生物は長年の進化の歴史を経て、その環境に適応して生態系を作っていくものだが、ある環境に全く別の環境から入ってきた動植物を外来種と呼ぶ（元から居たものは在来種と呼ぶ）

外来種が問題となるのは、既存の生態系のバランスを崩したり、在来種を脅かすためである。敵となる生物がいなくて大繁殖して在来種を食い荒らしたり、在来種と交配して遺伝子汚染を引き起こすなど、深刻な問題となっている。ワニガメやセアカゴケグモなど、場合によっては人間にも直接的な被害を及ぼす場合もある。

外来種として問題になるのは多くの場合外国産の種であるが、北海道におけるカブトムシやゲンジボタルのように、本来その地方に生息せず、他の地方から移入された種も外来種である（国内外来種）。

侵入経路

植物の場合

船などの積み荷に種が紛れ込んでいたり（シロツメクサなど）、観賞用に持ち込んだら種が拡散してしまった（セイタカアワダチソウなど）等のケースが多い。

動物の場合

ペット用に持ち込まれた個体が逃げ出したり棄てられたりするケース（あらいぐまラスカルのブームで輸入されたアライグマや甲虫王者ムシキングのブームで輸入されたヘラクレスオオカブトなど）の他、食用として導入された生物が逃げ出したもの（ウシガエルなど）、害獣の天敵として野に放った生物が野生化したケース（ハブ対策として導入されたマングースなど）が多い。