マリオの弟。連載当初はマリオと同じ体格・ヒゲをしており、メインの3人の中では比較的真面目でしっかりしたツッコミ担当で、その一方「マリオが死ねば俺が主役に…」と密かに考えている腹黒さを併せ持つ三枚目キャラだった。パワーアップアイテムを持ち込み、懐から取り出すという某猫型ロボットのようなことをやっていた（初期はパワーアップアイテム収集が趣味という設定だった）。

後に公式に合わせて顔やヒゲが変化し、性格も穏やかになり、35巻以降からはマリオのことを呼び捨てから「兄さん」と呼んだり、一人称が「俺」から「ボク」になるほど軟化している。軟化してからはボケキャラになり、マリオがツッコミを行うようになった。ヨッシーほどではないが、マリオに武器や盾にされることが多い。

ちなみに「マリオを追い込んだ敵がルイージの参戦により逆転で倒される」というのはこの漫画の定番である。

ヨッシー

マリオに次ぐ大ボケ担当。初期の頃は上記のヒゲ兄弟を同時に背中にのせられるほど体が大きかったものの、現在ではほぼマリオと同じぐらいの大きさに落ち着いている。基本的に敬語口調(ただし、洗脳されている時は乱暴な口調になる)で優しい性格をしているものの、良くも悪くも大食いでマリオ達を助けたり困らせることもしばしば。一方で、マリオに武器や盾にされ、ボロボロになるシーンも多い。

スーパーマリオUSA編前にキャサリンに惚れられ、最初は嫌がっていたが、しばらくすると相思相愛な仲になっている。

最初はお化けが苦手だったが、スーパーマリオサンシャイン編では同じく食いしん坊なデブテレサと仲良くなっている(というか、『スーパーマリオサンシャイン』ではヨッシーはテレサを食べることができる)。

一度、マリオ達に雑用を押し付けられて怒って家出してしまい、クッパの部下であるテレサ軍団に洗脳されたが、マリオの活躍により元に戻り、仲直りした。

ワールド編終盤やスーパーマリオUSA編辺りから、食べたものの性質をコピーする、カービィのような能力を発動している(ほぼアクシデント扱いだが)。

ヨッキー

スーパーマリオランド2 6つの金貨編に登場。『ヨッシーのクッキー』に登場するヨッシー型のクッキーが自我を持ったもの。

元々はヨッシーから郵便で送られてきた食べ物の1つ(他は敵キャラで作った食べ物)で、性格もヨッシーそのもの。

クッキーなのに骨があり、オナラもする。そして頭一つなのに大食いで何でも食べる(爆弾やキラーは食べられない)。宇宙空間でも宇宙服無しで行動できる。

マリオゾーンとマクロゾーンには同行していない(マクロゾーンでは代わりにケイプが同行している)。

ヨッシーのクッキーはアイテムとして登場することがあり、5つ揃えることで相手を混乱させるPANIC(敵味方見境がなくなって状況が悪化するのがオチ)や、相手をヨッシーと同じ動きをさせるSLAVE(原作と異なり、ヨッシーがダメージを受けると相手もダメージを受けたり、ヨッシーが炎を吐くと相手も炎を吐く)、？柄の障壁を出すBLIND(本来は相手の画面を隠す効果である)の効果を付与する。

ヨッキー自体は本家に逆輸入されていないが、「ヨッシーのクッキー」「敵を食べる」という部分は『スーパーマリオRPG』で描かれている。このゲームではヨッシーのクッキーを使うとヨッシーが現れて敵を食べてくれる。

クッパ

マリオの永遠のライバル。マリオ同様大ボケでピーチ姫にはだらしない。「クッちゃん」の愛称を自称することがあり、女装姿を披露することもしばしば。

基本的にマリオと敵対しているものの、仲はそれほど悪くなく、利害が一致した際は協力することが多い。仲間になっている間はマリオを裏切ることはしない。

子供の頃の姿であるベビークッパが登場するヨッシーストーリーの世界と同じ世界線であるため、同じ時代にクッパとベビークッパが存在するというややこしいことになっている。

