イチロー
- 主人公。シアトル・マリナーズ所属のメジャーリーガー。
- 黒幕によって真の力を封じられている状態。だがそれでも並の人間よりかは俊敏でPTメンバーでも一番の素早さを持つ。先制で鍋料理を作ることで回復もお手の物。
- テンションが上がると分身したり、鳩に変身するなどキャラ付けはリアルであったネタと全盛期ネタのごっちゃ。
- カレーが大好物でPTメンバーからカレーを織り交ぜた嘘をつかれたことも。
- 武器は基本的にはバットを使うが、たまにバットか怪しいものや明らかにバットじゃないものを使用する。
- 自分が驚かれる存在だからか、全くもって驚かない。
ネイキッド・スネーク
- FOX工作員。
- イチローが最初にやってきた異世界(冷戦期のソビエト)でミッション中だった。
- 吸血鬼が苦手で吸血鬼が絡むと恐怖で身体がすくんでしまう。
- ほふく前進が必要なパートでは彼を先頭に置く必要がある。
- 作中ではミクとよく絡む。
- 中盤で片目を狙撃されてしまい、隻眼となる。
- 最終部ではいつもの調子で毒キノコを食べてしまい、毒で倒れてしまう。
- なお毒自体は茂汁で解毒したが、茂汁の影響で身体が弱ってしまったため戦闘復帰はかなり遅め。
- 武器は重火器。
- 憂鬱な気分にさせる技に耐性を持つ。
パワプロくん
- 高卒社会人のアマチュア野球選手。飲酒可能な年齢で、酒場で飲酒しているシーンもある。
- 本を読んで特殊能力を習得していくタイプのキャラクターなので本収集をさぼると大変なことになる。
- 最終部でパーティがバラバラになった際は海の家れもんでアルバイトをしていた。
- コナミサイドの解釈では基本的にバットを武器にはしないキャラクターのはずだが、今作では普通にバットを武器にする。
- なお初期はポジションを選べる仕様だったが、12年という長期連載になったことで捕手以外のポジションの実装が間に合わなかったため完成版では捕手固定となっている。
パパス
- 元国王現無職。CV:神谷明。
- 原作とは違いド変態人でなしロリコン親父(元ネタ)。6歳の息子の名前は『いちもつ』というらしい（PTメンバーからは当然ブーイングが来た）。
- 序盤で原作通りゲマによって灰にされたが、復活の呪文で復活して仲間となった。
- 言動のウザさから基本的に皆からスルーされているが、ある場面では重宝されている。その手の人達からも気に入られているようだ。
- また船酔い体質らしく、船に乗った際はだいたいえらいことになる。
- 特技はアバカム(物理)。
- 武器は剣。
- HPと攻撃力以外は壊滅的という超偏ったステータスを持つが、『確実に一番最後に行動できる』メリットとも捉えられるとは作者の弁。
阿部高和
- 落合軍の一員のガチホモエージェント。ああ見えて地位も高いらしい。
- 異世界転送能力を持つが、一番得意な方法は対象のケツの穴を掘ること。イチロー、スネーク、パワプロくんは(異世界転送のために)1回だけ掘られてしまっている。
- ちなみに本人曰く、戦闘は不得手らしい……が、いい男が絡むと物凄いヤル気で強くなる。
- 男限定で癒せる変わった回復技を持つ。これには24歳学生もニッコリ。
- 阿部ダンサーズというバックダンサーを召喚することができる。何をやるかって？そりゃもちろん……。
- 最終部ではエグゼダーの村でメレブとともに信徒に施しをしていた。
- 武器はお察しください。一応、野球ボールも装備できます。
初音ミク
- 落合軍の一員のボーカロイド。当初は敵によって囚われていた。
- 彼女の歌には不思議な力（傷をいやす、眠らせる、魅了するなど）があり、重要な場面で大活躍する。
- スネークとよく絡んでおり、彼女の好感度はスネーク関連のイベントに大きくかかわってくる。
- 途中で呪いによりゆっくりと化するが、メンバーの尽力とピコ麿の解術により元に戻る。
- 最終部ではムネ＆イカちゃんとともに行動しており、合流は遅め。
- 武器はネギ。おまけにスロットが二刀流となっている。
- 機械なので毒には強い。
- はちゅねミクと化するとドイツ語で叫びながら大暴れする戦闘マシーンと化するが、特殊な仕様が施されているため使い時を誤るとこちらが全滅しかねない諸刃の剣。
馬犬
- 落合軍の一員で主にハイポーションで敵に毒をばら撒いて戦う黒魔術師。
- 当初は美食倶楽部にいたが、雄山によってクビを言い渡されてそのままパパスに同行することに。
- 終盤であのバ美肉姿になる。
- 武器はストローをはじめとした雑貨品。
- 余談だが馬犬本人は3作目の時点でこの作品に自身が登場キャラクターとして出演していることに気が付いていた模様で、3作目でイチローが出演している広告が掲載された新聞を使って感謝の意を伝えていた。なお本作作者にその意図が伝わったのは8年後の模様。
