時系列は承太郎とDIOの決着の後の話だが、ある異変によって分岐され、世代を越えて仲間達と共に異変を解決するオリジナルストーリーである。各部はほとんど物語は終了しており、死んだはずの仲間と敵が異変によって蘇って登場している。なお、第三部終了直前に分岐されたパラレルワールドの話で原作とは一切関連はない。

ストーリーモードあらすじ

50日にも及ぶはるかなる旅路の果て、宿敵DIOに勝利した空条承太郎。戦いを終え日本に帰ろうとした直後、謎の男に呼び止められる。

それと同時に、死んだはずのアヴドゥルとイギーに襲われたポルナレフが合流してくる。

そして花京院典明もまた刺客となって一行に襲い掛かる･･･。

男によれば、「世界」でさまざまな異変が起こっており、その異変を解決するには「聖なる遺体」の力が必要だという。

異変の正体は何なのか?暗躍する「あのお方」とは誰なのか?

過去、現在、未来、そして別の世界をも巻き込んだジョジョ達の新たな物語が幕を開けるッ!

参戦キャラクター

☆マークは新規参戦キャラクター
◇マークは『ジョジョの奇妙な冒険オールスターバトル』から声優の変更されたキャラクター。

※本作のストーリーモードは原作第3部ラストからの派生となっている為、各部歴代主人公中の代表主人公となっている。

◇老ジョセフ・ジョースター（CV.石塚運昇） / ハーミットパープル

◇モハメド・アヴドゥル（CV.三宅健太） / マジシャンズレッド

◇花京院典明（CV.平川大輔） / ハイエロファントグリーン

◇ジャン=ピエール・ポルナレフ（CV.小松史法） / シルバーチャリオッツ

◇イギー（CV.福圓美里） / ザ・フール

◇ホル・ホース（CV.木内秀信） / エンペラー(サポートでJ・ガイル（CV.桐本琢也）/ ハングドマン)

☆ンドゥール（CV.伊藤健太郎） / ゲブ神

☆マライア（CV.高垣彩陽） / バステト女神

☆ペット・ショップ / ホルス神

◇ヴァニラ・アイス（CV.速水奨） / クリーム

DIO（CV.子安武人） / ザ・ワールド

第4部ダイヤモンドは砕けない

東方仗助（CV.羽多野渉） / クレイジー・ダイヤモンド

広瀬康一（CV.朴璐美） / エコーズ

虹村億泰（CV.高木渉） / ザ・ハンド

岸辺露伴（CV.神谷浩史） / ヘブンズ・ドアー

☆山岸由花子（CV.赤﨑千夏） / ラブ・デラックス

矢安宮重清（重ちー）（CV.山口勝平） / ハーヴェスト

音石明（CV.森久保祥太郎） / レッド・ホット・チリ・ペッパー

吉良吉影（CV.小山力也） / キラークイーン

川尻浩作(吉良とは別キャラとして登場)（CV.小山力也） / キラークイーン＆ストレイ・キャット

空条承太郎 / スタープラチナ(初回DLCとして)

※本作ストーリーモードでの使用は不可能で、尚且つ第3部仕様の承太郎との同時選択は不可能となっている。

第5部黄金の風

ジョルノ・ジョバァーナ（CV.浪川大輔） / ゴールド・エクスペリエンス

ブローノ・ブチャラティ（CV.杉山紀彰） / スティッキィ・フィンガーズ

グイード・ミスタ（CV.赤羽根健治） / セックス・ピストルズ（CV.今井麻美）

ナランチャ・ギルガ（CV.三瓶由布子） / エアロスミス

パンナコッタ・フーゴ（CV.小田久史） / パープル・ヘイズ

☆トリッシュ・ウナ（CV.東山奈央） / スパイス・ガール

ディアボロ（CV.森川智之）（ヴィネガー・ドッピオ（CV.石田彰）） / キング・クリムゾン

レオーネ・アバッキオ

※ストーリーモードのエンディングのみに登場。

ココ・ジャンボ

※ストーリーモードで登場。移動拠点として使用されている。

第6部ストーンオーシャン

空条徐倫（CV.沢城みゆき） / ストーン・フリー

エルメェス・コステロ（CV.米本千珠） / キッス(ジョジョの奇妙な冒険)