また、『スーパーマリオブラザーズ3』のクッパとは別人という設定である。

現在は若干ではあるもののゲームに近いデザインに近づいており(眉毛や口元を比べると分かりやすい)、一人称も「わし」からゲーム基準の「ワガハイ」に変わった。

最初の内は「部下がいないと大したことがない」と小物扱いされていたが、クリスタルキノコ編での武装クッパや、スーパーマリオ64編以降は「本気を出せば恐ろしい相手」として描かれた。

上述のマリオ3のクッパも、「床を壊せないので自滅を狙えない」ことで強敵化している。

ピーチ姫

キノコ王国の姫。大ボケが多い本漫画では、比較的常識人である。本編同様クッパの手下によく誘拐されるが、攫われてもクッパ城では彼女がクッパを含めて尻に敷いているシーンが多い。

マリオとは相思相愛であり、出会う度にイチャイチャする。マリオカート64編では、半ばピーチ姫の依怙贔屓でマリオが勝利することになった(といっても、相手のクッパも部下を使ってアイテムを独り占めしていたが)。

クッパに攫われずマリオたちと常に行動するスーパーマリオ3Dワールド編では、極端にボケさせられないため作者が扱いを持て余していた。

スーパーペーパーマリオ編では、スーパープリンセスピーチの力を使ったとはいえ、キング・ハナーン戦やモノノフ王国の武術大会をたった1人で成し遂げるなど、原作同様に攫われていなければ結構強いという一面を見せている。

ワリオ

マリオのライバルの怪力男で、やたらと顔がデカく、よくオナラをする。ゲーム通り6つの金貨編から登場し、マリオと敵対するが、ワリオランド編では、女海賊シロップに奪われた巨大黄金像を手に入れるために、(某ブタの如く裏切ることも多いが)マリオと協力する。

顔のデカさを利用してマリオテニス64の短編では顔面ラケットという反則技を披露したことも。

何気にラスボスを担当した全てのシリーズでこの漫画オリジナルの最終形態(超巨大化、パワードスーツ装備、ワリオ城(木)と融合)を貰っている(超巨大化はマリオ達側の自滅だが)。

なお、クッパとワリオは互いに敵対する際はマリオと共闘した事があるがその時の理由が「アイツなんかに勝たせてたまるか!マリオを倒すのはワシ(オレ)だ!」というものだったりする。

その為、一度協力こそしたもののそれ以降はこちらも敵対している。

なお、マリオに盾にされチビワリオに弱体するネタもある(ワリオランド編では某救いのヒーローよろしく度々裏切るため、裏切り防止のためにしょっちゅうマリオによってチビワリオ化されることが多い)。ワリオランド編限定だが、鼻を押されると十コイン化する謎の能力を持つ。

マリオ以上にお金が大好きなのは原作通りだが、ワリオランドアドバンス編では一緒に着いて来た不思議な黒猫に対して集めた宝石を1個だけ譲ったり、その黒猫がヨーキに消されてしまうと敵討ちに燃えるなど友情に熱い一面を見せている。

最新巻では鼻にトーンが塗られるようになった。

初代ドンキーは14巻以前は若いころの姿で登場したものの、14巻から急に老けてクランキーコングの姿で登場する。ヨッシー曰く「マリオさんは歳とらないんですね」(もっとも、原作ゲームでもマリオは歳を取らずに三世代ドンキーと共演しているので、ツッコむのも野暮である。そもそも、同じスーパードンキーコング編でのヨッシーはヨッシーアイランドのヨッシーと同一人物という設定であるため(ヨッシーアイランド編とは別の設定)、他人のことが言えない)。

