中臣氏の一族のひとり、中臣鎌足(藤原鎌足)が、天智天皇(中大兄皇子)より大化の改新における功績により藤原姓を賜ったのを始まりとする。鎌足の子の不比等は娘を光明皇后として聖武天皇の皇后とし、その息子達四兄弟は北家、南家、式家、京家の藤原四家(後述)と呼ばれてそれぞれ朝廷の高位を占め、大いに栄えた。しかし四兄弟が相次いで天然痘で世を去ったことで一旦衰退、藤原仲麻呂(南家)や藤原時平(北家)等が橘諸兄や菅原道真に代表される他家の貴族達と権力を競った。
藤原忠平の代には藤原氏の覇権を脅かす貴族は消え、以後千年以上に及び朝廷の中心にあり続けた。外戚の血縁と家職制度の進展に伴い、嫡流は天皇の代理人及び後見人たる摂政・関白の地位を代々独占した。所謂「摂関政治」である。それゆえ藤原氏嫡流を摂関家という。摂関家の権力は藤原道長とその息子である藤原頼通の時代に絶頂に達し、孫である天皇の権威を通じて朝廷を完全に支配した。その後、頼通が天皇に嫁がせた娘に皇子が生まれなかった為外戚の地位を失い、摂関家の権力は徐々に衰退していった。しかし、嫡流以外も国政を担う上級貴族(公卿・殿上人)の多くを占め、藤原氏全体としては古代中世を通じて政治を左右した。学問で身を立てて後白河上皇のもとで実権を握った信西入道(藤原通憲)や、足利義政の御台所として権勢を振るった日野富子(日野家は藤原北家の子孫)などが特に著名である。公家は同時に文化の担い手でもあったため、文化面での貢献も大きい。文学では『源氏物語』の作者である紫式部(左少弁・藤原為時の娘)、小野道風とともに「書の三蹟」とたたえられる藤原佐理、藤原行成、歌人としては後鳥羽上皇に仕えた藤原俊成・定家親子などが特に著名である。
一方、出世の道を閉ざされた藤原氏傍流には国司・受領就任をくり返すことで軍事貴族として台頭し、武家となった者もいる。瀬戸内の海賊として勇名をはせた藤原純友、平将門を討った英雄の藤原秀郷等が初期の武家藤原氏である。秀郷の嫡流は軍事貴族として受領あるいは院政期の北面の武士として活躍し、後に佐藤氏を名乗る。この家系から歌人の西行(佐藤義清)が出ている。盗賊退治で名を挙げて『今昔物語集』でも活躍する藤原利仁も鎮守府将軍となった軍事貴族で、子孫は斎藤氏を名乗る。奥州に住んだ藤原氏の庶流から藤原清衡、藤原基衡、藤原秀衡の3代に渡って東北の覇者となった奥州藤原氏も出ている。
藤原氏一族は「源」「平」と並び公家や武家の中で非常に数が多く、同じ氏の中で家を区別する為、公家の藤原氏は屋敷のある地名等にちなんだ苗字を名乗るようになる。嫡流の摂関家は、近衛、一条、二条、鷹司、九条の苗字を名乗る諸家に分かれて摂関の地位を争った。庶流の中でも七家(三条(転法輪三条)・西園寺・徳大寺・花山院・大炊御門・菊亭(今出川)・醍醐)は九清華家として太政大臣職に就くことができる家柄であり、それぞれに中世の公家政治を主導した。(ちなみに九清華家の他の二家である久我家は村上源氏の嫡流であり、広幡家は桂宮家の分家である)。
武家政権の時代には源平ほどではないものの藤原氏系の武家も栄えた。主なところでは鎌倉幕府草創期を支えた比企氏、鎌倉時代に北関東一体に大勢力を誇った小山氏、室町幕府関東管領家上杉氏、江戸時代に奥州の最大勢力となった伊達氏、他に九州の大友氏・山陰の吉川氏などが武家として勢力を持った。
明治維新後、藤原一門の公卿は華族に列せられ、三条実美は太政官制が廃止されるまで太政大臣を務め、西園寺公望は2度にわたって内閣総理大臣を務めるなど明治・大正・昭和を通じて政界で重きをなしている。また、昭和・平成の二代に渡り血縁者(近衛文麿、細川護煕両氏)が内閣総理大臣の座を得ている。現代の名字にも「藤原」を始め「佐藤」「伊藤」「斎藤」といった藤原氏所縁の名字は多いが、地名等から名乗ったケースも多くその全てが藤原氏の子孫というわけではない。
藤原四家
藤原不比等の4人の息子たちを祖とする。4人とも737年に当時流行していた天然痘で死亡している。
- 南家…長男・武智麻呂が祖。武智麻呂は聖武天皇の養育にあたり右大臣に上るが、彼の死後、仲麻呂(恵美押勝)が反乱を起こして敗死する等して没落した。公家としては中〜下級程度の家しか残せなかったが武家としては藤原為憲に始まる工藤氏が二階堂・伊東など多くの支流を輩出した。
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主な藤原氏の人物
南家
藤原武智麻呂 藤原豊成 藤原仲麻呂(恵美押勝) 藤原巨勢麻呂 信西(藤原通憲)
北家
庶流・公家
藤原信頼:隆家の次男・経輔の子孫
藤原成親:魚名の三男・末茂の子孫
日野富子:冬嗣の兄・真夏の子孫
庶流・武家
藤原秀郷 藤原経清 藤原清衡 藤原基衡 藤原秀衡 藤原泰衡 西行(佐藤義清):魚名の五男・藤成の子孫
藤原純友:冬嗣の長男・長良の子孫
藤原利仁:魚名の子・鷲取の子孫