ある環境に人為的に移入された動植物を外来種と呼ぶ（元から居たものは在来種と呼ぶ）

生物は長年の進化の歴史を経て、その土地土地で他の種類の生物との安定した関係を築き生態系を作っていくものだが、外来種は既存の生態系のバランスを崩し、場合によっては在来種と交配して遺伝子汚染を引き起こす。同様の生態的地位（ニッチ）を占める在来種と競合して絶滅に至らせたり、大繁殖して在来種を食い荒らしたりして、その土地の生態系を単純化させる。ワニガメやセアカゴケグモなど、場合によっては人間にも直接的な被害を及ぼす場合もある。ただし、既に絶滅した在来種に近いニッチを占める外来種の増殖により、過去に近い生態系が疑似的に再現されることもある。

外来種として問題になるのは多くの場合外国産の種であるが、北海道におけるカブトムシやゲンジボタルのように、本来その地方に生息せず、他の地方から移入された種も外来種である（国内外来種）。

外来種とはあくまでも人為的に移入された生き物を指し、自然界の事象で外来の生き物がやってきた場合は定義上外来種にはあたらないが、人畜に害を及ぼす動物が漂着した場合は駆除されることがある（北海道本島から離島に泳いでやってきたヒグマ、東南アジアから流れ着いた西表島のイリエワニなど）。

侵入経路

植物の場合

船などの積み荷に種が紛れ込んでいたり（シロツメクサなど）、観賞用に持ち込んだら種が拡散してしまった（セイタカアワダチソウなど）等のケースが多い。

動物の場合

ペット用に持ち込まれた個体が逃げ出したり捨てられたりするケース（あらいぐまラスカルのブームで輸入されたアライグマや甲虫王者ムシキングのブームで輸入されたヘラクレスオオカブトなど）の他、食用や繊維等の生物資源として導入された生物が逃げ出したもの（ウシガエル、ヌートリアなど）、害獣の天敵として野に放った生物が野生化したもの（ハブ対策として導入されたマングースなど）、放牧された生物が放置されそのまま野生化したケース(ヤギ、アナウサギ等)等が多い。