ドンキーコングJr.は6巻のマリオカート回で2回登場し、どちらもマリオに敗北している。

2代目ドンキーは、14巻で初代が老けると同時に登場し、原作通りディディーが相棒である。見た目は初代と同じであるものの、初代以上に大ボケで間抜けなシーンが多い。

ちなみにオリジナル要素としてエリザベスという恋人がいる(アニメ版ドンキーコングを意識してキャンディーコングと恋人になることも)。

キノピオ

キノコ王国の住人。基本的にツッコミ役で戦闘には参加しないが、アイテムなどでサポートすることがある。

NewスーパーマリオブラザーズWii編やNewスーパーマリオブラザーズU編では、ゲーム通りあおキノピオときいろキノピオが登場する。

キャサリン

スーパーマリオワールド編にて、『スーパーマリオUSA』からのゲスト出演といった形で登場。最初はマムーの手下としてマリオ達と敵対するが、ヨッシーに惚れて以来マリオ達の仲間となる(マリオが太ってしまった番外編では従来どおり敵として登場している)。

原作ではオカマだが、本作では女性寄りのキャラとして扱われている。

各ワールドのキャサリンは別人同士(白黒で分からないが、おそらく体の色が異なっていると思われる)であるが、全員がマリオたちと協力関係を築いている。

ヨッシーと仲良くなった個体のキャサリンはドン・チュルゲの爆弾からヨッシーを庇って爆死してしまうが、ワリオの森編にて復活してマリオたちを助けた。

コクッパ7人衆・クッパ7人衆

スーパーマリオワールド編に登場。当時の原作では、『スーパーマリオサンシャイン』にてクッパJr.が登場するまでクッパの子供という設定だったが、本作では最初からクッパの手下として扱われている。

戦う順番も原作のルートを沿っているが、レミーのみはバニラドームのボスが巨大メカクッパとなったため、クッパ城内で戦うことになった。オリジナルストーリーの未来編でも何人かがボスを務める。

「NewスーパーマリオブラザーズWii」編以降は設定が大幅に変更され、レミーはマリオと共闘したことがきっかけで味方になり、ウェンディはマリオに惚れているなど、敵ながら憎めない相手になっている。

カメック

「スーパーマリオワールド」編に登場。「スプーン曲げて三千年。クッパ軍団最強の魔法使い」を自称しているが、マリオたちから「あほう使い」と蔑まれている。

クッパ側の準レギュラーとして何度か登場しており、参謀・敵キャラたちのまとめ役となっている。

敬語混じりな口調をしており、初期の一人称は「おれ」だったが、徐々に「わたし」や「わたくし」なども使わるようになった。度々高齢の女性化してきた原作と比べると、一貫して男キャラではあるものの、すっぴん顔（ここでは眼鏡を外した素顔のことを指す）の披露や派手な厚化粧をして登場することもある（ただ、同じネタをマリオやクッパもおこなっているため、単なる女装ネタの可能性が高い）。

『マリオストーリー』編や『ペーパーマリオRPG』編ではカメックババが登場している。

各シリーズのキャラ

タタンガ

『スーパーマリオランド』のラスボスであり、6つの金貨編におけるワリオの部下である宇宙人。クッパとは悪友関係である。

クッパに自分の手下をレンタルし、マリオ達に襲わせた(なお、レンタル料をクッパに要求したが、かなりセコく値切られていた)。

6つの金貨編ではスペースゾーンのボスとして登場し、マリオがヨッキーの中に隠していたスペースゾーン以外の金貨を奪った。一度は黒ひげ危機一発の要領で宇宙船から追い出されたが、すぐさまニ号機に乗り換えて再戦。爆弾攻撃でマリオ達をスペースゾーンから追い出して勝利するが、サンタクロースに扮したクッパに闇討ちされ、6つの金貨すべてマリオの手に渡ってしまった。

マムー

スーパーマリオUSA編に登場。夢の世界・サブコンの支配者。関西弁を喋る。

ボスキャラのチョッキンをスターフォックスのアンドルフのように改造した他、本来なら弱点のはずの野菜を克服している。また、脱皮することでスーパーマリオUSAのボスキャラ達の能力を合わせ持つオリジナルの最終形態を持っている。

