いずれも整数値をとり、最大マナはTCG版における「マナゾーンのカードの枚数」、使用可能マナは「アンタップされているマナゾーンのカードの枚数」と捉えることができる。基本的にマナゾーンにカードが置かれる際はどちらも1増えるが、多色カードが置かれる場合は使用可能マナは増えない(いわゆる「タップイン」)。逆にマナゾーンのカードが減る場合は、使用可能マナは最大マナを超えない限りは減らない。

マナゾーンに「文明を解放する」という概念が存在する

マナゾーンにカードを置くと、そのカードが持つ文明が「解放」され、以降マナゾーンからその文明のカードがなくならない限りその文明のカードをプレイすることができる。

これにより、「マナゾーンが火しか解放されていない状況で水/闇の多色カードをチャージし、そのターン中に水のカードをプレイする」「マナゾーンに自然のカードが1枚しかない状況で、1ターンに自然のカードを2枚以上プレイする」といったTCG版では不可能なプレイングができる。

手札とシールドゾーンは最大で10枚まで、バトルゾーンに置かれるカード(クリーチャー・クロスギア・ドラグハート)は各プレイヤー合計7体・枚まで

上限を超えてカードがそのゾーンに移動しようとした場合、そのカードは全て墓地に置かれる。

クリーチャーにはそれぞれ声または効果音が設定されている

一部は同種族間で使い回しもあるが、基本的には各クリーチャー固有のボイスが6種類ずつ設定されておりバトルを盛り上げる。因みに、初期は本職の声優の他に長州小力やコウメ太夫などの各界の著名人もCVに参加していたが、DMPP-06以降ではそのような傾向はなくなった。

一部のカードのパワー、マナコスト、能力などの調整

能力が強すぎたためTCG版で殿堂やプレミアム殿堂に指定されたようなカードなどは能力が下方修正され、逆にレアリティに反して環境で活躍できなかったカードなどは能力が上方修正される傾向にある。

また、ゲームテンポの向上の為多くの任意効果が強制効果に変更されているほか、「何かが起きる」「パワーがランダムに強くなる」といったDCGならではの能力も。

「探索」の導入

上述の能力変更の一環として導入されたシステム。山札など多くのカードがあるゾーンからカードを選択する効果について、対象候補をランダムに3種類に絞り込むシステムである。これもゲームテンポの向上のための施策の一環と考えられる。

DMPP-12では対象候補が5種類になった「超探索」が追加、DMPP-16以降に登場するカードは、マナゾーンと墓地からの探索が廃止された。

ゴッドの仕様変更

ゴッドは通常のクリーチャーとは別の扱いとなり、バトルゾーン以外では通称「ゴッド・カード」と呼ばれる形態で存在する(よって、「クリーチャーを探索する」などといった能力の効果で参照することができない)。召喚する際は当該カードで選択可能な2体のどちらかを選択して召喚し、G・リンクの際にはもう片方(あるいは別)のゴッドをゲーム外から呼び出してリンクする。

TCG版のゴッドにおける「両方揃わない」「手札の消費が激しい」といった難点が解消されている一方で、リンク時には1度でどちらも除去されてしまうようになってしまったという短所も併せ持つ。また、現状実装されている唯一の3体以上で構成されるゴッド・破壊龍神に関しては、ヘヴィorメタル→ヘヴィ・メタル→ヘヴィ・デス・メタルのパターンでしかリンクが不可能になっている。

クロスギアの仕様変更

TCG版ではジェネレート時と同じだったクロス時のコストが引き下げられ、DMPP-11現在において全てのクロスギアのクロスコストが「そのクロスギアが持つ文明数」となっている(但しクロスギア固有の能力でコストが加重されているものもある)。TCG版で不評だった点が改善されており、これにより一部のカードは環境トップでも使用されている。

城の仕様変更

1つのシールドに1枚までしか要塞化できなくなり、また一部の城にあった「その城が要塞化されているシールドがブレイクされるとき、かわりに他のシールドをブレイクさせる」という効果がなくなっている。

