2003年 11月27日にバンプレストから発売されたプレイステーション2用ソフト。正式タイトルは『仮面ライダー正義の系譜』で、ジャンルは3Dアクションアドベンチャー。
異なる時空に存在するものが一つに繋がってしまった発電所を舞台に、1号をはじめとする昭和ライダー数人と仮面ライダーアギトを操作して怪人を倒し、次々と浮かび上がる謎を解いていく。

第五章には「ジェネレーションザッピングシステム」を実装。ある時代で起きたことが他の時代にも同様に発生するシステム。例えば1号で罠を解除するためのスイッチを押してその場に立たせておけば、他の時代でも罠が解除される。
1周目をクリアするとNEWゲーム（2周目以降）で旧1号を選択可能。ゲーム開始が1972年1月になり（新1号は同年11月）、あらすじと第4章冒頭が変わる。

あらすじ

1972年11月、ゲルショッカーとの戦いを繰り広げていた仮面ライダー1号は採石場で地獄大使の死後、潰滅したショッカーが何かを企んでいる事を知り現場へと赴く。
戦闘員達を倒したとき、仮面ライダー2号によって倒されたはずのショッカー怪人・ドクガンダーが現れ、謎の言葉を残して去って行く。彼はその後を追って山奥にある地熱発電所まで向かう。

その頃、謎の培養カプセルに入った巨大な目がゆっくりと成長しつつあった…。

登場する仮面ライダー

時系列順に紹介。変身前のイラストありは操作可能なキャラクター。

1972年11月

仮面ライダー1号 / 本郷猛

ショッカーによって改造され誕生した最初の仮面ライダー。「技の1号」という異名を持つ。
ショッカー戦闘員殲滅後、謎の言葉を残して飛び去ったドクガンダーを追って地熱発電所に来た彼は、そこで蠢く悪の気配に察知し調査に乗り出す。そしてそこの作業員が何者かに操られている事を知り、作業員を救出し彼らを操る黒幕を倒すべく行動を起こす。
1972年11月はゲルショッカー出現から1ヶ月後の時期である。

仮面ライダー2号 / 一文字隼人

蘇ったショッカー大幹部・ゾル大佐の策略に嵌まり、窮地に陥った1号を救うため5章に登場。通称「力の２号」。しばらく動けない1号に変わり、ウルフビールスの実験体として連れ去られた発電所の作業員を救出するために行動。唯一操作可能なパートナーライダー。
ライダー回転キックやライダー卍キック、フライングライダーパンチなど印象的な劇中技を抑えている一方、ライダー月面キックやライダー反転キックなど、原作では使用しなかった1号の技を使用している。また1号とコンビを組めば、並の怪人では相手にならない強さを発揮し、ライダーダブルキックを披露している

1974年1月

仮面ライダーV3 / 風見志郎

悪の組織デストロンによって家族を殺された青年・風見志郎が、ダブルライダーの改造手術によって改造された姿。1号・2号の長所を併わせ持っており、V3・26の秘密と呼ばれる必殺技や特殊能力でデストロンの怪人と戦った。
そんなある日、潰滅されたはずのショッカー戦闘員が何かを目論んでいると感知し、山奥の人影のない地熱発電所に赴く。そこには邪悪な気配が漂っており、調査を開始しようとしたその時、ダブルライダーに倒されたはずのショッカー怪人・ザンジオーが現れ、謎の言葉を残して去って行く…。
1974年1月はシーラカンスキッドやカメレオンがV3を苦しめた時期である。

ライダーマン / 結城丈二

CV:滝下毅

元デストロンの優秀な科学者にしてV3と共にデストロンと戦う戦士。本作で鍵を握る人物「田所博士」とは師弟の関係で、父の様に慕っていた。時系列的にV3との和解はほぼ済んでいるのだが、博士への情が深い故に擦れ違う。戦闘シーンはないが、科学者という側面が前面に押し出され活躍する。

