他のターミナル駅に負けず劣らず駅構内が複雑になっており、各鉄道会社の構内図も説明が追いついていないレベルである。説明な下手な鉄道会社のものだとどの路線が何階にあるのかすらわからない。伊勢崎線については日比谷線と半蔵門線のどっちへ直通するかでホームの階が全く異なる問題・つくばエクスプレスの階層の問題（後述）もあって非常にややこしい事になっている。

下町のど真ん中に巨大ショッピングセンターという一見区には場違いとも言える規模の駅となってしまったが、長年客入りは好調なことからも利用者や住人のニーズには合致しており再開発の成功例となっている。

余談

クレヨンしんちゃんの野原ひろしがみさえにプロポーズした場所としても知られている。そのため、同作の映画作品の主題歌となったあいみょんの楽曲『ハルノヒ』でも歌詞に登場する。
元々は千代田区の淡路町にあった東京電機大学が、2012年に東口方面に移転してきた事で最寄駅となった。ただし東口は狭く、多くの民家や商店街(学園通り)に阻まれている影響で本来なら駅または駅からの連絡通路出口からすぐ近くにあるはずのロータリーが学園通りを抜けた離れた場所にあるという一風変わった配置となっている。ロータリーを使うなら西口方面が妥当か。
2015年に東京メトロの駅名標更新の際、ミスで「北千住」が「北干住」の表記となってしまった。やむを得ず「千」の字のシールを上から貼り、駅名標を再度取り替えた。

2015年放送のアニメご注文はうさぎですか??のエンディング「ときめきポポロン♪」が常磐快速線3番線の発車メロディ「常磐3-1」に似ている。
住所上北千住という町名は存在しない。逆に隣駅の南千住駅には南千住という町名が実在し、駅の住所にもなっている。
- 実は属する自治体が違う。東京22区(後練馬区分離で23区)を制定する際、隅田川を境にしたため(どう見ても立派な川である荒川は一級河川ではあったものの、中川の氾濫を抑える目的で造成された人工河川だったため、かつては一等低い扱いを受けていた。年配の地元民が「荒川放水路」と呼ぶのはその名残である)、隅田川と荒川の間に挟まれていた千住地区の大部分は足立区に、南千住地域は荒川区にとそれぞれ分かれた。

当駅は交通系ICの運賃計算トラップがあり、半蔵門線ではメトロ経由、相鉄各駅に行くとJR経由となってしまう。JR-東武直通列車もトラップがあるため切符の買いなおしとなる。わたらせ渓谷鉄道の桐生～相老では10倍以上の運賃を払う羽目になる。

JR東日本(常磐線快速)

2面3線の地上駅。ただし厳密にはホーム真下にセミアンダーパス(東西自由通路)が通っているため1.5Fくらいの半高架にある。駅番号はJJ05。

2番乗り場は上下線共用の待避線である。1番乗り場の発車メロディーは新橋駅で使われているものと同じ。

乗り場	路線	方向	行き先	備考
1	常磐快速線	下り	柏・我孫子・取手・土浦・水戸・成田空港方面
2	常磐快速線			上下線兼用の待避線
3	常磐快速線	上り	日暮里・東京・品川方面

東京メトロ千代田線(常磐緩行線)

島式1面2線を有する地下駅(B2F)。駅番号はC18。

当駅～綾瀬駅間は特殊で、常磐線方面を利用する場合、JR東日本の初乗り運賃が適用される。また、当駅～綾瀬駅間のみを乗車する場合は、運賃は東京メトロの初乗り運賃ではなく、JR東日本の電車特定区間の初乗り運賃が適用される。

常磐緩行線の停車駅こち亀の聖地亀有駅や武蔵野線との接続駅新松戸駅に直接行くためにはJR線ホームではなく千代田線ホームのこちらから乗らないと停車しないというトラップがあるので注意。特に亀有目当てで山手線沿線の駅から常磐線に乗ってきたり間違えてJR線ホームに乗りかえてしまったりした場合、千葉県の松戸駅まで飛ばされる羽目になる。バリアフリー対応の必要な場合には係員の呼び出しが必要で時間がかかるので、常磐快速線と常磐緩行線の乗り継ぎは他の駅でした方が良い。

乗り場	路線	方面	備考
1	千代田線南行	大手町・代々木上原方面小田急小田原線直通···新百合ヶ丘・唐木田・本厚木・小田原方面	小田原行きはロマンスカー MSEのみ
2	千代田線北行常磐緩行線下り	綾瀬・新松戸・柏・我孫子・取手方面

