イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：シェゾ ver.音駒高校(☆) / ナリ ver.伊達工業高校(☆) / ヘド ver.梟谷学園高校(☆) (以下②以降) まぐろ ver.青葉城西高校(☆) / エドガー ver.白鳥沢学園高校(☆) / ローザッテ監督(☆) (以下③以降) ハチ ver.音駒高校(☆)

備考：清水潔子は登場していないが、マネージャーのドラコのモデルと思われる。

聖闘士星矢

開催期間：2020年5～6月

イベント報酬のコラボキャラクター：星矢(◎) / 城戸沙織(◎)(☆) / 双子座のサガ(◎)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：天馬星座の星矢(◎)(☆) / 龍星座の紫龍(◎)(☆) / 白鳥星座の氷河(◎)(☆) / アンドロメダ星座の瞬(◎)(☆) / 鳳凰星座の一輝(◎)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：ペガサスシェゾ(☆) / ドラゴンセイリュウ(☆) / キグナススノヒメ(☆) / アンドロメダリデル(☆) / フェニックスハルトマン(☆)

備考：コラボイベントで入手は出来なかったが、後に襲来クエストで入手できるようになった「きんぴか星天シリーズ」の3キャラが先行して登場した。

ゲゲゲの鬼太郎

開催期間：2020年7月

イベント報酬のコラボキャラクター：犬山まな(☆) / 目玉おやじ(◎)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：ゲゲゲの鬼太郎(◎)(☆) / ねずみ男(◎)(☆) / ねこ娘(◎)(☆) / ぬりかべ(☆) / 一反もめん(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：エコロ ver.閻魔大王

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：シグ ver.ゲゲゲの鬼太郎(☆) / フェーリ ver.ねこ娘(☆) / ユウ＆レイ ver.ねずみ男(☆)

備考：第6期アニメとのコラボ。

カードキャプターさくら クリアカード編

開催期間：①2020年9月 / ②2023年1月 / ③2024年1月

イベント報酬のコラボキャラクター：ケロちゃん(◎) / スッピー(③以降)(◎)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：木之本桜(◎)(☆) / 大道寺知世(◎)(☆) / 月(◎)(☆) / 李小狼(◎)(☆) / 李苺鈴(◎)(☆) / 木之本桜&ケロちゃん ver.ロケットビート(②以降)(◎)(☆) / 木之本桜&李小狼(③以降)(◎)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：アルル ver.木之本桜(☆) / アミティ ver.木之本桜(☆) / りんご ver.木之本桜(☆)

銀魂

開催期間：①2020年1～2月 / ②2023年5～6月

イベント報酬のコラボキャラクター：エリザベス / 坂田銀時 ver.シェゾ(◎)(☆)※ / 志村新八 ver.クルーク(◎)(☆)※ / 神楽 ver.アルル(◎)(☆)※ / 芭月涼

イベントガチャ限定コラボキャラクター：坂田銀時(◎)(☆) / 志村新八(◎)(☆) / 神楽(◎)(☆) / 定春(◎)(☆) / 近藤勲(◎)(☆) / 土方十四郎(◎)(☆) / 沖田総悟(◎)(☆) / 桂小太郎&エリザベス(◎)(☆) / 高杉晋助(◎)(☆) (以下②以降) 白夜叉・坂田銀時(◎)(☆) / 鬼兵隊総督・高杉晋助(◎)(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：ドリームサタン

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：シェゾ ver.銀時(☆) / クルーク ver.新八(☆) / アルル ver.神楽(☆) / エコロ ver.桂(☆) / ラグナス ver.真選組(☆)

備考：※印のキャラクターはコラボ先ではなくコラボ元(ぷよぷよ)に扮したコラボキャラの衣装チェンジとなっている。ドリームサタン(セガの歴代ゲーム機をモチーフにしたコスチュームのサタン)と芭月涼(『シェンムー』の主人公)は後のセガコラボにも登場している。

Yes!プリキュア5GoGo!

