ジオン公国が有する軍隊。
ギレン・ザビを総帥（階級は大将）とした独立軍で、地球連邦軍に先駆けてモビルスーツの作成に踏み切った。

人員では遥かに連邦を下回るジオンが一年戦争を優位に戦えたのも、ひとえにこのMS製造技術とコロニー落としなどのスペースノイドにしか考え付かない作戦の数々と言える。
最終的にザビ家がミネバ・ザビを残して全滅した後にジオンは共和国制となり、各地に残存した勢力もアクシズへと集合。デラーズ・フリートやネオ・ジオンといった反連邦組織、いわゆるジオン残党軍を編成していくこととなる。

連邦と比べて兵士の連度は高い反面、プライドが高い者は少なくなくスタンドプレーや独断専行に走る兵士も多い。組織全体では派閥同士の仲も悪い等、この一面は連邦側からは酷評されている。

作品では殆どは敵であり、「悪の組織」や「ならず者集団」と思われがちだが基本的には「戦争のルール」の通りに軍事行動を行っているにすぎない(寧ろ連邦側の方が腐敗した組織関係を見せる方が多い)。ただしコロニー落とし等の明確な悪事も働いている。

全体として見ると「義理人情を貫く者」、「何らかの矜持を持つ者」、「復讐鬼」、「極悪人」と個人同士の思想がよくも悪くも一貫している訳ではなかったりもする。

編成

ジオン公国総司令部

全ての軍を統括する司令本部。総司令官はギレン・ザビ。

技術本部

総司令部直属の、宇宙攻撃軍、突撃機動軍から独立した組織。アルベルト・シャハト技術少将麾下で、一年戦争時に投入された（または投入予定だった）兵器の技術評価、検証などを専門に行っている。
主な所属者はオリヴァー・マイをはじめとした第603技術試験隊など。

宇宙攻撃軍

ドズル・ザビ配下の軍隊。最も巨大な勢力を持っている。シャア・アズナブルも左遷以前はここに所属していた。
著名な所属者はランバ・ラル、コンスコン、シン・マツナガ、アナベル・ガトー、ヘルベルト・フォン・カスペンなど。

突撃機動軍

キシリア・ザビ配下の部隊。特殊任務や教導を請け負う特務隊を多く擁しており、ニュータイプの開発なども行っている。
主な所属者はシャア・アズナブル、マ・クベ、黒い三連星、シーマ・ガラハウ、ジョニー・ライデンなど。
指揮下の特殊部隊としては、ジョニー・ライデンの属するキマイラ隊をはじめ、サイクロプス隊、闇夜のフェンリル隊、マッチモニード、マルコシアス隊などが存在する。

地球方面軍

ガルマ・ザビ配下の地球圏での戦闘を行う部隊。突撃機動軍の一組織である。
一時は地球全土の半分を占領下に治めるも、MS開発を開始した連邦軍に押され始めオデッサ陥落による失地回復もままならず最終的には大半の部隊が敗走する。

総帥府

ギレン・ザビ直属の特務機関。別名『ペーネミュンデ機関』。
一応形式上の所属は軍の一機関だが、総司令部とは指揮系統が全く異なっており、完全にギレン個人の裁量で運営されている非常に特殊な組織。
主な仕事はプロパガンダの放送などの政治活動の他、指揮下の特務士官を各軍の部隊に管理官として派遣し、その行動を監視するなど秘密警察のようなことも行っている。
総帥府直属の特務士官は表記の階級よりも２階級上の扱いを受ける特別待遇が許されており、派遣された先の一般部隊を強制的にその指揮下に置くことさえ可能なほどの強い権限を有している。
主な所属はモニク・キャディラック特務大尉やギレンの秘書セシリア・アイリーンなど。

主要拠点

宇宙の拠点

サイド3

ジオン公国本国。総帥府や総司令部の本部が置かれている他、上記の各軍に匹敵する規模を持つ常備戦力が本国防衛部隊として配置されている。
一年戦争末期に公国軍将校のアンリ・シュレッサー少将率いる首都防衛大隊が突如としてギレン・ザビ打倒を目的とするクーデターを起こし、一時混乱状態になる。

宇宙要塞ア・バオア・クー

ジオン本国防衛ラインを形成する三大重要拠点の一つ。他二つよりもややジオン本国に近い位置にあり、一年戦争末期には公国軍総帥ギレン・ザビ自らが指揮を執り最終防衛拠点として位置付けられた。内部には大規模な工廠を有しており、一年戦争後半にはジオン軍の宇宙における中心的な生産拠点としても機能した。

宇宙要塞ソロモン

ジオン本国防衛ラインを形成する三大重要拠点の一つ。ドズル・ザビ中将が采配を担う宇宙攻撃軍の本拠地。ジオン軍の制宙権確保及び他コロニーサイドへの牽制など、宇宙における作戦行動の中心拠点にもなっている。

月面都市グラナダ

ジオン本国防衛ラインを形成する三大重要拠点の一つ。キシリア・ザビ少将麾下の突撃機動軍の本拠地。ジオン軍による月面都市群の実効支配の中心地となっている他、地上部隊を送り込む際や宇宙から支援する際の中間拠点としても機能している。

小惑星基地アクシズ

地球圏からは遠く離れたアステロイドベルトに位置している資源管理基地。アステロイドベルトでの資源採掘の拠点であると同時に、木星ヘリウム船団の停泊地ともなっている。居住区画として改装された小惑星モウサが接続されている。
一年戦争終結後はア・バオア・クー戦から逃れてきたジオン敗残兵らを受け入れ、マハラジャ・カーンを継いだハマーン・カーン率いるジオン残党軍の拠点となる。
シャア・アズナブルも一時期滞在していたが、ハマーンを見限りエゥーゴへと渡る。

地上の拠点

オデッサ

ヨーロッパの軍事拠点。大規模な資源地帯の中央部に位置しており、地上部隊への補給を大々的に担っていた。ジオン軍の地上拠点の中では最大規模かつ最も重要な場所の一つ。

キャリフォルニアベース

北アメリカの軍事拠点。ジオンの地球攻略作戦の中心拠点となっており、ジャブローへの攻撃は主にここから行われていた。オデッサと並ぶ地上の最重要拠点の一つ。

ニューヤーク

北米方面軍の司令部と基地が置かれた都市。基地令官は同軍の総司令でもあるガルマ・ザビ。都市そのものは同地を占領する前段階に行われた爆撃により廃墟と化してしまっている。

制服

一般的に濃い緑を基調とした軍服を着用している事が多く、ノーマルスーツも同様に緑が基本色である。
ただし、階級に応じて軍服およびノーマルスーツの改造が認可されており、自身のパーソナルカラーの軍服を着用しているシャア・アズナブルやランバ・ラルなどが特に顕著な例である。
また、総帥府直属の特務士官は赤色の専用軍服を着用している。