東武伊勢崎線・東京メトロ日比谷線

地上(M2F)島式2面4線と高架(3F)2面3線の構造。駅番号は東武はTS09、日比谷線はH22。

1899年の伊勢崎線開業当時は当駅が起点で、久喜駅が終点となっていた。このため伊勢崎線の0kmポストはここ北千住駅に設けられている。

伊勢崎線も厳密には常磐快速線とほぼ同じ半高架上にあり、ここから千代田線ホームへ続くルートの間にはエキア北千住がある。

浅草方面発着系統や半蔵門線直通系統は地上乗り場から、日比谷線直通系統列車は高架乗り場から発着する。当駅～北越谷駅までは私鉄最長の複々線区間になり、千住検車区竹ノ塚分室周辺を除いて踏切は基本的に存在しない。

上述通り東武とメトロは改札内で繋がっている構造上、東武の管轄であるはずの北千住～押上間をメトロ24時間券で乗ることが出来る(北千住・押上共にメトロの起点駅で大手町経由のルートで計算されるため)。

ただし、区間外乗車であることには変わりなく、不正乗車と認められる可能性が高いため、事前に伊勢崎線経由北千住～押上間の切符を購入してから乗車すること。

乗降人員は45万人前後で池袋駅に次いで多く、伊勢崎線では最も多いが、池袋駅の減少により差が縮まってきている。因みに日比谷線の乗降人員は28万人である。

なお京急蒲田駅と並んで要塞駅とも揶揄される東武ホームだが、マジで戦場だったのは要塞駅になる前である1996年に日比谷線専用の高架ホームができる前。1962年に日比谷線との直通運転を開始してからは、2面4線のホームの内側が営団地下鉄日比谷線、外側が東武伊勢崎線という一般的な直通駅の形態をとっていたのだが(他に切り欠き式の予備ホームが上下各1面)、これがとんでもなく災いをもたらした。

当時は需要の割に(優等列車待避線のある)国鉄ホーム以外は貧弱の一言に尽き、しかも一方で利用者から総スカンを食らった国鉄常磐線からの乗継客と東武自身が運んできた乗客とがひしめき合い「よくこれで転落事故が起きねぇな」と言われるほどの人口密度になっていた。

そのため前述の通り1996年に多層化が済むまでは、

浅草迂回乗車制度(浅草駅で銀座線に乗り換えてもらう制度)
押上迂回乗車制度(押上駅で都営浅草線に乗り換えてもらう制度)

の特別運賃制度を採った。

また東武としてもターミナルとして貧弱な浅草駅より北千住駅の方が(半蔵門線開業前から)利用客が多く乗継に便利な事は解っていたのだが、こんな状況で有料の特急列車なんぞ停めようもんなら事故ることは解りきっていたのでDRC けごん・きぬやりょうもうは日光・鬼怒川温泉・赤城行き下り列車はほぼ終日通過しており、実際、当駅の下り特急ホーム設置まで、起点の浅草駅の次の停車駅は、けごん・きぬは下今市（1986年より全列車停車。それまでは終点までノンストップ列車もあった）、りょうもうは館林だった。多層化工事完了後の1997年にようやく下り特急専用ホームが設置され、DRCの後継・スペーシアやりょうもうも全列車停車するようになった。

地上ホーム(浅草発着・半蔵門線方面)

乗り場	路線	方向	行き先	備考
特急	東武日光線東武伊勢崎線	下り	新栃木・東武日光・鬼怒川温泉方面赤城・伊勢崎・葛生方面	1番乗り場とホームを共有。
1・2	東武伊勢崎線	下り	新越谷・春日部・久喜・南栗橋方面南栗橋乗り換え···新栃木・東武宇都宮方面	浅草・半蔵門線方面からの電車。
3・4	東武伊勢崎線	上り	浅草行き押上より半蔵門線・東急田園都市線直通···大手町・渋谷・長津田・中央林間方面

高架ホーム(日比谷線方面)

乗り場	路線	方向	行き先	備考
5	東武伊勢崎線	下り	竹ノ塚・新越谷・春日部・東武動物公園・南栗橋方面	日比谷線からの直通電車。
6	日比谷線	A線	秋葉原・六本木・中目黒方面	朝夕の一部の折り返し電車のみ。
7	日比谷線	A線	秋葉原・六本木・中目黒方面	東武本線からの直通電車。

