概要
この項では日本の河川や湖沼等の淡水域での自然分布が認められている、または人の手による外国からの移植だとは断定できない魚種について取り上げる。
一生を淡水域で過ごす純淡水魚。(コイ、フナ、モロコ、モツゴ、タナゴ、オイカワ、ドジョウ、ナマズ、オヤニラミ、ドンコ、ハリヨ、メダカ等)
河川で産卵し、しばらく淡水域で過ごした後、海に下って成長し、産卵の為に河川に戻ってくる遡河回遊魚。(サケ、シシャモ、シラウオ、エツ、ウグイ降海型、シロウオ、チョウザメ、ニホンイトヨ、カワヤツメ等)
海で産卵し、稚魚・幼魚が淡水域に遡上して成長し、産卵の為に海に戻る降河回遊魚。(ニホンウナギ、コクハンカワウツボ、ユゴイ、アユカケ、ヤマノカミ等)
普段から河川で過ごし、産卵も河川で行うが、孵化後間もなく海に下り、ある程度まで成長してから産卵は関係なく川に戻ってくる両側回遊魚。(アユ、ウラウチフエダイ、ヨシノボリ類、ヌマチチブ、ウキゴリ、ボウズハゼ、カワアナゴ、タナゴモドキ、ツバサハゼ、カジカ中卵型、イッセンヨウジ等)
本来は海で生活する海水魚だが、何らかの理由で一時的に淡水域や汽水域に侵入する周縁性淡水魚。(ボラ、スズキ、クロダイ、オニカマス、クサフグ等)
淡水域や海にも侵入するが基本的に河川の河口域の干潟やマングローブ、汽水湖等の汽水域に生息する汽水魚。(クルメサヨリ、ヒメツバメウオ、テッポウウオ、アカメ、シマイサキ、クロホシマンジュウダイ、サツキハゼ、アベハゼ等)
本来は淡水域と海を行き来するが、地形変化等の何らかの理由で海に下らずに、湖や川などに留まって繁殖を繰り返すようになった陸封型淡水魚(ヒメマス、アマゴ、ヤマメ、コアユ、ワカサギ、ウツセミカジカ、ヨシノボリ類等)などに分けられる。
外国や日本の他の地域の魚類、飼育用の改良品種などが逃げ出したり、捨てられたり、故意に逃がされたりして多数の外来種が全国に定着し、問題になっている。
主な外来種
錦鯉、金魚、ヒメダカなど改良品種、ブラックバス、ブルーギル、アメリカナマズ、
プレコ、カダヤシ、タイリクバラタナゴ、ニジマス、タウナギなど。
種類
ヤツメウナギ目 ヤツメウナギ科
ミツバヤツメ属
カワヤツメ属
メジロザメ目 メジロザメ科
メジロザメ属
ノコギリエイ目 ノコギリエイ科
ノコギリエイ属
トビエイ目 アカエイ科
アカエイ属
チョウザメ目 チョウザメ科
ダウリアチョウザメ属
チョウザメ属
カライワシ目 カライワシ科
カライワシ属
イセゴイ科
イセゴイ属
ウナギ目 ウナギ科
ウナギ属
イワアナゴ科
ウンブキアナゴ属
ウツボ科 ウツボ亜科
アラシウツボ属
ウツボ属
ウミヘビ科 ウミヘビ亜科
ハクテンウミヘビ属
ニシン目 ニシン科
サッパ属
ニシン属
- ニシン湖沼型
コノシロ属
ドロクイ属
カタクチイワシ科
エツ属
カタクチイワシ属
ネズミギス目 サバヒー亜目 サバヒー科
サバヒー属
コイ目 コイ上科 コイ科 コイ亜科
コイ属
フナ属
- フナ (ギンブナ、キンブナ、オオキンブナ、ナガブナ、ニゴロブナなど複数種が存在するとされているが、分類が混乱している。)
- ゲンゴロウブナ (琵琶湖固有種)
- ギベリオブナ (外来種、金魚の事)
- フナ属の一種 琉球列島
タナゴ亜科
アブラボテ属
タイワンタナゴ属
- タイワンタナゴ (外来種)
バラタナゴ属
タナゴ属
- カネヒラ
- タナゴ
- ゼニタナゴ
- オオタナゴ (外来種・特定外来生物)
- イチモンジタナゴ
- イタセンパラ
- タビラ
- シロヒレタビラ
- アカヒレタビラ
- キタノアカヒレタビラ
- ミナミアカヒレタビラ
- セボシタビラ(国内希少野生動植物種)
- トンキントゲタナゴ (外来種)
クセノキプリス亜科
(クセノキプリスは縄文時代頃に絶滅した。)
カワムツ属
ハス属
カワバタモロコ属
- カワバタモロコ (本州産と九州産は別種の可能性がある。)(国内希少野生動植物種2類)
ヒナモロコ属
ワタカ属
ヘミクルター属
- カワイワシ (外来種)
メガロブラマ属
ダニオ属
ソウギョ属
- ソウギョ (外来種)
アオウオ属
- アオウオ (外来種)
ハクレン属
カマツカ亜科
タモロコ属
ムギツク属
モツゴ属
ヒガイ属
カマツカ属
ツチフキ属
- ツチフキ
- 中国ツチフキ (外来種)
ゼゼラ属
スゴモロコ属
ニゴイ属
ウグイ亜科
ウグイ属
アブラハヤ属
Pimephales属
- ファットヘッドミノー (外来種)
ドジョウ上科 アユモドキ科
アユモドキ属
- アユモドキ (天然記念物・国内希少野生動植物種)
ドジョウ科
ドジョウ属
シマドジョウ属
シマドジョウ種群
スジシマドジョウ種群
- コガタスジシマドジョウ
- ナミスジシマドジョウ
- チュウガタスジシマドジョウ
- オンガスジシマドジョウ
- ハカタスジシマドジョウ (国内希少野生動植物種)
- アリアケスジシマドジョウ
- オオガタスジシマドジョウ
- スジシマドジョウ三方湖集団
- タンゴスジシマドジョウ (国内希少野生動植物種)
ヤマトシマドジョウ種群
イシドジョウ種群
アジメドジョウ属
- アジメドジョウ(S型とG型に分けられる。)
フクドジョウ科
フクドジョウ属
ホトケドジョウ属
- ホトケドジョウ
- ナガレホトケドジョウ
- ナガレホトケドジョウ嶺北集団
- トウカイナガレホトケドジョウ
- エゾホトケドジョウ
- ヒメドジョウ(外来種)
ナマズ目 ナマズ科
ナマズ属
ギギ科
ギバチ属
アカザ科
アカザ属
- アカザ クレード1
- アカザ クレード2
アメリカナマズ科
アメリカナマズ属
- チャネルキャットフィッシュ(アメリカナマズ)(外来種)
ヒレナマズ科
ヒレナマズ属
- ヒレナマズ(外来種)
- ウォーキングキャットフィッシュ(クララ)(外来種)