さらに、悪夢を現実にする力により、マリオコレクションによるパワーアップアイテムの力を消去した他、クッパ軍団と合体したマリオに倒されても要塞と化して復活するなど、マリオ達を何度も苦しめた。

本編ではクッパと敵対していたが、コミック10巻のスーパーメイズコレクションではクッパやワリオと協力していた。

ニンジン

6つの金貨編に登場。愛称はニンちゃん。一人称は「オイラ」。原作と違い、手足がある。

本来はパワーアップアイテムだが、意思を持ってマリオの旅に同行する。クリスタルキノコアドベンチャーなどでは普通のアイテムとしても登場する(こちらは手足がない。また、ニンジンに変えられたヨッシーを食べても代用できた)。

常識人でツッコミキャラ。マリオに力を与え、バニーマリオに変身させる(パンプキンゾーンのサバーサ戦ではヨッキーと合体してバニーヨッキーになった)。宇宙服なしで宇宙空間を活動できる。

7周年記念回で再登場し、久々にマリオをバニーマリオに変身させて手助けした。

ワンダ

マリオとワリオ編とワリオの森編に登場。主に爆弾を出してマリオたちをサポートする。ピーチ姫と同じく、作中の中では比較的常識人だが、たまにボケたくなったり、ドジな一面もある。また、マリオ達のようにやられ慣れていないためダメージを受けるとすぐ気絶してしまう。

マリオとワリオ編では、登場して早々に転倒したクッパに潰されて合体してしまうが、最終話で無事に分離できた。

にんじんと同じく7周年記念回で再登場し、マリオを手助けした。

マロ、ジーノ

『スーパーマリオRPG』編に登場する仲間。マロはよく泣いては大雨を降らせてマリオたちを困らせるギャグキャラ、ジーノはツッコミ役だが、よく体がバラバラになったり腹話術に使われたりする。

小学四年生掲載版ではジーノはユミンパ戦を放置されたまま連載終了され、ユミンパに敗北してしまう結末になった（こちらではピーチ姫もブッキータワーで待ちぼうけをする羽目になっている）。

カジオー軍団

武器の世界からマリオたちの世界に侵攻してきた武器の怪物たち。本作でのストロベリー&ラズベリーは、カジオーによって怪物化した事になっている。

掲載誌によっては結末が大きく異なり、コロコロコミック版ではヤリドヴィッヒ、小学三年生版ではカジオー、小学四年生版ではカリバーがラスボスになっている。

キャプテン・シロップ

ワリオランド編に登場。ブラックシュガー団の女首領。原作よりかなり可愛く描かれている。

基本的に高飛車で、部下の扱いが荒い。敵の頃のワリオとほぼ同じスタンスである。

原作と同様に黄金像を奪ってキッチン島にアジトを構えている。なお、本作における黄金像はヨッシーの見合い相手であるチラ子達の一族の秘宝という扱いである。

原作通りデンプーを差し向けるが、本作ではデンプーを金で雇っているという扱いである。

また、原作より抜け目なく、黄金像の偽物を用意してマリオ達を騙し、シロップ城にそっくりな「シロップ城の最後のボス」(オリジナルボス)を差し向ける。黄金像の正体がタイムマシンであることを知っており、黄金像が起動し始めていることに気付くとすぐに逃げ去った。

それ以来、登場していない(部下のヤリクリはワリオランド2の短編にて再登場している)。

ベビィマリオ・ベビィルイージ

ヨッシーアイランド編に登場。赤ん坊の頃のマリオとルイージ。

赤ん坊の頃のマリオを倒すことで未来のマリオを抹消しようと企んだクッパにより誘拐されかけるが、同じく未来から追いかけてきたマリオとルイージの奮闘により、ベビィマリオのみが救い出された。