長門有希
- 涼宮ハルヒ率いるSOS団の一員の宇宙人の少女。だがその事実を知っているのはキョンと古泉のみ。
- 常に冷静沈着でチート能力は健在。彼女の能力を最大限発揮するにはプレイヤーのフラッシュ暗算力が必須。
- 武器は杖、ギター、本。ノートPCも専用装飾品として装備可能。
- 典型的な魔法使いタイプの能力傾向でMPと精神力(ポケモン第1世代のとくしゅ仕様なので魔法攻撃と魔法防御兼用)が高め。
ドアラ
- 落合軍の一員の荒ぶる有袋類。主な役割はD-STAGEでのアクションパフォーマンスだが、レプリ東京進軍の際に自ら志願して戦闘メンバーとなった。
- 基本的に喋らず『ビクッ！』といったリアクションでコミュニケーションをとる。中の人などいない。
- 武器は基本的には槍だがベースや水切りワイパーなども扱う。
- 荒ぶる身体能力を活かした素早い攻撃を得意とするが、死神やアニキを召喚する召喚術師でもある。
IKZO
- 落合軍の新人組員でレプリ名古屋を守っていた男。イチローどころか阿部さんも知らなかった。
- 技は『俺ら東京さ行ぐだ』のノリを中心に作者が知る限りの農業関係(作者の実家は農家)が中心。
- 当初は『俺ら東京さ行ぐだ』スタイルだったが、最終部で『雪國』等で見せるスーツスタイルに変化した。東北訛りも濁点が減って聞き取りやすくなっている。
- 武器は農具。
メタナイト
- 落合軍の一員で組織内では落合統領に次ぐ地位。基本的にすすんでボケたりはしないが少々天然。
- 本人曰くかなりの老兵らしいが、正確な年齢は不明。
- 戦艦ハルバード内の隠し部屋に私室があり、そこの冷蔵庫には……。
- リースの亡き父とも友人関係らしい。
- 武器は剣。作者の方針により、あの剣は初期装備ではない。
- ステータスは攻撃と素早さが高くてHPと防御が低い速攻アタッカー。
エドガー・ロニ・フィガロ
- レプリ鳥取の砂丘にあるフィガロ王国国王で機械に通ずるマシーナリー。
- 一行にはメカニックとして加入する。
- 一応女好き設定は生きてはいるものの、PTメンバーをはじめ登場キャラクター全般がむさいのであまり描写されていない。
- 最終部では戦艦ハルバードの修理に当たっており、合流するのはかなり後となる。
- 武器は槍。
リース
- ニコニコ深部にあるローラント王国の王女。
- 作中ではジョースター家と親戚(リースの亡父の名がジョスターというところから着想を得たらしい)という設定。例のあざもある。
- 加入当初はニコニコ深部の住人と地上の人間の美的センスの食い違いに戸惑うが、慣れていったのか普通にヒロインしている。
- 最終部のDIO復活後はDIOの影響で高熱を出してしまう。
- 武器は槍。
カービィ
- メタナイトによってニコニコ深部に送られていた戦士。アニカビ基準のキャラ付けをされており、基本的には「ぽよ」としか話せない。
- 武器をコピー(装備)することで本人よりかは威力は劣るものの、他のPTメンバーの技を使用することができる。ただしミクの歌はさすがに無理な模様。
- 技IDを使いまわさずに製作しているところに作者のこだわりが見られる。
- 最終部ではムネとともに行動するため、イチロー達と合流するのは遅くなる。
空条承太郎
- 食い逃げして美食倶楽部の牢に入れられていた高校生のスタンド使い。なおCVはOVAの人。
- 今作におけるスタープラチナの名付け親はパパス。マリナンがいい仕事をしてくれたようだ。
- 武器は靴。
イカ娘
- 陸上を侵略しに来た謎の少女。通称イカちゃん。
- ぶっ飛ばされたムネを助けたら、いつの間にかムネのイチロー追っかけに巻き込まれる。
- PT随一の泳力を持っており、水中パートでは彼女とカービィ、メタナイトだけになるため戦力としてはかなり重要。
- 武器は触手。彼女も装備スロットが二刀流となっているが、この設定はどちらかといえば『盾が装備できない』的な意味での二刀流であり装備可能な武器はキラーピアスのみ。だがその分攻撃性能は高めというどこぞの姫様みたいなスペック。
川﨑宗則
- イチローを追っかけてニコニコまでやってきた男。通称ムネ。
- 尋常ではないイチロー愛はこの作品でも健在。ただし同時に独占欲も強く、同担NG。喧嘩を売るなんて以ての外。
- 阿部さんからの誘いを「イチローさん以外NG」で断っているが、ビリーの兄貴には食われてしまった。
- PT内では唯一顔グラがドットではない。これは作者のこだわりであえてそうしているのだそうだ。
- 強化ゆっくり戦でイチローと対面を果たすが、興奮のあまり倒れてしまったためPTに合流するのは最後になる。
- 武器はバット。
- イチローへの愛で身体能力を強化し、ブルージェイズ時代に披露していたジャミラ芸で火を噴いたりガーヒーで攻撃する。