開催期間：①2020年5月 / ②2023年3月(プリキュアシリーズコラボ) / ③2023年11月(プリキュアシリーズコラボ)

イベント報酬のコラボキャラクター：ミルキィローズ(ミルク)(◎)(☆) / 夢原のぞみ(◎) / ココ&ナッツ&シロップ / ブンビー

イベントガチャ限定コラボキャラクター：キュアドリーム(◎)(☆) / キュアルージュ(◎)(☆) / キュアレモネード(◎)(☆) / キュアミント(◎)(☆) / キュアアクア(◎)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：アミティ ver.キュアドリーム(☆) / スルターナ ver.ミルキィローズ(☆) / ドラコ ver.キュアルージュ(☆) / リデル ver.キュアレモネード(☆) / ゲンブ ver.キュアミント(☆) / アルデラ ver.キュアアクア(☆)

ファンタシースターオンライン2

開催期間：①2021年6～7月(セガコラボ) / ②2022年6～7月(セガコラボ) / ③2023年6～7月(セガコラボ)

イベント報酬のコラボキャラクター：ラッピー

イベントガチャ限定コラボキャラクター：マトイ(☆) / クーナ(☆)

オシャレ魔女ラブandベリー

開催期間：①2021年6～7月(セガコラボ) / ②2022年6～7月(セガコラボ) / ③2023年6～7月(セガコラボ)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：ラブandベリー(☆)

備考：コラボガチャのみ。

甲虫王者ムシキング

開催期間：①2021年6～7月(セガコラボ) / ②2022年6～7月(セガコラボ) / ③2023年6～7月(セガコラボ)

イベント報酬のコラボキャラクター：ポポとムシキング

備考：配布イベントのみ。

Re:ゼロから始める異世界生活

開催期間：①2021年8月 / ②2023年8～9月

イベント報酬のコラボキャラクター：ナツキ・スバル(◎)(☆) / パック(◎)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：エミリア(◎)(☆) / レム(◎)(☆) / ラム(◎)(☆) / ベアトリス(◎)(☆) / クルシュ・カルステン(◎)(☆) / ラインハルト・ヴァン・アストレア(◎)(☆) / ユリウス・ユークリウス(◎)(☆) / フェルト(◎)(☆) / フェリス(◎)(☆) / アナスタシア・ホーシン(◎)(☆) / プリシラ・バーリエル(◎)(☆) / アル(◎)(☆) (以下②以降) ラム&レム(◎)(☆) / エキドナ(◎)(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：クルーク ver.パック(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：りすくま ver.スバル(☆) / ウィッチ ver.エミリア(☆) / ラフィソル ver.ラム(☆) / アリィ ver.レム(☆) / フェーリ ver.ベアトリス(☆)

仮面ライダー

開催期間：①2021年11～12月 / ②2024年7～8月

イベント報酬のコラボキャラクター：仮面ライダーリバイス(☆) / 仮面ライダーガッチャード(②以降)(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：レガムント ver.滅(☆) / デーモンサーバント ver.スウォルツ(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：まぐろ ver.A.I.M.S.(☆) / ダークアルル ver.イズ(☆) / ラフィーナ ver.ツクヨミ(☆) / あやしいクルーク ver.ウォズ(☆)

備考：ボイスはないが、スキル発動時には変身ベルト等のアイテムに搭載されている必殺技用の電子音声が流れる。滅・スウォルツ・イズ・ツクヨミ・ウォズはコラボ先に扮したぷよぷよ側の衣装チェンジキャラのみの参戦で、コラボ先のキャラ本人は未参戦。

ドラえもん

開催期間：2022年2～3月

イベント報酬のコラボキャラクター：ドラえもん&ぷよぷよ(◎)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：ドラえもん(◎)(☆) / のび太(◎)(☆) / しずか(◎)(☆) / ジャイアン(◎)(☆) / スネ夫(◎)(☆) / パピ / ロコロコ

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：アルル ver.ドラえもん(☆) / レムレス ver.ドラえもん(☆) / すけとうだら ver.ドラえもん(☆)