原作同様、ベビィマリオはベビィルイージのいる方向がわかるため、ベビィマリオが指す方向に向かってマリオ達は旅をし(ルイージのみ終盤で漸く知った)、スターを取ることでパワフル赤ちゃんになる。ベビィルイージがダメージを受けると、ルイージにもダメージを受ける。

スーパードンキーコング編では退化ガスを浴びたマリオがベビィマリオになってしまった。

連載7周年記念回でベビィマリオが助っ人として再登場し、まさかの登場にマリオ達は唖然としていた。

マリオ&ルイージRPG2編にて、成長したベビィマリオとベビィルイージが再登場。スター無しで立って歩けるようになり、普通に会話できる。

なお、コミック2巻収録のスーパーマリオ秘密大百科では、マリオは生まれた時から髭が生えていた事になっていた(当時はヨッシーアイランドが発売される前であった。当然、なかったことにされている)。

ディディーコング

スーパードンキーコング編に登場。ドンキーを兄貴と呼んで慕っており、マリオ達を騙してズルをする彼に便乗する。

ガールフレンドのディクシーコングも登場している。

キングクルール

スーパードンキーコング編に登場。クレムリン軍団の最高司令官。キンちゃんと呼ばれて欽ちゃん走りを披露したが、すぐに「ボスを気安く呼ぶな」と怒った。

原作通りドンキー達からバナナを盗み、取り返そうとするドンキーとマリオ達と敵対する。ゲームボーイ版スーパードンキーコングの敵キャラも従えている。

王冠と間違えて羊羹を投げる、自分の武器で自滅するなど間抜けな性格だが、鉄球で潰された自分の体を部下の協力で風船みたいに膨らませて巨大化し、マリオ達を追い詰めた。

アニメ版ドンキーコングを意識した短編にも登場し、アホなドンキーコングに効果抜群なお勉強攻撃を繰り出した。

赤ボム

スーパーマリオ64編に登場。原作と違い、ボムキングのように両腕がある。

原作通りに大砲を用意する他、マリオに爆弾代わりに使われることもある(一応ピンキーやバレルのように再生する)。リボルバー拳銃型の大砲を持っていたが、威力が高すぎて捨てていた。

本来は絵画の世界の住民であるため絵画の外には出られなかったが、7周年記念回で同じく絵画の世界の住民である江戸っ子じゅうたんと共に現実世界に出れるようになった。

マリオパーティ編にも登場し、マリオに助けを求めた。

江戸っ子じゅうたん

スーパーマリオ64編に登場。レインボークルーズの空を飛ぶ絨毯の1つ(他は冗談好きのいい加減な性格のものと、カビまみれでネガティブな性格)。喫煙家でもあり、煙管を愛用している。

自分の荒っぽい飛行に難なく着いてこれるマリオを「ヒゲやろう」と呼んで気に入り、以降は味方となる。ステージ各地を飛び回ってパワースター集めに協力した他、直接クッパとの最終決戦地まで送った。赤ボムと共にクッパのファイアブレスに焼かれてしまうが、7周年記念回で赤ボムと共に現実世界に現れ、ピーチ城を覆うパックンフラワーの触手を回転攻撃で切り刻んだ。

ただ、その事で無理をしたために最終決戦では治療に専念し、後になってメタル化して参戦した。

チームちびヨッシーズ

ヨッシーストーリー編に登場。個性豊かな6色のちびヨッシーたち。

ヨッシーストーリー編以降も度々登場したり、彼らを意識したと思われるヨッシーが登場することもある。

ズター

マリオパーティ編に登場。スターの偽物。

無敵スターを生み出し続ける浮遊島の復活を阻止するため、クッパに奪われた大量のスターの中に紛れていた。処分されそうになったため脱走し、マリオ達にクッパがいるマグママウンテンまで案内する……が、物凄い方向音痴なのでよく道に迷う。

ずっこけると地面や木にザクッと突き刺さる。星なのに排便する。

役立たずの烙印を押されているが、動かすためにスターが必要な空飛ぶ船を気合で動かしたり、クッパに悪用され言いなりになったスター達を泣きながら説教し、本物のスターになってスター達をクッパから解放するという快挙を成し遂げた。