☆ウェザー・リポート（CV.大川透） / ウェザー・リポート

ナルシソ・アナスイ（CV.中村悠一） / ダイバー・ダウン

◇エンリコ・プッチ（CV.中田譲治） / ホワイトスネイク（CV.増谷康紀）

新月の時を待つプッチ / C-MOON（CV.増谷康紀）→メイド・イン・ヘブン(上とは別キャラ扱いに。)

空条承太郎 (第6部準拠)

※本作には未登場であるが、ボイスデータが存在しており同部に登場するキャラへの掛け合いが収録されている。エンディングにも登場している。

第7部スティール・ボール・ラン

ジョニィ・ジョースター（CV.梶裕貴） / タスク(ジョジョの奇妙な冒険)

ジャイロ・ツェペリ（CV.三木眞一郎） / 技術　ボール・ブレイカー

☆ディエゴ・ブランドー（CV.子安武人） / スケアリー・モンスターズ

☆平行世界から来たディエゴ / THE WORLD(上とは別キャラ扱い。)

ファニー・ヴァレンタイン大統領（CV.加瀬康之） / いともたやすく行われるえげつない行為(D4C)

第8部ジョジョリオン

東方定助（CV.真殿光昭） / ソフト&ウェット

☆東方常秀（CV.三浦祥朗） / ナット・キング・コール

天国に到達したDIO（CV.子安武人） / ザ・ワールド・オーバーヘブン (本作オリジナルキャラ)

バトルステージ

第1部

ジョースター邸

火災が発生しており、時間経過と共に延焼が広がっていく。

窓際にはゾンビがおり、近づくと拘束される。

第2部

エア・サプレーナ島

中央の針山エリアは吸血鬼や柱の男、波紋ゲージの溜まった波紋使いでのみ

移動が可能で、それ以外のキャラはダメージを受ける。

第3部

カイロ市街屋上

悪夢世界(ナイトメア・ワールド)

周囲をデス13が徘徊している。

第4部

杜王町

時間経過と共にカフェ・ドゥ・マゴが開店し、一服して回復を図る事が可能(一服のモーションは全員一つ一つ異なっており、それぞれに元ネタがある)。

ボヨヨン岬

周囲にエコーズACT2の文字が点在しており、触れると様々な効果が現れる。

第5部

コロッセオ

一定エリアをチャリオッツ・レクイエムが徘徊しており

近づくと睡眠状態になる。

ネアポリス駅

プロシュート兄貴がスタンドを展開して徘徊しており

近づくと老化状態になり能力が低下。氷を手に入れる事で解除される。

また、女性キャラは老化の影響が小さく、吸血鬼・柱の男は老化状態にならない。

第6部

グリーンドルフィンストリート刑務所

リンプ・ビズキットによって蘇ったゾンビ鰐が徘徊しているほか

グェスに金を支払う事で相手を小さくしてもらう事が可能。

ケープ・カナベラル

バトル開始から暫くが経つと重力逆転が発生。

舞台が180度変化する。

第7部

ロッキー山脈麓の村

スケアリー・モンスターズによって生み出された恐竜があちこちにいる。

第8部

東方家

東方つるぎが庭のシェルターの扉を開け、中に入る事で回復が可能。

デュアルヒートアタック

コンビネーションが光る必殺技。

ただし、並行世界の同一人物とは組めない仕様となっている。

様々な組み合わせが楽しめるが以下の組み合わせは特殊演出仕様である。

第1部	ジョナサン＆ツェペリ
第2部	ジョセフ＆シーザー／ジョセフ＆リサリサ
第3部	承太郎＆花京院／承太郎＆老ジョセフ／承太郎＆ポルナレフ／老ジョセフ＆アヴドゥル／ポルナレフ＆アヴドゥル／ポルナレフ＆イギー
第4部	仗助＆康一／仗助＆億泰／仗助＆露伴／康一＆由花子／康一＆露伴
第5部	ジョルノ＆ブチャラティ／ジョルノ＆ミスタ／ミスタ＆ナランチャ／ナランチャ＆フーゴ
第6部	徐倫＆エルメェス／徐倫＆ウェザー
第7部	ジョニィ＆ジャイロ
第8部	定助＆常秀
混部（親子）	承太郎＆徐倫／老ジョセフ＆仗助／DIO＆ジョルノ
混部（その他）	DIO＆ディオ／DIO＆新月プッチ