1988年8月

仮面ライダーBLACK / 南光太郎

暗黒結社ゴルゴムが創世王候補の改造人間「世紀王ブラックサン」として、南光太郎を改造した姿。人間の心を失ってしまう脳改造の直前に脱出し、自らを仮面ライダーBLACKと命名してゴルゴムと戦う事を誓った。
シャドームーンが復活してから数ヶ月経ったある日、悪の気配を感じ取った彼は山奥にある稼働を止め荒廃した発電所の廃墟を訪れた。そこで正体不明の覆面の男達（ゲルショッカー戦闘員）に遭遇。戦闘員を倒した彼は発電所に漂う邪悪な気配の正体を探るため、調査を開始した。
1988年8月は現実世界の放送日程に従うなら、大怪人のうち、大怪人ビシュムとバラオムがBLACKに倒された時期である。
また、この2ヶ月後に仮面ライダーBLACKRXの事件が起こる。

シャドームーン

CV:黒田祟矢

仮面ライダーBLACKこと南光太郎の親友・秋月信彦が、暗黒結社ゴルゴムによって世紀王として改造された姿で、ブラックサンの対となる存在。信彦の記憶は残っているが人格だけは脳改造により全くの別人になっている。
事件を察知し、BLACKの様子を遠くから見守っている。果たしてゲーム中では彼は敵なのか、味方なのか…?

2004年4月

仮面ライダーアギト / 津上翔一

ある日突然「アギト」なるものに変身できるようになった青年。同じくアギトへ進化する恐れのある人々を虐殺していたアンノウンと戦った。
最終決戦から四ヶ月後、平和な暮らしを送っていた彼はアンノウンとは違う悪の気配を察知する。山奥の原子力発電所まで赴き、調査しているとアンノウンらしき怪物（セミミンガ）と遭遇し戦闘になる。怪物を倒した彼は、怪物が残した言葉「時空を越えた計画」を阻止するため再び戦いに身を投じる。
メイン五人の中で唯一、敵組織が壊滅した時代で生活している人物である。

※2004年表記なのは、初期設定である「アギトはクウガの2年後」を実際に反映させている為
放映年通りに2000年〜2001年がクウガ、その２年後の2003〜2004年（１月）がアギトの本編
その3ヶ月後であるため2004年4月である（１年後エピローグの9ヶ月前にあたる）

仮面ライダーギルス / 葦原涼

CV:高塚正也

津上翔一同様、仮面ライダーに変身出来るようになった青年。彼もまた悪の気配を察知し、山奥の原子力発電所を訪れ調査をしていた。アギトがピンチの際は必ず駆けつける心強い味方。

敵怪人

かつてダブルライダーに倒されたショッカー並びにゲルショッカーの怪人達が、邪眼の手によって蘇ったもの。
四つの時代の発電所(1972と1974は地熱発電所、1988は廃墟、2004年のみ原子力発電所)に潜み、それぞれの大幹部の指揮の下で歴史を変える計画を進めており、理想の怪人世界を築こうとする。
また、邪眼によって蘇った影響からか人間を見下しているような言動をとっている。

以下、ライダーと同じく時系列順に紹介。

1972年11月

ゾル大佐 / 狼男

CV:高塚正也/池水通洋

規律に厳しい軍人気質の幹部で、作戦に失敗した者を絶対許さない。
生前の最後の作戦であった「ウルフビールス」を使った「狼作戦」を推し進め、遺伝子の培養によって完璧な資質を持った人工の改造素体を大量生産し、ウルフビールスによって怪人軍団を生み出そうとする。
再生された怪人は大幹部登場前とゾル大佐の配下で構成されている（初期3クール）

ドクガンダー
 エイキング
 蜂女
 サラセニアン
 蜘蛛男orアルマジロング
 サボテグロン
 ショッカー戦闘員（中期）
狼男　実験体

1974年1月

死神博士 / イカデビル

CV:池水通洋/田中亮一

生体改造においては右に出る者はいないといわれる天才科学者。
桜島での火山帯爆破計画を元にしてコバルト爆弾をマグマに投下して人為的に地震を起こそうとし、更に地殻変動後の激変した環境下に適応できる様に戦闘員や怪人を強化し、人類を一掃しようとした。
再生された怪人は死神博士配下だったものである。（登場は新1号編だが死神博士が生み出したナマズギラーもここに含まれている)

ザンジオー
 ギルガラス
 ナマズギラー
 カメストーン
 ナメクジラorヒルゲリラ
 ゴースター
ショッカー戦闘員（中期）
ショッカー強化戦闘員
ザンジオー強化体