備考：『映画ドラえもんのび太の宇宙小戦争2021』としてのコラボ。ガチャは専用のチケットのみ。

セガNET麻雀MJ

開催期間：2022年4月

備考：ログインボーナスとミッションのみで、新規のキャラクターカードは無い。

呪術廻戦

開催期間：①2022年5～6月 / ②2023年7月

イベント報酬のコラボキャラクター：虎杖悠仁(◎)(☆) / 伏黒恵(◎)(☆) / 釘崎野薔薇(◎)(☆)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：五条悟(◎)(☆) / 両面宿儺(◎)(☆) / 禪院真希(◎)(☆) / 狗巻棘(◎)(☆) / パンダ(◎)(☆) / 七海建人(◎)(☆) / 東堂葵(◎)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：スザク ver.呪術高専(☆) / クローラス ver.呪術高専(☆) / アルル ver.呪術高専(☆) / コラリア ver.呪術高専(☆) / ベルナール ver.呪術高専(☆) / りすくま ver.呪術高専(☆)

新テニスの王子様

開催期間：2022年8月

イベント報酬のコラボキャラクター：越前リョーマ ver.アメリカ代表(◎) / 遠山金太郎(◎)(☆)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：越前リョーマ(◎)(☆) / 手塚国光(◎)(☆) / 跡部景吾(◎)(☆) / 幸村精市(◎)(☆) / 徳川カズヤ(◎)(☆) / 不二周助(◎)(☆) / 真田弦一郎(◎)(☆) /仁王雅治(◎)(☆) / 白石蔵ノ介(◎)(☆) / 亜久津仁(◎)(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：バハール ver.U-17(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：ロキアー ver.氷帝(☆) / タルタル ver.比嘉(☆) / さかな王子 ver.青学(☆)

備考：忍足侑士(ロキアー)・田仁志慧(タルタル)・平等院鳳凰(バハール)は登場していないが、ぷよキャラのコスチュームのモデルと思われる。

TIGER&BUNNY2

開催期間：2022年11月

イベントガチャ限定コラボキャラクター：虎徹&バーナビー(ワイルドタイガー&バーナビー・ブルックス Jr.)(◎)(☆) / カリーナ&ライアン(ブルーローズ&ゴールデンライアン)(◎)(☆) / ネイサン&キース(ファイヤーエンブレム&スカイハイ)(◎)(☆) / 昴&トーマス(Mr. ブラック&ヒーイズトーマス)(◎)(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：シェゾ&ブラックタイガー ver.タイバニ2(シェゾバーナビー&ワイルドブラックタイガー)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：ソラ&ギューラ ver.タイバニ2(折紙ソラ&ロックギューラ)(☆) / ピカリ&シトリ ver.タイバニ2(ピカリキッド&シトリキャット)(☆)

備考：イワン・カレリン/折紙サイクロン(ソラ)・アントニオ・ロペス/ロックバイソン(ギューラ)・ホァン・パオリン/ドラゴンキッド(ピカリ)・ラーラ・チャイコスカヤ/マジカルキャット(シトリ)は登場していないが、ぷよキャラのコスチュームのモデルと思われる。

ふたりはプリキュアMaxHeart

開催期間：①2023年3月(プリキュアシリーズコラボ) / ②2023年11月(プリキュアシリーズコラボ)

イベント報酬のコラボキャラクター：美墨なぎさ(キュアブラック)(◎)(☆) / 雪城ほのか(キュアホワイト)(◎)(☆) / 九条ひかり(シャイニールミナス)(◎)(☆) / メップル&ミップル / ポルン&ルルン

イベントガチャ限定コラボキャラクター：キュアブラック&キュアホワイト

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：あたり ver.キュアブラック(☆) / りんご ver.キュアホワイト(☆) / チコ ver.シャイニールミナス(☆)

ふたりはプリキュアSplash☆Star

開催期間：2023年11月(プリキュアシリーズコラボ)

イベント報酬のコラボキャラクター：日向咲(キュアブルーム)(◎)(☆) / 美翔舞(キュアイーグレット)(◎)(☆) / フラッピ&チョッピ / ムープ&フープ

イベントガチャ限定コラボキャラクター：キュアブルーム&キュアイーグレット(◎)(☆) / キュアブライト&キュアウィンディ(◎)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：フェイ ver.キュアブルーム(☆) / リン ver.キュアイーグレット(☆)