ヨシヒコ

- 魔王を倒すべくニコニコ統合後の世界を冒険していた勇者。パパスからは息子と間違われた。
- 大泥棒に転職したりあっちこっちで死にまくったりと迷走しまくるが、紆余曲折の末にイチロー一行に加わる。
- イムが裸眼で見えないのは相変わらずでいつもの3D眼鏡のほか、メタナイトの仮面を借りたりしている。最終的には怪しいサングラスで落ち着いたようだ。
- 武器はもちろん剣。

その他

野球関係の人

落合軍の組織関係者

- 組織関係者は製作当時(2008年)の中日ドラゴンズ選手が中心。作戦途中でお腹を下してしまった大ベテランや『LEE』の背ネームのユニフォームの持ち主もカメオ出演している。
落合博満
- 落合軍を拠点に置く組織の統領。
- アニメが大好きだが、息子からガンダム禁止令を出されてしまったらしい。
- 統合後に行方をくらますが、これは最終部製作時期が2011年だったことから察していただきたい。
荒木雅博＆井端弘和
- 通称アライバでお馴染みのコンビ。
- レプリ東京奪還作戦の他、中盤でドアラの召喚獣として冒険に同行しおなじみ連携プレーで攻撃する。
- 川相さんがダジャレを飛ばすたびに回収して回っている。
川相昌弘
- ダジャレ大好きなバントの神様。
- レプリ東京奪還作戦の他、中盤でドアラの召喚獣として冒険に同行しダジャレで凍らせて攻撃する。
- 登場するたびにダジャレを飛ばしてはアライバコンビに回収される。
- サウンドテスト係でもある。
鉄平
- 小物。
- レプリ東京奪還作戦のメンバーで具無しおにぎりを世界中に広げる活動をしている。ルート次第で助っ人参戦してくれる。
中島俊哉
- 小物の召喚獣。通称シャーパー。
- 「～だろ常識的に考えて」とぼやきつつも敵に蹴りを食らわせる。
中里篤史
- レプリ東京奪還作戦分散パートスポット参戦キャラでは唯一の投手。
- なぜか敵に一度も攻撃されなかったらしい。
森野将彦
- ドアラの召喚術師。
- グラはなぜかドアラになっている。
tanisige
- レプリ東京奪還作戦に参加していたメンバー。
- tanasinnの如く何もしゃべらないが、技は普通に捕手の能力。浸食とかはしないらしい。
古木克明
- レプリ東京奪還作戦に参加していたメンバー。
- 日付がわからなくなるなど様々な天然伝説を持つ男。
- 最終部では東京で自分の店を持つことに成功したらしく、商売をしている。
松中信彦(ぼぶひこ)
- レプリ東京奪還作戦に参加していたメンバー。
- 最後に必ず「ぼぶひこ」を付ける。
古田敦也(ターフル)
- レプリ東京奪還作戦に参加していたメンバー。
- スポットにはもったいない捕手能力と「オッケーイ！」のハイテンションで戦う。
中村紀洋(きれいなノリさん)
- レプリ東京奪還作戦に参加していたメンバー。
- 34.5インチのバットを武器にしている。
和田一浩
- レプリ東京奪還作戦に参加していたメンバー。
- 光り輝く男で攻撃は頭部を酷使する技が多い。

