デュエル中で出したカードは攻撃表示や守備表示といった置き方だけでなく、原作漫画の迷宮兄弟戦の時の如くカードをチェスのように移動させてデュエルを行っていく(当然、カードを移動させると強制的に攻撃表示になる)。移動できるのは『自分のターンで1枚につき1マス』だが例外もいくつかあり、同じマスにカードが重なる事でバトルや融合等が行われる。

デッキリーダー

プレイヤーはデュエルでは40枚のカードで構築されたデッキを使用していくのだが、それとは別にモンスターカードを一つ選び、それをデュエル中における『デッキリーダー』として使用する。デッキリーダーには攻撃力・守備力の概念がないため、自力で敵モンスターと戦う能力は皆無であり、1ターンに一度だけ自分の周囲1マス(召喚マス)にモンスターカードを召喚、もしくはスペルカード(魔法カードと罠カードをこう呼ぶ)をセットしながら戦っていく。また、『自分の周囲1マス(召喚マス)が全て相手のカード(もしくは後述の迷宮壁)で埋まるとそのプレイヤーの負けとなる』という本作独自の勝敗条件もある。

属性

前作の『封印されし記憶』では死に設定同然だった属性だが、今回は設定が大きく変更されており、モンスター同士が戦闘を行い『不利な属性の方が生き残った場合、そのモンスターは1ターン呪縛される(移動及び表示形式の変更が行えない)』というルールとなっている。また属性の優劣関係は以下の通りで、一見イメージしにくいが『光属性を雷属性』、『闇属性を土属性』、『地属性を木属性』と置き換えれば分かりやすいかもしれない。

下記の表では優勢→劣勢とする
光→水→炎→地→風→闇→光

レベル

こちらも前作では死に設定そのものであったモンスターカードのレベルがキチンとゲームに反映されており、前作同様にアドバンス召喚の概念こそないものの、本作では手札からモンスターを場に出すにはそのレベル分の召喚パワーを消費し、現時点での召喚パワーを上回るレベルのモンスターは場に出せないというルールが設けられている(ちなみにスペルカードを場に出す場合は召喚パワーを消費しない)。

召喚パワーは4所持した状態でデュエル開始時となり、自分のターンが来るたびに3回復する(最大12まで所持可能)。

経験値

本作におけるデッキリーダーに大きく関わる要素で、デュエル中の活躍の度合いによってモンスターカードに加減算される。主に召喚されてから長いターン場に残り続けたり、敵カードを撃破したり、敵デッキリーダーへの直接攻撃に成功すると加算され、逆に墓地に送られたりデッキリーダーとして敵モンスターから攻撃を受けると減点される。獲得した経験値が500を超えると、階級が戦闘員から少尉に昇格し、それ以降も経験値を貯めて昇格を続けて行き65535に到達すると、最高位の元帥となる(ちなみに少尉に昇格するとデッキリーダーに選択できるようになり、経験値の減点により降格することはあるものの少尉までで、戦闘員に降格することは絶対にない)。

また、本作における階級は以下の通り。

階級一覧
戦闘員→少尉→中尉→大尉→少佐→中佐→大佐→准将→小将→中将→大将→上級大将→元帥

リーダー能力

デッキリーダーが昇格した階級に応じてカードに備わっている特殊能力とは別に得ることができる特殊能力で、その効果も以下のように様々である。

ただし、モンスターカード毎に元帥になるまでに獲得できるリーダー能力はそれぞれ決まっており、どのモンスターカードをデッキリーダーにしても全種類のリーダー能力を獲得するのは不可能である。

デッキリーダーであるモンスターと同じ種族の味方モンスターを強化・援護する。
特定の種族である敵モンスターを弱体化・呪縛・破壊などで撃退する。
デッキリーダーの止まったマスに財宝(隠しカード)が隠れていた場合、その財宝をゲットする(※各フィールドにつき1枚しかゲットできない)
前述の効果が適用されるマスの範囲を拡大させる。
デュエル中、条件を満たした時にデスティニードローを発動する。

その他の独自の要素

DC(デッキコスト)

ゲームボーイ版の遊戯王関連のゲーム等で登場する要素『DC(デッキキャパシティ)』に酷似した要素。カード毎に設定されており、デッキに入れた40枚のカードのDCの合計がそのデッキにおけるDCとなる。

また、本作においては自分のデッキのDCが対戦相手のデッキのDCを下回っていないとデュエルできない(同値でも不可)というルールがあるため、強力なデッキを組んでどんな相手も楽勝ということはできないもどかしいことになっている。

地形

本作では、デュエル開始の時点でフィールド内の全てのマスは以下の何らかの地形になっており、フィールド魔法を使用する事で発動したマスから2マスの範囲をその地形に変更する事が出来、本作で登場する地形は以下の通り。

また、モンスターは地形との相性によってステータスが変化し、苦手地形だと攻撃力及び守備力が500ダウンするが、得意地形だとその逆で500ずつアップする上に、表側表示の時は1ターンに移動できる距離が2マスにアップする。

名称	得意種族	苦手種族	備考
格闘場	なし	なし	『ノーマル地形』という別名もあり、どの種族にも影響しない
森	獣戦士族、獣族、昆虫族、炎族、植物族	悪魔族
荒野	アンデット族、恐竜族、機械族、岩石族	植物族、魚族、海竜族、水族
山	ドラゴン族、鳥獣族、天使族、雷族	アンデット族
草原	戦士族、獣戦士族	魔法使い族
海	魚族、海竜族、水族、雷族	機械族、炎族
闇	悪魔族、魔法使い族、アンデット族	天使族
ウイルス	旧神族	なし	旧神族以外の攻撃力1500以上のモンスターがこのマスに移動すると、バトル終了後に破壊される
トゥーン	トゥーンモンスター及び一部のコミカル系モンスター	その他の種族全て
迷宮壁	なし	なし	特定のモンスター以外は侵入不可能。フィールド魔法で変化させることもできない

勝利時に入手するカード

この頃の遊戯王関連のゲームでは『勝利時にゲットできるカードは対戦相手毎に決まっておりその中からランダムに1枚が選ばれる』という形式だったが、本作は『デュエル中に対戦相手が使用したカードがスロットのリールに追加され※、スロットの外に表示されるラインの横列で止めることができればそのカードがゲットできる』という大きく異なった形式になっている。

ちなみにラインに同じカードの絵柄を2つ以上揃えて複数ゲットすることできないが、3つ同じ絵柄を揃えると『フィーバー』となり普通ではまず入手できないレアカードを入手できる。

※：ただし、対戦相手の使用するカードの中にはスロットでは絶対に入手できず、フィーバー等の特別な方法でないと入手できないレアカード扱いになっているものもある。