正気を取り戻したスター達と共にマリオを無敵マリオにし、共にクッパを倒した。

レインボーキャッスルを舞台とするもう1つのエンディングでは、スターにはならずズターのままだった。

ホージロー

本来はスーパーマリオ64の敵キャラだが、本作ではマリオパーティ2編から登場。江戸っ子口調のサメ。

舞台が元々マリオ達が作った国であるため、マリオ達の味方として登場している（ゲーム同様代金を請求するが）。

マリオパーティ3編にも登場する。

ワルイージ

マリオパーティ2編の最中に挟まれたマリオテニス64の試合にて初登場。今作ではクッパの手下となっている(短編にてクッパを「クッパ様」と呼んでいる)。

顎や手足が長く、コマから見切れたりハミ出たり、顎がコマ枠にぶつかったりすることが多い。顎に「長っ!!」と書かれていることも。

マリオパーティ3編では原作同様ミレニアムスターに変装し、マリオ達からスタンプを奪った。のろいキノコでマリオたちの動きを鈍くさせる。

ルイージをライバル視してはおらず、登場回数も少ない。

クリオ、カメキ

マリオストーリー編に登場。マリオの仲間となるクリボーとノコノコ。本作では最後まで着いていくのはこの2人だけであり、残りの仲間はそのステージでのゲストキャラとして登場するだけであるが、最終戦にて（特別編のみ登場のピンキーを除いた）全員が駆けつけてきた。

最初の内は自分こそがマリオの一番の仲間だと喧嘩するほど仲が悪かったが、アラビン遺跡攻略の頃には仲良くなっている。

クリオは石頭故にストーンワンワン戦やパラレラー戦などでマリオに鈍器代わりに振り回され、カメキはよく盾にされている。

クリオは基本的にツッコミだが、手がないのでアイテムを出す時は尻から出す。

ポンプ

スーパーマリオサンシャイン編に登場する相棒キャラ。基本的にツッコミを担当する。

原作より感情が豊かであり、時々口調が荒くなる。

終盤で故障してしまうが、ポンプ無しで頑張るマリオの涙と汗を接種して復活し、クッパ親子撃破に貢献する。

クッパJr.

「スーパーマリオサンシャイン」編や「NewスーパーマリオブラザーズWii」編などに登場。原作通りクッパの息子として登場し、マリオとは時に敵対し、時に一緒にスポーツする関係になっている。

クッパもJr.に対しては厳しくも優しい良き父親として接している。

他にも多数登場している。

オリジナルキャラ

原作ゲームに登場しない本作オリジナルの敵キャラ。

スーパーマリオワールド編を中心に一部記載。

無敵巨大パックン

1巻に登場。

ピーパックン土管部隊の内のリーダー格が変身した姿。ピーパックンの姿でも、如雨露でファイアボールを消火したり、タネタネマシンガンというオリジナル技を持っている。

葉っぱで敵を殴ったり、無数の根っこによるアイアン根っこキックを繰り出すなどの強敵だが、口の中が弱点である(喉ちんこに「弱点」と張り紙が貼られている)。

前身に当たる「スーパーマリオブラザーズ2」のコミックス版ではラスボスを務めた。

スーパーマリオサンシャインに登場するボスパックンを彷彿させる。

ミュータントニンジャ戦隊ノコノコマン

1巻に登場。

覆面で目元を隠した四人組のノコノコ忍者。甲羅柄のかめのこ手裏剣の他、土管やピーチ姫に化けたり、取れないマスクでヨッシーの口を封じたりしてきた。

元ネタはティーンエイジ・ミュータント・ニンジャ・タートルズ。マリオストーリーに登場するノコブロスを彷彿させ、姿だけでなく配色も一人を除いて一緒(青→黒)。ノコブロスも、海外では「Ninja koopa」と呼ばれている。