その他味方サイド

三瀬幸司
- レプリ名古屋の商人で神出鬼没の三瀬店長。
- このゲームに登場した初期の頃はまだソフトバンク所属だった。のちにリアルの三瀬が中日に移籍したのに伴い、こちらでのグラも中日に。
阿畑やすし
- パワプロくんと出会った遺跡にいた人。
- 彼も閉じ込められたクチであり、脱出の際は協力してくれる。
矢部明雄
- パワプロくんの友人。遺跡でパワプロくんとはぐれてしまったが、いつの間にかニコニコに流れ着いて福島のDASH村にいたという。
- 物語途中からパワプロくんの相方として参戦。あのトラウマイベントで敵全体をぶっ飛ばす。
石井貴
- ニコニコ深部にあるアオバの町のスーパーマーケットの店長で弱音ハクの雇い主。
- 顔グラは某野球バラエティ番組でいじられた顔芸で統一されている。そのため一部キャラからは怖がられている。
- お客と接するときはなぜか語尾が「クラリス」となっている。

魔王軍

アーロン・ガイエル
- 魔王軍の魔将で忠臣。
- 空間をゆがませる程度の能力を持ち、その空間の歪みで一行を窮地に追い詰める実力者でもある。
- 第3部終盤でムスカのクーデターにより銃撃され、魔王に捨てられる。ニコニコ統合の衝撃で地面が揺れる中、イチロー達を逃がして戦死。死後はイチローの手によって丁重に葬られた。
高宮和也＆那須野巧
- ゲマの部下。
- ただ、本人達は言葉を発さずゲマ以外の存在が喋っている。
- 彼らの技の元ネタはすべてあの一件。
- 高宮は『全滅』と称してこちら全体を文字通り全滅させてくる強敵。これまた一撃必殺技を持つ金城龍彦を召喚してくる技も持っている。
多田野数人
- レプリ東京の重要拠点の中ボスで鬼スライダアッー！が武器。だが……。
- 魔王軍を脱退した後もたびたび街中に出てくるが、やっぱりあれからは逃れられないようだ。
星野仙一
- レプリ東京の重要拠点を守る提督で第2部ラスボス。『わしが育てた』と称して敵味方問わず様々な技を使ってくる強敵。
山崎武司＆宇野勝
- 1001の部下。
猪狩守
- 魔王軍に下った猪狩コンツェルンの御曹司。彼との勝負はもちろん野球。