つくばエクスプレス

5路線では最も新しい部類に入る高架駅。駅番号は05。

上述したように駅内で唯一改札が分断されているため、改札から上が独立された建物になっている。

島式1面2線ホームで当駅から千代田線に乗り換える乗客が多い。利用者は8.5万人前後で秋葉原駅に次いで2位。

ぱっと見ホームが日比谷線と並行しているように見えるが、建物自体が他の路線と分断されている関係上ちょっと高い位置にあるためホームが3Fにあるのか4Fにあるのかよくわからない事になってしまっている。(多くのサイトでは東武の改札階基準で3Fと紹介されているが、TX公式ではJRの改札階基準の4Fと言い張っている)

乗り場	方向	行き先	備考
1	下り	流山おおたかの森・守谷・つくば方面
2	上り	秋葉原方面	優等列車は当駅から各駅停車。

利用状況

近況

JR東日本

2019年(令和元年)度の1日平均乗車人員は221,634人である。
JR東日本の駅では秋葉原駅に次いで第10位で、常磐線の駅では最も利用者が多い。
同社の上野駅や高田馬場駅、川崎駅より多い。
なお、乗客の9割は定期客で占めるので非定期客だと上野駅よりも少ない。

東京メトロ千代田線

2019年(令和元年)度の1日平均乗降人員は292,053人である。
直通を除いたメトロの駅では池袋駅、大手町駅に次いで3位。
- 千代田線の駅では綾瀬駅、大手町駅、代々木上原駅に次いで多い。2018年度に小田急複々線化の影響で代々木上原駅に抜かれた。

東京メトロ日比谷線

2019年(令和元年)度の1日平均乗降人員は305,071人である。
但し、東武伊勢崎線の直通人員を含む。

東武鉄道

2019年(令和元年)度の1日平均乗降人員は455,250人である。
東武の駅では池袋駅に次いで2位で、本線系統では最も利用者が多い。
同社の池袋駅とは利用者を差を縮めつつある。
但し、日比谷線の直通を含む。

つくばエクスプレス

2019年(令和元年)度の1日平均乗降人員は103,083人である。
TXの駅では秋葉原駅に次いで2位。

利用状況比較表

事業者名	JR東日本		つくばエクスプレス
年度	乗車人員	乗降人員	乗車人員	乗降人員
2008年(平成20年)度	194,724人	389,448人	33,467人	66,934人
2009年(平成21年)度	193,976人	387,952人	35,146人	70,292人
2010年(平成22年)度	195,260人	390,520人	36,821人	73,642人
2011年(平成23年)度	194,136人	388,272人	37,306人	74,612人
2012年(平成24年)度	198,624人	397,248人	39,741人	79,482人
2013年(平成25年)度	203,428人	406,856人	41,750人	83,500人
2014年(平成26年)度	202,415人	404,830人	41,858人	83,716人
2015年(平成27年)度	209,994人	419,988人	44,592人	89,184人
2016年(平成28年)度	214,322人	428,644人	46,542人	93,084人
2017年(平成29年)度	217,838人	435,676人	48,750人	97,500人
2018年(平成30年)度	220,903人	441,806人	50,533人	101,067人
2019年(令和元年)度	221,634人	443,268人	51,542人	103,083人

事業者名	東武鉄道	東京メトロ
路線	伊勢崎線	日比谷線	千代田線
年度	乗降人員	乗降人員	乗降人員
2008年(平成20年)度	446,474人	304,567人	306,865人
2009年(平成21年)度	437,906人	296,938人	299,196人
2010年(平成22年)度	434,524人	292,545人	293,307人
2011年(平成23年)度	425,309人	287,488人	281,192人
2012年(平成24年)度	435,017人	289,324人	287,433人
2013年(平成25年)度	440,711人	291,466人	283,962人
2014年(平成26年)度	437,156人	288,610人	285,742人
2015年(平成27年)度	443,950人	290,330人	289,001人
2016年(平成28年)度	450,046人	293,231人	291,464人
2017年(平成29年)度	454,781人	299,219人	291,919人
2018年(平成30年)度	459,113人	304,635人	292,684人
2019年(令和元年)度	455,250人	292,053人	305,071人

隣の駅

JR東日本、東京メトロ

路線	前の駅		次の駅
常磐快速線	南千住駅	当駅	松戸駅
日比谷線(東武線直通)普通	南千住駅	当駅	(東武線：小菅駅)
日比谷線『THライナー』		通過
千代田線/常磐緩行線	町屋駅	当駅	綾瀬駅