1988年8月

ブラック将軍 / ヒルカメレオン

CV:黒田祟矢/辻村真人

ゲルショッカーで特に勇敢との定評がある大幹部。冷酷かつ作戦においては決して私情を挟まない。
人類を抹殺するための溶解ガスを製造し、世界に散布させようとしていた。また自身と同じく「ブラック」を名前に含む仮面ライダーBLACKに異常な敵意を見せた。
再生された怪人は同じくゲルショッカー怪人である

サソリトカゲス
 イソギンジャガー
 ワシカマギリorガニコウモル
 ハエトリバチ
 ウツボガメス
 イソギンジャガー転生体
 サソリトカゲス転生体
 ヒルカメレオン転生体
 ゲルショッカー戦闘員

2004年4月

地獄大使 / ガラガランダ

CV:沢りつお/槐柳二

獰猛で熱くなりやすく冷静さにかけているが、非常に優れた指揮能力を持ったショッカーの恐るべき大幹部。
紀伊半島で計画していた海底秘密基地を建設し、磁場装置による津波を起こす日本列島沈没作戦を計画した
再生された怪人は地獄大使配下のものである。

セミミンガ
 カミキリキッド
 イモリゲス
 ミミズ男orギリザメス
 シオマネキング
 シードラゴン
ショッカー戦闘員（後期）

田所博士

今回の事件の鍵を握る科学者。元々はショッカー・ゲルショッカーに所属しており、ショッカーが発掘したオーパーツからヒントを得て、そこから流れてくる５万年前の情報を元に改造人間を製造（ゲルショッカーの２種混合怪人も本作では田所博士の研究だと示唆されている）更に数十種類の生物の遺伝子を合成した、自らの夢である究極の生命体を生み出そうとした。

しかし、その野心を邪眼に利用され、オーパーツごと時空制御装置（物質だけを別の時代に送るタイムマシン）の一部にされてしまう。制御装置の一部にされた後も何とか意識だけは保っていた。ライダーマンによって意識を取り戻した後、自分が悪魔に利用され図らずも助力してしまったことを悔やみ、その償いとして邪眼を倒すため最後の力を振り絞り、3人の仮面ライダーを1988年8月に送り込み消滅した。

実はライダーマンこと結城丈二の師でもある。科学者としてでなく愛情も注いでいて、幼少の頃の丈二からは本当の父親の様に慕われていた。

評価

『バイオハザード』の製作に関わった会社が開発したため、（『鬼武者』同様、銃火器を使わない点を除けば）操作性と雰囲気が酷似しているが、それが裏目に出てゲーム性は低く、作品全体の評価にも響いた。
しかし、昭和ライダーとアギトを無理なく共演させたクロスオーバーの上手さや、抜かりのないレベルのシナリオにより、キャラゲーとしては非常に高く評価されている(それを表すようにスタッフ側もリスペクトを持って製作に臨んだことがうかがえる)。
また、メイン5人の声は当時のオリジナルキャストが担当。怪人の声も可能な範囲内でオリジナルキャストを起用している。
さらに特筆すべきはSEで、以降のゲーム作品ではあまり再現されない効果音を全てオリジナルに合わせて採用している。
おまけに操作キャラによって、オプションモード時の音声ガイドがそのキャラのオリジナルキャストになるという嬉し過ぎるサービスも盛り込まているため、ファンアイテムとしては一級品として語り継がれている。

余談

実は公式攻略本で、間接的にX以降の昭和ライダーや、ネオライダーや仮面ライダークウガも作中に存在していることが明かされている。攻略本を持っている人は封入されている年表を確認してみよう。
翔一が「仮面ライダーアギト」と名乗るファン感激の名シーンが用意されている。このとき、彼は改造人間という概念を知らなかったので、「仮面ライダー」と名乗った本郷に合わせそう名乗り、翔一は先輩らを「アギトになれた人達」と解釈していた。（この世界の光の力の解釈の仕方によっては、改造人間の3人にも光＝アギトの力が宿っていたと考えられる）
作中で「レストランアギト」がオープンしているかどうかは本作では触れられていない。時期的にそれの少し前と考察した方が妥当か（本作はエピローグの9ヶ月前）
発売当時、仮面ライダー555が放送されていたが、ゲーム本編の時系列はリアルで『仮面ライダーブレイド』の戦っていた時期と重なっている。(製作当時の最新ライダーでもある)
各時代の幹部の計画は、各仮面ライダーの周辺環境の再現ともいえるほど似通っている。