それ以外

味方サイド

武野羽
- 落合軍の一員でイチローをニコニコへ導いた男。歩行グラフィックは一般1-3そのままだが、主要人物なのに顔グラ等は一切ない。
- 異世界転送能力を持っているが、要領が悪くとにかく無能。おまけに自分が危なくなるとイチローをほっぽり出して逃げる始末。そのため主に組織外部の人間からは『無能』呼ばわりされている。
海原雄山
- 美食倶楽部の長。ストーリーが進むと落合軍と組む。
- ニコニコ統合後は行方をくらました落合統領に代わって統領代理をしている。
- ツンデレ親父でスネークのことを気にしている。
山岡士郎
- やる時はやる新聞記者。
- 顔は松岡昌宏に似ているらしく、長年の付き合いのはずの栗田ゆう子すら間違える。
- 雄山との因縁も相変わらずで当初は落合軍への協力要請を拒んでいた。
キョン＆古泉一樹
- SOS団員の男子高生コンビ。古泉は落合軍の一員でもある。だが非戦闘員。
- よく長門と共に行動している。
- 最終部で強化ゆっくり達に囚われてしまう。
ソードナイト＆ブレイドナイト
- メタナイトの部下。
- 戦闘内外でメタナイトを支える。
泉こなた
- 伝説の少女A。戦艦ハルバードの料理人として一行に同行する。
- ニコニコ統合後はD-STAGEの裏方として混乱した世界の希望を演出している。
柊つかさ＆柊かがみ
- 魔王にぶっ飛ばされたイチローを介抱していた双子姉妹。
- かがみは物語終盤でミクの影武者を務めることに。
アニメ店長
- レプリ名古屋のアニメ店店長。
シギント
- レプリ名古屋の武器屋。元は1960年代の世界から来た異世界人である。
- イチローのために武器を作ってくれるが、トラブルやらデザインへのこだわりが原因で完成は終盤まで待つことになる。
- しかも最後の最後でモノは大泥棒によって盗まれることに……。
コックカワサキ
- ハルバードの料理人。だがアニカビ基準のキャラなので料理の腕はお察しレベル。スネーク曰く「レーションよりまずい」らしい。
- 最終的には料理人をあっさりクビになり、ハルバードの料理人の座を山岡に取られることに。
- 松岡曰く「Not厨房」。
弱音ハク
- アオバの町の石井店長の店で働く従業員。
- 声が小さく、いつも石井店長に叱られている。
ランカ・リー
- ニコニコ深部でニンジン営業をしていたアイドル歌手。
- 最終部で大出世し、ニコニコ統合の混乱で世紀末と化した世界の希望となる。
ルイズ
- 野球のユニフォームを着ているツンデレ少女。
- このゲーム的にはランディ・ルイーズ及びコルビー・ルイス、フレッド・ルイスに相当する人物で全員別人。
ゆっくり魔理沙＆ゆっくり霊夢
- ニコニコ深部に生息する『ゆっくり』という謎の生物。
- 様々な個体がおり、食用として出されたりペットとして飼われている。
- パーティーに同行するれいむ(迷いゆっくり)とまりさ(リースのペット)はのちにラピュタに封印されていたものに洗脳されて異常強化されてしまう。
- 異常強化後はゆっくり村のある森で大暴れするが、メレブのブラズーレで集中力を乱し……。
- ゆっくり村の道具屋の魔理沙は泥棒の常習犯で薬（オトナのお薬）を作るために兄貴のあんをたびたび盗んでいたが、イチロー一行により今までの行いがバレて兄貴のお仕置きが決定してしまう。
矢部野彦麿
- ニコニコ深部に住む胡散臭い陰陽師。
- 実力は本物で呪いを解くことができる。
ビリー・ヘリントン
- ニコニコ深部の森の中にあるゆっくり村の村長。
- 古から残る野生種のゆっくり達が平和に暮らせるように村を整備した歪みねぇ男。
- だが、自他とも認めるバイ。気に入った子には悪戯をしたくなる性分のようだ。
