではない悪役と戦うシーンもあるが主人公たちはバトル向きのポケモンを一切育てていない。

ポケットモンスターReBURST（2011年～2012年・全8巻）

シナリオ・楠出尽、作画・田村光久

少年サンデー史上初のポケモン連載漫画。「人間がポケモンと合体(BURST)」できる宝石が存在する世界で、主人公リョウガが人の意志・肉弾戦・合体したポケモンの能力を組み合わせたBURST戦士となり他の戦士と戦うバトル漫画。ポケモンそのものはほとんど描かれていない異質な作品となっている。

ポケモンB2・W2 ～新たなる伝説～（2012年・全1巻）

作画・神田達志

『BW2』のコミカライズ。少年アラタはポケモンと心を合致させる力が有り、昔臆病だった自分を変えてくれたレシラムと英雄ヒロとの出会いをきっかけに、伝説のポケモンを捕まえるイッシュ地方の旅をミジュマルと始めたが、プラズマ団に傷つけられているポケモンを見て彼らを助けると決め残党と戦う。

ポケットモンスターX・Y ポケモン竜王伝（2013年～2014年・全1巻）

作画・石井敬士

公式バトル大会「ポケモン竜王戦」のコラボ作品。ドラゴンタイプしか出場できないバトル大会に主人公のアキラがリザードンで挑もうとするバトル漫画。XYまでの非伝説ドラゴンタイプがほぼ全て登場し、主役や対戦相手として活躍している。

ポケモンORAS 紅き情熱と藍き英知（2014年～2015年・全1巻）

作画・秦槙吾

『ORAS』を基にしたコミカライズ。双子の兄弟オメガ＆アルファが、それぞれ惚れ込んだグラードン・カイオーガを捕獲しにいく物語。

ORASゲーム中のグラードン・カイオーガとの戦闘とそれに関わるマグマ団・アクア団との戦いのシナリオ部分のみを忠実に取り上げているが、兄弟で行動場所が違うためお互いの視点が交互に描かれている。

ポケットモンスターHORIZON（2017年・全2巻）

作画・やぶのてんや

『サン・ムーン』を基にしたコミカライズ。少年アキラがアローラ地方で出会ったのは、異常なタフさと闘志を持ち、首の岩に赤い石がある謎のイワンコだった。アキラはイワンコをパートナーに選び「島めぐり」に挑戦し始めたが、世界征服を企む組織キングス団が、イワンコの身に宿る世界を変えかねない力を狙って襲撃してくる。