魔法少女まどか☆マギカ

開催期間：2024年3月

イベント報酬のコラボキャラクター：キュゥべえ(◎) / 鹿目まどか(◎)(☆)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：暁美ほむら(◎)(☆) / 巴マミ(◎)(☆) / 美樹さやか(◎)(☆) / 佐倉杏子(◎)(☆) / アルティメットまどか(◎)(☆) / 悪魔ほむら(◎)(☆)

備考：TVアニメ版ではなく映画『始まりの物語』および『叛逆の物語』としてのコラボ。

SPY×FAMILY

開催期間：2024年8～9月

イベント報酬のコラボキャラクター：アーニャ・フォージャー(◎)(☆)

イベントガチャ限定コラボキャラクター：ロイド・フォージャー(◎)(☆) / ヨル・フォージャー(◎)(☆) / ボンド・フォージャー(◎)(☆) / ダミアン・デズモンド(◎)(☆) / ベッキー・ブラックベル(◎)(☆) / アーニャ・フォージャー ver.私服(◎)(☆)

イベント報酬のぷよぷよキャラクター：あやしいクルーク ver.イーデン校(◎)(☆)

イベントガチャ限定ぷよぷよキャラクター：アミティ ver.イーデン校(◎)(☆) / シグ ver.イーデン校(◎)(☆) / リデル ver.イーデン校(◎)(☆) / ラフィーナ ver.イーデン校(◎)(☆) / クルーク ver.イーデン校(◎)(☆)

店舗とのコラボ

作品とのコラボと比べると、特典カードが後にコラボ以外でも入手できることも多い。

スイーツパラダイス

開催期間:①2013年8～9月 / ②2016年3～5月 (新規カードのあったもののみ)

特典カード:(2013年)スイートアミティ(☆) (2016年)喫茶店のアルル(☆) / 喫茶店のアミティ(☆) / 喫茶店のりんご(☆)

備考：2013年のイベントでは、ゲームアプリでスイパラの200円キャッシュバッククーポンのデータカードが入手できた。これ以外でもスイパラは、ぷよクエとコラボして「ぷよクエカフェ」を期間限定で何回か開催していた。

カラオケ館

開催期間：2013年11～12月

特典カード：ノリノリのドラコ

日本コカ・コーラ

開催期間：2014年2～3月

特典カード：ほっこりスケルトンT

備考：セガのアミューズメント施設にあるコカ・コーラ社の自動販売機で対象の飲料を買うと出てくるシリアルコードから特典カードを入手できた。

雑誌とのコラボ

ファミ通App

時期：2013年6月

特典カード：炎のすけとうだら

2分ではじめるシリーズ

時期：2013年8月

特典カード：真夏のさそりまん

Popteen

時期：2014年8月

特典カード：おしゃれアミティ

備考：同誌の当時のモデル、「ぴかりん」こと椎名ひかりがおしゃれアミティのデザインを手がけた(文献)。特典カードの入手は雑誌を購入する必要はなく、アプリの収集イベントの報酬となっていた。

備考

ソニック、名探偵コナン、ルパン三世のアニメ製作会社はセガの子会社のトムス・エンタテインメント。
2021年6月から何度か開催されている「セガコラボ」は、過去にコラボした作品では『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』『サクラ大戦』『チェインクロニクル』『スペースチャンネル5』『新サクラ大戦』、銀魂コラボに紛れていた『シェンムー』とドリームサタン、新規タイトルでは『ファンタシースターオンライン2』『オシャレ魔女ラブandベリー』『甲虫王者ムシキング』、ぷよぷよシリーズからは『ぷよぷよクロニクル』『ぷよぷよテトリス2』が参加している。
同じ声優が演じたコラボ先のキャラのコスチュームをぷよキャラが着る、いわゆる「中の人ネタ」と思われる選出も時折見受けられる。ハイキュー!!のマネージャーのドラコ(名塚佳織)、銀魂のエコロ ver.桂(石田彰)、呪術廻戦のクローラス ver.呪術高専（内田雄馬）、TIGER&BUNNY2のシェゾバーナビー(森田成一)など。