ジョセフ・ジョースター
- 承太郎の祖父でスタンド使いの老人。
- 第3部の姿で登場。ハーミットパープルで一行のサポートに回る。
ジャン=ピエール・ポルナレフ＆花京院典明
- DIO討伐を目指すスタンド使いだが、逆に洗脳された挙句に刺客として承太郎とリースに襲い掛かった。
- 洗脳を解かれたのちはイチロー一行の協力者として同行。
モハメド・アヴドゥル
- 砂漠の町に住むDIO討伐を目指すスタンド使い。
- マジシャンズレッドの力で暑さを和らげてくれる。
城島茂
- 島の小屋に流れ着き、DASH島を開拓した男。いつもの癖でキノコを食べてしまったスネークを介抱していた。
- 特定のアイテムを0円食堂のノリで交換してくれる。
- スネークを解毒するために木の香りと甘い香りのするお茶(茂汁)を手作りするが、味は築40年ものらしく……。
- 彼に限らず今作のTOKIOのメンバーは基本某DASHのノリで買う発想がなく、DIY能力が高い。
松岡昌宏
- 無人島から脱出するためにニコニコ統合の衝撃で墜落した戦艦ハルバードを修理していた男。2連主砲も直していたが、ムネ達の手によってあえなく壊される。
- 今作でも抜群の料理センスを発揮し、ハルバード修繕後はカワサキに代わって山岡とともに厨房に立っていた。
長瀬智也
- 男米が保管されている福島のDASH村で明雄さんとともに山賊から米を守っていた男。
- 茂汁のおかげで城島の知り合いだと認識してもらえるが、本物かどうか確かめるために飲んでしまいアイドルらしからぬ事態に陥ってしまう。
TEPPERの皆さん
- 小物に影響されて具無しおにぎりに目覚めた人々。
- 具無しおにぎりの専門店を各地で開いている。
道下正樹
- ニコニコ深部の南の町で店を開いている男。
- 阿部さんとあの絡みをしようとするが、イチローに止められた。
ガイバラ
- 山で壺を作っていた陶芸家。
- 背中の壺を持って行くと……。
相沢千鶴
- 海の家れもんを営む女性。怒らせると怖く、店の中で騒いだTNOKをボッコボコにしたことがある。
- 条件を満たすとイカちゃんの召喚獣として本人は同行しないものの参戦。とあるパートで某魔王軍の一員を一方的にボッコボコにする。
相沢栄子
- 千鶴の妹。
相沢たける
- 千鶴と栄子の弟。
- ゲマに誘拐されて人質にされてしまう。
長月早苗
- イカちゃんを追いかける少女。
- ムネと似た匂いがするらしく、いつの間にか一行に紛れ込むことに。
ダンジョー
- ヨシヒコの仲間となる戦士。ヨシヒコ加入とともに一行に加わり、ヨシヒコの召喚獣として剣術で戦う。
メレブ
- エグゼダーの村の変な教祖でのちにヨシヒコの仲間となる男。阿部さんとともにピンクや野獣に施していた。
- NPCとして微妙な呪文で敵を翻弄していくほか、ヨシヒコ加入後はヨシヒコの召喚獣として参戦。チョヒャドとヨシヒコへのバフ呪文も使う。
- 微妙な呪文は効いたり効かなかったりするが、効いた時はかなり絶大。ゲラが絶対に効かないこさっちは天敵。
- ムラサキ
- ヨシヒコの仲間となる村娘。ツッコミ役。ヨシヒコの召喚獣としてザオリクを使う。
イム
- 俗っぽい仏。
- ヨシヒコ一行だけでなくイチロー達にも助言をくれるが、やっぱり裸眼状態のヨシヒコには見えない。
- 麻雀で窮地に陥った際は承太郎のイカサマに救われる。
トルネコ
- エクゼターの村の商人。
- 三瀬店長に負けず劣らずの神出鬼没っぷりを見せる。商魂も負けていない。
ルパン三世＆次元大介
- 統合後のニコニコに現れる大泥棒2人組。
- 塔で手に入れた最後の鍵は本当の意味で最後の最後で役に立つことになる。