「○○戦隊○○マン」の表記はスーパー戦隊シリーズが元ネタであるが、あくまでミュータント・ニンジャ・タートルズか元ネタであるため青がリーダーである(ノコブロスの方は赤がリーダー。後に原作シリーズにてスーパー戦隊が元ネタの敵が登場するが、「5人組」「赤がリーダー」「巨大兵器を所有している」とあちらの方がスーパー戦隊ネタとして忠実である)。

巨大メカクッパ

2巻と4巻に登場。

クッパそっくりの巨大ロボット。バニラドームにてマリオ達に襲いかかる。鼻からメカ鼻くそを飛ばしたり、足を複数生やして早く走ったり、腕をドリルにしたり、目から破壊光線を発射して攻撃する。3UPムーンでムーンマリオに変身したマリオに刃が立たず、羽で鼻をくすぐられてくしゃみをし、中身が抜けてしまい機能停止。マリオによって観覧車に改造された。

後にクッパ城にて、石像の間のボスとして再登場した。

『スーパーマリオサンシャイン』の遊園地、ピンナパークに登場するメカクッパを彷彿とさせる(本作でのサンシャイン編のメカクッパは、原作と同じデザインで登場している)。

ヒゲメット

3巻と6巻に登場。

頭にヘルメットを被ったヒゲ面のメット。マリオから「カールおじさん」と呼ばれている。

ステージの仕掛けを作るメット組の現場監督で、地下ステージでマリオ達を待ち受けていた。セメントでマリオ達を拘束し、バサバサに奪わせたマリオ達のエネルギーでマリオメット(略してマット)となる。

後にクッパ城にて再登場し、下記の新装大開店を行った。だが、自分が仕掛けたトラップに引っかかりハゲメットになってしまった。

悪岩組

3巻に登場。

チョコレー島に生息するドッスンの親族(本作ではチョコレー島はドッスンの故郷という設定である)。親分は額に「悪」の文字がある人面岩。

ドッスンの仲間のコトンの他、強力な臭いを発するラッパのマークが目印のせいろ岩、眼鏡をかけたきん岩、ドッスンの口から放たれるほう岩などがある。

トーピードの手

2巻と5巻に登場。

ソーダの湖でトーピードを発射してくる手。右手と左手があり、手のひらに顔がある。原作にも登場しているが、5巻では自立して自我を持つキャラクターとしてクッパ城最強の門番としてマリオ達に立ちはだかる(そのためマリオたちは初見ではトーピードを発射する手とはわからず、「こんなキャラいたっけ？」という反応をした)。

マリオシリーズにおける巨大な手の敵としてなら、『スーパーマリオ64』のイワンテなどがおり、握りっ屁や大きな手によるビンタ攻撃などのネタを引き継いでいる(同じく大きな手の敵である『スーパーマリオランド2 6つの金貨』のゲン・コッツがおり、こちらは握手と称して握り潰してくる攻撃をしており、イワンテも出会い頭に2回ほど同じ攻撃をしている)。

後の外部作品であるが知っている人からすればマスターハンド&クレイジーハンドを連想した人が多いと思われる(攻撃手段も似ている)。

カーメネーター

5巻に登場。

クッパがマリオに敗れて落ちぶれてしまった未来にて、過去の世界のマリオを始末するべく差し向けられた未来の世界のカロン。通称「スッポンのカロン」。

ただのカロンではなく、特殊骨金(スペシャルメタリックボーン)製の体は様々な武器に変えることができる。もちろん、カロンらしくバラバラにされても再生する(しかも粉になるまで砕かれても再生する。ヨッシーに食べられた部分は欠けたが、次のコマで元通りになっている)。