シールド・フォースの仕様変更

TCG版ではこの効果を持つクリーチャーがバトルゾーンに出る直前にシールドを1つ選択し、そのシールドが残っている限り効果が継続される仕様だったが、デュエプレではこの選択がなくなり、バトルゾーンに出た時点で残っているシールド（＋その後にシールドが最初に割られるまでの間に加わったシールド）のうちどれか1枚でも割られた時点で、働いているすべてのシールド・フォース効果が無効化される仕様に変わった。

全カードにフレーバーテキストのが設定されている

これによって、背景ストーリーの設定が新たに判明したり、より明確に描写されている。《ミロクの弟子ニョライ》、《煉獄邪神M・R・C・ロマノフ》のように、デュエプレのフレーバーテキストで初めて登場し、TCGに逆輸入されたクリーチャーやストーリーもある。

ゲームモード

メインストーリー

ストーリーモード。本作の舞台「デュエマシティ」を舞台として、世界を震撼させる脅威に主人公たちが立ち向かう。進行に合わせて報酬が貰える。

ランクマッチ

対人戦。勝敗によってランクやレートが変動する。フォーマットには全てのカードを使用できる「All Division」と直近6つの最新弾カードパックが使用できる「New Division」があり(いわゆるスタン落ちが前者はなし、後者はありのルール)、それぞれで固有にランク/レートが設定される。月末に到達ランクに応じて報酬が貰える。

カジュアルマッチ

対人戦。こちらは勝敗によってランクが変動しない。

シティバトル

期間限定でCPUキャラと対戦できるモード。勝利数に応じて報酬が貰える。

クイックピック

ランダムに提示される2枚×3セットのカードから1セットを選ぶのを15回繰り返し、できた30枚のデッキで戦う対人戦。2021年10月より正式実装。

イベント

いずれも勝利/敗北に応じてptが貯まり、一定に達すると報酬が貰える。

レジェンドバトル

本作登場キャラクターやコラボキャラクターとの対戦が楽しめる。一部では「レジェンドスキル」という、CPU側に有利なスキルを使ってくることがある(「相手のクリーチャーは全てパワーが+3000される」など)。

SPルールマッチ

ゲーム開始時既にマナゾーンに5文明10枚のカードが置かれている「スタートチャージ10」などの、特殊ルールにおける対人戦。

登場キャラクター

オリジナル

アバター(男：岩端卓也)(女：稗田寧々)

メインキャラクター

シディの人々

クリーチャー

ジャマー団

レジェンドデュエリスト

コラボレーション

タイトル	参戦キャラクター	その他
ロックマンエグゼ	ロックマン、フォルテ
にじさんじ	葛葉、本間ひまわり、月ノ美兎(1弾)/SMC組(2弾)/さんばか(3弾)/フレン・E・ルスタリオ、壱百満天原サロメ、社築(4弾)
WIXOSS	ヒラナ・小湊るう子(1弾)/タマ・ピルルク・ウリス(2弾)
七つの大罪	メリオダス、エリザベス、ディアンヌ、キング
五等分の花嫁	中野一花、中野二乃、中野三玖、中野四葉、中野五月	2弾では水着Ver.が実装
ポプテピピック	ポプ子、ピピ美、ハンドシャッフラー勝舞、ポプテ・ルピ子、ヘルシェイク矢野	ポプ子役は諸星すみれ、ピピ美役は田所あずさが担当。また、ルピコと勝舞にポプテ調の描き下ろしイラスト(ハンドシャッフラー勝舞・ポプテ・ルピ子、CVはオリジナルと同じ)スキンが実装。更に、イベント開始から一週間後、追加でのストーリーが実装、スキンが配布された（CVは板倉俊介）。
ホロライブ	白上フブキ、尾丸ポルカ、兎田ぺこら(1弾)/秘密結社holoX(2弾)
この素晴らしい世界に祝福を!	アクア、めぐみん、ダクネス、ウィズ、ゆんゆん