魔王軍

魔王
- RTPグラの魔王で今作のラスボス。イチローの力を封印した元凶。
- 世界征服を目論んでおり、ニコニコで軍を率いて暗躍する。
- 実力はかなり高く、さすがのイチロー一行もイムの加護なしでは歯が立たないくらいには強い。だが……。
- 最終形態はニコニコRPGのあいつ以上にカオス。
リボルバー・オセロット
- 神出鬼没のトリックスターでスネークと戦うために魔王軍に加入した。
- が、本作ではスネークと決着をつけることなく(死にこそはしなかったものの)スネークとは関係のない男に負けてしまった。
ザ・ボス
- スネークの元上司。
- 世界を一つにするために魔王軍の幹部となったが情は捨てきれておらず、ひそかに暗躍する。
- 最期はスネークとのタイマンに敗れ、スネークの手により葬られた。
ゲマ
- 魔王軍の幹部の魔道士。
- パパスにとっては因縁の相手で、作中では何度も戦うことになる。
- おなじみジャミやゴンズだけでなく高宮と那須野も部下としている。
ムスカ
- 魔王軍の幹部でラピュタ王族の末裔。
- 床を抜いてイチローを突き落とそうとするなど直接戦闘はしないものの幹部としてイチロー一行を翻弄する。
- だが土壇場で魔王を裏切って発砲。下剋上を目論むが棘に化けていたエクスデスに妨害され、その隙に魔王がニコニコを統合。その衝撃で目が潰されてあえなく退場となった。
エクスデス
- ローラント城を乗っ取った暗黒魔道士。実はラピュタに封印されし者でもあり、他の7人よりも先に封印が解かれていた。
- おおむね原作通りだが、こいつの核にあの剣が使われている。
- 中盤でイチロー一行に倒されたかと思いきやなんと棘に化けて身を隠し、土壇場で再登場。魔王がニコニコを統合するきっかけを作った。
ギルガメッシュ
- エクスデスの親衛隊長。騙し討ちに長けるがあの剣を使ってしまうなど相変わらずドジ。
- 度重なる失敗の責任を取らされてエクスデスの手で次元の狭間に飛ばされるが、エクスデスの死後に土壇場で復活。イチロー一行に襲い掛かるもあえなく敗北。
- だが「好きにしろ」と一行に言われたのがきっかけで最終決戦直前に登場。魔王に刃を向ける。

ラピュタに封印されしもの

ヲタケン
- 馬犬曰く「神」の鉄の胃袋を持つ馬マスクの変質者。
- おなじみ古い食べ物等で攻撃するが、最期は嘔吐物をのどに詰まらせてしまった。
松岡修造
- 火山を活性化しようとしていた男。
- おなじみ熱血で一行を苦しめるが、熱すぎる精神に肉体が耐え切れずに燃え尽きてしまった。
DIO
- 最終部でローラント城を乗っ取った吸血鬼。CV：田中信夫
- ラピュタの封印が解ける前にスネークの夢の中で登場するが、その時はなんとなく存在が示唆される程度で終わっている。
- ザ・ワールドの時間停止能力で一行を翻弄するが、馬犬のニコスクリプトでトリックを暴かれイチローの俊敏さに振り回される。
ブオーン
- ゲマが操っていた途轍もない巨体の魔物。
- 巨大な体格通りのパワフルな戦い方で一行を苦しめるがゲマがたけるを人質にとっていたことがアダとなり……。
室伏広治
- ハンマーを投げまくって地表を荒らしていた男。
- ただし本人には悪意はなく、ただハンマー投げの極意を極めたいだけだったとのことらしい。ラピュタに封印されし者の中では唯一生存している。
フリーザ
- ゲマとともにハルバードへ乗り込んできた極悪宇宙人。
- ゲマに「あなたが長いこと封印されることとなった根源はイチロー達」と吹き込まれ、ゲマと共に襲い掛かる。

その他敵サイド

オルトロス
- たびたび乱入してくるタコのようなモンスター。
ミミック
- RPGではよくある宝箱モンスター。
- この作品のミミックは軒並み癖が強く、眼鏡をかけたGODだったりベースを投げる監督だったり拳法家のじーさんだったりする。
ラーメンズ
- ローラントの某所で『不思議の国のニポン』のコントをしていた2人組。セリフハスベテカタカナ。
- ローラント編スネークルートにしか現れないキャラで、同名コントにまつわるクイズを出してくる。
- 正解すると限定アイテムがもらえるが、外すとオシオキと称して襲い掛かってくる。
桂歌丸
- 作中ではたびたびザコモンスターとして現れるがなぜかアンデッド系モンスター扱い。おかげで動画コメントに『作者は円楽』と付けられることに。
- 一部の個体は初手で歌丸ジェノサイドを発動させ、こちらのMPを削ってくる難敵でもある。
ンドゥール
- DIOの手下の1人。水を操って一行を苦しめる。
ダニエル・J・ダービー
- DIOの手下の1人。
- 魂をかけた勝負を一行に挑んでくるが、一行の度胸とよりにもよって野球ミニゲームで勝負したため……。