しかし、未来からPなる人物が特殊骨金を破壊できるスペシャルこうらが送られ、それを身に着けたマリオの体当たりを受けて倒された。

なお、カーメネーターやってきた未来の世界は、後の未来編の世界と別物である。

元ネタはもちろん、ターミネーター(ターミネーター2のT-1000がモデルと思われる)。

戦闘(バトラー)ねん土

5巻に登場。

ワンワンに似た案内人の体内にある、カメックが作り出した「変な部屋」に現れたモンスター。最初は鎖鉄球型のトラップ「グルグル」として現れたが、突然外殻をみかんの皮のように剥いて粘土状の中身を露わにした。

ただの粘土ではなく、相手のイメージに反応してその通りに変形して襲いかかる。つまり、マリオ達が恐ろしい怪物を想像すればするほど、強力なモンスターと化してしまう。しかも、「変な部屋」の力でパワーアップアイテムが使えない。

しかし、食いしん坊なヨッシーがいたことが仇となり、お腹を空かせたヨッシーが食べ物を想像したため食べ物の山に変化してしまい、マリオ達に食べられて撃破されてしまった(マリオとルイージは戦闘後食い過ぎによる腹痛に苦しんだが)。

合体モンスター

5巻に登場。

スプークがマリオ達が今まで倒してきたクッパ軍の敵キャラを合体させて生み出した怪物。頭はウンババ、体はK.K.、手はチョロプー、足はハナちゃん、そして背中にはパタパタの羽がある。

不死身のためバラバラになっても再生することができ、体のパーツが無くなってもスプークが新しく用意してくる(ボム兵やドッスン、ピーパックンなど)。

劇中では頭部をスペア挿げ替えたり、頭とボディで思考が別々のため連携が取れなかったりした。

クッパ城では頭がドッスン、体はホネメット、手はインディー、羽はパタパタ、尻尾はグルグルのスフィンクスが登場。

なぞなぞを出し、答えられなかった者を石にしてしまう。

バトラハナちゃん

6巻に登場。

迷いの森に生息するハナチャンが、カメックによってブラックパックンを植え付けられて洗脳された姿。通常の姿と異なり、刺々しくなっている。

口から糸を吐き出し、繭を作ることで成虫の姿となる。大きな羽による突風や、目から放つ破壊光線でマリオ達を苦しめた。

元ネタはバトラ。何気にヨッシーアイランドより先にハナちゃんが成虫化している。

プリティキノコ

6巻に登場。

元々は名前の通りプリティなキノコだったが、クッパが撒いた肥料「悪の素」の影響によって巨大で凶悪な外見の怪物キノコに変異してしまった。

うっかり毒イモ(本来はクッパがマリオに食べさせるつもりだった)を食べてイモ人間になってしまったピーチ姫を元に戻すことができる唯一の万能薬でもある(クッパもまさかすぐに必要になるとは思っておらず、怪物化させたことを後悔していた)。

「本来善良な存在の一種の中の邪悪な存在」「第三者の病気を治すためにマリオとクッパが競い合うが何だかんだで共闘することになる」など、『マリオ&ルイージRPG3!!!』のストーリーとラスボスのダークスターと類似点が見られる。

シロップ城最後の怪物(モンスター)

13話に登場。シロップ城にそっくりなオリジナルのボスにしてワリオランド編のラスボス。名前は不明なため、シロップが呼称した上記の名称で記載する。

黄金像に変装してマリオたちを騙し、正体を現して襲いかかった。花粉症なようで、しょっちゅうクシャミや鼻水を垂らしているが、これを器用に攻撃に利用している。

レンガ状の巨体によるパワーの他に、胸部からシロップ城のブロックやコインを雪崩のように射出して攻撃する。

しかし、ブロックの中から見つけたニンニクとハートを利用し、ドクターマリオに変身したマリオに鼻炎の治療薬と称して飲まされたカプセルから出てきた巨大なニンニクの根っこで締め上げられたところを、ワリオがシロップから取り返した黄金像が頭上から落ちたため粉砕されて倒された（ただ、頭部だけになっても生きてるようで、鼻水を垂らしながらクシャミをしていた）。

この回の連載時期がエイプリルフールだったため、敵味方共に騙し合い合戦を繰り広げていた。